Result of FASTA (omim) for
pF1KB9876
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9876, 542 aa
1>>>pF1KB9876 542 - 542 aa - 542 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2366+/-0.000471; mu= 1.7323+/- 0.029
mean_var=463.2793+/-122.894, 0's: 0 Z-trim(118.7): 277 B-trim: 3648 in 2/52
Lambda= 0.059587
statistics sampled from 31445 (31954) to 31445 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16
Scan time: 8.010
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011507633 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1291) 943 96.9 4.1e-19
NP_665739 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable (1315) 943 96.9 4.1e-19
NP_997054 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable (1357) 943 96.9 4.2e-19
XP_016856237 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 943 96.9 4.2e-19
XP_005245063 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 943 96.9 4.2e-19
XP_016856238 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 943 96.9 4.2e-19
XP_005245062 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1357) 943 96.9 4.2e-19
XP_005245058 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1410) 943 97.0 4.3e-19
XP_005245056 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1410) 943 97.0 4.3e-19
NP_055915 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable (1410) 943 97.0 4.3e-19
XP_005245057 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1410) 943 97.0 4.3e-19
XP_016856233 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1417) 943 97.0 4.3e-19
NP_001181867 (OMIM: 614787,616364) pogo transposab (1348) 932 96.0 8e-19
XP_016856234 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1401) 932 96.0 8.2e-19
XP_016856235 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1401) 932 96.0 8.2e-19
NP_001181866 (OMIM: 614787,616364) pogo transposab (1401) 932 96.0 8.2e-19
XP_016856236 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo (1361) 543 62.5 9.4e-09
>>XP_011507633 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo tra (1291 aa)
initn: 989 init1: 752 opt: 943 Z-score: 464.2 bits: 96.9 E(85289): 4.1e-19
Smith-Waterman score: 946; 36.1% identity (63.5% similar) in 501 aa overlap (53-536:125-607)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 REEDDEDPDLIYVGVEHVHRDAEVLFVGMISNSKPVVSNILNRVTPGSNSRRKKGHFR-Q
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100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130
pF1KB9 YPAHVSQPANHVTSMAKAIMP-VSLSEGRSTDSP-VTMKSSSEPGYKMSSPQVVSPSSSD
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XP_011 SPGQSNQTTNPKLAPSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVA-KLVNTLNTIPSLGQ
160 170 180 190 200 210
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 SLPPGTQCLVGAMVSGGGRNESSPDSKRLSTSDINSRDSKRVKLRDG----IPGVPSLAV
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XP_011 S--PGPVVVSNNSSAHGSQRTSGPESSMKVTSSIPVFD-----LQDGGRKICPRCNAQFR
220 230 240 250 260
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 VPSDMSSTISTNTPSQGICNSSNHVQNGVTFP-WPDANGKAHFNLTDPERASESAL---A
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270 280 290 300 310 320
260 270 280 290 300
pF1KB9 MTDISSLASQNKTF-DPKKENPIVLLSDFYYGQHKGD-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVL
.. ... :.. : . . :.:..:::::. : .: . :. :.:.: :.: :
XP_011 LSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLIMLVDDFYYGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRL
330 340 350 360 370 380
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KN-IKFMNHMKHHLEFEKQRNDSWEDHTTCQHCHRQFPTPFQLQCHIDSVHIAMGPSAVC
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XP_011 KNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGEVDGHTICQHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKC
390 400 410 420 430 440
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 KICELSFETDQVLLQHMKDHHKPGEMPYVCQVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCL
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XP_011 KICEWAFESEPLFLQHMKDTHKPGEMPYVCQVCQYRSSLYSEVDVHFRMIHEDTRHLLCP
450 460 470 480 490 500
