Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9808
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9808, 241 aa
1>>>pF1KB9808 241 - 241 aa - 241 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4447+/-0.000818; mu= 13.7229+/- 0.049
mean_var=69.3882+/-13.831, 0's: 0 Z-trim(107.6): 11 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.153968
statistics sampled from 9677 (9686) to 9677 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16
Scan time: 2.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1 ( 241) 1620 368.6 2.1e-102
CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 ( 257) 601 142.2 3.1e-34
CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 ( 270) 601 142.3 3.2e-34
CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 247) 497 119.1 2.7e-27
CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 255) 497 119.1 2.7e-27
CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 262) 497 119.1 2.8e-27
CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 ( 329) 497 119.2 3.4e-27
CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19 ( 210) 373 91.5 4.6e-19
>>CCDS882.1 NGF gene_id:4803|Hs108|chr1 (241 aa)
initn: 1620 init1: 1620 opt: 1620 Z-score: 1951.9 bits: 368.6 E(32554): 2.1e-102
Smith-Waterman score: 1620; 99.6% identity (100.0% similar) in 241 aa overlap (1-241:1-241)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAAIA
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CCDS88 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAAIA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 ARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSK
:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 ARVAGQTRNITVDPRLFKKRRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 RSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 DPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 DPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRR
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 A
:
CCDS88 A
>>CCDS8538.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 (257 aa)
initn: 464 init1: 402 opt: 601 Z-score: 728.2 bits: 142.2 E(32554): 3.1e-34
Smith-Waterman score: 634; 42.6% identity (67.4% similar) in 258 aa overlap (1-239:1-256)
10 20 30 40
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHT------IPQAHWTK---------LQHSLD
::.:::... :.: :::.. .. ..: . :: : .... .
CCDS85 MSILFYVIFLAYLRGIQGNNMDQRSLPEDSLNSLIIKLIQADILKNKLSKQMVDVKENYQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 TALRRARSA--PAAAIAARVAGQTRNITVDPRLFKKQR-LRSPRVLFSTQPPREAADTQD
..: .:.. : . :. : : :..: .:...:: :::::.: . : :
CCDS85 STLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPV-IAMDTELLRQQRRYNSPRVLLSDSTPLEPPPLYL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 LDFEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVMVLGE
.. ::. . ::: : :: . : ::::.::::: :.:: ::..: ::.:..: ::::
CCDS85 MEDYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKS-HRGEYSVCDSESLWVTDKSSAIDIRGHQVTVLGE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 VNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDG-KQAAWR
.. .:: ::::.::.:.. :: .::::::.::::: : :..:.:.::: .. : ..::
CCDS85 IKTGNSPVKQYFYETRCKEARPVKNGCRGIDDKHWNSQCKTSQTYVRALTSENNKLVGWR
180 190 200 210 220 230
230 240
pF1KB9 FIRIDTACVCVLSRKAVRRA
.:::::.:::.:::: :
CCDS85 WIRIDTSCVCALSRKIGRT
240 250
>>CCDS44806.1 NTF3 gene_id:4908|Hs108|chr12 (270 aa)
initn: 464 init1: 402 opt: 601 Z-score: 727.9 bits: 142.3 E(32554): 3.2e-34
Smith-Waterman score: 634; 42.6% identity (67.4% similar) in 258 aa overlap (1-239:14-269)
10 20 30
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNVPAGHT------IPQAHWTK--
::.:::... :.: :::.. .. ..: . :: :
CCDS44 MVTFATILQVNKVMSILFYVIFLAYLRGIQGNNMDQRSLPEDSLNSLIIKLIQADILKNK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB9 -------LQHSLDTALRRARSA--PAAAIAARVAGQTRNITVDPRLFKKQR-LRSPRVLF
.... ...: .:.. : . :. : : :..: .:...:: :::::.
