Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9737
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9737, 500 aa
1>>>pF1KB9737 500 - 500 aa - 500 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9299+/-0.000716; mu= 16.4778+/- 0.044
mean_var=93.6243+/-18.599, 0's: 0 Z-trim(112.3): 124 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.132550
statistics sampled from 12958 (13084) to 12958 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.402), width: 16
Scan time: 3.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 ( 508) 2886 561.8 6.4e-160
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 435) 2320 453.5 2.2e-127
CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 458) 2320 453.5 2.3e-127
CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 470) 2032 398.4 8.7e-111
CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 422) 1564 308.9 7e-84
CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 396) 1399 277.3 2.1e-74
CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 423) 956 192.6 7e-49
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 731 149.6 6.7e-36
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 705 144.7 2.4e-34
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 697 143.2 6.9e-34
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 678 139.5 7e-33
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 675 138.9 1.1e-32
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 670 138.0 2.2e-32
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 667 137.4 2.9e-32
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 653 134.7 1.8e-31
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 653 134.7 2e-31
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 648 133.9 4.9e-31
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 635 131.4 2.8e-30
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 611) 635 131.4 2.8e-30
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 652) 635 131.4 3e-30
CCDS47298.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 742) 603 125.3 2.3e-28
CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 777) 603 125.3 2.4e-28
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 593 123.3 7.5e-28
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 593 123.4 7.6e-28
CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 778) 591 123.0 1.2e-27
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 586 121.9 1.5e-27
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 581 121.0 2.9e-27
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 579 120.6 3.8e-27
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 432) 536 112.3 1.1e-24
CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 388) 512 107.7 2.4e-23
CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 920) 513 108.2 4.1e-23
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6 ( 595) 447 95.4 1.8e-19
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 336) 414 88.9 9.3e-18
CCDS45359.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 261) 402 86.6 3.7e-17
CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 281) 402 86.6 4e-17
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 400 86.3 7.4e-17
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 ( 461) 397 85.8 1.1e-16
CCDS61469.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 439) 394 85.2 1.6e-16
CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 474) 394 85.2 1.7e-16
CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 481) 394 85.2 1.7e-16
CCDS32096.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 495) 394 85.2 1.8e-16
CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 530) 394 85.2 1.9e-16
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 388 84.1 3.8e-16
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 388 84.1 4e-16
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 541) 388 84.1 4.2e-16
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3 ( 579) 379 82.4 1.5e-15
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 352 77.2 4.5e-14
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 352 77.2 4.5e-14
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 523) 351 77.0 5.6e-14
CCDS83303.1 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8 ( 408) 349 76.6 6e-14
>>CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 (508 aa)
initn: 2886 init1: 2886 opt: 2886 Z-score: 2984.5 bits: 561.8 E(32554): 6.4e-160
Smith-Waterman score: 2886; 100.0% identity (100.0% similar) in 432 aa overlap (1-432:1-432)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 MFAGAGLGGTPCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYMLNAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 MFAGAGLGGTPCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYMLNAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 EACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSYLLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 GRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSYLLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIKAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 TTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 TTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 YAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 YAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 EAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLTLPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLTLPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 MHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHRATKRQHVHFLTPLPPPPSVAWVGTA
::::::::::::
CCDS98 MHKLFLEMLEAKVGQEQLRGSPKDERMSSHDGKCPFQSAAFTSRDQSNSPGIPNPRPSSP
430 440 450 460 470 480
>>CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (435 aa)
initn: 2037 init1: 2037 opt: 2320 Z-score: 2400.5 bits: 453.5 E(32554): 2.2e-127
Smith-Waterman score: 2320; 78.1% identity (93.3% similar) in 434 aa overlap (1-432:1-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPP
::. :::. :::.::::::::::.: :...::::.:::::::... ... : :::::::
CCDS15 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 MFAGAG-LGGT-PCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYMLNAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVA
.. .: :::. : :: :.::.: :.:: :::::::..::::::::::::::::::::
CCDS15 LYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 SCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 SCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 RGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSYLLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIK
::::::::::.:.:.::::. :. ::::: .::::.::::::.:.:::: : .:..:::
CCDS15 RGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 ALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILGIVYRSLPYDDK
:::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::.::::: ..:.
