Result of FASTA (omim) for
pF1KB9469
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9469, 802 aa
1>>>pF1KB9469 802 - 802 aa - 802 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5610+/-0.00042; mu= -3.6238+/- 0.026
mean_var=286.0236+/-58.198, 0's: 0 Z-trim(120.6): 373 B-trim: 67 in 1/56
Lambda= 0.075836
statistics sampled from 35601 (36019) to 35601 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.734), E-opt: 0.2 (0.422), width: 16
Scan time: 12.370
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002538 (OMIM: 300127,300486) oligophrenin-1 [Ho ( 802) 5367 601.2 5.6e-171
XP_011529263 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 802) 5367 601.2 5.6e-171
XP_006724716 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 793) 5293 593.1 1.5e-168
XP_005262327 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 694) 4078 460.2 1.4e-128
XP_016885044 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: olig ( 565) 3708 419.6 1.9e-116
NP_689645 (OMIM: 615936) rho GTPase-activating pro ( 874) 2501 287.7 1.5e-76
XP_016872726 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 2228 257.8 1.4e-67
XP_011540917 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 2228 257.8 1.4e-67
XP_011540918 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 820) 2228 257.8 1.4e-67
NP_001129080 (OMIM: 605370,607785) rho GTPase-acti ( 759) 2182 252.8 4.3e-66
NP_055886 (OMIM: 605370,607785) rho GTPase-activat ( 814) 2172 251.7 9.6e-66
XP_005268459 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 722) 2163 250.7 1.7e-65
XP_016872727 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 771) 2037 236.9 2.6e-61
XP_011540919 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase- ( 780) 2030 236.1 4.4e-61
XP_005268456 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 802) 1943 226.6 3.3e-58
XP_016864736 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 866) 1942 226.5 3.8e-58
XP_016864738 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 811) 1938 226.1 4.9e-58
XP_016864737 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 812) 1936 225.9 5.7e-58
XP_005268455 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 857) 1933 225.5 7.5e-58
XP_016864739 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 725) 1924 224.5 1.3e-57
XP_005268457 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 765) 1924 224.5 1.3e-57
XP_006714837 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 628) 1651 194.6 1.1e-48
XP_011535913 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 612) 1645 193.9 1.7e-48
XP_011535912 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 616) 1644 193.8 1.9e-48
XP_005263272 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase- ( 735) 1332 159.7 4.1e-38
NP_078881 (OMIM: 609746) rho GTPase-activating pro ( 786) 1332 159.8 4.3e-38
XP_016864091 (OMIM: 609746) PREDICTED: rho GTPase- ( 694) 1137 138.4 1e-31
XP_011535914 (OMIM: 605370,607785) PREDICTED: rho ( 457) 1048 128.5 6.3e-29
XP_011509785 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 397) 433 61.2 1e-08
XP_016859989 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 432) 433 61.2 1.1e-08
NP_060930 (OMIM: 610578) rho GTPase-activating pro ( 475) 433 61.3 1.2e-08
XP_016859988 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 475) 433 61.3 1.2e-08
XP_011509781 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 475) 433 61.3 1.2e-08
NP_001280010 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 261) 410 58.6 4.2e-08
NP_001280002 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 287) 410 58.6 4.5e-08
NP_001035025 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 332) 410 58.6 5e-08
NP_001280000 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 433) 410 58.7 6.2e-08
NP_001280001 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 453) 410 58.7 6.5e-08
NP_004058 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform 2 ( 468) 410 58.7 6.6e-08
NP_001279999 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 481) 410 58.8 6.8e-08
XP_011513409 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 494) 410 58.8 6.9e-08
XP_016867211 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 500) 410 58.8 7e-08
NP_001279998 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 543) 410 58.8 7.5e-08
XP_011513408 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 556) 410 58.8 7.6e-08
XP_011513407 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 569) 410 58.8 7.8e-08
XP_016867210 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 575) 410 58.8 7.8e-08
NP_001280005 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 274) 386 56.0 2.7e-07
NP_001193531 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin iso ( 334) 386 56.0 3.1e-07
NP_001020372 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin iso ( 433) 386 56.1 3.8e-07
NP_001813 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin isofor ( 459) 386 56.1 4e-07
>>NP_002538 (OMIM: 300127,300486) oligophrenin-1 [Homo s (802 aa)
initn: 5367 init1: 5367 opt: 5367 Z-score: 3190.5 bits: 601.2 E(85289): 5.6e-171
Smith-Waterman score: 5367; 100.0% identity (100.0% similar) in 802 aa overlap (1-802:1-802)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 RLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 VFYTSSLDESEDEIQHQTPNGTITSSIEPPKPPQHPKLPIQRSGETDPGRKSPSRPILDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VFYTSSLDESEDEIQHQTPNGTITSSIEPPKPPQHPKLPIQRSGETDPGRKSPSRPILDG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 KLEPCPEVDVGKLVSRLQDGGTKITPKATNGPMPGSGPTKTPSFHIKRPAPRPLAHHKEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KLEPCPEVDVGKLVSRLQDGGTKITPKATNGPMPGSGPTKTPSFHIKRPAPRPLAHHKEG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 DADSFSKVRPPGEKPTIIRPPVRPPDPPCRAATPQKPEPKPDIVAGNAGEITSSVVASRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DADSFSKVRPPGEKPTIIRPPVRPPDPPCRAATPQKPEPKPDIVAGNAGEITSSVVASRT
