Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9505
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9505, 225 aa
1>>>pF1KB9505 225 - 225 aa - 225 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4836+/-0.000774; mu= 13.8024+/- 0.047
mean_var=81.3555+/-16.164, 0's: 0 Z-trim(109.9): 210 B-trim: 36 in 1/50
Lambda= 0.142194
statistics sampled from 11009 (11243) to 11009 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 2.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 1496 316.0 1.3e-86
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 547 121.3 4.9e-28
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 547 121.3 5.5e-28
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 514 114.5 5.4e-26
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 494 110.4 9.2e-25
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 489 109.4 1.8e-24
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 486 108.7 2.7e-24
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 485 108.5 3.2e-24
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 483 108.1 4.2e-24
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 476 106.7 1.1e-23
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 474 106.3 1.5e-23
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 469 105.3 3.2e-23
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 468 105.1 3.7e-23
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 463 104.0 7.5e-23
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 462 103.8 8.7e-23
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 460 103.4 1.1e-22
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 450 101.4 4.9e-22
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 449 101.2 5.4e-22
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 448 101.0 6.5e-22
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 447 100.7 7e-22
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 442 99.7 1.5e-21
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 440 99.3 1.9e-21
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 439 99.1 2.3e-21
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 439 99.1 2.3e-21
CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5 ( 203) 435 98.3 3.9e-21
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 431 97.5 7.9e-21
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 428 96.8 1e-20
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 426 96.4 1.4e-20
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 426 96.5 1.7e-20
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 425 96.2 1.7e-20
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 425 96.2 1.7e-20
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 425 96.3 1.8e-20
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 424 96.0 1.8e-20
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 423 95.9 2.5e-20
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 422 95.6 2.6e-20
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 422 95.6 2.6e-20
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 422 95.6 2.6e-20
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 404 91.9 3.2e-19
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 403 91.7 3.8e-19
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 401 91.3 5e-19
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 401 91.3 5.2e-19
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 393 89.7 1.6e-18
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 393 89.7 1.7e-18
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 390 89.0 1.9e-18
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 391 89.3 2.1e-18
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 391 89.3 2.1e-18
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 384 87.8 5.3e-18
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 385 88.1 5.7e-18
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 384 87.8 5.9e-18
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 384 87.8 6e-18
>>CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 (225 aa)
initn: 1496 init1: 1496 opt: 1496 Z-score: 1668.6 bits: 316.0 E(32554): 1.3e-86
Smith-Waterman score: 1496; 100.0% identity (100.0% similar) in 225 aa overlap (1-225:1-225)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB9 IETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 IETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
190 200 210 220
>>CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (216 aa)
initn: 582 init1: 507 opt: 547 Z-score: 616.8 bits: 121.3 E(32554): 4.9e-28
Smith-Waterman score: 563; 39.8% identity (74.3% similar) in 226 aa overlap (1-224:1-216)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAAAGGGG--GGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLT
::. ::.. .: ::... .::.:::::. :::.:::::. ...:.. . .:. :.:::
CCDS11 MAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 KKLNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELR
. . . :.. :::::::::.:.:.:.::: ...::.:::::. :.: ..:::::::.
CCDS11 QTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFARAKNWVKELQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 KMLGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCK
.. . .: . ..::: :: ..: : .:::..::.. . ..:::: ...:.:. . :
CCDS11 RQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNEIFMAIAK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB9 RMIETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
.. . :... :: : ::.. ...: .... :::.
CCDS11 KL------PKNEPQNATGAPGRNR-GVDLQENNPASRSQ---CCSN
190 200 210
>>CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (249 aa)
initn: 584 init1: 507 opt: 547 Z-score: 615.9 bits: 121.3 E(32554): 5.5e-28
Smith-Waterman score: 563; 39.8% identity (74.3% similar) in 226 aa overlap (1-224:34-249)
10 20
pF1KB9 MAAAGGGG--GGAAAAGRAYSFKVVLLGEG
::. ::.. .: ::... .::.:::::.
CCDS58 SWRSPSPLSASLHSTSPHPHALWTTTAGRAMAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGES
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 CVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKKLNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIY
:::.:::::. ...:.. . .:. :.:::. . . :.. :::::::::.:.:.:.:
CCDS58 AVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMY
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 YRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKMLGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAE
:: ...::.:::::. :.: ..:::::::... . .: . ..::: :: ..: : .:::.
CCDS58 YRGAQAAIVVYDITNTDTFARAKNWVKELQRQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQ
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 SYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRMIETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQII
.::.. . ..:::: ...:.:. . :.. . :... :: : ::..
CCDS58 AYADDNSLLFMETSAKTAMNVNEIFMAIAKKL------PKNEPQNATGAPGRNR-GVDLQ
190 200 210 220 230
210 220
pF1KB9 DDEPQAQTSGGGCCSSG
...: .... :::.
CCDS58 ENNPASRSQ---CCSN
240
>>CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 (215 aa)
initn: 555 init1: 505 opt: 514 Z-score: 580.2 bits: 114.5 E(32554): 5.4e-26
Smith-Waterman score: 536; 40.8% identity (73.2% similar) in 228 aa overlap (1-224:1-215)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAAAGGG-GGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTK
::. :. .: .... .::.:::::. :::.:::::. ...:.. . .:. :.:::.
CCDS26 MASRGATRPNGPNTGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGAAFLTQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 KLNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRK
. . :.. :::::::::.:.:.:.::: ...::.:::::.:.:: ..:::::::..