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 FCLKLFKTAIPYMNHCWRHSRRRVLQCSKCRLQFLTLKEEIEHKTKDHQTFKKPEQLQGF
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XP_011 YCLKVFKNGNAFQQHYMRHQKRNVYHCNKCRLQFLFAKDKIEHKLQHHKTFRKPKQLEGL
510 520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 PRETKVIIQTSV-QPGSSGMASVIVSNTDPQSSPVKTKKKTAMNTRDSRLPCSKDSS
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XP_011 KPGTKVTIRASRGQP-----RTVPVSSND--TPPSALQEAAPLTSSMDPLPVFLYPPVQR
570 580 590 600 610
XP_011 SIQKRAVRKMSVMGRQTCLECSFEIPDFPNHFPTYVHCSLCRYSTCCSRAYANHMINNHV
620 630 640 650 660 670
>>NP_665739 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable elem (1315 aa)
initn: 947 init1: 752 opt: 943 Z-score: 464.1 bits: 96.9 E(85289): 4.1e-19
Smith-Waterman score: 946; 36.1% identity (63.5% similar) in 501 aa overlap (53-536:149-631)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 REEDDEDPDLIYVGVEHVHRDAEVLFVGMISNSKPVVSNILNRVTPGSNSRRKKGHFR-Q
:.:. . :. . .:: ... . :.. :
NP_665 PGSTMPVRPTTNTFTTVIPATLTIRSTVPQSQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQ
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130
pF1KB9 YPAHVSQPANHVTSMAKAIMP-VSLSEGRSTDSP-VTMKSSSEPGYKMSSPQVVSPSSSD
:.. .: .: . . : ::.. .. : :: ..:.: . :. . . :: ..
NP_665 SPGQSNQTTNPKLAPSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVA-KLVNTLNTIPSLGQ
180 190 200 210 220 230
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 SLPPGTQCLVGAMVSGGGRNESSPDSKRLSTSDINSRDSKRVKLRDG----IPGVPSLAV
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NP_665 S--PGPVVVSNNSSAHGSQRTSGPESSMKVTSSIPVFD-----LQDGGRKICPRCNAQFR
240 250 260 270 280 290
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 VPSDMSSTISTNTPSQGICNSSNHVQNGVTFP-WPDANGKAHFNLTDPERASESAL---A
: . . . : . . ... .. . : :.: . : : .. :. :
NP_665 VTEALRGHMCYCCPE--MVEYQKKGKSLDSEPSVPSAAKPPSPEKTAPVASTPSSTPIPA
300 310 320 330 340
260 270 280 290 300
pF1KB9 MTDISSLASQNKTF-DPKKENPIVLLSDFYYGQHKGD-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVL
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NP_665 LSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLIMLVDDFYYGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRL
350 360 370 380 390 400
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KN-IKFMNHMKHHLEFEKQRNDSWEDHTTCQHCHRQFPTPFQLQCHIDSVHIAMGPSAVC
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NP_665 KNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGEVDGHTICQHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKC
410 420 430 440 450 460
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 KICELSFETDQVLLQHMKDHHKPGEMPYVCQVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCL
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NP_665 KICEWAFESEPLFLQHMKDTHKPGEMPYVCQVCQYRSSLYSEVDVHFRMIHEDTRHLLCP
470 480 490 500 510 520
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 FCLKLFKTAIPYMNHCWRHSRRRVLQCSKCRLQFLTLKEEIEHKTKDHQTFKKPEQLQGF
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NP_665 YCLKVFKNGNAFQQHYMRHQKRNVYHCNKCRLQFLFAKDKIEHKLQHHKTFRKPKQLEGL
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490 500 510 520 530 540
pF1KB9 PRETKVIIQTSV-QPGSSGMASVIVSNTDPQSSPVKTKKKTAMNTRDSRLPCSKDSS
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NP_665 KPGTKVTIRASRGQP-----RTVPVSSND--TPPSALQEAAPLTSSMDPLPVFLYPPVQR
590 600 610 620 630 640
NP_665 SIQKRAVRKMSVMGRQTCLECSFEIPDFPNHFPTYVHCSLCRYSTCCSRAYANHMINNHV
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>>NP_997054 (OMIM: 614787,616364) pogo transposable elem (1357 aa)
initn: 989 init1: 752 opt: 943 Z-score: 464.0 bits: 96.9 E(85289): 4.2e-19
Smith-Waterman score: 946; 36.1% identity (63.5% similar) in 501 aa overlap (53-536:191-673)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 REEDDEDPDLIYVGVEHVHRDAEVLFVGMISNSKPVVSNILNRVTPGSNSRRKKGHFR-Q
:.:. . :. . .:: ... . :.. :
NP_997 PGSTMPVRPTTNTFTTVIPATLTIRSTVPQSQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQ
170 180 190 200 210 220
90 100 110 120 130
pF1KB9 YPAHVSQPANHVTSMAKAIMP-VSLSEGRSTDSP-VTMKSSSEPGYKMSSPQVVSPSSSD
:.. .: .: . . : ::.. .. : :: ..:.: . :. . . :: ..
