FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9749, 559 aa
  1>>>pF1KB9749 559 - 559 aa - 559 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.0998+/-0.00109; mu= -24.1879+/- 0.067
 mean_var=527.6723+/-108.272, 0's: 0 Z-trim(117.2): 21  B-trim: 3 in 1/53
 Lambda= 0.055833
 statistics sampled from 17924 (17939) to 17924 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.551), width:  16
 Scan time:  4.040

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS12160.1 MLLT1 gene_id:4298|Hs108|chr19         ( 559) 3736 315.1 1.4e-85
CCDS6494.1 MLLT3 gene_id:4300|Hs108|chr9           ( 568) 1805 159.6 9.4e-39
CCDS69579.1 MLLT3 gene_id:4300|Hs108|chr9          ( 565) 1799 159.1 1.3e-38


>>CCDS12160.1 MLLT1 gene_id:4298|Hs108|chr19              (559 aa)
 initn: 3736 init1: 3736 opt: 3736  Z-score: 1650.0  bits: 315.1 E(32554): 1.4e-85
Smith-Waterman score: 3736; 100.0% identity (100.0% similar) in 559 aa overlap (1-559:1-559)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDNQCTVQVRLELGHRAQLRKKPTTEGFTHDWMVFVRGPEQCDIQHFVEKVVFWLHDSFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MDNQCTVQVRLELGHRAQLRKKPTTEGFTHDWMVFVRGPEQCDIQHFVEKVVFWLHDSFP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 KPRRVCKEPPYKVEESGYAGFIMPIEVHFKNKEEPRKVCFTYDLFLNLEGNPPVNHLRCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KPRRVCKEPPYKVEESGYAGFIMPIEVHFKNKEEPRKVCFTYDLFLNLEGNPPVNHLRCE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 KLTFNNPTTEFRYKLLRAGGVMVMPEGADTVSRPSPDYPMLPTIPLSAFSDPKKTKPSHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KLTFNNPTTEFRYKLLRAGGVMVMPEGADTVSRPSPDYPMLPTIPLSAFSDPKKTKPSHG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SKDANKESSKTSKPHKVTKEHRERPRKDSESKSSSKELEREQAKSSKDTSRKLGEGRLPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SKDANKESSKTSKPHKVTKEHRERPRKDSESKSSSKELEREQAKSSKDTSRKLGEGRLPK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 EEKAPPPKAAFKEPKMALKETKLESTSPKGGPPPPPPPPPRASSKRPATADSPKPSAKKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EEKAPPPKAAFKEPKMALKETKLESTSPKGGPPPPPPPPPRASSKRPATADSPKPSAKKQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 KKSSSKGSRSAPGTSPRTSSSSSFSDKKPAKDKSSTRGEKVKAESEPREAKKALEVEESN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KKSSSKGSRSAPGTSPRTSSSSSFSDKKPAKDKSSTRGEKVKAESEPREAKKALEVEESN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 SEDEASFKSESAQSSPSNSSSSSDSSSDSDFEPSQNHSQGPLRSMVEDLQSEESDEDDSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SEDEASFKSESAQSSPSNSSSSSDSSSDSDFEPSQNHSQGPLRSMVEDLQSEESDEDDSS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 SGEEAAGKTNPGRDSRLSFSDSESDNSADSSLPSREPPPPQKPPPPNSKVSGRRSPESCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SGEEAAGKTNPGRDSRLSFSDSESDNSADSSLPSREPPPPQKPPPPNSKVSGRRSPESCS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 KPEKILKKGTYDKAYTDELVELHRRLMALRERNVLQQIVNLIEETGHFNVTNTTFDFDLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KPEKILKKGTYDKAYTDELVELHRRLMALRERNVLQQIVNLIEETGHFNVTNTTFDFDLF
              490       500       510       520       530       540

