Result of FASTA (omim) for
pF1KB9829
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9829, 340 aa
1>>>pF1KB9829 340 - 340 aa - 340 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9535+/-0.000306; mu= 5.5792+/- 0.019
mean_var=178.5816+/-36.657, 0's: 0 Z-trim(123.2): 12 B-trim: 2298 in 1/53
Lambda= 0.095975
statistics sampled from 42452 (42466) to 42452 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.812), E-opt: 0.2 (0.498), width: 16
Scan time: 9.590
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_064611 (OMIM: 616639,616640) PR domain zinc fin ( 689) 497 80.5 1.2e-14
NP_001092873 (OMIM: 616639,616640) PR domain zinc ( 689) 497 80.5 1.2e-14
XP_005263203 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 689) 497 80.5 1.2e-14
XP_005263201 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 690) 497 80.5 1.2e-14
XP_005263202 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 690) 497 80.5 1.2e-14
XP_011530443 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 828) 497 80.6 1.3e-14
XP_016863957 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 873) 497 80.6 1.4e-14
XP_016863959 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 874) 497 80.6 1.4e-14
XP_011530442 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 874) 497 80.6 1.4e-14
XP_016863958 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 902) 497 80.6 1.4e-14
XP_011530437 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 923) 497 80.6 1.4e-14
XP_011530435 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR d ( 970) 497 80.6 1.5e-14
>>NP_064611 (OMIM: 616639,616640) PR domain zinc finger (689 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 384.3 bits: 80.5 E(85289): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:372-689)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
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pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
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pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
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NP_064 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
470 480 490 500
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
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NP_064 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
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220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
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560 570 580 590 600 610
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
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NP_064 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
620 630 640 650 660 670
330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
::::::::::::.
NP_064 ERHHLSRHMTSHN
680
>>NP_001092873 (OMIM: 616639,616640) PR domain zinc fing (689 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 384.3 bits: 80.5 E(85289): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:372-689)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
:: :: . . : . :. .. . . :..
NP_001 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
350 360 370 380 390 400
60 70 80 90 100
pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
.. : . :: ::. : : :::: ::: . .: : ::::
NP_001 GTADGAGVASEDQDAGGGGGSSTPAAASPVGAEKLLAPRPGGPLPSRLEGGSPARGSAFT
410 420 430 440 450 460
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
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NP_001 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
470 480 490 500
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
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NP_001 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
510 520 530 540 550
220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
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NP_001 GCGSLPSGGGGLPKQSPFLYATAFWPKSSAAAAAAAAAAAAGPLQLQLPSALTLLPPSFT
560 570 580 590 600 610
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
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NP_001 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
620 630 640 650 660 670
330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
::::::::::::.
NP_001 ERHHLSRHMTSHN
680
>>XP_005263203 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR domai (689 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 384.3 bits: 80.5 E(85289): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:372-689)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
:: :: . . : . :. .. . . :..
XP_005 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
350 360 370 380 390 400
60 70 80 90 100
pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
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XP_005 GTADGAGVASEDQDAGGGGGSSTPAAASPVGAEKLLAPRPGGPLPSRLEGGSPARGSAFT
410 420 430 440 450 460
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
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XP_005 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
470 480 490 500
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
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XP_005 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
510 520 530 540 550
220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
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XP_005 GCGSLPSGGGGLPKQSPFLYATAFWPKSSAAAAAAAAAAAAGPLQLQLPSALTLLPPSFT
560 570 580 590 600 610
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
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XP_005 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
620 630 640 650 660 670
330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
::::::::::::.
XP_005 ERHHLSRHMTSHN
680
>>XP_005263201 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR domai (690 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 384.3 bits: 80.5 E(85289): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:373-690)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
:: :: . . : . :. .. . . :..
XP_005 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
350 360 370 380 390 400
60 70 80 90 100
pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
.. : . :: ::. : : :::: ::: . .: : ::::
XP_005 GTADGAGVASEDQDAGGGGGSSTPAAASPVGAEKLLAPRPGGPLPSRLEGGSPARGSAFT
410 420 430 440 450 460
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
.:.. ..: :: .: : ::. .:: :..: ::
XP_005 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
470 480 490 500
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
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XP_005 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
510 520 530 540 550
220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
.: . . : : :: : ..: . . : . ..... .. .::::..:
XP_005 GCGSLPSGGGGLPKQSPFLYATAFWPKSSAAAAAAAAAAAAGPLQLQLPSALTLLPPSFT
560 570 580 590 600 610
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
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XP_005 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
620 630 640 650 660 670
330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
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XP_005 ERHHLSRHMTSHN
680 690
>>XP_005263202 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR domai (690 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 384.3 bits: 80.5 E(85289): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:373-690)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
:: :: . . : . :. .. . . :..
XP_005 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
350 360 370 380 390 400
60 70 80 90 100
pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
.. : . :: ::. : : :::: ::: . .: : ::::
XP_005 GTADGAGVASEDQDAGGGGGSSTPAAASPVGAEKLLAPRPGGPLPSRLEGGSPARGSAFT
410 420 430 440 450 460
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
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XP_005 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
470 480 490 500
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
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XP_005 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
510 520 530 540 550
220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
.: . . : : :: : ..: . . : . ..... .. .::::..:
XP_005 GCGSLPSGGGGLPKQSPFLYATAFWPKSSAAAAAAAAAAAAGPLQLQLPSALTLLPPSFT
560 570 580 590 600 610
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
:: : .:::::::: :::.:::::.:::::::::.: .: ..:::: : ::.:.: ::
XP_005 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
620 630 640 650 660 670
330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
::::::::::::.
