FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9906, 589 aa 1>>>pF1KB9906 589 - 589 aa - 589 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8453+/-0.000959; mu= 4.1527+/- 0.058 mean_var=192.2929+/-38.515, 0's: 0 Z-trim(112.4): 25 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.092490 statistics sampled from 13133 (13148) to 13133 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.404), width: 16 Scan time: 3.220 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6663.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 ( 589) 3824 522.7 5e-148 CCDS6664.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 ( 561) 2718 375.1 1.3e-103 CCDS14374.1 UBQLN2 gene_id:29978|Hs108|chrX ( 624) 2617 361.7 1.6e-99 CCDS1127.1 UBQLN4 gene_id:56893|Hs108|chr1 ( 601) 2029 283.2 6.4e-76 CCDS7758.1 UBQLN3 gene_id:50613|Hs108|chr11 ( 655) 1150 165.9 1.4e-40 CCDS31385.1 UBQLNL gene_id:143630|Hs108|chr11 ( 475) 641 97.9 3e-20 >>CCDS6663.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 (589 aa) initn: 3824 init1: 3824 opt: 3824 Z-score: 2771.0 bits: 522.7 E(32554): 5e-148 Smith-Waterman score: 3824; 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CCDS14 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL :.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::. CCDS14 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE ..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: CCDS14 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV .::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::. CCDS14 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA :..:::::.::::::::::::::::: . .:::...:....:. .:...:...:....: CCDS14 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN : : ::.:.:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL .:::..::::::::: :::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::: CCDS14 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL 420 430 440 450 460 470 490 500 pF1KB9 IPGFTPGLGA---------------------------------LGSTG-----GSSGTNG ::.::::.:. .: :: ::.:..: CCDS14 IPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGG 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 pF1KB9 ------SNATPSENTSPTAGTTEPG-HQQFIQQMLQALAGVN-PQLQNPEVRFQQQLEQL :.:.:::.:::: .: : .:::::::.:::::.: ::: ::::::::::::: CCDS14 PTGPTVSSAAPSETTSPT---SESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQL 540 550 560 570 580 560 570 580 pF1KB9 SAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS .::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 NAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS 590 600 610 620 >>CCDS1127.1 UBQLN4 gene_id:56893|Hs108|chr1 (601 aa) initn: 1876 init1: 908 opt: 2029 Z-score: 1476.4 bits: 283.2 E(32554): 6.4e-76 Smith-Waterman score: 2337; 62.8% identity (83.2% similar) in 608 aa overlap (26-589:4-601) 10 20 30 40 50 60 pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ :..: . : ..:::::::.:::... . .::.. CCDS11 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT ::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: . CCDS11 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA 40 50 60 70 80 90 130 140 pF1KB9 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG-- .. : :.. .: .:: . ::::::.:. : . CCDS11 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA 100 110 120 130 140 150 150 160 170 180 190 200 pF1KB9 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR :.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.::::::: CCDS11 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR 160 170 180 190 200 210 210 220 230 240 250 260 pF1KB9 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP ..::::::::::..::::::::::::..::::.::::::::::::::::::::::::::: CCDS11 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP 220 230 240 250 260 270 270 280 290 300 310 320 pF1KB9 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP :::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.: CCDS11 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP 280 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KB9 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE . :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.: CCDS11 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE 340 350 360 370 380 390 390 400 410 420 430 440 pF1KB9 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQ :::::::..::::::::::.:.::::.:::::.: ::::::::::::.: :::.:::::: CCDS11 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ 400 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 pF1KB9 NPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS- ::..:: ..:::::::::::::::::: ::::::.:.. ::. .: ::..::. CCDS11 NPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTP 460 470 480 490 500 510 500 510 520 530 540 550 pF1KB9 -GTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSA . ..: :::. ..:::.... ..::..:::.: ::: : :.:.::::::::::::.. CCDS11 EAPTSSPATPA-TSSPTGASS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNS 520 530 540 550 560 560 570 580 pF1KB9 MGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS :::.::::::::::::::::::::::::::: : CCDS11 MGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS 570 580 590 600 >>CCDS7758.1 UBQLN3 gene_id:50613|Hs108|chr11 (655 aa) initn: 1256 init1: 762 opt: 1150 Z-score: 842.0 bits: 165.9 E(32554): 1.4e-40 Smith-Waterman score: 1222; 41.4% identity (63.5% similar) in 567 aa overlap (17-496:2-557) 10 20 30 40 50 60 pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ : :.:. . : .:...::::::::.::.:.: .. ..:: CCDS77 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQ 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT .:::::.:::.: :::::::::::::: :.:.: :..:::::::::: :.: . . . 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CCDS77 FLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATAT 230 240 250 260 270 280 310 320 330 pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSG----------------------- ..... ::::: :: :::::::. .: .:.. .: CCDS77 TDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPWT-STHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIR 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 pF1KB9 ----------TASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLV------------PGVGASM---- . ...: .:::. : :: : : :: : . CCDS77 LYDYLQQLHENPQSLGTYLQGTASALS-QSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEES 350 360 370 380 390 400 380 390 400 pF1KB9 FNTPGMQS---LLQQITEN----------------------PQLMQNMLSA----PYMRS : .: .:. ::: :.:.... .. :. 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