Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9921
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9921, 337 aa
1>>>pF1KB9921 337 - 337 aa - 337 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1694+/-0.00133; mu= 16.6815+/- 0.078
mean_var=64.7950+/-13.240, 0's: 0 Z-trim(98.9): 30 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.159332
statistics sampled from 5533 (5554) to 5533 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.509), E-opt: 0.2 (0.171), width: 16
Scan time: 1.700
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5010.1 SLC35A1 gene_id:10559|Hs108|chr6 ( 337) 2109 494.2 6.2e-140
CCDS55043.1 SLC35A1 gene_id:10559|Hs108|chr6 ( 278) 1213 288.2 5.3e-78
CCDS43937.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 393) 893 214.7 9.8e-56
CCDS14311.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 396) 893 214.7 9.9e-56
CCDS75973.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 406) 893 214.7 1e-55
CCDS65254.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 421) 893 214.8 1e-55
CCDS65253.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 332) 805 194.5 1e-49
CCDS762.1 SLC35A3 gene_id:23443|Hs108|chr1 ( 325) 793 191.7 7e-49
CCDS60204.1 SLC35A3 gene_id:23443|Hs108|chr1 ( 367) 793 191.7 7.7e-49
CCDS60205.1 SLC35A3 gene_id:23443|Hs108|chr1 ( 220) 526 130.2 1.5e-30
CCDS75974.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 224) 252 67.2 1.4e-11
CCDS2967.1 SLC35A5 gene_id:55032|Hs108|chr3 ( 424) 252 67.4 2.4e-11
CCDS75975.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 218) 247 66.1 3e-11
CCDS35247.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX ( 242) 247 66.1 3.3e-11
>>CCDS5010.1 SLC35A1 gene_id:10559|Hs108|chr6 (337 aa)
initn: 2109 init1: 2109 opt: 2109 Z-score: 2625.7 bits: 494.2 E(32554): 6.2e-140
Smith-Waterman score: 2109; 100.0% identity (100.0% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-337)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
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CCDS50 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
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CCDS50 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
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CCDS50 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGIIVTLAGVYLSDGAEIKEKGFFY
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CCDS50 IAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGIIVTLAGVYLSDGAEIKEKGFFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 GYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB9 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
310 320 330
>>CCDS55043.1 SLC35A1 gene_id:10559|Hs108|chr6 (278 aa)
initn: 1700 init1: 1197 opt: 1213 Z-score: 1513.8 bits: 288.2 E(32554): 5.3e-78
Smith-Waterman score: 1585; 82.2% identity (82.2% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GILAKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQWKPAQATKVVVEQNPLLGFGA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 IAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGIIVTLAGVYLSDGAEIKEKGFFY
:::::::::::
CCDS55 IAIAVLCSGFA-------------------------------------------------
190
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ----------VLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFA
200 210 220 230 240
310 320 330
pF1KB9 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
250 260 270
>>CCDS43937.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX (393 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1114.1 bits: 214.7 E(32554): 9.8e-56
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:35-348)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
CCDS43 GAGGSTAAPGPGAVSAGALEPGTASAAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
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CCDS43 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
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CCDS43 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
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CCDS43 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
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CCDS43 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
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CCDS43 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
310 320 330 340 350 360
CCDS43 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKSVLVK
370 380 390
>>CCDS14311.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX (396 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1114.0 bits: 214.7 E(32554): 9.9e-56
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:35-348)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
CCDS14 GAGGSTAAPGPGAVSAGALEPGTASAAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
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CCDS14 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
:::. ..:.::: ::..:::::::: ::: .::::::.::.:::.:...: .::..::
CCDS14 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
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CCDS14 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
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CCDS14 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
CCDS14 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
310 320 330 340 350 360
CCDS14 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKLLTKVKGS
370 380 390
>>CCDS75973.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX (406 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1113.9 bits: 214.7 E(32554): 1e-55
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:48-361)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
CCDS75 VSAGALEPGTASAGETVCPSSRMGGGAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
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CCDS75 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
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CCDS75 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
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CCDS75 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
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CCDS75 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
CCDS75 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
320 330 340 350 360 370
CCDS75 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKSVLVK
380 390 400
>>CCDS65254.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX (421 aa)
initn: 885 init1: 505 opt: 893 Z-score: 1113.6 bits: 214.8 E(32554): 1e-55
Smith-Waterman score: 893; 46.5% identity (76.4% similar) in 314 aa overlap (12-323:63-376)
10 20 30 40
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKEL
.: :::.... : ...::.:: .