XP_005 ERHHLSRHMTSHN
680 690
>>XP_011530443 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR domai (828 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 383.2 bits: 80.6 E(85289): 1.3e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:511-828)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
:: :: . . : . :. .. . . :..
XP_011 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
490 500 510 520 530 540
60 70 80 90 100
pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
.. : . :: ::. : : :::: ::: . .: : ::::
XP_011 GTADGAGVASEDQDAGGGGGSSTPAAASPVGAEKLLAPRPGGPLPSRLEGGSPARGSAFT
550 560 570 580 590 600
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
.:.. ..: :: .: : ::. .:: :..: ::
XP_011 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
610 620 630
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
::.:.. .. : .: .. : . ::..: ..: :: .:. : :
XP_011 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
640 650 660 670 680 690
220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
.: . . : : :: : ..: . . : . ..... .. .::::..:
XP_011 GCGSLPSGGGGLPKQSPFLYATAFWPKSSAAAAAAAAAAAAGPLQLQLPSALTLLPPSFT
700 710 720 730 740 750
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
:: : .:::::::: :::.:::::.:::::::::.: .: ..:::: : ::.:.: ::
XP_011 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
760 770 780 790 800 810
330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
::::::::::::.
XP_011 ERHHLSRHMTSHN
820
>>XP_016863957 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR domai (873 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 382.9 bits: 80.6 E(85289): 1.4e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:556-873)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
:: :: . . : . :. .. . . :..
XP_016 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
530 540 550 560 570 580
60 70 80 90 100
pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
.. : . :: ::. : : :::: ::: . .: : ::::
XP_016 GTADGAGVASEDQDAGGGGGSSTPAAASPVGAEKLLAPRPGGPLPSRLEGGSPARGSAFT
590 600 610 620 630 640
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
.:.. ..: :: .: : ::. .:: :..: ::
XP_016 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
650 660 670 680
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
::.:.. .. : .: .. : . ::..: ..: :: .:. : :
XP_016 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
690 700 710 720 730 740
220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
.: . . : : :: : ..: . . : . ..... .. .::::..:
XP_016 GCGSLPSGGGGLPKQSPFLYATAFWPKSSAAAAAAAAAAAAGPLQLQLPSALTLLPPSFT
750 760 770 780 790 800
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
:: : .:::::::: :::.:::::.:::::::::.: .: ..:::: : ::.:.: ::
XP_016 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
810 820 830 840 850 860
330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
::::::::::::.
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:: :: . . : . :. .. . . :..
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::.:.. .. : .: .. : . ::..: ..: :: .:. : :
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XP_016 ERHHLSRHMTSHN
870
>>XP_011530442 (OMIM: 616639,616640) PREDICTED: PR domai (874 aa)
initn: 465 init1: 249 opt: 497 Z-score: 382.9 bits: 80.6 E(85289): 1.4e-14
Smith-Waterman score: 515; 35.6% identity (55.7% similar) in 343 aa overlap (24-340:557-874)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
:: :: . . : . :. .. . . :..
XP_011 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
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pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
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XP_011 ERHHLSRHMTSHN
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pF1KB9 MPEWPPCLSVAPALVITMAAGKGAPLSPSAENRWRLSEPELGRGCKPVLLEK-
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XP_016 PASKEDLVCTPQQYRASGSYFGLEENGRLFAPPSPETGEAKRSAFVEVKKAARAASLQEE
560 570 580 590 600 610
60 70 80 90 100
pF1KB9 --TNRLGPEAAVGRAGRDVGSAELALLVAPGK-----PRPGKPLPPKTRG--EQRQSAFT
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XP_016 GTADGAGVASEDQDAGGGGGSSTPAAASPVGAEKLLAPRPGGPLPSRLEGGSPARGSAFT
620 630 640 650 660 670
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 ELPRMKDRQVDAQAQEREHDDPTGQPGAPQLTQNIPRGPAGSKVFSVWPSGARSEQR-SA
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XP_016 SVPQL------GSAGSTSGGGGTGAGAA---------GGAGG------GQGAASDERKSA
680 690 700 710
170 180 190 200 210
pF1KB9 FSKPTKRPAE-RP-----ELTSVFPAGESADALGELSGLLNTTD-LACWGRLSTPKLLVG
::.:.. .. : .: .. : . ::..: ..: :: .:. : :
XP_016 FSQPARSFSQLSPLVLGQKLGALEPC-HPADGVGPTRLYPAAADPLAV--KLQGAADLNG
720 730 740 750 760 770
220 230 240 250 260
pF1KB9 DLWNLQALPQNAPLCSTFLGAPTLWLEHTQAQVPPPSSSST--------TSWALLPPTLT
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XP_016 GCGSLPSGGGGLPKQSPFLYATAFWPKSSAAAAAAAAAAAAGPLQLQLPSALTLLPPSFT
780 790 800 810 820 830
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 SLGLSTQNWCAKCNLSFRLTSDLVFHMRSHHKKEHAGPDPHSQKRREEALACPVCQEHFR
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XP_016 SLCLPAQNWCAKCNASFRMTSDLVYHMRSHHKKEYAM-EPLVKRRREEKLKCPICNESFR
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330 340
pF1KB9 ERHHLSRHMTSHS
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XP_016 ERHHLSRHMTSHN
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340 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]