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB9 RFFETASRKTGSSQGRLPGDES
::::::::::::::::::::::
NP_002 RFFETASRKTGSSQGRLPGDES
790 800
>>XP_011529263 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: oligophr (802 aa)
initn: 5367 init1: 5367 opt: 5367 Z-score: 3190.5 bits: 601.2 E(85289): 5.6e-171
Smith-Waterman score: 5367; 100.0% identity (100.0% similar) in 802 aa overlap (1-802:1-802)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
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370 380 390 400 410 420
pF1KB9 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
430 440 450 460 470 480
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pF1KB9 RLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTV
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pF1KB9 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 VFYTSSLDESEDEIQHQTPNGTITSSIEPPKPPQHPKLPIQRSGETDPGRKSPSRPILDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VFYTSSLDESEDEIQHQTPNGTITSSIEPPKPPQHPKLPIQRSGETDPGRKSPSRPILDG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 KLEPCPEVDVGKLVSRLQDGGTKITPKATNGPMPGSGPTKTPSFHIKRPAPRPLAHHKEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLEPCPEVDVGKLVSRLQDGGTKITPKATNGPMPGSGPTKTPSFHIKRPAPRPLAHHKEG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 DADSFSKVRPPGEKPTIIRPPVRPPDPPCRAATPQKPEPKPDIVAGNAGEITSSVVASRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DADSFSKVRPPGEKPTIIRPPVRPPDPPCRAATPQKPEPKPDIVAGNAGEITSSVVASRT
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB9 RFFETASRKTGSSQGRLPGDES
::::::::::::::::::::::
XP_011 RFFETASRKTGSSQGRLPGDES
790 800
>>XP_006724716 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: oligophr (793 aa)
initn: 5293 init1: 5293 opt: 5293 Z-score: 3146.9 bits: 593.1 E(85289): 1.5e-168
Smith-Waterman score: 5293; 100.0% identity (100.0% similar) in 791 aa overlap (1-791:1-791)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VFYTSSLDESEDEIQHQTPNGTITSSIEPPKPPQHPKLPIQRSGETDPGRKSPSRPILDG
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XP_006 KLEPCPEVDVGKLVSRLQDGGTKITPKATNGPMPGSGPTKTPSFHIKRPAPRPLAHHKEG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DADSFSKVRPPGEKPTIIRPPVRPPDPPCRAATPQKPEPKPDIVAGNAGEITSSVVASRT
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790 800
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:::::::::::
XP_006 RFFETASRKTGRF
790
>>XP_005262327 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: oligophr (694 aa)
initn: 4033 init1: 4033 opt: 4078 Z-score: 2429.3 bits: 460.2 E(85289): 1.4e-128
Smith-Waterman score: 4376; 86.5% identity (86.5% similar) in 802 aa overlap (1-802:1-694)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
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pF1KB9 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
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XP_005 RLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTV
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XP_005 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERT
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:::::::::::
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:
XP_005 -----------------------------------------------------------G
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DADSFSKVRPPGEKPTIIRPPVRPPDPPCRAATPQKPEPKPDIVAGNAGEITSSVVASRT
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790 800
pF1KB9 RFFETASRKTGSSQGRLPGDES
::::::::::::::::::::::
XP_005 RFFETASRKTGSSQGRLPGDES
680 690
>>XP_016885044 (OMIM: 300127,300486) PREDICTED: oligophr (565 aa)
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Smith-Waterman score: 3708; 100.0% identity (100.0% similar) in 562 aa overlap (1-562:1-562)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
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XP_016 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TPMEQKPGAKQGPLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EAMDGKEPIYHSPITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKL
370 380 390 400 410 420
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pF1KB9 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDY
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pF1KB9 RLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTV
490 500 510 520 530 540
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pF1KB9 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERT
::::::::::::::::::::::
XP_016 AAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKKLP
550 560
>>NP_689645 (OMIM: 615936) rho GTPase-activating protein (874 aa)
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Smith-Waterman score: 2536; 51.4% identity (74.5% similar) in 821 aa overlap (1-796:1-819)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
:: : ::::: :::::::::::.:.: ::::::::::..::::. ::.:.:: : :::::
NP_689 MGLPTLEFSDSYLDSPDFRERLQCHEIELERTNKFIKELIKDGSLLIGALRNLSMAVQKF
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
::.::.:::. :::. :::::.::.:.::::.:: ::.:: ...::.:.:: :::.::
NP_689 SQSLQDFQFECIGDAETDDEISIAQSLKEFARLLIAVEEERRRLIQNANDVLIAPLEKFR
70 80 90 100 110 120
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pF1KB9 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
::::: .:. ::::.:..:..::.:..::.::.:::::.::::: :.:.:..::.:.::.
