Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9520
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9520, 445 aa
1>>>pF1KB9520 445 - 445 aa - 445 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6182+/-0.000833; mu= 11.0865+/- 0.051
mean_var=236.6326+/-56.746, 0's: 0 Z-trim(115.9): 203 B-trim: 1765 in 2/51
Lambda= 0.083375
statistics sampled from 16210 (16507) to 16210 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.79), E-opt: 0.2 (0.507), width: 16
Scan time: 3.770
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20 ( 445) 3043 378.5 7.3e-105
CCDS11887.1 HRH4 gene_id:59340|Hs108|chr18 ( 390) 635 88.8 1.1e-17
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 624 87.6 2.9e-17
CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 ( 590) 538 77.3 4.4e-14
CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15 ( 532) 522 75.4 1.6e-13
CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 ( 460) 518 74.8 2e-13
CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 ( 479) 502 72.9 7.8e-13
CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 ( 466) 470 69.0 1.1e-11
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 459 67.7 2.8e-11
>>CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20 (445 aa)
initn: 3043 init1: 3043 opt: 3043 Z-score: 1996.1 bits: 378.5 E(32554): 7.3e-105
Smith-Waterman score: 3043; 100.0% identity (100.0% similar) in 445 aa overlap (1-445:1-445)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFV
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CCDS13 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 ADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 SAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAA
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CCDS13 SSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVSQSFTQRFRLSRDRKVAKSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVSQSFTQRFRLSRDRKVAKSL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 AVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFR
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB9 RAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCWK
:::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCWK
430 440
>>CCDS11887.1 HRH4 gene_id:59340|Hs108|chr18 (390 aa)
initn: 961 init1: 312 opt: 635 Z-score: 431.3 bits: 88.8 E(32554): 1.1e-17
Smith-Waterman score: 896; 39.5% identity (63.6% similar) in 423 aa overlap (29-439:10-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFV
.: . ..:: .:.:. : .::::::.::::
CCDS11 MPDTNSTINLSLSTRVTLAFFMSLVAFAIMLGNALVILAFV
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 ADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTS
.:..:: ....:.::::::::.::.. ::::.:..: .: ::. .: .::..::::::.
CCDS11 VDKNLRHRSSYFFLNLAISDFFVGVISIPLYIPHTLF-EWDFGKEICVFWLTTDYLLCTA
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB9 SAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAIL---SWEYL
:..:::::::::.:::. :::::.:. . . : :. :::::::. :: :: ::.
CCDS11 SVYNIVLISYDRYLSVSNAVSYRTQHTGVLKIVTLMVAVWVLAFLVNGPMILVSESWK--
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 SGGSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAR
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CCDS11 DEGS-----ECEPGFFSEWYILAITSFLEFVIPVILVAYFNMNIY---------------
160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 EAAGPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEA-GEATLGGGGG
:. :.. : : : .::... :.. : ..
CCDS11 ---------------------WSLWKRDHLSRCQSHP---GLTAVSSNICGHSFRGRLSS
200 210 220 230
300 310 320 330 340
pF1KB9 GGSVASPTSSSGS-SSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVSQS----FTQR--FR
:... : .: :. .: :: .:. . .: .. ..: ::: . :: .
CCDS11 RRSLSASTEVPASFHSERQRRKSSLMFSSRTKMNSNTIASKMGSFSQSDSVALHQREHVE
240 250 260 270 280 290
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 LSRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVP-DYWYETSFWLLWANSAVN
: : :..:::::.....:..:::::.:. :. . . : . ::. .::: : :: ::
CCDS11 LLRARRLAKSLAILLGVFAVCWAPYSLFTIVLSFYSSATGPKSVWYRIAFWLQWFNSFVN
300 310 320 330 340 350
410 420 430 440
pF1KB9 PVLYPLCHHSFRRAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCWK
:.::::::. :..:: :..: .: :: :
CCDS11 PLLYPLCHKRFQKAFLKIFC---IKKQPLPSQHSRSVSS
360 370 380 390
>>CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 (462 aa)
initn: 528 init1: 305 opt: 624 Z-score: 423.3 bits: 87.6 E(32554): 2.9e-17
Smith-Waterman score: 640; 31.5% identity (59.4% similar) in 451 aa overlap (4-427:13-452)
10 20 30 40
pF1KB9 MERAPPDGPLNASGAL---AGEAAAAGGA-----RG-FSAAWTAVLAALMA
: :: ::::: .: .: :.:: :: .::. .: :::...