CCDS65 LLTWEEAEARGQGLPQPLPDTSVRIPAHRRLKYISLAVLVVQNASLILSIRYARTLPGDR
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 YFSTTAVCITEVIKLLLSVGIL-AKETGSLGRFKASLRENVLGSPKELLKLSVPSLVYAV
.:.:::: ..::.: : . .: :.. :.. .. :.: :: . . :::.::::.:..
CCDS65 FFATTAVVMAEVLKGLTCLLLLFAQKRGNVKHLVLFLHEAVLVQYVDTLKLAVPSLIYTL
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 QNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQWVSVFMLCAGVTLVQW
:::. ..:.::: ::..:::::::: ::: .::::::.::.:::.:...: .::..::
CCDS65 QNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQWASLLLLFTGVAIVQA
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210
pF1KB9 KPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSDTSLWVRNIQMYLSGII
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CCDS65 QQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSSGSVWLRNLQLGLFGTA
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 VTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVVVKYTDNIMKGFSAAAA
. :.:.. ..:. . .:::.::: :: :.. . ::: ..:::::.:::.:::... .
CCDS65 LGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVVVKYADNILKGFATSLS
280 290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 IVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSIQQGETASKERVIGV
:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
CCDS65 IVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAIASASASASGPCVHQQP
340 350 360 370 380 390
CCDS65 PGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKSVLVK
400 410 420
>>CCDS65253.1 SLC35A2 gene_id:7355|Hs108|chrX (332 aa)
initn: 801 init1: 505 opt: 805 Z-score: 1005.8 bits: 194.5 E(32554): 1e-49
Smith-Waterman score: 805; 48.9% identity (76.3% similar) in 270 aa overlap (58-323:18-287)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 TIALRYTRTSDKELYFSTTAVCITEVIKLLLSVGILAKETGSLGRFKAS---LRENVLGS
.:.: : :.: : : :.: :: .
CCDS65 MAAVGAGGSTAAPGPGAVSAGALEPGTASAGNVKHLVLFLHEAVLVQ
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 PKELLKLSVPSLVYAVQNNMAFLALSNLDAAVYQVTYQLKIPCTALCTVLMLNRTLSKLQ
. :::.::::.:..:::. ..:.::: ::..:::::::: ::: .::::::.::.::
CCDS65 YVDTLKLAVPSLIYTLQNNLQYVAISNLPAATFQVTYQLKILTTALFSVLMLNRSLSRLQ
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 WVSVFMLCAGVTLVQWKPAQAT-KVVVEQNPLLGFGAIAIAVLCSGFAGVYFEKVLKSSD
:.:...: .::..:: . : . ..::: :..:.. . : ::::::::::.::.:.
CCDS65 WASLLLLFTGVAIVQAQQAGGGGPRPLDQNPGAGLAAVVASCLSSGFAGVYFEKILKGSS
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 TSLWVRNIQMYLSGIIVTLAGVYLSDGAEIKEKGFFYGYTYYVWFVIFLASVGGLYTSVV
:.:.::.:. : : . :.:.. ..:. . .:::.::: :: :.. . ::: ..::
CCDS65 GSVWLRNLQLGLFGTALGLVGLWWAEGTAVATRGFFFGYTPAVWGVVLNQAFGGLLVAVV
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 VKYTDNIMKGFSAAAAIVLSTIASVMLFGLQITLTFALGTLLVCVSIYLYGLPRQDTTSI
:::.:::.:::... .:::::.::. :::... ::::. :: ..:::.::: . .:
CCDS65 VKYADNILKGFATSLSIVLSTVASIRLFGFHVDPLFALGAGLVIGAVYLYSLPRGAAKAI
230 240 250 260 270 280
330
pF1KB9 QQGETASKERVIGV
CCDS65 ASASASASGPCVHQQPPGQPPPPQLSSHRGDLITEPFLPKSVLVK
290 300 310 320 330
>>CCDS762.1 SLC35A3 gene_id:23443|Hs108|chr1 (325 aa)
initn: 734 init1: 364 opt: 793 Z-score: 991.1 bits: 191.7 E(32554): 7e-49
Smith-Waterman score: 793; 42.0% identity (74.0% similar) in 312 aa overlap (12-314:5-313)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAAPRDNVTLLFKLYCLAVMTLMAAVYTIALRYTRTSDKE--LYFSTTAVCITEVIKLLL
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]