Result of FASTA (omim) for
pF1KB9679
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9679, 129 aa
1>>>pF1KB9679 129 - 129 aa - 129 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0018+/-0.000582; mu= 3.5498+/- 0.035
mean_var=316.2731+/-67.570, 0's: 0 Z-trim(115.3): 1826 B-trim: 109 in 1/49
Lambda= 0.072118
statistics sampled from 23464 (25626) to 23464 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 4.450
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882933 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger ( 469) 698 86.2 5.7e-17
NP_001008801 (OMIM: 616841) zinc finger protein 46 ( 522) 698 86.3 6e-17
XP_016882932 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger ( 541) 698 86.3 6.1e-17
XP_016881886 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_016881885 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_016881884 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_016881883 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_016881882 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_006723122 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
NP_997216 (OMIM: 606427) zinc finger protein 320 [ ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_016881889 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_016881887 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
XP_016881888 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 631 79.3 7.5e-15
NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001099020 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001264881 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001099022 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001264874 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 618 78.0 1.9e-14
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 620 78.5 2e-14
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 620 78.5 2e-14
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 620 78.5 2e-14
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 620 78.5 2.1e-14
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 620 78.5 2.1e-14
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 620 78.5 2.1e-14
NP_065127 (OMIM: 616348) zinc finger protein 695 i ( 515) 576 73.6 4e-13
NP_001284554 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 458) 575 73.4 4e-13
NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 492) 575 73.5 4.2e-13
XP_011524533 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 575 73.5 4.3e-13
XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 575 73.5 4.3e-13
NP_001128650 (OMIM: 609601) zinc finger protein 39 ( 534) 575 73.5 4.3e-13
NP_653285 (OMIM: 613910) zinc finger protein 480 i ( 535) 575 73.5 4.3e-13
>>XP_016882933 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger pro (469 aa)
initn: 2716 init1: 698 opt: 698 Z-score: 425.6 bits: 86.2 E(85289): 5.7e-17
Smith-Waterman score: 698; 72.7% identity (91.4% similar) in 128 aa overlap (1-128:157-284)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLG
::::::.: .: :.::::::::: :::::
XP_016 ICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLTQKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLE
130 140 150 160 170 180
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 EKKYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPH
::. :::.:::::::::::: :.::::::::::::.:::::...::: ::::.::::::.
XP_016 EKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRRCHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALHTGEKPY
190 200 210 220 230 240
100 110 120
pF1KB9 KCNECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
.:.:: :::..:..: :.:.:::::::::. ::..:.
XP_016 ECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNE
250 260 270 280 290 300
XP_016 CGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKV
310 320 330 340 350 360
>--
initn: 1505 init1: 530 opt: 530 Z-score: 331.2 bits: 68.7 E(85289): 1e-11
Smith-Waterman score: 530; 55.9% identity (79.5% similar) in 127 aa overlap (3-129:299-425)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLGEK
:: . ::: ::.:: : : . . .: :::
XP_016 TGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEK
270 280 290 300 310 320
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 KYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPHKC
:::. : :::..: .: :.: :.:::::::..: :.:: ::.: :. :::::::.::
XP_016 PYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKC
330 340 350 360 370 380
100 110 120
pF1KB9 NECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
. : :.:.. ..::.:.:.:::::::::.:: :.:..
XP_016 KVCDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECG
390 400 410 420 430 440
XP_016 KTFSQMSSLVYHHRLHSGEKP
450 460
>>NP_001008801 (OMIM: 616841) zinc finger protein 468 is (522 aa)
initn: 2716 init1: 698 opt: 698 Z-score: 425.2 bits: 86.3 E(85289): 6e-17
Smith-Waterman score: 698; 72.7% identity (91.4% similar) in 128 aa overlap (1-128:210-337)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLG
::::::.: .: :.::::::::: :::::
NP_001 ICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLTQKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLE
180 190 200 210 220 230
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 EKKYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPH
::. :::.:::::::::::: :.::::::::::::.:::::...::: ::::.::::::.