CCDS26 TVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 MLGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKR
. . .: . . ::: :: ..: :..:::.:::.. . ..:::: . ...:.:. . :.
CCDS26 QASPNIVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB9 MIETAQVDERAKGNGSSQPG--TAR-RGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
. . : ..:: .:: :::.. :: .: . . :::.
CCDS26 LPK----------NEPQNPGANSARGRGVDLT--EP-TQPTRNQCCSN
190 200 210
>>CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 (215 aa)
initn: 502 init1: 484 opt: 494 Z-score: 558.0 bits: 110.4 E(32554): 9.2e-25
Smith-Waterman score: 517; 38.6% identity (73.0% similar) in 215 aa overlap (10-224:11-215)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTK
: :.. .::.:::::. :::.:::::. ...:.. . .:. :.:::.
CCDS89 MTSRSTARPNGQPQASKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLTQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 KLNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRK
.. . :.. :::::::::.:.:.:.::: ...::.:::::....: ..:.:::::..
CCDS89 SVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNQETFARAKTWVKELQR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 MLGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKR
. . : . ..::: :: ..: : .::..::.. . ..:::: ....::: . :.
CCDS89 QASPSIVIALAGNKADLANKRMVEYEEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNDLFLAIAKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB9 MIETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
. :.. .. :.: :. . .: . :.: . . :::.
CCDS89 L---------PKSEPQNLGGAAGRS-RGVDLHEQSQQNKSQCCSN
190 200 210
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 465 init1: 442 opt: 489 Z-score: 552.7 bits: 109.4 E(32554): 1.8e-24
Smith-Waterman score: 489; 37.7% identity (71.6% similar) in 204 aa overlap (18-221:7-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKK
: ::..:.:.. :::: ...:. :. ::. :.:. .: .
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKM
... :::..: ::::::::::... ::: . : .::::::.: ::....::......
CCDS12 IELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEH
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRM
. .. :.::: :.. .:.:: ...:. : . : : ..:::: : ..:. :. : . .
CCDS12 ASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDI
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KB9 IETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
:..:.. .::. : . .::.: :. : ..: :
CCDS12 --KAKMDKKLEGNS---PQGSNQGVKITPDQ-QKRSSFFRCVLL
170 180 190 200
>>CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 (195 aa)
initn: 479 init1: 479 opt: 486 Z-score: 549.7 bits: 108.7 E(32554): 2.7e-24
Smith-Waterman score: 488; 42.4% identity (69.5% similar) in 203 aa overlap (20-222:7-195)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKK
.:: :::. :::.:.: :. ...:. . :. :::.::
CCDS45 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKM
. :.. .. :::::::::::.:.:.::: : .:..::::: .::: .:.:::::..
CCDS45 VPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEH
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRM
..: . :.::: :: :.: ...:. ::::.:: .::::. .::::: . ...
CCDS45 GPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQI
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KB9 IETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
.: . .::. :: ... ..: :.: ::
CCDS45 ---PPLDPHENGNN----GT----IKV--EKPTMQASRR-CC
170 180 190
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
initn: 484 init1: 484 opt: 485 Z-score: 548.4 bits: 108.5 E(32554): 3.2e-24
Smith-Waterman score: 485; 41.1% identity (75.7% similar) in 185 aa overlap (18-202:8-192)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKK
. ::.::.:.. :::: :: :. .. : . .:. ..:. :
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKM
..:.:..:.: ::::::::::... :::..:. ::.:::: :.::. . .:..:....
CCDS82 VEINGEKVKLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRM
.:.. .::::::: ..:.:: :.:: ..:. . .::::.. ..:.::::: :.
CCDS82 ASNKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KB9 IETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
: :. . ... .: :: ..
CCDS82 ISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
180 190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 485 init1: 461 opt: 483 Z-score: 546.2 bits: 108.1 E(32554): 4.2e-24
Smith-Waterman score: 483; 38.5% identity (73.8% similar) in 187 aa overlap (16-200:3-187)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAAAGGGGGGAAAAGRAYS--FKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLT
.::. ::..:.:.. :::: :..:. :..::. .:.:. .:
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKI
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 KKLNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELR
. ..: ::...: .:::::::::... ::: . : ::::::::: ::....::.: ..
CCDS10 RTVDIEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIK
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 KMLGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCK
. . . ..::: :.: .:.:. ..:.. :. : . ..::::.. ...: : .: .
CCDS10 ENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLAR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB9 RMIETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
.. . : .:::.. :.:
CCDS10 DIL--LKSGGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 467 init1: 425 opt: 476 Z-score: 538.4 bits: 106.7 E(32554): 1.1e-23
Smith-Waterman score: 491; 36.6% identity (72.2% similar) in 205 aa overlap (18-222:10-205)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKK
: ::..:.:.. :::. :.::. .. .....:.:. ..: .
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKM
... :: ..: ::::::::::... ::: ..: :.:::.::..::..::.:..:. ..
CCDS46 IELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRM
.... .:::: :: .. :. :. .:.:.: .::::. ..:. :. .
CCDS46 ASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTM----
120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KB9 IETAQVDERAKGNGSSQPGTARRGVQIIDDEPQAQTSGGGCCSSG
.:.. .: : :.. :. . .:.: .. : : ::::::
CCDS46 --AAEIKKRM-GPGATAGGAEKSNVKI-QSTPVKQ-SGGGCC
170 180 190 200
225 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 00:05:42 2016 done: Fri Nov 4 00:05:43 2016
Total Scan time: 2.130 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]