Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9472
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9472, 504 aa
1>>>pF1KB9472 504 - 504 aa - 504 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4076+/-0.000841; mu= 5.9424+/- 0.051
mean_var=233.4148+/-47.122, 0's: 0 Z-trim(115.4): 104 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.083948
statistics sampled from 15831 (15941) to 15831 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.79), E-opt: 0.2 (0.49), width: 16
Scan time: 3.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3344.1 FGFRL1 gene_id:53834|Hs108|chr4 ( 504) 3503 437.0 2.3e-122
CCDS78096.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 734) 638 90.2 8.5e-18
CCDS4410.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 802) 630 89.3 1.8e-17
CCDS3353.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 806) 629 89.1 1.9e-17
CCDS81515.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 819) 620 88.1 4.2e-17
CCDS31298.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 821) 618 87.8 4.9e-17
CCDS54706.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 808) 614 87.3 6.8e-17
CCDS44489.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 769) 613 87.2 7.2e-17
CCDS7620.2 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 822) 613 87.2 7.5e-17
CCDS4411.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 762) 612 87.1 7.8e-17
CCDS43732.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 820) 584 83.7 8.6e-16
CCDS55223.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 853) 584 83.7 8.8e-16
CCDS55222.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 820) 580 83.2 1.2e-15
CCDS6107.2 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 822) 580 83.2 1.2e-15
CCDS55221.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 812) 573 82.4 2.1e-15
CCDS3354.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 694) 538 78.1 3.6e-14
CCDS53584.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 707) 520 75.9 1.7e-13
CCDS73210.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 732) 520 75.9 1.7e-13
CCDS44488.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 680) 515 75.3 2.5e-13
CCDS44487.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 705) 513 75.0 3e-13
CCDS44485.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 704) 511 74.8 3.5e-13
CCDS43731.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 731) 489 72.1 2.3e-12
CCDS43730.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 733) 480 71.1 4.9e-12
>>CCDS3344.1 FGFRL1 gene_id:53834|Hs108|chr4 (504 aa)
initn: 3503 init1: 3503 opt: 3503 Z-score: 2310.3 bits: 437.0 E(32554): 2.3e-122
Smith-Waterman score: 3503; 100.0% identity (100.0% similar) in 504 aa overlap (1-504:1-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTPSPLLLLLLPPLLLGAFPPAAAARGPPKMADKVVPRQVARLGRTVRLQCPVEGDPPPL
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CCDS33 MTPSPLLLLLLPPLLLGAFPPAAAARGPPKMADKVVPRQVARLGRTVRLQCPVEGDPPPL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 TMWTKDGRTIHSGWSRFRVLPQGLKVKQVEREDAGVYVCKATNGFGSLSVNYTLVVLDDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TMWTKDGRTIHSGWSRFRVLPQGLKVKQVEREDAGVYVCKATNGFGSLSVNYTLVVLDDI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 SPGKESLGPDSSSGGQEDPASQQWARPRFTQPSKMRRRVIARPVGSSVRLKCVASGHPRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SPGKESLGPDSSSGGQEDPASQQWARPRFTQPSKMRRRVIARPVGSSVRLKCVASGHPRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 DITWMKDDQALTRPEAAEPRKKKWTLSLKNLRPEDSGKYTCRVSNRAGAINATYKVDVIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DITWMKDDQALTRPEAAEPRKKKWTLSLKNLRPEDSGKYTCRVSNRAGAINATYKVDVIQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 