NP_001 EKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRRCHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALHTGEKPY
240 250 260 270 280 290
100 110 120
pF1KB9 KCNECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
.:.:: :::..:..: :.:.:::::::::. ::..:.
NP_001 ECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNE
300 310 320 330 340 350
NP_001 CGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKV
360 370 380 390 400 410
>--
initn: 1505 init1: 530 opt: 530 Z-score: 330.8 bits: 68.8 E(85289): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 530; 55.9% identity (79.5% similar) in 127 aa overlap (3-129:352-478)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLGEK
:: . ::: ::.:: : : . . .: :::
NP_001 TGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEK
330 340 350 360 370 380
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 KYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPHKC
:::. : :::..: .: :.: :.:::::::..: :.:: ::.: :. :::::::.::
NP_001 PYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKC
390 400 410 420 430 440
100 110 120
pF1KB9 NECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
. : :.:.. ..::.:.:.:::::::::.:: :.:..
NP_001 KVCDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECG
450 460 470 480 490 500
NP_001 KTFSQMSSLVYHHRLHSGEKP
510 520
>>XP_016882932 (OMIM: 616841) PREDICTED: zinc finger pro (541 aa)
initn: 2716 init1: 698 opt: 698 Z-score: 425.1 bits: 86.3 E(85289): 6.1e-17
Smith-Waterman score: 698; 72.7% identity (91.4% similar) in 128 aa overlap (1-128:229-356)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLG
::::::.: .: :.::::::::: :::::
XP_016 ICCRPKTHISNKYGNNSLHSSLLTQKWEVHMREKSFECIQSFKSFNCSSLLKKHQIIHLE
200 210 220 230 240 250
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 EKKYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPH
::. :::.:::::::::::: :.::::::::::::.:::::...::: ::::.::::::.
XP_016 EKQCKCDVCGKVFNQKRYLACHRRCHTGEKPYKCNECGKTFGHNSSLFIHKALHTGEKPY
260 270 280 290 300 310
100 110 120
pF1KB9 KCNECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
.:.:: :::..:..: :.:.:::::::::. ::..:.
XP_016 ECEECDKVFSRKSHLERHKRIHTGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNE
320 330 340 350 360 370
XP_016 CGKVFNRLSTLARHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKV
380 390 400 410 420 430
>--
initn: 1505 init1: 530 opt: 530 Z-score: 330.6 bits: 68.8 E(85289): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 530; 55.9% identity (79.5% similar) in 127 aa overlap (3-129:371-497)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLGEK
:: . ::: ::.:: : : . . .: :::
XP_016 TGEKPYKCKVCDEAFAYNSYLAKHTILHTGEKPYTCNECGKVFNRLSTLARHHRLHTGEK
350 360 370 380 390 400
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 KYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPHKC
:::. : :::..: .: :.: :.:::::::..: :.:: ::.: :. :::::::.::
XP_016 PYKCEECDKVFSRKSHLERHRRIHSGEKPYKCEECCKVFSRKSNLERHRRIHTGEKPYKC
410 420 430 440 450 460
100 110 120
pF1KB9 NECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
. : :.:.. ..::.:.:.:::::::::.:: :.:..
