FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9484, 2045 aa
1>>>pF1KB9484 2045 - 2045 aa - 2045 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7885+/-0.00126; mu= 6.9888+/- 0.076
mean_var=353.4466+/-69.340, 0's: 0 Z-trim(113.7): 134 B-trim: 29 in 1/52
Lambda= 0.068220
statistics sampled from 14218 (14350) to 14218 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.441), width: 16
Scan time: 7.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30551.1 AGRN gene_id:375790|Hs108|chr1 (2045) 14597 1452.6 0
CCDS30625.1 HSPG2 gene_id:3339|Hs108|chr1 (4391) 701 85.3 6e-15
CCDS3925.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5 ( 775) 671 81.6 1.5e-14
CCDS3924.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5 (1009) 671 81.7 1.7e-14
CCDS56363.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5 (1017) 671 81.7 1.7e-14
CCDS47445.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 (3144) 570 72.3 3.6e-11
>>CCDS30551.1 AGRN gene_id:375790|Hs108|chr1 (2045 aa)
initn: 14597 init1: 14597 opt: 14597 Z-score: 7777.3 bits: 1452.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 14597; 100.0% identity (100.0% similar) in 2045 aa overlap (1-2045:1-2045)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAGRSHPGPLRPLLPLLVVAACVLPGAGGTCPERALERREEEANVVLTGTVEEILNVDPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MAGRSHPGPLRPLLPLLVVAACVLPGAGGTCPERALERREEEANVVLTGTVEEILNVDPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 QHTYSCKVRVWRYLKGKDLVARESLLDGGNKVVISGFGDPLICDNQVSTGDTRIFFVNPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QHTYSCKVRVWRYLKGKDLVARESLLDGGNKVVISGFGDPLICDNQVSTGDTRIFFVNPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PPYLWPAHKNELMLNSSLMRITLRNLEEVEFCVEDKPGTHFTPVPPTPPDACRGMLCGFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PPYLWPAHKNELMLNSSLMRITLRNLEEVEFCVEDKPGTHFTPVPPTPPDACRGMLCGFG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 AVCEPNAEGPGRASCVCKKSPCPSVVAPVCGSDASTYSNECELQRAQCSQQRRIRLLSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AVCEPNAEGPGRASCVCKKSPCPSVVAPVCGSDASTYSNECELQRAQCSQQRRIRLLSRG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PCGSRDPCSNVTCSFGSTCARSADGLTASCLCPATCRGAPEGTVCGSDGADYPGECQLLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 RACARQENVFKKFDGPCDPCQGALPDPSRSCRVNPRTRRPEMLLRPESCPARQAPVCGDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RACARQENVFKKFDGPCDPCQGALPDPSRSCRVNPRTRRPEMLLRPESCPARQAPVCGDD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 GVTYENDCVMGRSGAARGLLLQKVRSGQCQGRDQCPEPCRFNAVCLSRRGRPRCSCDRVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GVTYENDCVMGRSGAARGLLLQKVRSGQCQGRDQCPEPCRFNAVCLSRRGRPRCSCDRVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 CDGAYRPVCAQDGRTYDSDCWRQQAECRQQRAIPSKHQGPCDQAPSPCLGVQCAFGATCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CDGAYRPVCAQDGRTYDSDCWRQQAECRQQRAIPSKHQGPCDQAPSPCLGVQCAFGATCA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 VKNGQAACECLQACSSLYDPVCGSDGVTYGSACELEATACTLGREIQVARKGPCDRCGQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VKNGQAACECLQACSSLYDPVCGSDGVTYGSACELEATACTLGREIQVARKGPCDRCGQC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 RFGALCEAETGRCVCPSECVALAQPVCGSDGHTYPSECMLHVHACTHQISLHVASAGPCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RFGALCEAETGRCVCPSECVALAQPVCGSDGHTYPSECMLHVHACTHQISLHVASAGPCE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 