Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9840
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9840, 356 aa
1>>>pF1KB9840 356 - 356 aa - 356 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0600+/-0.000928; mu= 13.0372+/- 0.056
mean_var=81.0118+/-16.423, 0's: 0 Z-trim(106.4): 43 B-trim: 231 in 1/51
Lambda= 0.142495
statistics sampled from 8914 (8954) to 8914 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.275), width: 16
Scan time: 2.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1898.1 PCBP1 gene_id:5093|Hs108|chr2 ( 356) 2318 486.2 1.8e-137
CCDS44901.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 365) 1889 398.0 6.6e-111
CCDS8859.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 362) 1881 396.3 2.1e-110
CCDS55830.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 361) 1864 392.8 2.3e-109
CCDS44900.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 366) 1515 321.1 9.3e-88
CCDS44902.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 335) 1143 244.6 9e-65
CCDS44904.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 318) 1111 238.0 8.2e-63
CCDS44903.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 ( 331) 1111 238.0 8.5e-63
CCDS42974.2 PCBP3 gene_id:54039|Hs108|chr21 ( 371) 1008 216.9 2.2e-56
CCDS46652.1 PCBP3 gene_id:54039|Hs108|chr21 ( 345) 918 198.4 7.7e-51
CCDS2839.1 PCBP4 gene_id:57060|Hs108|chr3 ( 403) 797 173.5 2.7e-43
CCDS2840.2 PCBP4 gene_id:57060|Hs108|chr3 ( 360) 552 123.1 3.6e-28
>>CCDS1898.1 PCBP1 gene_id:5093|Hs108|chr2 (356 aa)
initn: 2318 init1: 2318 opt: 2318 Z-score: 2581.4 bits: 486.2 E(32554): 1.8e-137
Smith-Waterman score: 2318; 100.0% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
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CCDS18 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
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CCDS18 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
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CCDS18 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCSDAAGYPHATHDLEGPPLDAYSIQGQHTISPLDLAKLNQ
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CCDS18 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCSDAAGYPHATHDLEGPPLDAYSIQGQHTISPLDLAKLNQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 VARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTTHELTIPNNLIGCIIGRQGA
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CCDS18 VARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTTHELTIPNNLIGCIIGRQGA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB9 NINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSEKGMGCS
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CCDS18 NINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSEKGMGCS
310 320 330 340 350
>>CCDS44901.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (365 aa)
initn: 1881 init1: 1052 opt: 1889 Z-score: 2104.6 bits: 398.0 E(32554): 6.6e-111
Smith-Waterman score: 1896; 82.8% identity (91.6% similar) in 367 aa overlap (1-356:1-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
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CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
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CCDS44 LAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKGGCKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
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CCDS44 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLETLSQSPPKGV-T
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB9 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCS---DAAGYPHATH------DLEGPPLDAYSIQGQHTIS
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CCDS44 IPYRPKPSSSPVIFAGGQDRYSTGSDSASFPHTTPSMCLNPDLEGPPLEAYTIQGQYAIP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 PLDLAKLNQVARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTT-HELTIPNNL
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CCDS44 QPDLTKLHQLAMQQSHFPMTHGNTGFSGIESSSPEVKGYWG-LDASAQTTSHELTIPNDL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 IGCIIGRQGANINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSE
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CCDS44 IGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRLSSE
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KG-MGCS
: :: :
CCDS44 TGGMGSS
360
>>CCDS8859.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (362 aa)
initn: 1970 init1: 1017 opt: 1881 Z-score: 2095.8 bits: 396.3 E(32554): 2.1e-110
Smith-Waterman score: 1881; 81.7% identity (91.3% similar) in 367 aa overlap (1-356:1-362)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
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CCDS88 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
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CCDS88 LAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKGGCKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
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CCDS88 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLES---PPKG--VT
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB9 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCS---DAAGYPHATH------DLEGPPLDAYSIQGQHTIS
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CCDS88 IPYRPKPSSSPVIFAGGQDRYSTGSDSASFPHTTPSMCLNPDLEGPPLEAYTIQGQYAIP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 PLDLAKLNQVARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTT-HELTIPNNL
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CCDS88 QPDLTKLHQLAMQQSHFPMTHGNTGFSGIESSSPEVKGYWAGLDASAQTTSHELTIPNDL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 IGCIIGRQGANINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSE
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CCDS88 IGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRLSSE
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KG-MGCS
: :: :
CCDS88 TGGMGSS
360
>>CCDS55830.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (361 aa)
initn: 1846 init1: 1017 opt: 1864 Z-score: 2076.9 bits: 392.8 E(32554): 2.3e-109
Smith-Waterman score: 1864; 81.5% identity (91.0% similar) in 367 aa overlap (1-356:1-361)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
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CCDS55 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
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CCDS55 LAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKGGCKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
