Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9879
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9879, 584 aa
1>>>pF1KB9879 584 - 584 aa - 584 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5949+/-0.000861; mu= 2.2867+/- 0.052
mean_var=273.4198+/-55.392, 0's: 0 Z-trim(116.6): 11 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.077564
statistics sampled from 17213 (17222) to 17213 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.815), E-opt: 0.2 (0.529), width: 16
Scan time: 3.660
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12678.1 IRF2BP1 gene_id:26145|Hs108|chr19 ( 584) 4068 468.2 1.2e-131
CCDS1602.1 IRF2BP2 gene_id:359948|Hs108|chr1 ( 587) 962 120.7 5.2e-27
CCDS41475.1 IRF2BP2 gene_id:359948|Hs108|chr1 ( 571) 648 85.5 1.9e-16
CCDS9854.1 IRF2BPL gene_id:64207|Hs108|chr14 ( 796) 616 82.1 3e-15
>>CCDS12678.1 IRF2BP1 gene_id:26145|Hs108|chr19 (584 aa)
initn: 4068 init1: 4068 opt: 4068 Z-score: 2476.8 bits: 468.2 E(32554): 1.2e-131
Smith-Waterman score: 4068; 100.0% identity (100.0% similar) in 584 aa overlap (1-584:1-584)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MASVQASRRQWCYLCDLPKMPWAMVWDFSEAVCRGCVNFEGADRIELLIDAARQLKRSHV
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CCDS12 MASVQASRRQWCYLCDLPKMPWAMVWDFSEAVCRGCVNFEGADRIELLIDAARQLKRSHV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LPEGRSPGPPALKHPATKDLAAAAAQGPQLPPPQAQPQPSGTGGGVSGQDRYDRATSSGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LPEGRSPGPPALKHPATKDLAAAAAQGPQLPPPQAQPQPSGTGGGVSGQDRYDRATSSGR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 LPLPSPALEYTLGSRLANGLGREEAVAEGARRALLGSMPGLMPPGLLAAAVSGLGSRGLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LPLPSPALEYTLGSRLANGLGREEAVAEGARRALLGSMPGLMPPGLLAAAVSGLGSRGLT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LAPGLSPARPLFGSDFEKEKQQRNADCLAELNEAMRGRAEEWHGRPKAVREQLLALSACA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LAPGLSPARPLFGSDFEKEKQQRNADCLAELNEAMRGRAEEWHGRPKAVREQLLALSACA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 PFNVRFKKDHGLVGRVFAFDATARPPGYEFELKLFTEYPCGSGNVYAGVLAVARQMFHDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PFNVRFKKDHGLVGRVFAFDATARPPGYEFELKLFTEYPCGSGNVYAGVLAVARQMFHDA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LREPGKALASSGFKYLEYERRHGSGEWRQLGELLTDGVRSFREPAPAEALPQQYPEPAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LREPGKALASSGFKYLEYERRHGSGEWRQLGELLTDGVRSFREPAPAEALPQQYPEPAPA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 ALCGPPPRAPSRNLAPTPRRRKASPEPEGEAAGKMTTEEQQQRHWVAPGGPYSAETPGVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ALCGPPPRAPSRNLAPTPRRRKASPEPEGEAAGKMTTEEQQQRHWVAPGGPYSAETPGVP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 SPIAALKNVAEALGHSPKDPGGGGGPVRAGGASPAASSTAQPPTQHRLVARNGEAEVSPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SPIAALKNVAEALGHSPKDPGGGGGPVRAGGASPAASSTAQPPTQHRLVARNGEAEVSPT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 AGAEAVSGGGSGTGATPGAPLCCTLCRERLEDTHFVQCPSVPGHKFCFPCSREFIKAQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AGAEAVSGGGSGTGATPGAPLCCTLCRERLEDTHFVQCPSVPGHKFCFPCSREFIKAQGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB9 AGEVYCPSGDKCPLVGSSVPWAFMQGEIATILAGDIKVKKERDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AGEVYCPSGDKCPLVGSSVPWAFMQGEIATILAGDIKVKKERDP
550 560 570 580
>>CCDS1602.1 IRF2BP2 gene_id:359948|Hs108|chr1 (587 aa)
initn: 1073 init1: 566 opt: 962 Z-score: 598.4 bits: 120.7 E(32554): 5.2e-27
Smith-Waterman score: 1025; 38.0% identity (56.1% similar) in 629 aa overlap (1-583:5-586)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MASVQASRRQWCYLCDLPKMPWAMVWDFSEAVCRGCVNFEGADRIELLIDAARQLK
.: . ::::: :::::::.:::::.:::.: :::::::.:::::.:..:..:::::
CCDS16 MAAAVAVAAASRRQSCYLCDLPRMPWAMIWDFTEPVCRGCVNYEGADRVEFVIETARQLK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 RSH-VLPEGRSPGPPALKHPATKDLAAAAAQGPQLPPPQA--QPQPSGTGGGVSGQDRYD
:.: .:::::: : : :.:::. : : . : : . :: . :
CCDS16 RAHGCFPEGRSP-PGAA--------ASAAAKPPPLSAKDILLQQQQQLGHGGPEAAPRAP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 RATSSGRLPLPSPALEYTLGSRLANGLGREEAVAEGARRALLGSMPGLMPPGLLAAAVSG
.: : :: . : . ::.. .: . .: :.. : .:: . . : .