TCGDAVCAFGAVCSAGQCVCPRCEHPPPGPVCGSDGVTYGSACELREAACLQQTQIEEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TCGDAVCAFGAVCSAGQCVCPRCEHPPPGPVCGSDGVTYGSACELREAACLQQTQIEEAR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 AGPCEQAECGSGGSGSGEDGDCEQELCRQRGGIWDEDSEDGPCVCDFSCQSVPGSPVCGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AGPCEQAECGSGGSGSGEDGDCEQELCRQRGGIWDEDSEDGPCVCDFSCQSVPGSPVCGS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 DGVTYSTECELKKARCESQRGLYVAAQGACRGPTFAPLPPVAPLHCAQTPYGCCQDNITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 DGVTYSTECELKKARCESQRGLYVAAQGACRGPTFAPLPPVAPLHCAQTPYGCCQDNITA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB9 ARGVGLAGCPSACQCNPHGSYGGTCDPATGQCSCRPGVGGLRCDRCEPGFWNFRGIVTDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ARGVGLAGCPSACQCNPHGSYGGTCDPATGQCSCRPGVGGLRCDRCEPGFWNFRGIVTDG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB9 RSGCTPCSCDPQGAVRDDCEQMTGLCSCKPGVAGPKCGQCPDGRALGPAGCEADASAPAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RSGCTPCSCDPQGAVRDDCEQMTGLCSCKPGVAGPKCGQCPDGRALGPAGCEADASAPAT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB9 CAEMRCEFGARCVEESGSAHCVCPMLTCPEANATKVCGSDGVTYGNECQLKTIACRQGLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CAEMRCEFGARCVEESGSAHCVCPMLTCPEANATKVCGSDGVTYGNECQLKTIACRQGLQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB9 ISIQSLGPCQEAVAPSTHPTSASVTVTTPGLLLSQALPAPPGALPLAPSSTAHSQTTPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ISIQSLGPCQEAVAPSTHPTSASVTVTTPGLLLSQALPAPPGALPLAPSSTAHSQTTPPP
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB9 SSRPRTTASVPRTTVWPVLTVPPTAPSPAPSLVASAFGESGSTDGSSDEELSGDQEASGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SSRPRTTASVPRTTVWPVLTVPPTAPSPAPSLVASAFGESGSTDGSSDEELSGDQEASGG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB9 GSGGLEPLEGSSVATPGPPVERASCYNSALGCCSDGKTPSLDAEGSNCPATKVFQGVLEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GSGGLEPLEGSSVATPGPPVERASCYNSALGCCSDGKTPSLDAEGSNCPATKVFQGVLEL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB9 EGVEGQELFYTPEMADPKSELFGETARSIESTLDDLFRNSDVKKDFRSVRLRDLGPGKSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EGVEGQELFYTPEMADPKSELFGETARSIESTLDDLFRNSDVKKDFRSVRLRDLGPGKSV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB9 RAIVDVHFDPTTAFRAPDVARALLRQIQVSRRRSLGVRRPLQEHVRFMDFDWFPAFITGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RAIVDVHFDPTTAFRAPDVARALLRQIQVSRRRSLGVRRPLQEHVRFMDFDWFPAFITGA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB9 TSGAIAAGATARATTASRLPSSAVTPRAPHPSHTSQPVAKTTAAPTTRRPPTTAPSRVPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TSGAIAAGATARATTASRLPSSAVTPRAPHPSHTSQPVAKTTAAPTTRRPPTTAPSRVPG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB9 RRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAPVPAFEGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAPVPAFEGR
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB9 SFLAFPTLRAYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNARGKDFLALALLDGRVQLRFDTGSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SFLAFPTLRAYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNARGKDFLALALLDGRVQLRFDTGSGP
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AVLTSAVPVEPGQWHRLELSRHWRRGTLSVDGETPVLGESPSGTDGLNLDTDLFVGGVPE
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB9 DQAAVALERTFVGAGLRGCIRLLDVNNQRLELGIGPGAATRGSGVGECGDHPCLPNPCHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 DQAAVALERTFVGAGLRGCIRLLDVNNQRLELGIGPGAATRGSGVGECGDHPCLPNPCHG
