Result of FASTA (omim) for
pF1KB9555
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9555, 446 aa
1>>>pF1KB9555 446 - 446 aa - 446 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4418+/-0.000505; mu= 8.6657+/- 0.031
mean_var=248.8888+/-51.758, 0's: 0 Z-trim(116.7): 2068 B-trim: 136 in 2/50
Lambda= 0.081296
statistics sampled from 25776 (28115) to 25776 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 8.760
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_068735 (OMIM: 194544) zinc finger protein 70 [H ( 446) 3215 390.8 3.9e-108
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1666 209.3 2.4e-53
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1666 209.3 2.4e-53
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1666 209.3 2.4e-53
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1666 209.3 2.4e-53
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1666 209.3 2.4e-53
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1666 209.3 2.5e-53
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1666 209.3 2.5e-53
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1581 199.2 2.2e-50
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1581 199.4 2.5e-50
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 1561 197.2 1.5e-49
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1527 193.1 2.1e-48
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1520 192.2 3.5e-48
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1520 192.2 3.5e-48
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1520 192.3 3.8e-48
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1520 192.3 3.8e-48
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1520 192.3 3.8e-48
NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [H ( 620) 1511 191.1 7e-48
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1505 190.5 1.3e-47
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1505 190.5 1.3e-47
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1505 190.5 1.3e-47
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1505 190.6 1.3e-47
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1505 190.6 1.4e-47
NP_037512 (OMIM: 603994) zinc finger protein 112 i ( 907) 1497 189.7 2.8e-47
NP_001076804 (OMIM: 603994) zinc finger protein 11 ( 913) 1497 189.7 2.8e-47
NP_001265592 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 574) 1482 187.7 7.1e-47
NP_001265607 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 574) 1482 187.7 7.1e-47
XP_011526750 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 574) 1482 187.7 7.1e-47
NP_001265593 (OMIM: 604768) zinc finger protein 25 ( 586) 1482 187.7 7.2e-47
XP_016883008 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 586) 1482 187.7 7.2e-47
XP_016883007 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 586) 1482 187.7 7.2e-47
XP_016883006 (OMIM: 604768) PREDICTED: zinc finger ( 607) 1482 187.7 7.3e-47
>>NP_068735 (OMIM: 194544) zinc finger protein 70 [Homo (446 aa)
initn: 3215 init1: 3215 opt: 3215 Z-score: 2062.3 bits: 390.8 E(85289): 3.9e-108
Smith-Waterman score: 3215; 100.0% identity (100.0% similar) in 446 aa overlap (1-446:1-446)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MEVPPATKFGETFAFENRLESQQGLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 MEVPPATKFGETFAFENRLESQQGLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEEN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 DDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGTRPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHSEEPSPCDCAET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 DDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGTRPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHSEEPSPCDCAET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 DRGDSGPNAPHRTPQPAKPYACRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 DRGDSGPNAPHRTPQPAKPYACRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 SHLLRHQIIHTGEKPYECRECGKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 SHLLRHQIIHTGEKPYECRECGKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 KHERIHTGERPYQCKECGKSFNQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 KHERIHTGERPYQCKECGKSFNQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 IHTGKKPYKCDECGKAFSQSSNLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 IHTGKKPYKCDECGKAFSQSSNLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 EKPYECCQCGKAFCHSSALIQHQRIHTGKKPYTCECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 EKPYECCQCGKAFCHSSALIQHQRIHTGKKPYTCECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYV
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB9 CNLCGKSFRGSSHLIRHQKIHSGEKL
::::::::::::::::::::::::::
NP_068 CNLCGKSFRGSSHLIRHQKIHSGEKL
430 440
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
initn: 9010 init1: 1350 opt: 1666 Z-score: 1078.9 bits: 209.3 E(85289): 2.4e-53
Smith-Waterman score: 1666; 58.7% identity (77.7% similar) in 395 aa overlap (54-445:196-590)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 GLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEENDDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGT
::. : . .: :. ..:: : :
NP_001 CVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGE
170 180 190 200 210 220
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
.: :.:: : . : . : :. :.: : .:... :. . .:: :::
NP_001 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
230 240 250 260 270 280
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 CRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQSSHLLRHQIIHTGEKPYECREC
: :::::: :: :: .:: ::::::::.: :::::::.:: : .:: ::::::::::.::
NP_001 CSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHEC
290 300 310 320 330 340
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 GKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLRKHERIHTGERPYQCKECGKSF
:::: : . : :::. :::..:::: :::: ::.:. : .:.::::::.:: :.::::.:
NP_001 GKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTF
350 360 370 380 390 400
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 NQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQRIHTGKKPYKCDECGKAFSQSS
..::.::::.. :: .::.::. ::::: . .:: .:::::::.:::.:..::::::.::
NP_001 SHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSS
410 420 430 440 450 460
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 NLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTGEKPYECCQCGKAFCHSSALIQ
.: .:.. :::::::.:..::.:::: . ::.::::::::::::: :::.:: .:: ::.