CCDS15 ALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 LVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKALALANSDSMYIE
::::.::::::..:.:::::.: ::::::..::..:.::::::::::.::::::::.::
CCDS15 LVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 DLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLTLPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGK
:.::::::::.::::::::: .:. :.: :.::.:.::::::::..:::::::..::.::
CCDS15 DVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGK
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 VPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHRATKRQHVHFLTPLPPPPSVAWVG
::::::::::::::
CCDS15 VPMHKLFLEMLEAKV
430
>>CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (458 aa)
initn: 2037 init1: 2037 opt: 2320 Z-score: 2400.2 bits: 453.5 E(32554): 2.3e-127
Smith-Waterman score: 2320; 78.1% identity (93.3% similar) in 434 aa overlap (1-432:24-457)
10 20 30
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSG
::. :::. :::.::::::::::.: :...::::.:
CCDS41 MDSVELCLPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 SSDASGGFGLALGTHANGLDSPPMFAGAG-LGGT-PCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYML
::::::... ... : :::::::.. .: :::. : :: :.::.: :.:: ::::::
CCDS41 SSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYML
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 NAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
:..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSC
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSY
:::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.::::. :. ::::: .::::.
CCDS41 QACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSH
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 LLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSL
::::::.:.:::: : .:..::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::
CCDS41 LLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 LQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLK
::::::::::::.::::: ..:.::::.::::::..:.:::::.: ::::::..::..:
CCDS41 LQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMK
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 VEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLT
.::::::::::.::::::::.:::.::::::::.::::::::: .:. :.: :.::.:.:
CCDS41 LEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMT
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 LPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHR
:::::::..:::::::..::.::::::::::::::::
CCDS41 LPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
430 440 450
460 470 480 490 500
pF1KB9 ATKRQHVHFLTPLPPPPSVAWVGTAQAGYHLEVFLPQRAGWPRAA
>>CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (470 aa)
initn: 2029 init1: 1179 opt: 2032 Z-score: 2102.4 bits: 398.4 E(32554): 8.7e-111
Smith-Waterman score: 2302; 77.1% identity (92.1% similar) in 441 aa overlap (1-432:29-469)
10 20 30
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSH
::. :::. :::.::::::::::.: :...:
CCDS58 MWRECDWGLGAVKSDLACVPSAKRLLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 HSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPPMFAGAG-LGGT-PCRKSYEDCASGIMEDSAIK
:::.:::::::... ... : :::::::.. .: :::. : :: :.::.: :.:: :
CCDS58 HSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 CEYMLNAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKR
::::::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKR
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KB9 RRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPL-
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:.::::. :. ::::::
CCDS58 RRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPLL
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 ------TKIVSYLLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPG
.::::.::::::.:.:::: : .:..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 WSDPADNKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPG
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 FSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRA
::.:::.:::::::::::::::::.::::: ..:.::::.::::::..:.:::::.: :
CCDS58 FSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNA
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 ILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRH
:::::..::..:.::::::::::.::::::::.:::.::::::::.::::::::: .:.
CCDS58 ILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHM
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 EEPWRTGKLLLTLPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEW
:.: :.::.:.::::::::..:::::::..::.::::::::::::::::
CCDS58 EDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KB9 RPLEQVPSPLHRATKRQHVHFLTPLPPPPSVAWVGTAQAGYHLEVFLPQRAGWPRAA
>>CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 (422 aa)
initn: 1609 init1: 729 opt: 1564 Z-score: 1619.4 bits: 308.9 E(32554): 7e-84
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10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPP
.::.::.::.: :.:::.. ::
CCDS60 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDS---------PKGSSETE--------------TEPP
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB9 MFAGAGLGGTPC---RKSYEDC-ASGIMEDSAIKCEYMLNAIPKRLCLVCGDIASGYHYG
. . : . : : .: :: ..: :... : .:...::::::::::.:::::::
CCDS60 VALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGEGAGPGEQGGGK--LVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYG
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 VASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLD
:::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::::::::::
CCDS60 VASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLD
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KB9 RVRGGRQKYKRRLDSESSPY--------LSLQISPPAKKPLTKIVSYLLVAEPDKLYAMP
:::::::::::: . . :. :.. .: :.. .::.:::.::.::::::
CCDS60 RVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAPVNALVSHLLVVEPEKLYAMP
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 PPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILGI
:. :.: . :..::::: :::.:: :.::: :::::::::.::::.:::.:::.:.::.
CCDS60 DPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGV
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 VYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKALA
. :::: .:.:..::: ..::: .: ::: :: :.:::::: . :..:.::.: :::::
CCDS60 AQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALA
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 LANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHE----EPWRTGKLLLTLPLLRQTAA
::::::..::: :::..:.. ::::: .:: .. : :.:.::::::::::::.