XP_016 KVCDKAFQRDSHLAQHQRVHTGEKPYKCNECGKTFGQTSSLIIHRRLHTGEKPYKCNECG
470 480 490 500 510 520
XP_016 KTFSQMSSLVYHHRLHSGEKP
530 540
>>XP_016881886 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger pro (509 aa)
initn: 631 init1: 631 opt: 631 Z-score: 387.7 bits: 79.3 E(85289): 7.5e-15
Smith-Waterman score: 631; 66.1% identity (85.0% similar) in 127 aa overlap (3-129:214-340)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLGEK
.: . ::: ::.:. .. : . : :::
XP_016 TGEKPYKCKVCDKAFKHDSHLAKHTRIHRGDKHYTCNECGKVFDQKATLACHHRSHTGEK
190 200 210 220 230 240
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 KYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPHKC
:::. :::.:.: .:.:::: ::::::::::.:::::. .: ::::::.::.:::.::
XP_016 PYKCNECGKTFSQTSHLVYHHRLHTGEKPYKCNECGKTFARNSVLVIHKAVHTAEKPYKC
250 260 270 280 290 300
100 110 120
pF1KB9 NECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
:::::::.:.: ::.:.:.:::::::.::::::::::
XP_016 NECGKVFKQRATLAGHRRVHTGEKPYRCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGEKPYKCKVCD
310 320 330 340 350 360
XP_016 KAFRSDSRLAEHQRVHTGERPYTCNECGKVFSTKAYLACHQKLHTGEKLYECEECDKVYI
370 380 390 400 410 420
>--
initn: 1438 init1: 502 opt: 502 Z-score: 315.1 bits: 65.9 E(85289): 8.2e-11
Smith-Waterman score: 502; 53.2% identity (75.4% similar) in 126 aa overlap (3-128:354-479)
10 20 30
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLGEK
:: ..:. ::: .: : . : .: ::.
XP_016 TGEKPYRCEECDKVFSRKSHLERHRRIHTGEKPYKCKVCDKAFRSDSRLAEHQRVHTGER
330 340 350 360 370 380
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 KYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHTGEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPHKC
: :. :::::. : ::: :.. ::::: :.:..: :.. :: : :. ::::::::::
XP_016 PYTCNECGKVFSTKAYLACHQKLHTGEKLYECEECDKVYIRKSHLERHRRIHTGEKPHKC
390 400 410 420 430 440
100 110 120
pF1KB9 NECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKPYKCEECDKVFSR
..:::.::. ..: :.:.:::.: :::..: ::::
XP_016 GDCGKAFNSPSHLIRHQRIHTGQKSYKCHQCGKVFSLRSLLAEHQKIPFGDNCFKCNEYS
450 460 470 480 490 500
XP_016 KPSSIN
>--
initn: 668 init1: 270 opt: 295 Z-score: 198.7 bits: 44.4 E(85289): 0.00025
Smith-Waterman score: 295; 50.6% identity (74.7% similar) in 87 aa overlap (28-114:130-213)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MREKSFQCNESGKAFNCSSLLKKCQIIHLGEKKYKCDICGKVFNQKRYLAYHHRCHT
: :.: : .. .. :. .: :.: ::
XP_016 QWQEDETNDHEAPMTEIKKLTSSTDRYDQRHAGNKPIKGQLESR-FHL--HLRRHRRIHT
100 110 120 130 140 150
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 GEKPYKCNQCGKTFSYKSSLVIHKAIHTGEKPHKCNECGKVFNQKAYLASHHRLHTGEKP
:::::::..: :.:: :: : ::. :::::::.::. : :.:.. ..::.: :.: :
XP_016 GEKPYKCEECEKVFSCKSHLEIHRIIHTGEKPYKCKVCDKAFKHDSHLAKHTRIHRGDKH
160 170 180 190 200 210
120
pF1KB9 YKCEECDKVFSR
XP_016 YTCNECGKVFDQKATLACHHRSHTGEKPYKCNECGKTFSQTSHLVYHHRLHTGEKPYKCN
220 230 240 250 260 270
>>XP_016881885 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger pro (509 aa)
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Smith-Waterman score: 631; 66.1% identity (85.0% similar) in 127 aa overlap (3-129:214-340)
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>>NP_997216 (OMIM: 606427) zinc finger protein 320 [Homo (509 aa)
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NP_997 TGEKPYKCKVCDKAFKHDSHLAKHTRIHRGDKHYTCNECGKVFDQKATLACHHRSHTGEK
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:::. :::.:.: .:.:::: ::::::::::.:::::. .: ::::::.::.:::.::
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:::::::.:.: ::.:.:.:::::::.::::::::::
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:: ..:. ::: .: : . : .: ::.
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: :. :::::. : ::: :.. ::::: :.:..: :.. :: : :. ::::::::::
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..:::.::. ..: :.:.:::.: :::..: ::::
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