CCDS16 QALE--RYPLAAAAER---PPRLGSDFGSSRPAAS------LAQPPTPQPPPVNGILVPN
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LGSRGLTLAPGLSPARPLFGSDFEKEKQQRNADCLAELNEAMRGRAEEWHGRPKAVREQL
: : : :. : . .:. : : : : : :.
CCDS16 -GFSKLEEPPELNRQSP---------NPRRGHAVPPTLVPLMNGSATPL---PTALG---
170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 LALSACAPFNVRFKKDHGLVGRVFAFD--ATARPPGYEFELKLFTEYPCGSGNVYAGVLA
:. : : . . . .: . : : :: . . : .. :
CCDS16 LGGRAAASLAAVSGTAAASLGSAQPTDLGAHKRPASVSSSAAVEHEQREAA--------A
210 220 230 240 250
300 310 320 330 340
pF1KB9 VARQMFHDALREPGKALASS-GFKYLEYE---RRHGSGE--WRQLGELLTDGVRSFREPA
.: : : :. .:... : : : . .:::: : . . . : . .... .
CCDS16 KEKQPPPPAHRGPADSLSTAAGAAELSAEGAGKSRGSGEQDWVNRPKTVRDTLLALHQHG
260 270 280 290 300 310
350 360 370 380 390
pF1KB9 PAEALPQQYP-EPAPAA--LCGPPPRAP--SRNLAPTPRRRKASPEPEGEAAG-KMTTEE
. . ... ::: .: : : . :. .: : :.:: :::::::.. :.. :
CCDS16 HSGPFESKFKKEPALTAGRLLGFEANGANGSKAVARTARKRKPSPEPEGEVGPPKINGEA
320 330 340 350 360 370
400 410 420 430
pF1KB9 QQQ---------------RHWVAP----GGPYSAET--PGVP----SPIAALKNVAEALG
: .:.: ..:.: .: : . ::.::: ::. :
CCDS16 QPWLSTSTEGLKIPMTPTSSFVSPPPPTASPHSNRTTPPEAAQNGQSPMAALILVADNAG
380 390 400 410 420 430
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 --HSPKDPGGGGGPVRAGGASPAASSTAQPPTQHRLVARN-GEAEVSPTAGAEAVSGGG-
:. :: . . .: .. :: . :. . :.:: :. : .. :.: : : ..
CCDS16 GSHASKDANQVHSTTRRNSNSPPSPSSMN---QRRLGPREVGGQGAGNTGGLEPVHPASL
440 450 460 470 480 490
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 SGTGATPGAPLCCTLCRERLEDTHFVQCPSVPGHKFCFPCSREFIKAQGPAGEVYCPSGD
.. . .::::::::.:::::::::::::::.:::::::::. :: :: .::::::::.