              550         
pF1KB9 SLDETTVRKLQSCLEAVAT
       :::::::::::::::::::
CCDS12 SLDETTVRKLQSCLEAVAT
              550         

>>CCDS6494.1 MLLT3 gene_id:4300|Hs108|chr9                (568 aa)
 initn: 1407 init1: 844 opt: 1805  Z-score: 809.3  bits: 159.6 E(32554): 9.4e-39
Smith-Waterman score: 1806; 54.5% identity (74.5% similar) in 580 aa overlap (1-559:1-567)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDNQCTVQVRLELGHRAQLRKKPTTEGFTHDWMVFVRGPEQCDIQHFVEKVVFWLHDSFP
       : ..:.:::.::::::::.:::::.:::::::::::::::. .:::::::::: ::.:::
CCDS64 MASSCAVQVKLELGHRAQVRKKPTVEGFTHDWMVFVRGPEHSNIQHFVEKVVFHLHESFP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 KPRRVCKEPPYKVEESGYAGFIMPIEVHFKNKEEPRKVCFTYDLFLNLEGNPPVNHLRCE
       .:.::::.::::::::::::::.::::.:::::::::: : :::::.:::.:::::::::
CCDS64 RPKRVCKDPPYKVEESGYAGFILPIEVYFKNKEEPRKVRFDYDLFLHLEGHPPVNHLRCE
               70        80        90       100       110       120

              130       140         150       160       170        
pF1KB9 KLTFNNPTTEFRYKLLRAGG--VMVMPEGADTVSRPSPDYPMLPTIPLSAFSDPKKTKPS
       :::::::: .:: :::.:::     .  .... :  : .     .   :. :. .... :
CCDS64 KLTFNNPTEDFRRKLLKAGGDPNRSIHTSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200        210       220       230       
pF1KB9 HGSKDANKESSKTSKPHKVTKEHRERPRKDS-ESKSSSKELEREQAKSSKDTSRKLGEGR
        .:..... :.. :::::. :::.:.: ::: : ::. ::  :.. ::::..:.:  :..
CCDS64 SSSSSSSSSSTSFSKPHKLMKEHKEKPSKDSREHKSAFKEPSRDHNKSSKESSKKPKENK
              190       200       210       220       230       240

       240       250       260         270       280       290     
pF1KB9 LPKEEKAPPPKAAFKEPKMALKETKLEST--SPKGGPPPPPPPPPRASSKRPATADSPKP
         ::::  : : ::::::   :: : .:.  .  .:     :      ::::  .:: . 
CCDS64 PLKEEKIVP-KMAFKEPKPMSKEPKPDSNLLTITSGQDKKAP------SKRPPISDSEEL
               250       260       270       280             290   

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB9 SAKKQKKSSSKGSRSAPGTSPRTSSSSSFSDKKPAKDKSSTRGEKVKAESEPREAKKA--
       ::::.:::::..  .. ...:    . : .:::  :::: ..  ::: :::  : ::.  
CCDS64 SAKKRKKSSSEALFKSFSSAPPLILTCS-ADKKQIKDKSHVKMGKVKIESETSEKKKSTL
           300       310       320        330       340       350  

                 360       370       380       390       400       
pF1KB9 ------LEVEESNSEDEASFKSESAQSSPSNSSSSSDSSSDSDFEPSQNHSQGPLRSMVE
             .. ..:. :.. : ::.: : ::..:::::.::    : :::...::::::...
CCDS64 PPFDDIVDPNDSDVEENISSKSDSEQPSPASSSSSSSSS----FTPSQTRQQGPLRSIMK
            360       370       380       390           400        

       410            420       430         440        450         
pF1KB9 DLQS----EESDE-DDSSSGEEAAGKTNPG--RDSRLSFSD-SESDNSADSSLPSREPPP
       ::.:    ::::: .:...  :    .: :  :. :.:.:: :.:..:. ::   .::::
CCDS64 DLHSDDNEEESDEVEDNDNDSEMERPVNRGGSRSRRVSLSDGSDSESSSASSPLHHEPPP
      410       420       430       440       450       460        

     460       470       480       490       500       510         
pF1KB9 PQKPPPPNSKVSGRRSPESCSKPEKILKKGTYDKAYTDELVELHRRLMALRERNVLQQIV
       :      :...   .:: . :: .: .:.:  :::: :::::::::::.::::..:::::
CCDS64 PLLKTN-NNQILEVKSPIKQSKSDKQIKNGECDKAYLDELVELHRRLMTLRERHILQQIV
      470        480       490       500       510       520       

     520       530       540       550          
pF1KB9 NLIEETGHFNVTNTTFDFDLFSLDETTVRKLQSCLEAVAT 
       :::::::::..::::::::: :::.:::::::: ::. .: 
CCDS64 NLIEETGHFHITNTTFDFDLCSLDKTTVRKLQSYLETSGTS
       530       540       550       560        

