Result of FASTA (omim) for
pF1KB9777
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9777, 788 aa
1>>>pF1KB9777 788 - 788 aa - 788 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4751+/-0.000423; mu= 5.7067+/- 0.026
mean_var=190.5640+/-38.862, 0's: 0 Z-trim(117.7): 238 B-trim: 366 in 2/49
Lambda= 0.092908
statistics sampled from 29610 (29851) to 29610 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.35), width: 16
Scan time: 11.720
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001254500 (OMIM: 609871) TBC1 domain family mem ( 928) 1600 227.8 1.7e-58
NP_060891 (OMIM: 609871) TBC1 domain family member ( 917) 1424 204.2 2.1e-51
XP_016870388 (OMIM: 609871) PREDICTED: TBC1 domain ( 483) 1365 196.1 3.1e-49
NP_001254501 (OMIM: 609871) TBC1 domain family mem ( 468) 1344 193.2 2.1e-48
XP_011517145 (OMIM: 609871) PREDICTED: TBC1 domain ( 468) 1344 193.2 2.1e-48
XP_005261631 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 739) 682 104.6 1.6e-21
NP_056520 (OMIM: 610440) small G protein signaling ( 749) 682 104.6 1.6e-21
XP_005261630 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 756) 682 104.7 1.6e-21
XP_005261629 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 766) 682 104.7 1.6e-21
NP_001288778 (OMIM: 610440) small G protein signal ( 660) 651 100.5 2.6e-20
XP_016884266 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 672) 651 100.5 2.6e-20
XP_016884265 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 682) 651 100.5 2.6e-20
XP_016884264 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 686) 651 100.5 2.6e-20
XP_011528464 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 686) 651 100.5 2.6e-20
XP_005261632 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 699) 651 100.5 2.7e-20
XP_011528462 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 703) 651 100.5 2.7e-20
XP_011528461 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 703) 651 100.5 2.7e-20
XP_016884269 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 583) 535 84.9 1.1e-15
XP_011528463 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 600) 535 84.9 1.1e-15
XP_016884268 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 600) 535 84.9 1.1e-15
XP_006718602 (OMIM: 610831) PREDICTED: carabin iso ( 446) 447 73.0 3.2e-12
XP_006718603 (OMIM: 610831) PREDICTED: carabin iso ( 446) 447 73.0 3.2e-12
XP_006718601 (OMIM: 610831) PREDICTED: carabin iso ( 446) 447 73.0 3.2e-12
NP_940919 (OMIM: 610831) carabin isoform 1 [Homo s ( 446) 447 73.0 3.2e-12
NP_056342 (OMIM: 613620) TBC1 domain family member ( 808) 438 72.0 1.2e-11
XP_016884267 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 651) 425 70.2 3.3e-11
XP_011528460 (OMIM: 610440) PREDICTED: small G pro ( 718) 425 70.2 3.6e-11
XP_011543304 (OMIM: 610831) PREDICTED: carabin iso ( 313) 412 68.2 6.2e-11
NP_114143 (OMIM: 610020) TBC1 domain family member ( 508) 411 68.2 1e-10
NP_001191169 (OMIM: 610020) TBC1 domain family mem ( 515) 411 68.2 1e-10
XP_016858483 (OMIM: 609238) PREDICTED: rab GTPase- ( 778) 385 64.9 1.6e-09
NP_055672 (OMIM: 609238) rab GTPase-activating pro ( 815) 385 64.9 1.6e-09
XP_011511972 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain ( 494) 380 64.0 1.7e-09
XP_006714064 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain ( 546) 380 64.1 1.9e-09
XP_006711756 (OMIM: 609238) PREDICTED: rab GTPase- ( 985) 385 64.9 1.9e-09
XP_005245738 (OMIM: 609238) PREDICTED: rab GTPase- (1014) 385 64.9 1.9e-09
XP_005245737 (OMIM: 609238) PREDICTED: rab GTPase- (1051) 385 64.9 2e-09
XP_011508525 (OMIM: 609238) PREDICTED: rab GTPase- (1051) 385 64.9 2e-09
XP_016863410 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1039) 380 64.3 3.1e-09
XP_005262706 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1146) 380 64.3 3.4e-09
NP_055988 (OMIM: 609850) TBC1 domain family member (1168) 380 64.3 3.4e-09
XP_016863409 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1181) 380 64.3 3.5e-09
XP_011511968 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1188) 380 64.3 3.5e-09
XP_011511967 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1201) 380 64.3 3.5e-09
XP_016863408 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1222) 380 64.3 3.6e-09
XP_016863407 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1228) 380 64.3 3.6e-09
XP_011511966 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1241) 380 64.3 3.6e-09
XP_011511965 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1242) 380 64.3 3.6e-09