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CCDS55 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLES---PPKG--VT
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB9 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCS---DAAGYPHATH------DLEGPPLDAYSIQGQHTIS
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CCDS55 IPYRPKPSSSPVIFAGGQDRYSTGSDSASFPHTTPSMCLNPDLEGPPLEAYTIQGQYAIP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 PLDLAKLNQVARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTT-HELTIPNNL
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CCDS55 QPDLTKLHQLAMQQSHFPMTHGNTGFSGIESSSPEVKGYWG-LDASAQTTSHELTIPNDL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 IGCIIGRQGANINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSE
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CCDS55 IGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRLSSE
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KG-MGCS
: :: :
CCDS55 TGGMGSS
360
>>CCDS44900.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (366 aa)
initn: 1895 init1: 1052 opt: 1515 Z-score: 1689.0 bits: 321.1 E(32554): 9.3e-88
Smith-Waterman score: 1913; 83.1% identity (91.8% similar) in 367 aa overlap (1-356:1-366)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
::.:: :.:::::::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::::::::
CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
:.:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS44 LAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKGGCKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
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CCDS44 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLETLSQSPPKGV-T
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB9 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCS---DAAGYPHATH------DLEGPPLDAYSIQGQHTIS
:::.: :.::::: :::::: : :.:..::.: :::::::.::.::::..:
CCDS44 IPYRPKPSSSPVIFAGGQDRYSTGSDSASFPHTTPSMCLNPDLEGPPLEAYTIQGQYAIP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 PLDLAKLNQVARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTT-HELTIPNNL
::.::.:.: ::::: : ::.:::.::.:::::::::::.::::.::: :::::::.:
CCDS44 QPDLTKLHQLAMQQSHFPMTHGNTGFSGIESSSPEVKGYWAGLDASAQTTSHELTIPNDL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 IGCIIGRQGANINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSE
::::::::::.:::::::::::::::::::::. ::::::::::::::::::::.:::::
CCDS44 IGCIIGRQGAKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRLSSE
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KG-MGCS
: :: :
CCDS44 TGGMGSS
360
>>CCDS44902.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (335 aa)
initn: 1823 init1: 1052 opt: 1143 Z-score: 1276.3 bits: 244.6 E(32554): 9e-65
Smith-Waterman score: 1785; 81.0% identity (88.5% similar) in 358 aa overlap (1-356:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
::.:: :.:::::::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::::::::
CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
:.:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS44 LAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKGGCKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
::::::::::::::::::::::::::::::.:::. :::::::.:::::::::: : :
CCDS44 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLETLSQSPPKGV-T
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCSDAAGYPHATHDLEGPPLDAYSIQGQHTISPLDLAKLNQ
:::.: :.::::: :::: ::.::::..: ::.::.:
CCDS44 IPYRPKPSSSPVIFAGGQ----------------------AYTIQGQYAIPQPDLTKLHQ
180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KB9 VARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTT-HELTIPNNLIGCIIGRQG
.: ::::: : ::.:::.::.:::::::::::.::::.::: :::::::.::::::::::
CCDS44 LAMQQSHFPMTHGNTGFSGIESSSPEVKGYWAGLDASAQTTSHELTIPNDLIGCIIGRQG
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 ANINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSEKG-MGCS
:.:::::::::::::::::::::. ::::::::::::::::::::.::::: : :: :
CCDS44 AKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRLSSETGGMGSS
280 290 300 310 320 330
>>CCDS44904.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (318 aa)
initn: 1746 init1: 1017 opt: 1111 Z-score: 1241.1 bits: 238.0 E(32554): 8.2e-63
Smith-Waterman score: 1629; 76.3% identity (84.4% similar) in 358 aa overlap (1-356:1-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
::.:: :.:::::::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::::::::
CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LTGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDINSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPATQCGSLIGKGGCKI
:.:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS44 LAGPTNAIFKAFAMIIDKLEEDISSSMTNSTAASRPPVTLRLVVPASQCGSLIGKGGCKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGVPQSVTECVKQICLVMLETLSQSPQGRVMT
::::::::::::::::::::::::::::::.:::. :::::::.::::. :.: .:
CCDS44 KEIRESTGAQVQVAGDMLPNSTERAITIAGIPQSIIECVKQICVVMLES---PPKG--VT
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IPYQPMPASSPVICAGGQDRCSDAAGYPHATHDLEGPPLDAYSIQGQHTISPLDLAKLNQ
:::.: :.::::: :::: ::.::::..: ::.::.:
CCDS44 IPYRPKPSSSPVIFAGGQ----------------------AYTIQGQYAIPQPDLTKLHQ
180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KB9 VARQQSHFAMMHGGTGFAGIDSSSPEVKGYWASLDASTQTT-HELTIPNNLIGCIIGRQG
.: ::::: : ::.:::. :.::::.::: :::::::.::::::::::
CCDS44 LAMQQSHFPMTHGNTGFS-------------AGLDASAQTTSHELTIPNDLIGCIIGRQG
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 ANINEIRQMSGAQIKIANPVEGSSGRQVTITGSAASISLAQYLINARLSSEKG-MGCS
:.:::::::::::::::::::::. ::::::::::::::::::::.::::: : :: :
CCDS44 AKINEIRQMSGAQIKIANPVEGSTDRQVTITGSAASISLAQYLINVRLSSETGGMGSS
270 280 290 300 310
>>CCDS44903.1 PCBP2 gene_id:5094|Hs108|chr12 (331 aa)
initn: 1788 init1: 1017 opt: 1111 Z-score: 1240.9 bits: 238.0 E(32554): 8.5e-63
Smith-Waterman score: 1753; 79.6% identity (88.0% similar) in 358 aa overlap (1-356:1-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDAGVTESGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKRIREESGARINISEGNCPERIIT
::.:: :.:::::::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::::::::
CCDS44 MDTGVIEGGLNVTLTIRLLMHGKEVGSIIGKKGESVKKMREESGARINISEGNCPERIIT
10 20 30 40 50 60
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:::.: :.::::: :::: ::.::::..: ::.::.:
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10 20 30
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]