Result of FASTA (omim) for
pF1KB9484
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9484, 2045 aa
1>>>pF1KB9484 2045 - 2045 aa - 2045 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6656+/-0.00046; mu= 1.7452+/- 0.029
mean_var=395.9417+/-80.533, 0's: 0 Z-trim(121.4): 360 B-trim: 116 in 1/58
Lambda= 0.064455
statistics sampled from 37450 (37871) to 37450 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.444), width: 16
Scan time: 18.710
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_940978 (OMIM: 103320,615120) agrin isoform 2 pr (2045) 14597 1373.6 0
XP_005244806 (OMIM: 103320,615120) PREDICTED: agri (2049) 14579 1372.0 0
XP_011539731 (OMIM: 103320,615120) PREDICTED: agri (2004) 14213 1337.9 0
NP_001292204 (OMIM: 103320,615120) agrin isoform 1 (2068) 13507 1272.3 0
NP_005520 (OMIM: 142461,224410,255800) basement me (4391) 701 81.8 1.8e-13
NP_001278789 (OMIM: 142461,224410,255800) basement (4392) 701 81.8 1.8e-13
XP_016856611 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4438) 701 81.8 1.8e-13
XP_016856610 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4439) 701 81.8 1.8e-13
XP_016856609 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4456) 701 81.8 1.8e-13
XP_011539620 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4574) 701 81.8 1.9e-13
NP_001136272 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3144) 570 69.5 6.7e-10
XP_006714202 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4588) 526 65.6 1.5e-08
NP_005236 (OMIM: 600976) protocadherin Fat 1 precu (4588) 526 65.6 1.5e-08
XP_005262892 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600) 526 65.6 1.5e-08
XP_005262891 (OMIM: 600976) PREDICTED: protocadher (4600) 526 65.6 1.5e-08
XP_011539190 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1364) 475 60.3 1.7e-07
XP_011539189 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1395) 475 60.3 1.7e-07
XP_006710469 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1436) 475 60.3 1.8e-07
NP_001400 (OMIM: 604266) multiple epidermal growth (1541) 475 60.3 1.9e-07
XP_011539188 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1560) 475 60.3 1.9e-07
XP_011539187 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1603) 475 60.3 1.9e-07
XP_016859228 (OMIM: 605734) PREDICTED: tomoregulin ( 337) 447 57.0 4e-07
XP_011509192 (OMIM: 605734) PREDICTED: tomoregulin ( 365) 447 57.1 4.2e-07
XP_016856022 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1559) 456 58.6 6.4e-07
NP_001292063 (OMIM: 605734) tomoregulin-2 isoform ( 346) 435 55.9 8.8e-07
NP_057276 (OMIM: 605734) tomoregulin-2 isoform 1 p ( 374) 435 56.0 9.3e-07
XP_005248460 (OMIM: 136470) PREDICTED: follistatin ( 316) 430 55.4 1.1e-06
XP_005248458 (OMIM: 136470) PREDICTED: follistatin ( 343) 430 55.5 1.2e-06
NP_006341 (OMIM: 136470) follistatin isoform FST31 ( 317) 428 55.2 1.3e-06
NP_037541 (OMIM: 136470) follistatin isoform FST34 ( 344) 428 55.3 1.4e-06
XP_006716984 (OMIM: 604349,614115) PREDICTED: lami (1259) 424 55.5 4.4e-06
NP_006050 (OMIM: 604349,614115) laminin subunit ga (1575) 424 55.6 5.1e-06
XP_011516423 (OMIM: 604349,614115) PREDICTED: lami (1581) 424 55.6 5.1e-06
XP_016859229 (OMIM: 605734) PREDICTED: tomoregulin ( 266) 396 52.2 9.1e-06
XP_006723861 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (2300) 384 52.0 8.7e-05
XP_016878159 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1097) 376 51.0 8.7e-05
NP_002283 (OMIM: 150325,609049,614199) laminin sub (1798) 378 51.4 0.00011
XP_005265184 (OMIM: 150325,609049,614199) PREDICTE (1798) 378 51.4 0.00011
NP_005551 (OMIM: 601033) laminin subunit alpha-5 p (3695) 384 52.3 0.00012
XP_006723859 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (3700) 384 52.3 0.00012
NP_001129131 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1547) 371 50.7 0.00015
XP_016867691 (OMIM: 150240,615191) PREDICTED: lami (1212) 368 50.3 0.00016
NP_002282 (OMIM: 150240,615191) laminin subunit be (1786) 368 50.4 0.0002
XP_016867690 (OMIM: 150240,615191) PREDICTED: lami (1810) 368 50.4 0.00021
NP_001129386 (OMIM: 609344) kielin/chordin-like pr (1503) 366 50.2 0.00021