CCDS47 MASPALAAALAVAAAAGP-NASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVG
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 LLIVATVLGNALVMLAFVADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTF
.::: ::.::.::..: ... .::. .:.::..:: .:.::... .:. . : . : :
CCDS47 FLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYF
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 GRGLCKLWLVVDYLLCTSSAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVL
:. : ..:..: :.:::: .. :: ::. :::.:: : .. ::. .. ::..
CCDS47 GQVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKR-TPRRVKATIVAVWLI
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 AFLLYGPAILSWEYLSGGSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIY
. .. : ..: :.. :. : .::.: .. ::.: : . . .:
CCDS47 SAVISFPPLVSLYRQPDGAAYPQCGLNDE---TWYIL-SSCIGSFFAPCLIMGL----VY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 LNIQRRTRLRLDGAREAAGPEPPPEAQPSPPPPPGCW-GCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAA
: : ..:: : .: : :.:. : : ..:: : : :..
CCDS47 ARIYRVAKLRTRTLSEKRAPVGPDGASPTTENGLGAAAGAGENGHC-APPPADVEPDESS
240 250 260 270 280
290 300 310 320
pF1KB9 VGAE----------AGEATLG--GGGGG--GSVASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPS
..:: .:. : ::.:: :. :.: .. ... ... : : :. :
CCDS47 AAAERRRRRGALRRGGRRRAGAEGGAGGADGQGAGPGAAESGALTASRSPGPGGRLSRAS
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 ASSAS--LEKRMKMVSQSFTQRFRLSRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACH
. :. : .: . :. .. .:... . :::....: ::: :. . . . . :.
CCDS47 SRSVEFFLSRRRRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFFSYSLYGICR
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 GHC-VPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFRRAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCW
: :: .. ::. . ::..:::.: . ...:::.: ..:
CCDS47 EACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 K
>>CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 (590 aa)
initn: 506 init1: 342 opt: 538 Z-score: 366.2 bits: 77.3 E(32554): 4.4e-14
Smith-Waterman score: 538; 34.0% identity (70.4% similar) in 250 aa overlap (8-252:38-283)
10 20 30
pF1KB9 MERAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGAR----GFSAAW
: :.: : ::. .. :. : ..:
CCDS16 TTSPLFPNISSSWIHSPSDAGLPPGTVTHFGSYNVSRA-AGNFSSPDGTTDDPLGGHTVW
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 TAVLAALMA-LLIVATVLGNALVMLAFVADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYV
.:. :... .: ..:..:: ::...: ....:.: ::.:::.:: .:...:.. . :..
CCDS16 QVVFIAFLTGILALVTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 PYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTSSAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRA
:.. .::..: : :::..::. ..:..:...::.::..:.:: ..:::.. :.::
CCDS16 TYIIMNRWALGNLACDLWLAIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKR-TTKRA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 VRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGGSSIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFL
. :.::..:.:..:::: :.:. : ..: :.:. .:. . . . .. :. :
CCDS16 GVMIGLAWVISFVLWAPAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVT
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 SVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAAGPEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPL
.:.. :: . ..::. .: : .:.: : : :
CCDS16 IMTILYWRIYKETEKRTK-ELAGL-QASGTEAETENFVHPTGSSRSCSSYELQQQSMKRS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 HRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSVASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSAS
CCDS16 NRRKYGRCHFWFTTKSWKPSSEQMDQDHSSSDSWNNNDAAASLENSASSDEEDIGSETRA
310 320 330 340 350 360
>>CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15 (532 aa)
initn: 646 init1: 368 opt: 522 Z-score: 356.3 bits: 75.4 E(32554): 1.6e-13
Smith-Waterman score: 522; 36.7% identity (73.9% similar) in 199 aa overlap (33-230:28-225)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 RAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAV-LAALMALLIVATVLGNALVMLAFVA
: .. .::. :.. . :..::.:::..: .