NP_997 SPGQSNQTTNPKLAPSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVA-KLVNTLNTIPSLGQ
230 240 250 260 270
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 SLPPGTQCLVGAMVSGGGRNESSPDSKRLSTSDINSRDSKRVKLRDG----IPGVPSLAV
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NP_997 S--PGPVVVSNNSSAHGSQRTSGPESSMKVTSSIPVFD-----LQDGGRKICPRCNAQFR
280 290 300 310 320 330
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 VPSDMSSTISTNTPSQGICNSSNHVQNGVTFP-WPDANGKAHFNLTDPERASESAL---A
: . . . : . . ... .. . : :.: . : : .. :. :
NP_997 VTEALRGHMCYCCPE--MVEYQKKGKSLDSEPSVPSAAKPPSPEKTAPVASTPSSTPIPA
340 350 360 370 380 390
260 270 280 290 300
pF1KB9 MTDISSLASQNKTF-DPKKENPIVLLSDFYYGQHKGD-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVL
.. ... :.. : . . :.:..:::::. : .: . :. :.:.: :.: :
NP_997 LSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLIMLVDDFYYGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRL
400 410 420 430 440 450
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KN-IKFMNHMKHHLEFEKQRNDSWEDHTTCQHCHRQFPTPFQLQCHIDSVHIAMGPSAVC
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NP_997 KNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGEVDGHTICQHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKC
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pF1KB9 KICELSFETDQVLLQHMKDHHKPGEMPYVCQVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCL
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NP_997 KICEWAFESEPLFLQHMKDTHKPGEMPYVCQVCQYRSSLYSEVDVHFRMIHEDTRHLLCP
510 520 530 540 550 560
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 FCLKLFKTAIPYMNHCWRHSRRRVLQCSKCRLQFLTLKEEIEHKTKDHQTFKKPEQLQGF
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NP_997 YCLKVFKNGNAFQQHYMRHQKRNVYHCNKCRLQFLFAKDKIEHKLQHHKTFRKPKQLEGL
570 580 590 600 610 620
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 PRETKVIIQTSV-QPGSSGMASVIVSNTDPQSSPVKTKKKTAMNTRDSRLPCSKDSS
::: :..: :: .: ::..: . : .. . ... . ::
NP_997 KPGTKVTIRASRGQP-----RTVPVSSND--TPPSALQEAAPLTSSMDPLPVFLYPPVQR
630 640 650 660 670 680
NP_997 SIQKRAVRKMSVMGRQTCLECSFEIPDFPNHFPTYVHCSLCRYSTCCSRAYANHMINNHV
690 700 710 720 730 740
>>XP_016856237 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo tra (1357 aa)
initn: 989 init1: 752 opt: 943 Z-score: 464.0 bits: 96.9 E(85289): 4.2e-19
Smith-Waterman score: 946; 36.1% identity (63.5% similar) in 501 aa overlap (53-536:191-673)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 REEDDEDPDLIYVGVEHVHRDAEVLFVGMISNSKPVVSNILNRVTPGSNSRRKKGHFR-Q
:.:. . :. . .:: ... . :.. :
XP_016 PGSTMPVRPTTNTFTTVIPATLTIRSTVPQSQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQ
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pF1KB9 YPAHVSQPANHVTSMAKAIMP-VSLSEGRSTDSP-VTMKSSSEPGYKMSSPQVVSPSSSD
:.. .: .: . . : ::.. .. : :: ..:.: . :. . . :: ..
