Result of FASTA (omim) for
pF1KB9471
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9471, 1099 aa
1>>>pF1KB9471 1099 - 1099 aa - 1099 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7029+/-0.000419; mu= -11.8493+/- 0.026
mean_var=416.1025+/-87.830, 0's: 0 Z-trim(123.5): 106 B-trim: 2046 in 1/53
Lambda= 0.062874
statistics sampled from 43314 (43450) to 43314 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.791), E-opt: 0.2 (0.509), width: 16
Scan time: 18.410
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016866535 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1232) 1251 128.5 2.4e-28
NP_277037 (OMIM: 610322) transcriptional-regulatin (1200) 1199 123.8 6.1e-27
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XP_016866541 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1129) 1128 117.3 5e-25
NP_001284502 (OMIM: 610322) transcriptional-regula (1220) 1112 115.9 1.5e-24
XP_016866537 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1220) 1112 115.9 1.5e-24
XP_016866543 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1117) 989 104.7 3.1e-21
XP_016866536 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1228) 547 64.7 3.9e-09
XP_016866540 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1171) 495 59.9 1e-07
XP_016866534 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1254) 490 59.5 1.4e-07
XP_011513046 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866532 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866526 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_011513043 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_011513044 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866524 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866525 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866527 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_011513045 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866530 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
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XP_016866528 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866523 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866531 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_011513047 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1274) 472 57.9 4.5e-07
XP_016866544 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti ( 795) 424 53.4 6.3e-06
XP_016866533 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcripti (1262) 333 45.3 0.0028
>>XP_016866535 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcriptional (1232 aa)
initn: 893 init1: 501 opt: 1251 Z-score: 630.0 bits: 128.5 E(85289): 2.4e-28
Smith-Waterman score: 1380; 33.3% identity (56.0% similar) in 1035 aa overlap (115-1084:175-1161)
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pF1KB9 AAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSSWQQ----QPGQPPPHSTWNCHSLS
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150 160 170 180 190
150 160 170 180 190
pF1KB9 LYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALK--REKAGGPQLDRYVRPMMPQKVQLEVGRP-QAP
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XP_016 RYQQVPQQPHPGF--TGGLSKP-ALQVGQHPTQGHLYYDYQQPLA--QVPVQGGQPLQAP
200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 -LNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPVAAFPPQKQQQQQQPQQ
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XP_016 QMLSQHMQQMQQHQYYPPQQQQQAGQQRISMQEIQTQPQQIRPSQPQPPPQQQQPQQLQL
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300
pF1KB9 QQQQQQAALPQM----PLFENFYSMPQQPSQ-QPQDFGLQPAGPLG-QSHLAH----HSM
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310 320 330 340 350 360
pF1KB9 APYPF--PPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRR--LSKEGIL-PPSALD
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XP_016 SQYYYQEPQQPYSHPLYQQSHLSQHQ-QREDSQLKTYSSDRQAQAMLSSHGDLGPPDT--
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370 380 390 400 410
pF1KB9 GAGTQPGQEATG-NLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGF-PLELRESQLLPDGERLAPN
: : ... : . : : :: .: :.. :. . : . .. :::: : :.
XP_016 GMGDPASSDLTRVSSTLPHRPLLSPSGIHLNNMGPQHQQLSPSAMWPQMHLPDG-RAQPG
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pF1KB9 GREREAPAMGSE-EGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELAS
. : . :. : . : . :. :. . :: .: . ..
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.. :. . .:: .: :: . . : . : ...:...::::::. .
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540 550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 PTEAAQAGGLDEDGKGP--EQNPA----EHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKL
: ..: : . .: ...:: . . :.: : : : . :. : ...
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600 610 620 630 640 650
600 610 620 630
pF1KB9 --EGEPSV-----------RKPKQRPRPEPLIIPTKAGTFIAPPV-YSNITPYQSHLRSP
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pF1KB9 VRLADHPS-ERSFELPPYTPPPILSPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPP--PITPKS-AHR
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pF1KB9 KKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKLFNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFY
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::.:: ...::. .... .: ...:: :.. . . : :.: .::. :
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pF1KB9 RSHESNAPGSA------GGQASEKPREGTGKSRRALPFSEKKKKTETFSKTQNQENT-FP
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pF1KB9 CKKCGRVFYKVKSRSAHMKSHAEQEKKAAALRLKEKEAAAAAAAAHQQALREESGAGDKG
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XP_016 CKECGKVFFKIKSRNAHMKTHRQQEEQQ---RQKAQKAAFAAEMAATIERTTGPVGAPGL
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XP_016 LPLDQLSLIKPIKDVDILDDDVVQQLGGVMEEAEVVDTDLLLDDQDSVLLQGDAEL
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>>NP_277037 (OMIM: 610322) transcriptional-regulating fa (1200 aa)
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pF1KB9 AAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSSWQQ----QPGQPPPHSTWNCHSLS
:. ::. .: .: .:: . :
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150 160 170 180 190
pF1KB9 LYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALK--REKAGGPQLDRYVRPMMPQKVQLEVGRP-QAP
:. . .:::: ..: ::. .. . : : .:. .: .. :.: :::
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pF1KB9 -LNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPVAAFPPQKQQQQQQPQQ
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NP_277 QMLSQHMQQMQQHQYYPPQQQQQAGQQRISMQEIQTQPQQIRPSQPQPPPQQQQPQQLQL
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260 270 280 290 300
pF1KB9 QQQQQQAALPQM----PLFENFYSMPQQPSQ-QPQDFGLQPAGPLG-QSHLAH----HSM
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NP_277 QQRQGSMQIPQYYQPQPMMQHLQEQQQQQMHLQPPSYHRDPHQYTPEQAHTVQLIPLGSM
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pF1KB9 APYPF--PPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRR--LSKEGIL-PPSALD
. : . : .: .: ... :.. : :.. :. . ::..: : ::..