NP_001278938 (OMIM: 602772,612424) protein eyes sh (3165) 370 50.9 0.00027
NP_002284 (OMIM: 150290) laminin subunit gamma-1 p (1609) 362 49.8 0.00028
NP_663325 (OMIM: 607873) scavenger receptor class ( 569) 350 48.2 0.0003
NP_003683 (OMIM: 603421) tomoregulin-1 precursor [ ( 380) 342 47.3 0.00038
XP_016874066 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- ( 974) 352 48.7 0.00038
>>NP_940978 (OMIM: 103320,615120) agrin isoform 2 precur (2045 aa)
initn: 14597 init1: 14597 opt: 14597 Z-score: 7350.4 bits: 1373.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 14597; 100.0% identity (100.0% similar) in 2045 aa overlap (1-2045:1-2045)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAGRSHPGPLRPLLPLLVVAACVLPGAGGTCPERALERREEEANVVLTGTVEEILNVDPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 MAGRSHPGPLRPLLPLLVVAACVLPGAGGTCPERALERREEEANVVLTGTVEEILNVDPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 QHTYSCKVRVWRYLKGKDLVARESLLDGGNKVVISGFGDPLICDNQVSTGDTRIFFVNPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 QHTYSCKVRVWRYLKGKDLVARESLLDGGNKVVISGFGDPLICDNQVSTGDTRIFFVNPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PPYLWPAHKNELMLNSSLMRITLRNLEEVEFCVEDKPGTHFTPVPPTPPDACRGMLCGFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 PPYLWPAHKNELMLNSSLMRITLRNLEEVEFCVEDKPGTHFTPVPPTPPDACRGMLCGFG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 AVCEPNAEGPGRASCVCKKSPCPSVVAPVCGSDASTYSNECELQRAQCSQQRRIRLLSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 AVCEPNAEGPGRASCVCKKSPCPSVVAPVCGSDASTYSNECELQRAQCSQQRRIRLLSRG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 PCGSRDPCSNVTCSFGSTCARSADGLTASCLCPATCRGAPEGTVCGSDGADYPGECQLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 PCGSRDPCSNVTCSFGSTCARSADGLTASCLCPATCRGAPEGTVCGSDGADYPGECQLLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 RACARQENVFKKFDGPCDPCQGALPDPSRSCRVNPRTRRPEMLLRPESCPARQAPVCGDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 RACARQENVFKKFDGPCDPCQGALPDPSRSCRVNPRTRRPEMLLRPESCPARQAPVCGDD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 GVTYENDCVMGRSGAARGLLLQKVRSGQCQGRDQCPEPCRFNAVCLSRRGRPRCSCDRVT
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NP_940 GVTYENDCVMGRSGAARGLLLQKVRSGQCQGRDQCPEPCRFNAVCLSRRGRPRCSCDRVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 CDGAYRPVCAQDGRTYDSDCWRQQAECRQQRAIPSKHQGPCDQAPSPCLGVQCAFGATCA
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NP_940 CDGAYRPVCAQDGRTYDSDCWRQQAECRQQRAIPSKHQGPCDQAPSPCLGVQCAFGATCA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 VKNGQAACECLQACSSLYDPVCGSDGVTYGSACELEATACTLGREIQVARKGPCDRCGQC
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NP_940 VKNGQAACECLQACSSLYDPVCGSDGVTYGSACELEATACTLGREIQVARKGPCDRCGQC
490 500 510 520 530 540
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pF1KB9 RFGALCEAETGRCVCPSECVALAQPVCGSDGHTYPSECMLHVHACTHQISLHVASAGPCE
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NP_940 RFGALCEAETGRCVCPSECVALAQPVCGSDGHTYPSECMLHVHACTHQISLHVASAGPCE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 TCGDAVCAFGAVCSAGQCVCPRCEHPPPGPVCGSDGVTYGSACELREAACLQQTQIEEAR
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NP_940 TCGDAVCAFGAVCSAGQCVCPRCEHPPPGPVCGSDGVTYGSACELREAACLQQTQIEEAR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 AGPCEQAECGSGGSGSGEDGDCEQELCRQRGGIWDEDSEDGPCVCDFSCQSVPGSPVCGS
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NP_940 AGPCEQAECGSGGSGSGEDGDCEQELCRQRGGIWDEDSEDGPCVCDFSCQSVPGSPVCGS
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730 740 750 760 770 780
pF1KB9 DGVTYSTECELKKARCESQRGLYVAAQGACRGPTFAPLPPVAPLHCAQTPYGCCQDNITA
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NP_940 DGVTYSTECELKKARCESQRGLYVAAQGACRGPTFAPLPPVAPLHCAQTPYGCCQDNITA
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pF1KB9 ARGVGLAGCPSACQCNPHGSYGGTCDPATGQCSCRPGVGGLRCDRCEPGFWNFRGIVTDG
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NP_940 ARGVGLAGCPSACQCNPHGSYGGTCDPATGQCSCRPGVGGLRCDRCEPGFWNFRGIVTDG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 RSGCTPCSCDPQGAVRDDCEQMTGLCSCKPGVAGPKCGQCPDGRALGPAGCEADASAPAT
