Result of FASTA (omim) for
pF1KB9778
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9778, 798 aa
1>>>pF1KB9778 798 - 798 aa - 798 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6638+/-0.00064; mu= 9.4028+/- 0.039
mean_var=214.5772+/-42.410, 0's: 0 Z-trim(112.5): 291 B-trim: 50 in 1/49
Lambda= 0.087555
statistics sampled from 21118 (21435) to 21118 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.597), E-opt: 0.2 (0.251), width: 16
Scan time: 11.020
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_596867 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 5589 720.4 7.3e-207
NP_002202 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 5589 720.4 7.3e-207
NP_391988 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 801) 5522 712.0 2.6e-204
NP_000203 (OMIM: 173470,187800,273800,608446) inte ( 788) 2408 318.6 6.6e-86
NP_002204 (OMIM: 147561) integrin beta-5 precursor ( 799) 2309 306.1 3.9e-82
XP_006719439 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 782) 2226 295.6 5.4e-79
XP_005268908 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2226 295.6 5.5e-79
XP_005268909 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2226 295.6 5.5e-79
NP_000880 (OMIM: 147559) integrin beta-7 precursor ( 798) 2226 295.6 5.5e-79
XP_016861841 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2136 284.2 1.3e-75
XP_016861842 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2136 284.2 1.3e-75
XP_016861840 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2136 284.2 1.3e-75
NP_001290167 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 700) 2009 268.2 9e-71
XP_006724064 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 2009 268.2 9e-71
XP_016883830 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 2009 268.2 9e-71
NP_000202 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 is ( 769) 2009 268.2 9.6e-71
NP_001120963 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 769) 2009 268.2 9.6e-71
NP_001269317 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 746) 1877 251.5 9.8e-66
NP_000879 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 is ( 788) 1877 251.5 1e-65
NP_001269282 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 788) 1877 251.5 1e-65
NP_001269318 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 715) 1812 243.3 2.8e-63
NP_001269283 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 693) 1804 242.3 5.6e-63
NP_001269319 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 650) 1714 230.9 1.4e-59
NP_001269284 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 681) 1695 228.5 7.7e-59
NP_001005731 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1515 206.2 1e-51
NP_001308052 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1515 206.2 1e-51
XP_006721933 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1787) 1515 206.2 1e-51
NP_001005619 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1805) 1515 206.2 1e-51
XP_011523053 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1807) 1515 206.2 1e-51
NP_000204 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) inte (1822) 1515 206.2 1e-51
XP_006721931 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1840) 1515 206.2 1e-51
XP_006721930 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1857) 1515 206.2 1.1e-51
XP_005257366 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1515 206.2 1.1e-51
XP_005257368 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1515 206.2 1.1e-51
XP_006721929 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1910) 1515 206.2 1.1e-51
XP_016861844 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 661) 1185 164.0 1.9e-39
XP_005247493 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 769) 1185 164.1 2.1e-39
XP_016861843 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 683) 1179 163.3 3.2e-39
XP_011513696 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 758) 1101 153.5 3.2e-36
XP_011513695 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 761) 1101 153.5 3.2e-36
NP_002205 (OMIM: 604160) integrin beta-8 precursor ( 769) 1101 153.5 3.2e-36
XP_016867667 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1101 153.5 3.2e-36
XP_016867668 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1101 153.5 3.2e-36
XP_006713693 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 754) 1093 152.5 6.4e-36
XP_011513698 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867670 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867671 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867669 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867672 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_005254157 (OMIM: 604234) PREDICTED: integrin be ( 494) 481 75.0 9e-13
>>NP_596867 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1A pr (798 aa)
initn: 5589 init1: 5589 opt: 5589 Z-score: 3834.8 bits: 720.4 E(85289): 7.3e-207
Smith-Waterman score: 5589; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB9 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
::::::::::::::::::
NP_596 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
790
>>NP_002202 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1A pr (798 aa)
initn: 5589 init1: 5589 opt: 5589 Z-score: 3834.8 bits: 720.4 E(85289): 7.3e-207
Smith-Waterman score: 5589; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB9 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
::::::::::::::::::
NP_002 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
790
>>NP_391988 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1D pr (801 aa)
initn: 5790 init1: 5522 opt: 5522 Z-score: 3789.1 bits: 712.0 E(85289): 2.6e-204
Smith-Waterman score: 5522; 99.0% identity (99.5% similar) in 795 aa overlap (1-795:1-795)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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NP_391 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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: :.:: : . . ..:: : :::::::.: :..:..:.:.: :.: :.:. .: :. :
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.:: : :::.. .::::. :: : :: :.::.: :. :: : :: .:. ...::.:
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pF1KB9 KMNAKWDTGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK
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. :.. : : .:. ...: . ...: :::.::. : :. .:.:.: :. :..:.:
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pF1KB9 HEGNGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSS-EICSNNGECVCGQC
.:.: ..::.: : ::.:: ::::. :..: :... :: :.. .::..:.: ::.:
XP_006 SDGQGHLQCGVCSCAPGRLGRLCECSVAELSSPDLESGCRAPNGTGPLCSGKGHCQCGRC
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: .. ::..::::. .:.: .:..::: : :.: ::.:. : :: ::.:: :
XP_006 SCSGQS------SGHLCECDDASCERHEGILCGGFGRCQCGVCHCHANRTGRACECSGDM
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..: . .: .:.:.: :.:. :.: : . : :..: : : .:..:..: :: :
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pF1KB9 KKDTCTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVH
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pF1KB9 VVENPECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWD
: :. . :: : :.::: .::.:.: ..: . :.::::...::::... .:
XP_006 V--RPQEKGADHTQAIVLGCVGGIVAVGLGLVLAYRLSVEIYDRREYSRFEKEQQQLNWK
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pF1KB9 TGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK
XP_006 QLLGFGSRLAS
780
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XP_005 RRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARG-------EGATQLAPQRVRV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]