RTRSKPVLTGTHPVNTTVDFGGTTSFQCKVRSDVKPVIQWLKRVEYGAEGRHNSTIDVGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RTRSKPVLTGTHPVNTTVDFGGTTSFQCKVRSDVKPVIQWLKRVEYGAEGRHNSTIDVGG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 QKFVVLPTGDVWSRPDGSYLNKLLITRARQDDAGMYICLGANTMGYSFRSAFLTVLPDPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QKFVVLPTGDVWSRPDGSYLNKLLITRARQDDAGMYICLGANTMGYSFRSAFLTVLPDPK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 PPGPPVASSSSATSLPWPVVIGIPAGAVFILGTLLLWLCQAQKKPCTPAPAPPLPGHRPP
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CCDS33 PPGPPVASSSSATSLPWPVVIGIPAGAVFILGTLLLWLCQAQKKPCTPAPAPPLPGHRPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 GTARDRSGDKDLPSLAALSAGPGVGLCEEHGSPAAPQHLLGPGPVAGPKLYPKLYTDIHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GTARDRSGDKDLPSLAALSAGPGVGLCEEHGSPAAPQHLLGPGPVAGPKLYPKLYTDIHT
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB9 HTHTHSHTHSHVEGKVHQHIHYQC
::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HTHTHSHTHSHVEGKVHQHIHYQC
490 500
>>CCDS78096.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 (734 aa)
initn: 432 init1: 200 opt: 638 Z-score: 433.0 bits: 90.2 E(32554): 8.5e-18
Smith-Waterman score: 653; 31.9% identity (57.9% similar) in 470 aa overlap (6-437:3-451)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MTPSPLLLLLLPPLLLGAFPPAAAARGP------PKMADKVVPRQ---VARLGRTVRLQC
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CCDS78 MRLLLALLGVLLSVPGPPVLSLEASEEVELEPCLAPSLEQQEQELTVALGQPVRLCC
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 PVEGDPPPLTMWTKDG-RTIHSGWSRFRVLPQGLKVKQVEREDAGVYVCKATNGFGSLSV
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CCDS78 ---GRAERGGHWYKEGSRLAPAG--RVRGWRGRLEIASFLPEDAGRYLCLAR---GSMIV
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB9 --NYTLVVLDDISPGKESLGPDSSSGGQEDPASQQWARPRFTQPSKMRRRVIARPVGSSV
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CCDS78 LQNLTLITGDSLTSSNDDEDPKSHRDPSNRHSYPQQA-PYWTHPQRMEKKLHAVPAGNTV
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 RLKCVASGHPRPDITWMKDDQAL---TRPEAAEPRKKKWTLSLKNLRPEDSGKYTCRVSN
...: :.:.: : : :.:: ::. .: . . :...:.: .... : : : ::: : :
CCDS78 KFRCPAAGNPTPTIRWLKDGQAFHGENRIGGIRLRHQHWSLVMESVVPSDRGTYTCLVEN
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 RAGAINATYKVDVIQRTRSKPVLTGTHPVNTTVDFGGTTSFQCKVRSDVKPVIQWLKRVE
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CCDS78 AVGSIRYNYLLDVLERSPHRPILQAGLPANTTAVVGSDVELLCKVYSDAQPHIQWLKHIV
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 YGAEGRHNSTIDVGGQKFV-VLPTGDVWSRPDGSYLNKLLITRARQDDAGMYICLGANTM
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CCDS78 I-----NGSSFGADGFPYVQVLKTADI----NSSEVEVLYLRNVSAEDAGEYTCLAGNSI
290 300 310 320 330
350 360 370 380
pF1KB9 GYSFRSAFLTVLPDPKPP---GPPVASSSSATSLP------W-PVVIGIPAG-----AVF
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CCDS78 GLSYQSAWLTVLPEEDPTWTAAAPEASSPWSQALPASQAHPWYEACVSPPAAPPCSPASL
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 ILGTLLLWLCQAQKKPCTPAPAPPLPGHRPPGTA-------RDRSGDKDLPSLAALSAGP
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CCDS78 VLGKPLGEGCFGQ---VVRAEAFGMDPARPDQASTVAVKMLKDNASDKDLADLVSEMEVM
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KB9 GVGLCEEHGSPAAPQHLLGPGPVAGPKLYPKLYTDIHTHTHTHSHTHSHVEGKVHQHIHY
CCDS78 KLIGRHKNIINLLGVCTQEGPLYVIVECAAKGNLREFLRARRPPGPDLSPDGPRSSEGPL
460 470 480 490 500 510
>>CCDS4410.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 (802 aa)
initn: 474 init1: 255 opt: 630 Z-score: 427.2 bits: 89.3 E(32554): 1.8e-17