XP_016 SPGQSNQTTNPKLAPSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVA-KLVNTLNTIPSLGQ
230 240 250 260 270
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pF1KB9 SLPPGTQCLVGAMVSGGGRNESSPDSKRLSTSDINSRDSKRVKLRDG----IPGVPSLAV
: :: . . . :.. :.:.:. ::.: : :.:: : .
XP_016 S--PGPVVVSNNSSAHGSQRTSGPESSMKVTSSIPVFD-----LQDGGRKICPRCNAQFR
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pF1KB9 VPSDMSSTISTNTPSQGICNSSNHVQNGVTFP-WPDANGKAHFNLTDPERASESAL---A
: . . . : . . ... .. . : :.: . : : .. :. :
XP_016 VTEALRGHMCYCCPE--MVEYQKKGKSLDSEPSVPSAAKPPSPEKTAPVASTPSSTPIPA
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260 270 280 290 300
pF1KB9 MTDISSLASQNKTF-DPKKENPIVLLSDFYYGQHKGD-GQPEQ--KTHTTFKCLSCVKVL
.. ... :.. : . . :.:..:::::. : .: . :. :.:.: :.: :
XP_016 LSPPTKVPEPNENVGDAVQTKLIMLVDDFYYGRDGGKVAQLTNFPKVATSFRCPHCTKRL
400 410 420 430 440 450
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KN-IKFMNHMKHHLEFEKQRNDSWEDHTTCQHCHRQFPTPFQLQCHIDSVHIAMGPSAVC
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XP_016 KNNIRFMNHMKHHVELDQQ-NGEVDGHTICQHCYRQFSTPFQLQCHLENVHSPYESTTKC
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370 380 390 400 410 420
pF1KB9 KICELSFETDQVLLQHMKDHHKPGEMPYVCQVCHYRSSVFADVETHFRTCHENTKNLLCL
:::: .::.. ..:::::: :::::::::::::.::::....:..::: ::.:..:::
XP_016 KICEWAFESEPLFLQHMKDTHKPGEMPYVCQVCQYRSSLYSEVDVHFRMIHEDTRHLLCP
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pF1KB9 FCLKLFKTAIPYMNHCWRHSRRRVLQCSKCRLQFLTLKEEIEHKTKDHQTFKKPEQLQGF
.:::.::.. ...: ::..: : .:.::::::: :..:::: . :.::.::.::.:.
XP_016 YCLKVFKNGNAFQQHYMRHQKRNVYHCNKCRLQFLFAKDKIEHKLQHHKTFRKPKQLEGL
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pF1KB9 PRETKVIIQTSV-QPGSSGMASVIVSNTDPQSSPVKTKKKTAMNTRDSRLPCSKDSS
::: :..: :: .: ::..: . : .. . ... . ::
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>>XP_005245063 (OMIM: 614787,616364) PREDICTED: pogo tra (1357 aa)
initn: 989 init1: 752 opt: 943 Z-score: 464.0 bits: 96.9 E(85289): 4.2e-19
Smith-Waterman score: 946; 36.1% identity (63.5% similar) in 501 aa overlap (53-536:191-673)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 REEDDEDPDLIYVGVEHVHRDAEVLFVGMISNSKPVVSNILNRVTPGSNSRRKKGHFR-Q
:.:. . :. . .:: ... . :.. :
XP_005 PGSTMPVRPTTNTFTTVIPATLTIRSTVPQSQSQQTKSTPSTSTTPTATQPTSLGQLAVQ
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pF1KB9 YPAHVSQPANHVTSMAKAIMP-VSLSEGRSTDSP-VTMKSSSEPGYKMSSPQVVSPSSSD
:.. .: .: . . : ::.. .. : :: ..:.: . :. . . :: ..
XP_005 SPGQSNQTTNPKLAPSFPSPPAVSIASFVTVKRPGVTGENSNEVA-KLVNTLNTIPSLGQ
230 240 250 260 270
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pF1KB9 SLPPGTQCLVGAMVSGGGRNESSPDSKRLSTSDINSRDSKRVKLRDG----IPGVPSLAV
: :: . . . :.. :.:.:. ::.: : :.:: : .
XP_005 S--PGPVVVSNNSSAHGSQRTSGPESSMKVTSSIPVFD-----LQDGGRKICPRCNAQFR
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