NP_689 KEQIGAAKDGKKKFDKESEKYYSILEKHLNLSAKKKESHLQEADTQIDREHQNFYEASLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
::..::::::.:::..:::.:.::..:: ::.:.: :::::::..::::::.:
NP_689 YVFKIQEVQEKKKFEFVEPLLSFLQGLFTFYHEGYELAQEFAPYKQQLQFNLQNTRNNFE
190 200 210 220 230 240
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pF1KB9 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTM
:::.:.:.: .::: : : . :.: :.:::::.::: ::..:.:.:: :.: .::.::
NP_689 STRQEVERLMQRMKSANQDYRPPSQWTMEGYLYVQEKRPLGFTWIKHYCTYDKGSKTFTM
250 260 270 280 290 300
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pF1KB9 TPMEQKPGAKQG------PLDLTLKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEA
. :.: ..:.. : . :: :.::::.:::::::::::. :: : :::::.:::
NP_689 SVSEMKSSGKMNGLVTSSPEMFKLKSCIRRKTDSIDKRFCFDIEVVERHGIITLQAFSEA
310 320 330 340 350 360
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pF1KB9 NRRLWMEAMDGKEPIYHSP--ITKQQEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVG
::.::.:::::::::: : :.:..:: :::.::.::::::. .::.:: :::: :
NP_689 NRKLWLEAMDGKEPIYTLPAIISKKEEMYLNEAGFNFVRKCIQAVETRGITILGLYRIGG
370 380 390 400 410 420
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pF1KB9 SNIQVQKLLNAFFDPKCPGDVDFHNSDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSA
: .::::.:. :.:: : :.:. :: :::::.:: ::: :.::.:::.:::... :
NP_689 VNSKVQKLMNTTFSPKSPPDIDIDIELWDNKTITSGLKNYLRCLAEPLMTYKLHKDFIIA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 AKSDNLDYRLGAIHSLVYKLPEKNREMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTL
.:::. .::. :.:.::.::::::::::..::.:::.: ::..:::: ::.::::::::
NP_689 VKSDDQNYRVEAVHALVHKLPEKNREMLDILIKHLVKVSLHSQQNLMTVSNLGVIFGPTL
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 MRAQEDTVAAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITIS
:::::.:::::::::::::::::::::. ::. :. : : : : .:: . : .:
NP_689 MRAQEETVAAMMNIKFQNIVVEILIEHYEKIFHTAPDPSIPLPQPQSRSGSRRTRAICLS
550 560 570 580 590 600
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pF1KB9 KRLLRERTVFYTSSLDESEDEIQHQTPNGTITSSIEPPKPPQHPKLPIQRSGETDPGRKS
. : :: : : ... ..:..: .::: . . . .:. .: .::
NP_689 TGSRKPRGR-YTPCLAEPDSDSYSSSPDSTPMGSIESLSSHSSEQNSTTKSASCQPREKS
610 620 630 640 650
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pF1KB9 PSRPILDGKLEPCPEVDVGKLV----SRLQDGGTKITPKATNGPMPG-SGPTK-TPSFHI
. : . . ..: . : .. .:: .. . . ..: .: . .
