Result of FASTA (omim) for
pF1KB9659
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9659, 488 aa
1>>>pF1KB9659 488 - 488 aa - 488 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0418+/-0.00106; mu= 11.6545+/- 0.065
mean_var=343.7347+/-74.487, 0's: 0 Z-trim(106.2): 2126 B-trim: 45 in 1/50
Lambda= 0.069177
statistics sampled from 11970 (14292) to 11970 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.424), E-opt: 0.2 (0.168), width: 16
Scan time: 7.810
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 2050 220.5 1.1e-56
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 2050 220.5 1.1e-56
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 2050 220.5 1.1e-56
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 2050 220.6 1.1e-56
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 2050 220.6 1.1e-56
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 2050 220.6 1.1e-56
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 2050 220.6 1.1e-56
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 2024 217.9 6.2e-56
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 2024 217.9 6.2e-56
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 2024 218.0 6.5e-56
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 2024 218.0 6.5e-56
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 2001 215.7 3.3e-55
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 2001 215.7 3.3e-55
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2001 215.8 3.5e-55
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 2001 215.8 3.5e-55
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2001 215.8 3.5e-55
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518) 1969 212.3 2.6e-54
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531) 1969 212.3 2.7e-54
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536) 1969 212.3 2.7e-54
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1969 212.4 2.8e-54
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 1969 212.5 2.9e-54
XP_011526565 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 640) 1969 212.5 2.9e-54
NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1970 212.7 2.9e-54
NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1970 212.7 2.9e-54
NP_001243578 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882698 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882704 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882696 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
NP_001243577 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882699 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882702 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882701 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882705 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
NP_001243579 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1970 212.7 3.1e-54
NP_003414 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 is ( 809) 1970 212.7 3.1e-54
NP_001243582 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 818) 1970 212.7 3.1e-54
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 1972 213.2 3.2e-54
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 1972 213.3 3.3e-54
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1967 212.7 4.4e-54
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1967 212.7 4.4e-54
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1967 212.7 4.4e-54
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1967 212.7 4.5e-54
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050 Z-score: 1139.0 bits: 220.5 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:188-616)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
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NP_001 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
160 170 180 190 200 210
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
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NP_001 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
220 230 240 250 260 270
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
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NP_001 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
280 290 300 310 320 330
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
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NP_001 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
340 350 360 370 380 390
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
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NP_001 CNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDC
400 410 420 430 440 450
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
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NP_001 GKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAF
460 470 480 490 500 510
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 GSGSKLIQHQLIHTGERPYECKECGKSFSSGSALNRHQRIHTGEKPYECKECGKAFYSGS
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NP_001 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
520 530 540 550 560 570
440 450 460 470 480
pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
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NP_001 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050 Z-score: 1138.9 bits: 220.5 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:193-621)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
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XP_016 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
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pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
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XP_016 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
230 240 250 260 270 280
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
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XP_016 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
290 300 310 320 330 340
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
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XP_016 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
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260 270 280 290 300 310
pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
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XP_016 CNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDC
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pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
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XP_016 GKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAF
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pF1KB9 GSGSKLIQHQLIHTGERPYECKECGKSFSSGSALNRHQRIHTGEKPYECKECGKAFYSGS
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XP_016 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
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pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
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XP_016 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (628 aa)
initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050 Z-score: 1138.9 bits: 220.5 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:200-628)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
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XP_016 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
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pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
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XP_016 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
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140 150 160 170 180 190
pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
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XP_016 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
290 300 310 320 330 340
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
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XP_016 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
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pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
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XP_016 CNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDC
410 420 430 440 450 460
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
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XP_016 GKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAF
470 480 490 500 510 520
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 GSGSKLIQHQLIHTGERPYECKECGKSFSSGSALNRHQRIHTGEKPYECKECGKAFYSGS
...: ::.:: ::: :.:: :.::::::: .:.:..:.: :::::::::..:::.: ...
XP_016 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
530 540 550 560 570 580
440 450 460 470 480
pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
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XP_016 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
590 600 610 620
>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (658 aa)
initn: 4030 init1: 2026 opt: 2050 Z-score: 1138.7 bits: 220.6 E(85289): 1.1e-56
Smith-Waterman score: 2050; 62.5% identity (84.8% similar) in 429 aa overlap (50-478:230-658)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 CKNQFERKQGSQEGHFSEMIFTPEDMPTFSIQHQRIHTDEKLLECKECGKDFSFVSVLVR
:.:.: :: :. ::.:: : : :.:..
XP_016 DLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTK
200 210 220 230 240 250
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pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
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XP_016 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
260 270 280 290 300 310
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pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
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XP_016 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
320 330 340 350 360 370
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
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XP_016 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
380 390 400 410 420 430
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pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
::::::.:: .:.:..:.: ::::::: :..::::: ... ::::::::::::::::..:
XP_016 CNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDC
440 450 460 470 480 490
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 EKAFRSGSKLIQHQRMHTGEKPYECKECGKTFSSGSDLTQHHRIHTGEKPYECKECGKAF
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XP_005 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
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XP_005 SQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQST
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pF1KB9 SLTQHQRIHTGEKLYECKNCGKAYGRDSEFQQHKKSHNGKKLCELETIN
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XP_005 HLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
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pF1KB9 HQRIHTGEKPYECKECGKAFGSGANLAYHQRIHTGEKPFECKECGKAFGSGSNLTHHQRI
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NP_009 HQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERT
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pF1KB9 HTGEKPYECKECGKAFSFGSGLIRHQIIHSGEKPYECKECGKSFSFESALIRHHRIHTGE
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NP_009 HTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGE
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pF1KB9 KPYECIDCGKAFGSGSNLTQHRRIHTGEKPYECKACGMAFSSGSALTRHQRIHTGEKPYI
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NP_009 KPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYG
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pF1KB9 CNECGKAFSFGSALTRHQRIHTGEKPYVCKECGKAFNSGSDLTQHQRIHTGEKPYECKEC
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