CCDS60 LANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAG
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 KAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHRATKRQHVHF
:.. :::.:::.:::::::::::::::
CCDS60 KVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
400 410 420
>>CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (396 aa)
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Smith-Waterman score: 1953; 69.1% identity (84.3% similar) in 434 aa overlap (1-432:1-395)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPP
::. :::. :::.::::::::::.: :...::::.:::::::... ... : :::::::
CCDS58 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
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.. .: :::. : :: :.::.: :.:: :::::::..::::::::::::::::::::
CCDS58 LYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGVA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 SCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRV
::::::::::::::: ::::::
CCDS58 SCEACKAFFKRTIQG---------------------------------------VRLDRV
130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 RGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSYLLVAEPDKLYAMPPPGMPEGDIK
::::::::::.:.:.::::. :. ::::: .::::.::::::.:.:::: : .:..:::
CCDS58 RGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPYNKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIK
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 ALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILGIVYRSLPYDDK
:::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::.::::: ..:.
CCDS58 ALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDE
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 LVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKALALANSDSMYIE
::::.::::::..:.:::::.: ::::::..::..:.::::::::::.::::::::.::
CCDS58 LVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIE
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 DLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLTLPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGK
:.::::::::.::::::::: .:. :.: :.::.:.::::::::..:::::::..::.::
CCDS58 DVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGK
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 VPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHRATKRQHVHFLTPLPPPPSVAWVG
::::::::::::::
CCDS58 VPMHKLFLEMLEAKV
390
>>CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 (423 aa)
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Smith-Waterman score: 1573; 59.0% identity (77.6% similar) in 434 aa overlap (15-431:12-420)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPP
.::.::.::.: :.:::.. ::
CCDS41 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDS---------PKGSSETE--------------TEPP
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB9 MFAGAGLGGTPC---RKSYEDC-ASGIMEDSAIKCEYMLNAIPKRLCLVCGDIASGYHYG
. . : . : : .: :: ..: :... : .:...::::::::::.:::::::
CCDS41 VALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGEGAGPGEQGGGK--LVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYG
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 VASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLD
:::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::::::::::
CCDS41 VASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLD
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KB9 RVRGGRQKYKRRLDSESSPYLS------LQISPPAKK---PLTKIVSYLLVAEPDKLYAM
:::::::::::: . . :. . : .. .: :.. .::.:::.::.:::::
CCDS41 RVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNALVSHLLVVEPEKLYAM
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 PPPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILG
: :. :.: . :..::::: :::.:: :.::: :::::::::.::::.:::.:::.:.::
CCDS41 PDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLG
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 IVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKAL
.. :::: .:.:..::: ..::: .: ::: :: :.:::::: . :..:.::.: ::::
CCDS41 VAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKAL
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 ALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHE----EPWRTGKLLLTLPLLRQTA
:::::::..::: :::..:.. ::::: .:: .. : :.:.::::::::::::
CCDS41 ALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTA
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 AKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHRATKRQHVH
.:.. :::.:::.:::::::::::::::
CCDS41 GKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
400 410 420
>>CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 (462 aa)
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10 20 30
pF1KB9 MSSDDRH--LGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALS
:.. . : :: . :: :.. : :..::
CCDS35 MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGS-----PGQLHSPISTLS
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80
pF1KB9 HHSP-SGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPPMFA---GAGLGGTPCR--KSYEDCASGIME
:: .: . . .. .: :. .. . : .. :. ..: .: :: .
CCDS35 --SPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKPPLGL
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 DSAIKCEYM----LNAIPKRLCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPA
....: . .. :..: .::: .:: :::: :::.::.:::::.. .. :.:
CCDS35 NGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRD
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 TNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQI
...: : ::.:. :: ::..::: .:: .:.:. .: :: ... . ...: :: ..
CCDS35 NKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG-KDRNENEVESTSSANEDM--
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250
pF1KB9 SPPAKKPLTKIVSYLLVAEPD-KLYAMPPPGM-PEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAK
:. .:. :..:: . :. :. : . .:..:. ::..: ... :::
CCDS35 ------PVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAK
240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 HIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLE
.:: :: : : ::. ::...: :.:: .. .::. : .. : . .. .. ::.
CCDS35 RIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGA
290 300 310 320 330 340
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 LY-RAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYE
.. :.. .:: ... ....: :. :.:..: : :: . . :. :.. .. .:. :
CCDS35 IFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYC
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 LSQRHEEPWRTGKLLLTLPLLRQTAAKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKAWARAD
. :.: : .:::: :: ::. . : ..:.. :: : .:. ...:::::
CCDS35 KHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 SLQEWRPLEQVPSPLHRATKRQHVHFLTPLPPPPSVAWVGTAQAGYHLEVFLPQRAGWPR
>>CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 (533 aa)
initn: 648 init1: 351 opt: 705 Z-score: 730.2 bits: 144.7 E(32554): 2.4e-34
Smith-Waterman score: 738; 33.5% identity (62.4% similar) in 418 aa overlap (22-431:131-528)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGF-GLALG
:: :.. : ::. : :: : . .