NP_001 SLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIE
470 480 490 500 510 520
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
:::::: .::: : ::::.: : :.: .: .::: :::: :. :::::: :.:: .:..:
NP_001 HQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRI
530 540 550 560 570 580
pF1KB9 HSGEKL
:.:::
NP_001 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
590 600 610
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
initn: 9010 init1: 1350 opt: 1666 Z-score: 1078.8 bits: 209.3 E(85289): 2.4e-53
Smith-Waterman score: 1666; 58.7% identity (77.7% similar) in 395 aa overlap (54-445:201-595)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 GLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEENDDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGT
::. : . .: :. ..:: : :
XP_016 CVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGE
180 190 200 210 220 230
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
.: :.:: : . : . : :. :.: : .:... :. . .:: :::
XP_016 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
240 250 260 270 280 290
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 CRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQSSHLLRHQIIHTGEKPYECREC
: :::::: :: :: .:: ::::::::.: :::::::.:: : .:: ::::::::::.::
XP_016 CSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHEC
300 310 320 330 340 350
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 GKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLRKHERIHTGERPYQCKECGKSF
:::: : . : :::. :::..:::: :::: ::.:. : .:.::::::.:: :.::::.:
XP_016 GKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTF
360 370 380 390 400 410
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 NQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQRIHTGKKPYKCDECGKAFSQSS
..::.::::.. :: .::.::. ::::: . .:: .:::::::.:::.:..::::::.::
XP_016 SHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSS
420 430 440 450 460 470
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 NLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTGEKPYECCQCGKAFCHSSALIQ
.: .:.. :::::::.:..::.:::: . ::.::::::::::::: :::.:: .:: ::.
XP_016 SLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIE
480 490 500 510 520 530
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
:::::: .::: : ::::.: : :.: .: .::: :::: :. :::::: :.:: .:..:
XP_016 HQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRI
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 HSGEKL
:.:::
XP_016 HTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
600 610 620
>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (628 aa)
initn: 9010 init1: 1350 opt: 1666 Z-score: 1078.8 bits: 209.3 E(85289): 2.4e-53
Smith-Waterman score: 1666; 58.7% identity (77.7% similar) in 395 aa overlap (54-445:208-602)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 GLFPGEDLGDPFLQERGLEQMAVIYKEIPLGEQDEENDDYEGNFSLCSSPVQHQSIPPGT
::. : . .: :. ..:: : :
XP_016 CVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGE
180 190 200 210 220 230
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 RPQDDELFGQTFLQKSDLSMCQIIHS-EEPSPC-DCAETDRGDSGPNAPHRTPQPAKPYA
.: :.:: : . : . : :. :.: : .:... :. . .:: :::
XP_016 KPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYE
240 250 260 270 280 290
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 CRECGKAFSQSSHLLRHLVIHTGEKPYECCECGKAFSQSSHLLRHQIIHTGEKPYECREC
: :::::: :: :: .:: ::::::::.: :::::::.:: : .:: ::::::::::.::
XP_016 CSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHEC
300 310 320 330 340 350
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 GKAFRQSSALTQHQKIHTGKRPYECRECGKDFSRSSSLRKHERIHTGERPYQCKECGKSF
:::: : . : :::. :::..:::: :::: ::.:. : .:.::::::.:: :.::::.:
XP_016 GKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTF
360 370 380 390 400 410
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 NQSSGLSQHRKIHTLKKPHECDLCGKAFCHRSHLIRHQRIHTGKKPYKCDECGKAFSQSS
..::.::::.. :: .::.::. ::::: . .:: .:::::::.:::.:..::::::.::
XP_016 SHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSS
420 430 440 450 460 470
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 NLIEHRKTHTGEKPYKCQKCGKAFSQSSSLIEHQRIHTGEKPYECCQCGKAFCHSSALIQ
.: .:.. :::::::.:..::.:::: . ::.::::::::::::: :::.:: .:: ::.
XP_016 SLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIE
480 490 500 510 520 530
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 HQRIHTGKKPYTC-ECGKAFRHRSALIEHYKTHTREKPYVCNLCGKSFRGSSHLIRHQKI
:::::: .::: : ::::.: : :.: .: .::: :::: :. :::::: :.:: .:..:
XP_016 HQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRI
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 HSGEKL
:.:::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]