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB9 GAPCQNLEAGRFHCQCPPGRVGPTCADEKSPCQPNPCHGAAPCRVLPEGGAQCECPLGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GAPCQNLEAGRFHCQCPPGRVGPTCADEKSPCQPNPCHGAAPCRVLPEGGAQCECPLGRE
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB9 GTFCQTASGQDGSGPFLADFNGFSHLELRGLHTFARDLGEKMALEVVFLARGPSGLLLYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GTFCQTASGQDGSGPFLADFNGFSHLELRGLHTFARDLGEKMALEVVFLARGPSGLLLYN
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB9 GQKTDGKGDFVSLALRDRRLEFRYDLGKGAAVIRSREPVTLGAWTRVSLERNGRKGALRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GQKTDGKGDFVSLALRDRRLEFRYDLGKGAAVIRSREPVTLGAWTRVSLERNGRKGALRV
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB9 GDGPRVLGESPVPHTVLNLKEPLYVGGAPDFSKLARAAAVSSGFDGAIQLVSLGGRQLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GDGPRVLGESPVPHTVLNLKEPLYVGGAPDFSKLARAAAVSSGFDGAIQLVSLGGRQLLT
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KB9 PEHVLRQVDVTSFAGHPCTRASGHPCLNGASCVPREAAYVCLCPGGFSGPHCEKGLVEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PEHVLRQVDVTSFAGHPCTRASGHPCLNGASCVPREAAYVCLCPGGFSGPHCEKGLVEKS
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB9 AGDVDTLAFDGRTFVEYLNAVTESEKALQSNHFELSLRTEATQGLVLWSGKATERADYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AGDVDTLAFDGRTFVEYLNAVTESEKALQSNHFELSLRTEATQGLVLWSGKATERADYVA
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB9 LAIVDGHLQLSYNLGSQPVVLRSTVPVNTNRWLRVVAHREQREGSLQVGNEAPVTGSSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LAIVDGHLQLSYNLGSQPVVLRSTVPVNTNRWLRVVAHREQREGSLQVGNEAPVTGSSPL
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB9 GATQLDTDGALWLGGLPELPVGPALPKAYGTGFVGCLRDVVVGRHPLHLLEDAVTKPELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GATQLDTDGALWLGGLPELPVGPALPKAYGTGFVGCLRDVVVGRHPLHLLEDAVTKPELR
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB9 PCPTP
:::::
CCDS30 PCPTP
>>CCDS30625.1 HSPG2 gene_id:3339|Hs108|chr1 (4391 aa)
initn: 907 init1: 319 opt: 701 Z-score: 381.9 bits: 85.3 E(32554): 6e-15
Smith-Waterman score: 1203; 26.5% identity (50.3% similar) in 1601 aa overlap (552-2022:2847-4361)
530 540 550 560 570 580
pF1KB9 LGREIQVARKGPCDRCGQCRFGALCEAETGRCVCPSECVALAQPVCGSDGHTYPSECMLH
.:: :.. : :: . . : . :.. ..:
CCDS30 AVHVPAPGGAPPIRIEPSSSRVAEGQTLDLKCVVPGQ--AHAQVTWHKRGGNLPARHQVH
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pF1KB9 VHACT-HQISLHVASAGPCETCGDAVCAFGAVCSAGQCVCPRCEHPPPG---PV---CGS
.:.: .. :.. :.. ..: . . : : :: :. .:
CCDS30 GPLLRLNQVSPADSGEYSCQVTGSSGTLEASVLVTIEPSSPG-PIPAPGLAQPIYIEASS
2880 2890 2900 2910 2920 2930
640 650 660 670 680
pF1KB9 DGVTYGSACELREAACLQ-QTQIEEARAGPCEQAECGSGGSGSG----EDGDCEQELCRQ
. :: :.. .: .. : ..:. . : :. . :: .: . .::
CCDS30 SHVTEGQTLDLNCVVPGQAHAQVTWYKRGGSLPARHQTHGSQLRLHLVSPADSGEYVCRA
2940 2950 2960 2970 2980 2990
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pF1KB9 RGGIWDEDSEDGPCVCDFSCQSVPG--SPVCGSDGVTYSTECELKKA--RCESQRGLY-V
.: :. . . : : ::: . : . :: . . : .: . : .
CCDS30 ASGPGPEQEASFTVTVPPSEGSSYRLRSPVISIDPPS-STVQQGQDASFKCLIHDGAAPI
3000 3010 3020 3030 3040 3050
750 760 770 780 790
pF1KB9 AAQGACRGPTFAPLPPVAPLHCAQTPYGCCQDN-----ITAARGVGLAGCPSACQCNPHG
. . :. . ..: : : .: .:. . :.: :. . . ::
CCDS30 SLEWKTRNQELEDNVHISPNGSIITIVGTRPSNHGTYRCVASNAYGVA--QSVVNLSVHG
3060 3070 3080 3090 3100 3110
800 810 820 830 840 850
pF1KB9 SYGGTCDPATGQCSCRPGVG-GLRC-DRCEPGFWNFRGIVTDGRSGCTPCSCDPQGAVRD
. : : . : . :.: . :: :. . : . :: . . .