NP_689 GGIPWIATPSSSNGQKSLGLWTTSPESSSREDATKTDAESDCQSVASVTSPGDVSPPIDL
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB9 KRPAPRPLAHHKEGDADSFSKVRPP-GEKP---TIIR-PPVRPPDPPCRAATPQKPEPKP
. : :. :...:.:. .. :.: .: : . : . .:. : ::
NP_689 VKKEPYGLSGLKRASASSLRSISAAEGNKSYSGSIQSLTSVGSKETPKASPNPDLP-PKM
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800
pF1KB9 ------DIVAGNAGEITSSVVASRTRFFETASRKTGSSQGRLPGDES
: ...:. . .::::.....::... :.::
NP_689 CRRLRLDTASSNGYQRPGSVVAAKAQLFENVGSPKPVSSGRQAKAMYSCKAEHSHELSFP
780 790 800 810 820 830
NP_689 QGAIFSNVYPSVEPGWLKATYEGKTGLVPENYVVFL
840 850 860 870
>>XP_016872726 (OMIM: 615936) PREDICTED: rho GTPase-acti (820 aa)
initn: 2194 init1: 1012 opt: 2228 Z-score: 1334.4 bits: 257.8 E(85289): 1.4e-67
Smith-Waterman score: 2263; 49.7% identity (73.6% similar) in 766 aa overlap (56-796:2-765)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 EQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKFSQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAE
:::::::.::.:::. :::. :::::.::.
XP_016 MAVQKFSQSLQDFQFECIGDAETDDEISIAQ
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 SFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFRKEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLL
:.::::.:: ::.:: ...::.:.:: :::.::::::: .:. ::::.:..:..::.:
XP_016 SLKEFARLLIAVEEERRRLIQNANDVLIAPLEKFRKEQIGAAKDGKKKFDKESEKYYSIL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 DRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLDYVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLH
..::.::.:::::.::::: :.:.:..::.:.::.::..::::::.:::..:::.:.::.
XP_016 EKHLNLSAKKKESHLQEADTQIDREHQNFYEASLEYVFKIQEVQEKKKFEFVEPLLSFLQ
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 SLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFSSTREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQ
.:: ::.:.: :::::::..::::::.: :::.:.:.: .::: : : . :.:
XP_016 GLFTFYHEGYELAQEFAPYKQQLQFNLQNTRNNFESTRQEVERLMQRMKSANQDYRPPSQ
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310
pF1KB9 PTIEGYLYTQEKWALGISWVKYYCQYEKETKTLTMTPMEQKPGAKQG------PLDLTLK
:.:::::.::: ::..:.:.:: :.: .::.::. :.: ..:.. : . ::
XP_016 WTMEGYLYVQEKRPLGFTWIKHYCTYDKGSKTFTMSVSEMKSSGKMNGLVTSSPEMFKLK
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 YCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPGTITLQALSEANRRLWMEAMDGKEPIYHSP--ITKQ
:.::::.:::::::::::. :: : :::::.:::::.::.:::::::::: : :.:.
XP_016 SCIRRKTDSIDKRFCFDIEVVERHGIITLQAFSEANRKLWLEAMDGKEPIYTLPAIISKK
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 QEMELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTVGSNIQVQKLLNAFFDPKCPGDVDFHN
.:: :::.::.::::::. .::.:: :::: : : .::::.:. :.:: : :.:.
XP_016 EEMYLNEAGFNFVRKCIQAVETRGITILGLYRIGGVNSKVQKLMNTTFSPKSPPDIDIDI
340 350 360 370 380 390
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pF1KB9 SDWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELVSAAKSDNLDYRLGAIHSLVYKLPEKNR
:: :::::.:: ::: :.::.:::.:::... :.:::. .::. :.:.::.:::::::
XP_016 ELWDNKTITSGLKNYLRCLAEPLMTYKLHKDFIIAVKSDDQNYRVEAVHALVHKLPEKNR
400 410 420 430 440 450
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pF1KB9 EMLELLIRHLVNVCEHSKENLMTPSNMGVIFGPTLMRAQEDTVAAMMNIKFQNIVVEILI
:::..::.:::.: ::..:::: ::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::
XP_016 EMLDILIKHLVKVSLHSQQNLMTVSNLGVIFGPTLMRAQEETVAAMMNIKFQNIVVEILI
460 470 480 490 500 510
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pF1KB9 EHFGKIYLGPPEESAAPPVPPPRVTARRHKPITISKRLLRERTVFYTSSLDESEDEIQHQ
::. ::. :. : : : : .:: . : .: . : :: : : ... .
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pF1KB9 -GEKP---TIIR-PPVRPPDPPCRAATPQKPEPKP------DIVAGNAGEITSSVVASRT
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pF1KB9 RFFETASRKTGSSQGRLPGDES
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NP_001 LYACKAEHDSELSFTAGTVFDNVHPSQEPGWLEGTLNGKTGLIPENYVEFL
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802 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 23:40:30 2016 done: Thu Nov 3 23:40:32 2016
Total Scan time: 12.370 Total Display time: 0.290
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]