CCDS16 PDSSLATSAPLCCTLCHERLEDTHFVQCPSVPSHKFCFPCSRQSIKQQGASGEVYCPSGE
500 510 520 530 540 550
560 570 580
pF1KB9 KCPLVGSSVPWAFMQGEIATILAGDIKVKKERDP
:::::::.:::::::::::::::::.:::::::
CCDS16 KCPLVGSNVPWAFMQGEIATILAGDVKVKKERDS
560 570 580
>>CCDS41475.1 IRF2BP2 gene_id:359948|Hs108|chr1 (571 aa)
initn: 1066 init1: 566 opt: 648 Z-score: 408.6 bits: 85.5 E(32554): 1.9e-16
Smith-Waterman score: 1009; 37.8% identity (55.7% similar) in 625 aa overlap (1-583:5-570)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MASVQASRRQWCYLCDLPKMPWAMVWDFSEAVCRGCVNFEGADRIELLIDAARQLK
.: . ::::: :::::::.:::::.:::.: :::::::.:::::.:..:..:::::
CCDS41 MAAAVAVAAASRRQSCYLCDLPRMPWAMIWDFTEPVCRGCVNYEGADRVEFVIETARQLK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 RSH-VLPEGRSPGPPALKHPATKDLAAAAAQGPQLPPPQA--QPQPSGTGGGVSGQDRYD
:.: .:::::: : : :.:::. : : . : : . :: . :
CCDS41 RAHGCFPEGRSP-PGAA--------ASAAAKPPPLSAKDILLQQQQQLGHGGPEAAPRAP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 RATSSGRLPLPSPALEYTLGSRLANGLGREEAVAEGARRALLGSMPGLMPPGLLAAAVSG
.: : :: . : . ::.. .: . .: :.. : .:: . . : .
CCDS41 QALE--RYPLAAAAER---PPRLGSDFGSSRPAAS------LAQPPTPQPPPVNGILVPN
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LGSRGLTLAPGLSPARPLFGSDFEKEKQQRNADCLAELNEAMRGRAEEWHGRPKAVREQL
: : : :. : . .:. : : : : : :.
CCDS41 -GFSKLEEPPELNRQSP---------NPRRGHAVPPTLVPLMNGSATPL---PTALG---
170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 LALSACAPFNVRFKKDHGLVGRVFAFD--ATARPPGYEFELKLFTEYPCGSGNVYAGVLA
:. : : . . . .: . : : :: . . : .. :
CCDS41 LGGRAAASLAAVSGTAAASLGSAQPTDLGAHKRPASVSSSAAVEHEQREAA--------A
210 220 230 240 250
300 310 320 330 340
pF1KB9 VARQMFHDALREPGKALASS-GFKYLEYE---RRHGSGE--WRQLGELLTDGVRSFREPA
.: : : :. .:... : : : . .:::: : . . . : . .... .
CCDS41 KEKQPPPPAHRGPADSLSTAAGAAELSAEGAGKSRGSGEQDWVNRPKTVRDTLLALHQHG
260 270 280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 PAEALPQQYP-EPAPAALCGPPPRAPSRNLAPTPRRRKASPEPEGEAAG-KMTTEEQQQ-
. . ... ::: .:. : : :.:: :::::::.. :.. : :
CCDS41 HSGPFESKFKKEPALTAV------------ARTARKRKPSPEPEGEVGPPKINGEAQPWL
320 330 340 350 360
410 420 430
pF1KB9 --------------RHWVAP----GGPYSAET--PGVP----SPIAALKNVAEALG--HS
.:.: ..:.: .: : . ::.::: ::. : :.
CCDS41 STSTEGLKIPMTPTSSFVSPPPPTASPHSNRTTPPEAAQNGQSPMAALILVADNAGGSHA
370 380 390 400 410 420
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 PKDPGGGGGPVRAGGASPAASSTAQPPTQHRLVARN-GEAEVSPTAGAEAVSGGG-SGTG
:: . . .: .. :: . :. . :.:: :. : .. :.: : : .. ..
CCDS41 SKDANQVHSTTRRNSNSPPSPSSMN---QRRLGPREVGGQGAGNTGGLEPVHPASLPDSS
430 440 450 460 470 480
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 ATPGAPLCCTLCRERLEDTHFVQCPSVPGHKFCFPCSREFIKAQGPAGEVYCPSGDKCPL
. .::::::::.:::::::::::::::.:::::::::. :: :: .::::::::.::::
CCDS41 LATSAPLCCTLCHERLEDTHFVQCPSVPSHKFCFPCSRQSIKQQGASGEVYCPSGEKCPL
490 500 510 520 530 540
560 570 580
pF1KB9 VGSSVPWAFMQGEIATILAGDIKVKKERDP
:::.:::::::::::::::::.:::::::
CCDS41 VGSNVPWAFMQGEIATILAGDVKVKKERDS
550 560 570
>>CCDS9854.1 IRF2BPL gene_id:64207|Hs108|chr14 (796 aa)
initn: 1584 init1: 577 opt: 616 Z-score: 387.4 bits: 82.1 E(32554): 3e-15
Smith-Waterman score: 1462; 45.9% identity (66.2% similar) in 604 aa overlap (68-584:207-796)
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 NFEGADRIELLIDAARQLKRSHVLPEGRSPGPPAL--KHPATKDLAAAAA--QGPQLPPP
::: : . : ... ::..: .: .