CCDS30 PPTVSVLPE-GPVWVKVGKAVTLECVSAGEP-----RSSARWTRISSTPAKLEQRTYGLM
3120 3130 3140 3150 3160
860 870 880 890 900 910
pF1KB9 DCEQMTGLCSCKPGVAGPKCGQCPDGRALGPAGCEA----DASAPATCA-EMRCEFGARC
: . . . : ::. :: : ::: : .. :..: : : ... : .
CCDS30 DSHAVLQISSAKPSDAGTYV--CLAQNALGTAQKQVEVIVDTGAMAPGAPQVQAEEAELT
3170 3180 3190 3200 3210 3220
920 930 940 950 960 970
pF1KB9 VEESGSAHCVCPMLTCPEANATKVCGSDGVTYGNECQLKT-IACRQGLQISIQSLGPCQE
:: . .: : : . . . . .. . : : : . : : : . :.
CCDS30 VEAGHTATLRCSATGSPAPTIHWSKLRSPLPWQHRLEGDTLIIPRVAQQDSGQYI--CN-
3230 3240 3250 3260 3270
980 990 1000 1010 1020
pF1KB9 AVAPSTHPTSASVT-VTTPGLLLSQALPAPPGALPLAPSST-----AHSQTTPPPSSR-P
:..:. : .. . : .: : .: : : .. ::. ::: . .
CCDS30 ATSPAGHAEATIILHVESP----PYATTVPEHASVQAGETVQLQCLAHG--TPPLTFQWS
3280 3290 3300 3310 3320 3330
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB9 RTTASVP-RTTVW-PVLTVPPTAPSPAPSLVASAFGESGSTDGSSDEELSGDQEASGGGS
:. .:.: :.:. .: .:: . . .. ::... .. ..: :.
CCDS30 RVGSSLPGRATARNELLHFERAAPEDSGRYRCRVTNKVGSAEAFAQLLVQG---PPGSLP
3340 3350 3360 3370 3380 3390
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB9 GGLEPLEGSSVATPGPPVERASCYNSALGCC---SD-GKTPSLDAEGSNCPATKVFQ-GV
. : .. .. : .: : :. : :: : ::.. : . : ::
CCDS30 ATSIPAGSTPTVQVTPQLETKSIGASVEFHCAVPSDRGTQLRWFKEGGQLPPGHSVQDGV
3400 3410 3420 3430 3440 3450
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KB9 LELEGVEGQ-ELFYTPEMADPKSELFGETARSIESTLDDLFRNSDVKKDFRSVRLRDLGP
:...... . . : . : .:.. : . ... : .: ..:. .. .
CCDS30 LRIQNLDQSCQGTYICQAHGP----WGKAQASAQLVIQAL---PSVLINIRT-SVQTVVV
3460 3470 3480 3490 3500
1200 1210 1220 1230 1240 1250
pF1KB9 GKSVRAIVDVHFDPTTAFRAPDVARALLRQIQVSRRRSLGVRRPLQEHVRFMDFDWFPAF
:..:. . :: :. . :: : .: :: : ::.. : .
CCDS30 GHAVEFECLALGDPKPQVTWSKVG-GHLRPGIV---QSGGVVRI--AHVELADAGQYRCT
3510 3520 3530 3540 3550
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KB9 ITGATSGAIAAGATARATTASRLPSSAVTPRAPHPSHTSQPVAKTTAAP--TTRRP-PTT
:.: ::.: . : .:. :. :... :...... : .. : :
CCDS30 ATNA------AGTTQSHVL---LLVQAL-PQISMPQEVRVPAGSAAVFPCIASGYPTPDI
3560 3570 3580 3590 3600
1320 1330 1340 1350 1360 1370
pF1KB9 APSRVPGRRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAP
. :.. : :: . ... . . :: .: ..:. .: . : .:
CCDS30 SWSKLDGSLPPDSRLE----NNMLMLPSVRPQD---AGTYVCTATNRQGKVKAFAHLQVP
3610 3620 3630 3640 3650
1380 1390 1400 1410
pF1KB9 ---VPAFEGR--SFLAFPTLR-AYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNAR--GK-------
:: : ::: .::.. ::. ... . :: .:.:::::. : :.
CCDS30 ERVVPYFTQTPYSFLPLPTIKDAYRKFEIKITFRPDSADGMLLYNGQKRVPGSPTNLANR
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1420 1430 1440 1450 1460 1470
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CCDS56 HCQKECGNYCLNTIIEAIEIPQFIGRSYLTYDNPDILKRVSGSRSNVFMRFKTTAKDGLL
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