XP_011511964 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1255) 380 64.3 3.6e-09
XP_005262704 (OMIM: 609850) PREDICTED: TBC1 domain (1262) 380 64.3 3.7e-09
>>NP_001254500 (OMIM: 609871) TBC1 domain family member (928 aa)
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10 20 30
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pF1KB9 TPGDFPKGLVARDNTDLIYPHPNASAEKARNVLAVETVPGELVGEQAANQPAPGHPNSIN
.: : . .: .. : . :: . . :.: :: ::: :: :: :. :
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100 110 120 130 140 150
pF1KB9 FYSLKQWGNELKNSMSSFRPGRGHNDSRRTVFYTNEEWELLDPTPKDLEESIVQEEKKKL
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pF1KB9 LELLHQKDDQILGLTSQLERFSLEKESLQQEVRTLKSKVGELNEQLGMLMETIQAKDEVI
:::...: :: : ..: . :.::: . . ...: ::.... .::. .::..::
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pF1KB9 PDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQED-AFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDL
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pF1KB9 MSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFAL
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pF1KB9 ALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS
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>>NP_060891 (OMIM: 609871) TBC1 domain family member 2A (917 aa)
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10 20 30
pF1KB9 MTYWLQELQQKRWEYCNSLDMVKWDSRTSP
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pF1KB9 TPGDFPKGLVARDNTDLIYPHPNASAEKARNVLAVETVPGELVGEQAANQPAPGHPNSIN
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pF1KB9 TPEGNKGVTGSGFPFDFGRNPYKGKRPLKDIIGSYK-NRHSSGDPS-SEGTSGSGSVSIR
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pF1KB9 KPASEMQLQVQSQQEELEQLKKDLSSQKELVRLLQQTVRSSQYDKYFTSSRLCEGVPKDT
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NP_060 RTAQE---KVAALEQQVLMLTKELKSQKELVKILHKALEAAQQEKRASSAYLAAAEDKDR
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:::: . :: .: :.. . :: : ....:::....:.::: :::.::
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: :: .: ::... ...::..:::::: ::.:::::..:::: .::: :::::::.:
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pF1KB9 PDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQED-AFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRDL
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NP_060 PTIGYCQGLNRLAAIALLVLEEEESAFWCLVAIVETIMPADYYCNTLTASQVDQRVLQDL
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pF1KB9 MSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFAL
.::::::: .:. :..:: .:.:::::::::.::..:.::...::.::::: :
NP_060 LSEKLPRLMAHLGQHHVDLSLVTFNWFLVVFADSLISNILLRVWDAFLYEGTK-------
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pF1KB9 ALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS
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NP_060 ERLEAELRELEQLKAEYLERRASRRRAVSEGCASEDEVEGEA
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>>XP_016870388 (OMIM: 609871) PREDICTED: TBC1 domain fam (483 aa)
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Smith-Waterman score: 1365; 50.7% identity (80.7% similar) in 414 aa overlap (363-773:12-415)
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pF1KB9 EGEGNGPPPTVAPSSPSVVPVARDQLELDRLKDNLQGYKTQNKFLNKEILELSALRRNAE
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XP_016 MSAVCSEPRRALKDDMEAYRTQNCFLNSEIHQVTKIWRKVA
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pF1KB9 RRERDLMAKYSSLEAKLCQIESKYLILLQEMKTPVCSEDQGPTREVIAQLLEDALQVESQ
..:. :..: . :.:. ::.::::: :.... . ... . :.. ::...::: :.
XP_016 EKEKALLTKCAYLQARNCQVESKYLAGLRRLQEAL-GDEASECSELLRQLVQEALQWEAG
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XP_005 LS-YREIVKNSSNDETIAAKQIEKDLLRTMPSNACFASMGSIGVPRLRRVLRALAWLYPE
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XP_005 LS-YREIVKNSSNDETIAAKQIEKDLLRTMPSNACFASMGSIGVPRLRRVLRALAWLYPE
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XP_005 IGYCQGTGMVAACLLLFLEEEDAFWMMSAIIEDLLPASYFSTTLLGVQTDQRVLRHLIVQ
200 210 220 230 240 250
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pF1KB9 KLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFALALF
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XP_005 YLPRLDKLLQEHDIELSLITLHWFLTAFASVVDIKLLLRIWDLFFYEGSRVLFQLTLGML
260 270 280 290 300 310
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pF1KB9 KYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS
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XP_005 HLKEEELIQSENSASIFNTLSDIPSQMEDAELLLGVAMRLAGSLTDVAVETQRRKHLAYL
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