CCDS44 LSKQMVDVKENYQSTLPKAEAPREPERGGPAKSAFQPV-IAMDTELLRQQRRYNSPRVLL
70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 STQPPREAADTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTA
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CCDS44 SDSTPLEPPPLYLMEDYVGSPVVANRTSRRKRYAEHKS-HRGEYSVCDSESLWVTDKSSA
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 TDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVK
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CCDS44 IDIRGHQVTVLGEIKTGNSPVKQYFYETRCKEARPVKNGCRGIDDKHWNSQCKTSQTYVR
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240
pF1KB9 ALTMDG-KQAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
::: .. : ..::.:::::.:::.:::: :
CCDS44 ALTSENNKLVGWRWIRIDTSCVCALSRKIGRT
240 250 260 270
>>CCDS7866.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (247 aa)
initn: 435 init1: 272 opt: 497 Z-score: 603.6 bits: 119.1 E(32554): 2.7e-27
Smith-Waterman score: 497; 36.1% identity (63.5% similar) in 249 aa overlap (1-239:1-247)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNV--PAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAA
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CCDS78 MTILFLTMVISYFGCMKAAPMKEANIRGQGGLAYPGVRTHGTLESVNGPKAGSRGLTSLA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 -----IAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDFEVGGAAPF
. .. . ... . . : : . ::..:.: : : :. .
CCDS78 DTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLEEYKNYLDAA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 NRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWV--GDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFK
: . : .: :. : .:::.:::::.: :: .:: ::.:..: : :: .: .... .:
CCDS78 NMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVSKGQLK
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQ-AAWRFIRIDTACV
:::.:::: . . ::::::..:::: : ::...:.:::::.:. .::::::::.::
CCDS78 QYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKRIGWRFIRIDTSCV
180 190 200 210 220 230
240
pF1KB9 CVLSRKAVRRA
:.:. : :
CCDS78 CTLTIKRGR
240
>>CCDS7865.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (255 aa)
initn: 435 init1: 272 opt: 497 Z-score: 603.4 bits: 119.1 E(32554): 2.7e-27
Smith-Waterman score: 497; 36.1% identity (63.5% similar) in 249 aa overlap (1-239:9-255)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNV--PAGHTIPQAHWTKLQHSLDTALRR
:..:: :.. ... ..: : .:.:. .: . : .. .:..
CCDS78 MFHQVRRVMTILFLTMVISYFGCMKAAPMKEANIRGQGGLAYPGVRTHGTLESVNGPKAG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB9 ARSAPAAA-----IAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAADTQDLDF
.:. . : . .. . ... . . : : . ::..:.: : : :.
CCDS78 SRGLTSLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPPLLFLLEE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 EVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWV--GDKTTATDIKGKEVMVLGEV
. : . : .: :. : .:::.:::::.: :: .:: ::.:..: : :: .:
CCDS78 YKNYLDAANMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGTVTVLEKV
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 NINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGKQ-AAWRF
.... .::::.:::: . . ::::::..:::: : ::...:.:::::.:. .:::
CCDS78 PVSKGQLKQYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSKKRIGWRF
180 190 200 210 220 230
230 240
pF1KB9 IRIDTACVCVLSRKAVRRA
:::::.:::.:. : :
CCDS78 IRIDTSCVCTLTIKRGR
240 250
>>CCDS41628.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (262 aa)
initn: 435 init1: 272 opt: 497 Z-score: 603.2 bits: 119.1 E(32554): 2.8e-27
Smith-Waterman score: 497; 36.1% identity (63.5% similar) in 249 aa overlap (1-239:16-262)
10 20 30 40
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNV--PAGHTIPQAHWTKLQHS
:..:: :.. ... ..: : .:.:. .: . : .. .:
CCDS41 MQSREEEWFHQVRRVMTILFLTMVISYFGCMKAAPMKEANIRGQGGLAYPGVRTHGTLES
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB9 LDTALRRARSAPAAA-----IAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQPPREAA
.. .:. . : . .. . ... . . : : . ::..:.: : :
CCDS41 VNGPKAGSRGLTSLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLYTSRVMLSSQVPLEPP
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 DTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWV--GDKTTATDIKGKE
:. . : . : .: :. : .:::.:::::.: :: .:: ::.:..:
CCDS41 LLFLLEEYKNYLDAANMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWVTAADKKTAVDMSGGT
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 VMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTMDGK
: :: .: .... .::::.:::: . . ::::::..:::: : ::...:.:::::.:
CCDS41 VTVLEKVPVSKGQLKQYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQCRTTQSYVRALTMDSK
180 190 200 210 220 230
220 230 240
pF1KB9 Q-AAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
. .::::::::.:::.:. : :
CCDS41 KRIGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR
240 250 260
>>CCDS44558.1 BDNF gene_id:627|Hs108|chr11 (329 aa)
initn: 435 init1: 272 opt: 497 Z-score: 601.7 bits: 119.2 E(32554): 3.4e-27
Smith-Waterman score: 497; 36.1% identity (63.5% similar) in 249 aa overlap (1-239:83-329)
10 20
pF1KB9 MSMLFYTLITAFLIGIQAEPHSESNV--PA
:..:: :.. ... ..: : .:.:. .