Smith-Waterman score: 631; 30.9% identity (57.6% similar) in 472 aa overlap (6-461:3-448)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MTPSPLLLLLLPPLLLGAFPPAAAARGP------PKMADKVVPRQ---VARLGRTVRLQC
::: :: :: ::. . .. : .: .. .. .. ::. ::: :
CCDS44 MRLLLALLGVLLSVPGPPVLSLEASEEVELEPCLAPSLEQQEQELTVALGQPVRLCC
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 PVEGDPPPLTMWTKDG-RTIHSGWSRFRVLPQGLKVKQVEREDAGVYVCKATNGFGSLSV
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CCDS44 ---GRAERGGHWYKEGSRLAPAG--RVRGWRGRLEIASFLPEDAGRYLCLAR---GSMIV
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB9 --NYTLVVLDDISPGKESLGPDSSSGGQEDPASQQWARPRFTQPSKMRRRVIARPVGSSV
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CCDS44 LQNLTLITGDSLTSSNDDEDPKSHRDPSNRHSYPQQA-PYWTHPQRMEKKLHAVPAGNTV
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 RLKCVASGHPRPDITWMKDDQAL---TRPEAAEPRKKKWTLSLKNLRPEDSGKYTCRVSN
...: :.:.: : : :.:: ::. .: . . :...:.: .... : : : ::: : :
CCDS44 KFRCPAAGNPTPTIRWLKDGQAFHGENRIGGIRLRHQHWSLVMESVVPSDRGTYTCLVEN
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 RAGAINATYKVDVIQRTRSKPVLTGTHPVNTTVDFGGTTSFQCKVRSDVKPVIQWLKRVE
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CCDS44 AVGSIRYNYLLDVLERSPHRPILQAGLPANTTAVVGSDVELLCKVYSDAQPHIQWLKHIV
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 YGAEGRHNSTIDVGGQKFV-VLPTGDVWSRPDGSYLNKLLITRARQDDAGMYICLGANTM
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CCDS44 I-----NGSSFGADGFPYVQVLKTADI----NSSEVEVLYLRNVSAEDAGEYTCLAGNSI
290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 GYSFRSAFLTVLPDPKPPGPPVASSSSATSLPWPVVIGIPAGAVFILGTLLLWLCQAQKK
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CCDS44 GLSYQSAWLTVLPEEDPTWTAAAPEARYTDIILYASGSLALAVLLLLAGLYRGQALHGRH
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 PCTPAPAPPLPGHRPPGTARDRSGDKDLPSLAALSAGPGVGLCEEHGSPAAPQHLLGPGP
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CCDS44 PRPPATVQKL--SRFP-LARQFSLESGSSGKSSSSLVRGVRL-----SSSGPALLAGLVS
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500
pF1KB9 VAGPKLYPKLYTDIHTHTHTHSHTHSHVEGKVHQHIHYQC
CCDS44 LDLPLDPLWEFPRDRLVLGKPLGEGCFGQVVRAEAFGMDPARPDQASTVAVKMLKDNASD
460 470 480 490 500 510
>>CCDS3353.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 (806 aa)
initn: 493 init1: 281 opt: 629 Z-score: 426.6 bits: 89.1 E(32554): 1.9e-17
Smith-Waterman score: 651; 30.8% identity (58.6% similar) in 454 aa overlap (22-457:35-464)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MTPSPLLLLLLPPLLLGAFPPAAAARGP-PKMADKVVPRQVARLGRTVRLQ
:: . :: : . ...: . : .:.:.
CCDS33 ACALALCVAVAIVAGASSESLGTEQRVVGRAAEVPGPEPGQQEQLVFGS----GDAVELS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB9 CPVEGDPP--PLTMWTKDGRTIHSGWSRFRVLPQGLKVKQVEREDAGVYVCKATNGFGSL
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CCDS33 CPPPGGGPMGP-TVWVKDGTGLVPS-ERVLVGPQRLQVLNASHEDSGAYSCRQRLTQRVL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 SVNYTLVVLDDISPGKESLGPDSSSGGQEDPASQQWARPRFTQPSKMRRRVIARPVGSSV
.... : : : : . : : . : .. :.::. .: ....: :....:
CCDS33 C-HFSVRVTDAPSSGDDEDGEDEAEDTGVDTGAPYWTRPE-----RMDKKLLAVPAANTV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 RLKCVASGHPRPDITWMKDDQALT---RPEAAEPRKKKWTLSLKNLRPEDSGKYTCRVSN
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CCDS33 RFRCPAAGNPTPSISWLKNGREFRGEHRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDRGNYTCVVEN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 RAGAINATYKVDVIQRTRSKPVLTGTHPVNTTVDFGGTTSFQCKVRSDVKPVIQWLKRVE
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CCDS33 KFGSIRQTYTLDVLERSPHRPILQAGLPANQTAVLGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 YGAEGRHNSTIDVGGQKFV-VLPTGDVWSRPDGSYLNKLLITRARQDDAGMYICLGANTM
..: . : .: :: :. . . :. : . . .::: : ::..:..