>>CCDS69579.1 MLLT3 gene_id:4300|Hs108|chr9               (565 aa)
 initn: 1401 init1: 838 opt: 1799  Z-score: 806.7  bits: 159.1 E(32554): 1.3e-38
Smith-Waterman score: 1800; 54.7% identity (74.5% similar) in 576 aa overlap (5-559:2-564)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDNQCTVQVRLELGHRAQLRKKPTTEGFTHDWMVFVRGPEQCDIQHFVEKVVFWLHDSFP
           :.:::.::::::::.:::::.:::::::::::::::. .:::::::::: ::.:::
CCDS69    MCAVQVKLELGHRAQVRKKPTVEGFTHDWMVFVRGPEHSNIQHFVEKVVFHLHESFP
                  10        20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 KPRRVCKEPPYKVEESGYAGFIMPIEVHFKNKEEPRKVCFTYDLFLNLEGNPPVNHLRCE
       .:.::::.::::::::::::::.::::.:::::::::: : :::::.:::.:::::::::
CCDS69 RPKRVCKDPPYKVEESGYAGFILPIEVYFKNKEEPRKVRFDYDLFLHLEGHPPVNHLRCE
        60        70        80        90       100       110       

              130       140         150       160       170        
pF1KB9 KLTFNNPTTEFRYKLLRAGG--VMVMPEGADTVSRPSPDYPMLPTIPLSAFSDPKKTKPS
       :::::::: .:: :::.:::     .  .... :  : .     .   :. :. .... :
CCDS69 KLTFNNPTEDFRRKLLKAGGDPNRSIHTSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS
       120       130       140       150       160       170       

      180       190       200        210       220       230       
pF1KB9 HGSKDANKESSKTSKPHKVTKEHRERPRKDS-ESKSSSKELEREQAKSSKDTSRKLGEGR
        .:..... :.. :::::. :::.:.: ::: : ::. ::  :.. ::::..:.:  :..
CCDS69 SSSSSSSSSSTSFSKPHKLMKEHKEKPSKDSREHKSAFKEPSRDHNKSSKESSKKPKENK
       180       190       200       210       220       230       

       240       250       260         270       280       290     
pF1KB9 LPKEEKAPPPKAAFKEPKMALKETKLEST--SPKGGPPPPPPPPPRASSKRPATADSPKP
         ::::  : : ::::::   :: : .:.  .  .:     :      ::::  .:: . 
CCDS69 PLKEEKIVP-KMAFKEPKPMSKEPKPDSNLLTITSGQDKKAP------SKRPPISDSEEL
       240        250       260       270             280       290

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB9 SAKKQKKSSSKGSRSAPGTSPRTSSSSSFSDKKPAKDKSSTRGEKVKAESEPREAKKA--
       ::::.:::::..  .. ...:    . : .:::  :::: ..  ::: :::  : ::.  
CCDS69 SAKKRKKSSSEALFKSFSSAPPLILTCS-ADKKQIKDKSHVKMGKVKIESETSEKKKSTL
              300       310        320       330       340         

                 360       370       380       390       400       
pF1KB9 ------LEVEESNSEDEASFKSESAQSSPSNSSSSSDSSSDSDFEPSQNHSQGPLRSMVE
             .. ..:. :.. : ::.: : ::..:::::.::    : :::...::::::...
CCDS69 PPFDDIVDPNDSDVEENISSKSDSEQPSPASSSSSSSSS----FTPSQTRQQGPLRSIMK
     350       360       370       380           390       400     

       410            420       430         440        450         
pF1KB9 DLQS----EESDE-DDSSSGEEAAGKTNPG--RDSRLSFSD-SESDNSADSSLPSREPPP
       ::.:    ::::: .:...  :    .: :  :. :.:.:: :.:..:. ::   .::::
CCDS69 DLHSDDNEEESDEVEDNDNDSEMERPVNRGGSRSRRVSLSDGSDSESSSASSPLHHEPPP
         410       420       430       440       450       460     

     460       470       480       490       500       510         
pF1KB9 PQKPPPPNSKVSGRRSPESCSKPEKILKKGTYDKAYTDELVELHRRLMALRERNVLQQIV
       :      :...   .:: . :: .: .:.:  :::: :::::::::::.::::..:::::
CCDS69 PLLKTN-NNQILEVKSPIKQSKSDKQIKNGECDKAYLDELVELHRRLMTLRERHILQQIV
         470        480       490       500       510       520    

     520       530       540       550          
pF1KB9 NLIEETGHFNVTNTTFDFDLFSLDETTVRKLQSCLEAVAT 
       :::::::::..::::::::: :::.:::::::: ::. .: 
CCDS69 NLIEETGHFHITNTTFDFDLCSLDKTTVRKLQSYLETSGTS
          530       540       550       560     




559 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]