CCDS47 PGPPLPPSTAPSLGGSGAPPPPPMPPPPLGSPFPVISS-SMGSPGLPPPAPPGFSGPVSS
110 120 130 140 150
60 70 80 90 100
pF1KB9 THANGLDSPPMFAGAGLGGTPCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYMLNA--IPKRLCLVCGD
. :. : : :.: .: : :: .. ...: .. :::: .:::
CCDS47 PQINSTVSLP---GGG-SGPP-----EDVKPPVLGVRGLHCPPPPGGPGAGKRLCAICGD
160 170 180 190 200 210
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 IASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGM
.:: :::: :::.::.::::::. .. ::: ...: . ::.:. :: ::..::: .::
CCDS47 RSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGM
220 230 240 250 260 270
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 LKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSYLLVAEPDKLYAMP
.:.:. .: :: ..: :.:.. . : . :. .:. :..: . ..
CCDS47 KREAVQEERQRG-KDKDG---DGEGAG------GAPEEMPVDRILEAELAVEQKSDQGVE
280 290 300 310 320
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 PPGMPEGDIKA----LTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEIL
:: :. .. .:..:. ::..: ... :::.:: :::: : ::. ::...: :.:
CCDS47 GPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLDDQVILLRAGWNELL
330 340 350 360 370 380
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 ILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELY-RAILQLVRRYKKLKVEKEEFVT
: .. .::. : .. : . .. .. ::. .. :.. .:: ... ....: :.
CCDS47 IASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMRMDKTELGC
390 400 410 420 430 440
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 LKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLTLPLLRQTA
:.:. : : :. . . :. :.. .. .:. : .. :. : .:::: :: ::. .
CCDS47 LRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIG
450 460 470 480 490 500
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 AKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHRATKRQHVH
: ..:.. :: : .:. ...:::::
CCDS47 LKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
510 520 530
>>CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 (537 aa)
initn: 643 init1: 351 opt: 697 Z-score: 721.9 bits: 143.2 E(32554): 6.9e-34
Smith-Waterman score: 730; 33.2% identity (61.8% similar) in 422 aa overlap (22-431:131-532)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGF-GLALG
:: :.. : ::. : :: : . .
CCDS59 PGPPLPPSTAPSLGGSGAPPPPPMPPPPLGSPFPVISS-SMGSPGLPPPAPPGFSGPVSS
110 120 130 140 150
60 70 80 90 100
pF1KB9 THANGLDSPPMFAGAGLGGTPCRKSYEDCASGIMEDSAIKCEYMLNA--IPKRLCLVCGD
. :. : : :.: .: : :: .. ...: .. :::: .:::
CCDS59 PQINSTVSLP---GGG-SGPP-----EDVKPPVLGVRGLHCPPPPGGPGAGKRLCAICGD
160 170 180 190 200 210
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 IASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGM
.:: :::: :::.::.::::::. .. ::: ...: . ::.:. :: ::..::: .::
CCDS59 RSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGM
220 230 240 250 260 270
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 LKEGVRLDRVRGGRQKYKRRLDSESSPYLSLQISPPAKKPLTKIVSYLLVAEPDKLYAMP
.:.:. .: :: ..: :.:.. . : . :. .:. :..: . ..
CCDS59 KREAVQEERQRG-KDKDG---DGEGAG------GAPEEMPVDRILEAELAVEQKSDQGVE
280 290 300 310 320
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 PPGMPEGDIKA----LTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEIL
:: :. .. .:..:. ::..: ... :::.:: :::: : ::. ::...: :.:
CCDS59 GPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLDDQVILLRAGWNELL
330 340 350 360 370 380
290 300 310 320 330
pF1KB9 ILGIVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELY-----RAILQLVRRYKKLKVEKE
: .. .::. : .. : . .. .. ::. .. :.. .:: ... ....:
CCDS59 IASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRSLSRVLTELVSKMRDMRMDKT
390 400 410 420 430 440
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 EFVTLKALALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHEEPWRTGKLLLTLPLL
:. :.:. : : :. . . :. :.. .. .:. : .. :. : .:::: :: :
CCDS59 ELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQQGRFAKLLLRLPAL
450 460 470 480 490 500
400 410 420 430 440 450
pF1KB9 RQTAAKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKAWARADSLQEWRPLEQVPSPLHRATKR
:. . : ..:.. :: : .:. ...:::::
CCDS59 RSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
510 520 530
460 470 480 490 500
pF1KB9 QHVHFLTPLPPPPSVAWVGTAQAGYHLEVFLPQRAGWPRAA
500 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 18:36:49 2016 done: Fri Nov 4 18:36:50 2016
Total Scan time: 3.490 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]