CCDS33 V-----NGSKVGPDGTPYVTVLKTAG--ANTTDKELEVLSLHNVTFEDAGEYTCLAGNSI
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 GYSFRSAFLTVLPDPKPPGPPVASSSSATSLPWPVVIGIPAGA-VFILGTLLLWLCQAQK
:.: .::.:.::: . .. .. : :. . ... .: .::: . . ::. ..
CCDS33 GFSHHSAWLVVLPAEEE----LVEADEAGSV-YAGILSYGVGFFLFILVVAAVTLCRLRS
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KB9 KPCTPAPAPPL------PGHRPPGTARDRSGDKDLP--SLAALSAGPGVGLCE--EHGSP
: .: . : .: . . : ... : .: ::.: : : . : :
CCDS33 PPKKGLGSPTVHKISRFPLKRQVSLESNASMSSNTPLVRIARLSSGEGPTLANVSELELP
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KB9 AAPQHLLGPGPVAGPKLYPKLYTDIHTHTHTHSHTHSHVEGKVHQHIHYQC
: :.
CCDS33 ADPKWELSRARLTLGKPLGEGCFGQVVMAEAIGIDKDRAAKPVTVAVKMLKDDATDKDLS
470 480 490 500 510 520
>>CCDS81515.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 (819 aa)
initn: 424 init1: 284 opt: 620 Z-score: 420.6 bits: 88.1 E(32554): 4.2e-17
Smith-Waterman score: 626; 29.9% identity (58.8% similar) in 452 aa overlap (28-457:38-471)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MTPSPLLLLLLPPLLLGAFPPAAAARGPPKMADKVVPR-QVARLGRTVRLQCPVEGD
:: . :. :: :......: .. :
CCDS81 ICLVVVTMATLSLARPSFSLVEDTTLEPEEPPTKYQISQPEVYVAAPGESLEVRCLLK-D
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 PPPLTMWTKDGRTIHSGWSRFRVL-PQGLKVKQVEREDAGVYVCKATNGFGSLSVNYTLV
.. ::::: .: : . :: . :..: . .:.:.:.: :. : . . .
CCDS81 AAVIS-WTKDG--VHLGPNNRTVLIGEYLQIKGATPRDSGLYACTASRTVDSETWYFMVN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 VLDDISPGKESLGPDSSSGGQEDPASQQWAR---PRFTQPSKMRRRVIARPVGSSVRLKC
: : :: : . .... : :: .:.. : .:. ::..:. : :....:...:
CCDS81 VTDAISSGDD----EDDTDGAEDFVSENSNNKRAPYWTNTEKMEKRLHAVPAANTVKFRC
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB9 VASGHPRPDITWMKDDQALT---RPEAAEPRKKKWTLSLKNLRPEDSGKYTCRVSNRAGA
:.:.: : . :.:. . . : . . :...:.: .... : :.:.::: : :. :.
CCDS81 PAGGNPMPTMRWLKNGKEFKQEHRIGGYKVRNQHWSLIMESVVPSDKGNYTCVVENEYGS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 INATYKVDVIQRTRSKPVLTGTHPVNTTVDFGGTTSFQCKVRSDVKPVIQWLKRVEYGAE
:: ::..::..:. .:.: . :.:... :: . : ::: ::..: :::.:.::
CCDS81 INHTYHLDVVERSPHRPILQAGLPANASTVVGGDVEFVCKVYSDAQPHIQWIKHVE----
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 GRHNSTIDVGGQKFV-VLPTGDVWSRPDGSYLNKLLITRARQDDAGMYICLGANTMGYSF
...: : .. :: .. : . : . .. : : . .::: : ::..:..: ::
CCDS81 -KNGSKYGPDGLPYLKVLKAAGV-NTTD-KEIEVLYIRNVTFEDAGEYTCLAGNSIGISF
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 RSAFLTVLPDPKPPGPPVASSSSATSLPWPVV-IGIPAGAVFILGTLLLWLCQAQKKP-C
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CCDS44 I-----NGSSFGADGFPYVQVLKTADI----NSSEVEVLYLRNVSAEDAGEYTCLAGNSI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]