CCDS98 PVSLGSSSHTARLPNGLGGPNGFPKPTPEEGPPELNRQSPNSSSAAASVASRRGTHGGLV
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140
pF1KB9 QAQPQPSGTGG-------GVSGQDRYDRATSSGRLPLPSPALEYTLGSRLANGLGREEAV
. :.:.: :: .. : . .:.. :: : : ..:::: : .
CCDS98 TGLPNPGGGGGPQLTVPPNLLPQTLLNGPASAAVLPPPPP---HALGSR-----GPPTPA
240 250 260 270 280
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 AEGARR--ALLGSMPGLMPPGLLAAAVSGLGSRGLTLAPGLSPARP--LFGSDFEKE--K
:: : ::. ::. . ..: :. .: .. : . :: . ..: :.: .
CCDS98 PPGAPGGPACLGGTPGVSATS--SSASSSTSSSVAEVGVGAGGKRPGSVSSTDQERELKE
290 300 310 320 330 340
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 QQRNADCLAELNEAMRGRAEEWHGRPKAVREQLLALSACAPFNVRFKKDHGLVGRVFAFD
.::::. ::::.:..:.::::: ..:: ::. ::.:..:.:..:::::::.:.:::::::
CCDS98 KQRNAEALAELSESLRNRAEEWASKPKMVRDTLLTLAGCTPYEVRFKKDHSLLGRVFAFD
350 360 370 380 390 400
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 ATARPPGYEFELKLFTEYPCGSGNVYAGVLAVARQMFHDALREPGKALASSGFKYLEYER
:...: :...::::: ::: ::::::... .::.::..: ... :..: ::::::::::.
CCDS98 AVSKP-GMDYELKLFIEYPTGSGNVYSSASGVAKQMYQDCMKDFGRGL-SSGFKYLEYEK
410 420 430 440 450 460
330 340 350 360
pF1KB9 RHGSGEWRQLGELLTDGVRSFREPAP-AEALPQQYPE---P-----------APAALCGP
.::::.:: ::.:: ..:: :.: .: :. ::: : . : ::.: :
CCDS98 KHGSGDWRLLGDLLPEAVRFFKEGVPGADMLPQPYLDASCPMLPTALVSLSRAPSAPPGT
470 480 490 500 510 520
370 380 390 400
pF1KB9 ---PPRAPS-RNLAPTPRRRKASPEPEGEAAGKMTT-EEQQQRHWVA-------------
:: ::: :. : . :.::::::: : : . ::::...:.:
CCDS98 GALPPAAPSGRGAAASLRKRKASPEPPDSAEGALKLGEEQQRQQWMANQSEALKLTMSAG
530 540 550 560 570 580
410 420 430 440
pF1KB9 ----PG-------------GPYSAET-P------GVPSPIAALKNVAEALG--HSPKDPG
:: ::.: .: : . :::.::: .::..:: ::::: .
CCDS98 GFAAPGHAAGGPPPPPPPLGPHSNRTTPPESAPQNGPSPMAALMSVADTLGTAHSPKDGS
590 600 610 620 630 640
450 460 470 480 490
pF1KB9 G---GGGPVRAGGASPAASSTAQPPTQHRLVARNGE-----AEVSPTA--GAEAVSGGG-
. . .: ...::. : :. : :.::..:::. : :.: : . : .
CCDS98 SVHSTTASARRNSSSPV--SPASVPGQRRLASRNGDLNLQVAPPPPSAHPGMDQVHPQNI
650 660 670 680 690 700
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 SGTGATPGAPLCCTLCRERLEDTHFVQCPSVPGHKFCFPCSREFIKAQGPAGEVYCPSGD
. . ..:::::.:.:::::::::::::::.:::::::::: ::::: .::::::::.
CCDS98 PDSPMANSGPLCCTICHERLEDTHFVQCPSVPSHKFCFPCSRESIKAQGATGEVYCPSGE
710 720 730 740 750 760
560 570 580
pF1KB9 KCPLVGSSVPWAFMQGEIATILAGDIKVKKERDP
:::::::.:::::::::::::::::.::::::::
CCDS98 KCPLVGSNVPWAFMQGEIATILAGDVKVKKERDP
770 780 790
584 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 20:15:06 2016 done: Fri Nov 4 20:15:07 2016
Total Scan time: 3.660 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]