Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9791
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9791, 210 aa
1>>>pF1KB9791 210 - 210 aa - 210 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3264+/-0.000585; mu= 11.0268+/- 0.036
mean_var=105.3852+/-21.046, 0's: 0 Z-trim(116.1): 8 B-trim: 10 in 1/51
Lambda= 0.124935
statistics sampled from 16660 (16668) to 16660 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.823), E-opt: 0.2 (0.512), width: 16
Scan time: 2.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19 ( 210) 1451 270.7 4.7e-73
CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 ( 257) 502 99.7 1.7e-21
CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 ( 270) 502 99.7 1.8e-21
CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 247) 475 94.8 4.9e-20
CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 255) 475 94.8 5e-20
CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 262) 475 94.8 5.1e-20
CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 329) 475 94.9 6.1e-20
CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1 ( 241) 371 76.1 2.1e-14
>>CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19 (210 aa)
initn: 1451 init1: 1451 opt: 1451 Z-score: 1425.0 bits: 270.7 E(32554): 4.7e-73
Smith-Waterman score: 1451; 100.0% identity (100.0% similar) in 210 aa overlap (1-210:1-210)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLF
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CCDS12 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LLEAGAFRESAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTAVDLRGREVEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LLEAGAFRESAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTAVDLRGREVEV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRAL
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KB9 TADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
190 200 210
>>CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 (257 aa)
initn: 602 init1: 268 opt: 502 Z-score: 499.3 bits: 99.7 E(32554): 1.7e-21
Smith-Waterman score: 578; 46.3% identity (69.2% similar) in 201 aa overlap (18-209:69-256)
10 20 30 40
pF1KB9 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLL-----
: : .. : :.. : .: . .::
CCDS85 IQADILKNKLSKQMVDVKENYQSTLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPVIAMDTELLRQQRR
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90
pF1KB9 --SPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRESAGAP--ANRSRRGVSETAPASRRGELAVCD
::::.:: ..: :: :.:.: . .:.: :::. : . :.::: .:::
CCDS85 YNSPRVLLSDSTPLEPPPLYLME-----DYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKSHRGEYSVCD
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 AVSGWVTDRRTAVDLRGREVEVLGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGC
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CCDS85 SESLWVTDKSSAIDIRGHQVTVLGEIKT-GNSPVKQYFYETRCK-----EARPVKNG--C
160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 RGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
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CCDS85 RGIDDKHWNSQCKTSQTYVRALTSENNKLVGWRWIRIDTSCVCALSRKIGRT
210 220 230 240 250
>>CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 (270 aa)
initn: 586 init1: 268 opt: 502 Z-score: 499.0 bits: 99.7 E(32554): 1.8e-21
Smith-Waterman score: 578; 46.3% identity (69.2% similar) in 201 aa overlap (18-209:82-269)
10 20 30 40
pF1KB9 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLL-----
: : .. : :.. : .: . .::
CCDS44 IQADILKNKLSKQMVDVKENYQSTLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPVIAMDTELLRQQRR
60 70 80 90 100 110
50 60 70 80 90
pF1KB9 --SPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRESAGAP--ANRSRRGVSETAPASRRGELAVCD
::::.:: ..: :: :.:.: . .:.: :::. : . :.::: .:::
CCDS44 YNSPRVLLSDSTPLEPPPLYLME-----DYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKSHRGEYSVCD
120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 AVSGWVTDRRTAVDLRGREVEVLGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGC
. : ::::. .:.:.::..: ::::. . :.::..:::.::::: :. : .: :
CCDS44 SESLWVTDKSSAIDIRGHQVTVLGEIKT-GNSPVKQYFYETRCK-----EARPVKNG--C
170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 RGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
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CCDS44 RGIDDKHWNSQCKTSQTYVRALTSENNKLVGWRWIRIDTSCVCALSRKIGRT
220 230 240 250 260 270
>>CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (247 aa)
initn: 480 init1: 284 opt: 475 Z-score: 473.2 bits: 94.8 E(32554): 4.9e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:88-247)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
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CCDS78 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
60 70 80 90 100 110
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
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CCDS78 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
120 130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
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CCDS78 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
180 190 200 210 220
190 200 210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
.:::.:::::.::::: . ::
CCDS78 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR
230 240
>>CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (255 aa)
initn: 480 init1: 284 opt: 475 Z-score: 473.0 bits: 94.8 E(32554): 5e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:96-255)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
:: . ::.:: .: :::::::: ...
CCDS78 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
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CCDS78 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
:. :.:::.::.:. : ::::.:.::: :.:.. :::::::: :.. :
CCDS78 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
190 200 210 220 230
190 200 210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
.:::.:::::.::::: . ::
CCDS78 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR
240 250
>>CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (262 aa)
initn: 480 init1: 284 opt: 475 Z-score: 472.9 bits: 94.8 E(32554): 5.1e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:103-262)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
:: . ::.:: .: :::::::: ...
CCDS41 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
80 90 100 110 120 130
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
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CCDS41 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
:. :.:::.::.:. : ::::.:.::: :.:.. :::::::: :.. :
CCDS41 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
190 200 210 220 230 240
190 200 210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
.:::.:::::.::::: . ::
CCDS41 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR
250 260
>>CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (329 aa)
initn: 480 init1: 284 opt: 475 Z-score: 471.5 bits: 94.9 E(32554): 6.1e-20
Smith-Waterman score: 547; 51.7% identity (70.9% similar) in 172 aa overlap (40-209:170-329)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 PILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRGAPAGPPLLFLLEAGAFRE
:: . ::.:: .: :::::::: ...
CCDS44 SLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLE--EYKN
140 150 160 170 180 190
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 SAGAPANRSRRGVSETAPASRRGELAVCDAVSGWVT--DRRTAVDLRGREVEVLGEVPAA
: :: : : .. :: :::::.:::..: ::: :..::::. : : :: .::..
CCDS44 YLDA-ANMSMRVRRHSDPA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVS
200 210 220 230 240 250
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 GGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSECKAKQSYVRALTADAQGR
:. :.:::.::.:. : ::::.:.::: :.:.. :::::::: :.. :
CCDS44 KGQ-LKQYFYETKCNP-------MGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKR
260 270 280 290 300
190 200 210
pF1KB9 VGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
.:::.:::::.::::: . ::
CCDS44 IGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR
310 320
>>CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1 (241 aa)
initn: 385 init1: 166 opt: 371 Z-score: 372.1 bits: 76.1 E(32554): 2.1e-14
Smith-Waterman score: 456; 41.3% identity (66.7% similar) in 189 aa overlap (22-209:63-239)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRG
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CCDS88 PQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAAIAARVAGQTRNITVDPRLFKKRRLRSPRVLFSTQ
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 APAGPPLLFLLEAGAFRESAGAPANRSRRGV-SETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTA
: :. :. ...:: ::..:. : . : .:::..:::.:: :: :. ::
CCDS88 PPREAADTQDLD---FEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTA
100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 VDLRGREVEVLGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSEC
.:..:.:: ::::: ..: ..::::::.:. :. .::::.: .:: : :
CCDS88 TDIKGKEVMVLGEV-NINNSVFKQYFFETKCR-------DPNPVDSGCRGIDSKHWNSYC
150 160 170 180 190 200
180 190 200 210
pF1KB9 KAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
. ...:.::: :.. ...::.:::::::::.: .. :
CCDS88 TTTHTFVKALTMDGK-QAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
210 220 230 240
210 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 18:58:06 2016 done: Fri Nov 4 18:58:06 2016
Total Scan time: 2.530 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]