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NP_940 CAEMRCEFGARCVEESGSAHCVCPMLTCPEANATKVCGSDGVTYGNECQLKTIACRQGLQ
910 920 930 940 950 960
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pF1KB9 ISIQSLGPCQEAVAPSTHPTSASVTVTTPGLLLSQALPAPPGALPLAPSSTAHSQTTPPP
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NP_940 ISIQSLGPCQEAVAPSTHPTSASVTVTTPGLLLSQALPAPPGALPLAPSSTAHSQTTPPP
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB9 SSRPRTTASVPRTTVWPVLTVPPTAPSPAPSLVASAFGESGSTDGSSDEELSGDQEASGG
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NP_940 SSRPRTTASVPRTTVWPVLTVPPTAPSPAPSLVASAFGESGSTDGSSDEELSGDQEASGG
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1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB9 GSGGLEPLEGSSVATPGPPVERASCYNSALGCCSDGKTPSLDAEGSNCPATKVFQGVLEL
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NP_940 GSGGLEPLEGSSVATPGPPVERASCYNSALGCCSDGKTPSLDAEGSNCPATKVFQGVLEL
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pF1KB9 EGVEGQELFYTPEMADPKSELFGETARSIESTLDDLFRNSDVKKDFRSVRLRDLGPGKSV
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NP_940 EGVEGQELFYTPEMADPKSELFGETARSIESTLDDLFRNSDVKKDFRSVRLRDLGPGKSV
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pF1KB9 RAIVDVHFDPTTAFRAPDVARALLRQIQVSRRRSLGVRRPLQEHVRFMDFDWFPAFITGA
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NP_940 RAIVDVHFDPTTAFRAPDVARALLRQIQVSRRRSLGVRRPLQEHVRFMDFDWFPAFITGA
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pF1KB9 TSGAIAAGATARATTASRLPSSAVTPRAPHPSHTSQPVAKTTAAPTTRRPPTTAPSRVPG
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pF1KB9 RRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAPVPAFEGR
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NP_940 RRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAPVPAFEGR
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NP_940 SFLAFPTLRAYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNARGKDFLALALLDGRVQLRFDTGSGP
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pF1KB9 AVLTSAVPVEPGQWHRLELSRHWRRGTLSVDGETPVLGESPSGTDGLNLDTDLFVGGVPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 AVLTSAVPVEPGQWHRLELSRHWRRGTLSVDGETPVLGESPSGTDGLNLDTDLFVGGVPE
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1510 1520 1530 1540 1550 1560
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NP_940 DQAAVALERTFVGAGLRGCIRLLDVNNQRLELGIGPGAATRGSGVGECGDHPCLPNPCHG
1510 1520 1530 1540 1550 1560
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NP_940 GAPCQNLEAGRFHCQCPPGRVGPTCADEKSPCQPNPCHGAAPCRVLPEGGAQCECPLGRE
1570 1580 1590 1600 1610 1620
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NP_940 GTFCQTASGQDGSGPFLADFNGFSHLELRGLHTFARDLGEKMALEVVFLARGPSGLLLYN
1630 1640 1650 1660 1670 1680
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 GQKTDGKGDFVSLALRDRRLEFRYDLGKGAAVIRSREPVTLGAWTRVSLERNGRKGALRV
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pF1KB9 GDGPRVLGESPVPHTVLNLKEPLYVGGAPDFSKLARAAAVSSGFDGAIQLVSLGGRQLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 GDGPRVLGESPVPHTVLNLKEPLYVGGAPDFSKLARAAAVSSGFDGAIQLVSLGGRQLLT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 AGDVDTLAFDGRTFVEYLNAVTESEKALQSNHFELSLRTEATQGLVLWSGKATERADYVA
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pF1KB9 LAIVDGHLQLSYNLGSQPVVLRSTVPVNTNRWLRVVAHREQREGSLQVGNEAPVTGSSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 LAIVDGHLQLSYNLGSQPVVLRSTVPVNTNRWLRVVAHREQREGSLQVGNEAPVTGSSPL
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1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB9 GATQLDTDGALWLGGLPELPVGPALPKAYGTGFVGCLRDVVVGRHPLHLLEDAVTKPELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 GATQLDTDGALWLGGLPELPVGPALPKAYGTGFVGCLRDVVVGRHPLHLLEDAVTKPELR
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB9 PCPTP
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NP_940 PCPTP
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: . . . : ::. :: : ::: : .. :..: : : ... : .
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:: . .: : : . . . . .. . : : : . : : : . :.
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:..:. : .. . : .: : .: : : .. ::. ::: . .
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