NP_277 SQYYYQEPQQPYSHPLYQQSHLSQHQ-QREDSQLKTYSSDRQAQAMLSSHGDLGPPDT--
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pF1KB9 GAGTQPGQEATG-NLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGF-PLELRESQLLPDGERLAPN
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NP_277 GMGDPASSDLTRVSSTLPHRPLLSPSGIHLNNMGPQHQQLSPSAMWPQMHLPDG-RAQPG
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420 430 440 450 460 470
pF1KB9 GREREAPAMGSE-EGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELAS
. : . :. : . : . :. :. . :: .: . ..
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pF1KB9 LQNAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKR-AREDSGMVPLIIPVSVPVRTVD
.. :. . .:: .: :: . . : . : ...:...::::::. .
NP_277 MR-ASPNLKQEEGEK-VLPPQPQPPLPPPPPPPPPPQLPPEAESLTPMVMPVSVPVKLLP
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540 550 560 570 580 590
pF1KB9 PTEAAQAGGLDEDGKGPEQNPAEHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKLEGEP--
: ..: : . .: :. ::. .. . ..: . . . : : ::
NP_277 PKPSSQ-GFTNSTVAAPS---ARDKPASSMS---DDEMPVLEIPRKHQPSVPKAE-EPLK
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pF1KB9 SVRKPKQ-RPRPEPLIIPTKAGTFIAPPV-YSNITPYQSHLRSPVRLADHPS-ERSFELP
.:.. :. : :::::.:: . : . ::. : :::.:::: :.:: . . :::
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pF1KB9 PYTPPPILSPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPP--PITPKS-AHRTLL-RTNSAEVTP-PV
::::::.:::::.::::. :..:: : : :.:: . . :.:: :.:: . . :
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770 780 790 800 810 820
pF1KB9 QVEDLLTAACSSIFPGVGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHY
::.::. ::: .:: :::.:.::: : :..::.. .:. :::.::.: . ::::.:::
NP_277 -VENLLNLCCSSALPGGGTNSEFALHSLFEAKGDVMVALEMLLLRKPVRLKCHPLANYHY
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pF1KB9 TGSDQWKMAERKLFNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLT
.:::.: :::::::..: :.:::..:::....::::::::.:::.:: ...::.
NP_277 AGSDKWTSLERKLFNKALATYSKDFIFVQKMVKSKTVAQCVEYYYTWKKIMRLGRKHRTR
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pF1KB9 FGDVDTSDEKSAQEEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLE-PKREVKEPRKE-GEEE
.... .: ...:: :.. . . : :.: .::. : :: : . :
NP_277 LAEI-IDDCVTSEEEEELEEEEEED----PEEDRKSTKEEESEVPKSPEPPPVPVLAPTE
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pF1KB9 VPEIQEKEEQEEGR---ERSRRAAAVKATQTLQANESASDILILRSHESNAPGSAGGQAS
: .: : : : .:. .. :.:... ... ... . :. :
NP_277 GPPLQALG-QPSGSFICEMPNCGAVFSSRQALNGHAR------IHGGTNQVTKARGAIPS
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pF1KB9 EKPREGTGKSRRALPFSEKKKKTETFSKTQNQENT-FPCKKCGRVFYKVKSRSAHMKSHA
: . : .: : :.. ... .. ... .: ::::.::.::.:.:::.::::.:
NP_277 GKQKPGGTQSGYC---SVKSSPSHSTTSGETDPTTIFPCKECGKVFFKIKSRNAHMKTHR
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pF1KB9 EQEKKAAALRLKEKEAAAAAAAAHQQALREESGAGDKG
.::.. : : ..:: :: :
NP_277 QQEEQQ---RQKAQKAAFAAEMAATIERTTGPVGAPGLLPLDQLSLIKPIKDVDILDDDV
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>>XP_016866538 (OMIM: 610322) PREDICTED: transcriptional (1200 aa)
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Smith-Waterman score: 1401; 33.4% identity (57.5% similar) in 1013 aa overlap (115-1084:175-1129)
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 AAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSSWQQ----QPGQPPPHSTWNCHSLS
:. ::. .: .: .:: . :
XP_016 SFTQVFANQNLRIQVNNMAQVLHTQSAVMDGAPDSALRQLLSQKPMEPPAPAIP-----S
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150 160 170 180 190
pF1KB9 LYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALK--REKAGGPQLDRYVRPMMPQKVQLEVGRP-QAP
:. . .:::: ..: ::. .. . : : .:. .: .. :.: :::
XP_016 RYQQVPQQPHPGF--TGGLSKP-ALQVGQHPTQGHLYYDYQQPLA--QVPVQGGQPLQAP
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200 210 220 230 240 250
pF1KB9 -LNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPVAAFPPQKQQQQQQPQQ
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XP_016 QMLSQHMQQMQQHQYYPPQQQQQAGQQRISMQEIQTQPQQIRPSQPQPPPQQQQPQQLQL
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260 270 280 290 300
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