CCDS44 GCAVYLHVSVEFNKLIPENGFIKFHQVRRVMTILFLTMVISYFGCMKAAPMKEANIRGQG
60 70 80 90 100 110
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 GHTIPQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAA-----IAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLR
: . : .. .:.. .:. . : . .. . ... . . : :
CCDS44 GLAYPGVRTHGTLESVNGPKAGSRGLTSLADTFEHVIEELLDEDQKVRPNEENNKDADLY
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 SPRVLFSTQPPREAADTQDLDFEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWV
. ::..:.: : : :. . : . : .: :. : .:::.:::::.: ::
CCDS44 TSRVMLSSQVPLEPPLLFLLEEYKNYLDAANMSMRVRRHSD-PA-RRGELSVCDSISEWV
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 --GDKTTATDIKGKEVMVLGEVNINNSVFKQYFFETKCRDPNPVDSGCRGIDSKHWNSYC
.:: ::.:..: : :: .: .... .::::.:::: . . ::::::..:::: :
CCDS44 TAADKKTAVDMSGGTVTVLEKVPVSKGQLKQYFYETKCNPMGYTKEGCRGIDKRHWNSQC
240 250 260 270 280 290
210 220 230 240
pF1KB9 TTTHTFVKALTMDGKQ-AAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
::...:.:::::.:. .::::::::.:::.:. : :
CCDS44 RTTQSYVRALTMDSKKRIGWRFIRIDTSCVCTLTIKRGR
300 310 320
>>CCDS12754.1 NTF4 gene_id:4909|Hs108|chr19 (210 aa)
initn: 385 init1: 166 opt: 373 Z-score: 455.8 bits: 91.5 E(32554): 4.6e-19
Smith-Waterman score: 458; 41.3% identity (66.7% similar) in 189 aa overlap (63-239:22-209)
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 PQAHWTKLQHSLDTALRRARSAPAAAIAARVAGQTRNITVDPRLFKKQRLRSPRVLFSTQ
. .: :. : : . : ::::..:
CCDS12 MLPLPSCSLPILLLFLLPSVPIESQPPPSTLPPFLAPEWDLLSPRVVLSRG
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140
pF1KB9 PPREAADTQDLD---FEVGGAAPFNRTHRSKRSSSHPIFHRGEFSVCDSVSVWVGDKTTA
: :. :. ...:: ::..:. : . : .:::..:::.:: :: :. ::
CCDS12 APAGPPLLFLLEAGAFRESAGAPANRSRRGV-SETAPASRRGELAVCDAVSGWVTDRRTA
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 TDIKGKEVMVLGEV-NINNSVFKQYFFETKCR-------DPNPVDSGCRGIDSKHWNSYC
.:..:.:: ::::: ..: ..::::::.:. :. .::::.: .:: : :
CCDS12 VDLRGREVEVLGEVPAAGGSPLRQYFFETRCKADNAEEGGPGAGGGGCRGVDRRHWVSEC
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240
pF1KB9 TTTHTFVKALTMDGK-QAAWRFIRIDTACVCVLSRKAVRRA
. ...:.::: :.. ...::.:::::::::.: .. :
CCDS12 KAKQSYVRALTADAQGRVGWRWIRIDTACVCTLLSRTGRA
180 190 200 210
241 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 02:00:40 2016 done: Sat Nov 5 02:00:40 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]