CCDS10 MEGDSYHNATTVNGTPVNHQPLERHRLWEVITIAAVTAVVSLITIVGNVLVMISFKV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 DSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTSS
.:.:.: ::..::.:: .:...: : . ::. :.: :::..: : :::..::. ..:
CCDS10 NSQLKTVNNYYLLSLACADLIIGIFSMNLYTTYILMGRWALGSLACDLWLALDYVASNAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGGS
..:...::.::..:.:: ..:::.. .:: . :.:...:.:..:::: :.:: :
CCDS10 VMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKR-TPKRAGIMIGLAWLISFILWAPAILCWQYLVGKR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTRLRLDGAREAAG
..: .: .:. . . . .. :. : .:.. :: . ..::.
CCDS10 TVPLDECQIQFLSEPTITFGTAIAAFYIPVSVMTILYCRIYRETEKRTKDLADLQGSDSV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 PEPPPEAQPSPPPPPGCWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEATLGGGGGGGSVA
CCDS10 TKAEKRKPAHRALFRSCLRCPRPTLAQRERNQASWSSSRRSTSTTGKPSQATGPSANWAK
240 250 260 270 280 290
>>CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 (460 aa)
initn: 535 init1: 362 opt: 518 Z-score: 354.5 bits: 74.8 E(32554): 2e-13
Smith-Waterman score: 754; 32.0% identity (64.0% similar) in 419 aa overlap (33-428:23-435)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 RAPPDGPLNASGALAGEAAAAGGARGFSAAW-TAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAFVA
: .: .. .:: .::: :: ::...: .
CCDS80 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 DSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCTSS
.. :.: ::.:::.:: .:...:.: . ::. :.: :.:..: : :::..::. ..:
CCDS80 NTELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNAS
60 70 80 90 100 110
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pF1KB9 AFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSGGS
..:..:::.::..:::: .::::.. :::. . :.:...:.:..:::: :.:: :
CCDS80 VMNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKR-TPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGER
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB9 SIPEGHCYAEFFYNWYFLITASTLEFFTPFLSVTFFNLSIYLNIQRRTR--LRLDGARE-
.. :.:: .:. . . . .. :. : . . :: . . :.: :.:..
CCDS80 TVLAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 -------AAGPEPPPEAQPSPPPPPG-CWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEAT
... . : :. :: ::: : : . . :. :. : :.. .
CCDS80 GKGGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRL----LQAYSWKEEEEEDEGSMES
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KB9 LGGGGG--GGS-------VASPTSSSGSSSRGTERPRSLKRGSKPSASSASLEKRMKMVS
: .. : :: ...: ... ... : ..:: .: . . :. .. .
CCDS80 LTSSEGEEPGSEVVIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 QSFTQR-FRLSRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACHGHCVPDYWYETSFWL
: .. : : ...:.:..:..:. : : :.::...... . :. :::. .: ..::
CCDS80 QLAKRKTFSLVKEKKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKD-CVPETLWELGYWL
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440
pF1KB9 LWANSAVNPVLYPLCHHSFRRAFTKLL-CPQKLKIQPHSSLEHCWK
..::..::. : ::...:: .: :: :
CCDS80 CYVNSTINPMCYALCNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
410 420 430 440 450 460
>>CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 (479 aa)
initn: 617 init1: 319 opt: 502 Z-score: 343.9 bits: 72.9 E(32554): 7.8e-13
Smith-Waterman score: 662; 26.7% identity (61.0% similar) in 472 aa overlap (9-431:6-473)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MERAPPDGPLN-ASGALAGEAAAAGGARGFSAAWTAVLAALMALLIVATVLGNALVMLAF
:.: .:: . . ..... . .. . .:.. . : ..::.:: ::::..
CCDS44 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 VADSSLRTQNNFFLLNLAISDFLVGAFCIPLYVPYVLTGRWTFGRGLCKLWLVVDYLLCT
.. .:.: ::.::..:: .:...::: . ::. :.. : : .: .: :::..::.. .
CCDS44 KVNRQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 SSAFNIVLISYDRFLSVTRAVSYRAQQGDTRRAVRKMLLVWVLAFLLYGPAILSWEYLSG
.:..:...::.::.. ::. ..: :.. :. : . .:::.:.:..:::: :... :
CCDS44 ASVMNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARR-TTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
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..:...:. .:. : . .. :. : . .: : :.... :.:. : .:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]