Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9954
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9954, 677 aa
1>>>pF1KB9954 677 - 677 aa - 677 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1403+/-0.00101; mu= 15.5456+/- 0.061
mean_var=88.4518+/-17.838, 0's: 0 Z-trim(105.6): 40 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.136371
statistics sampled from 8514 (8540) to 8514 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 3.250
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS792.2 GPSM2 gene_id:29899|Hs108|chr1 ( 684) 4456 887.3 0
CCDS48055.1 GPSM1 gene_id:26086|Hs108|chr9 ( 675) 2399 482.6 7.8e-136
CCDS6996.2 GPSM1 gene_id:26086|Hs108|chr9 ( 457) 1805 365.7 8.5e-101
CCDS48056.1 GPSM1 gene_id:26086|Hs108|chr9 ( 166) 492 107.1 2.1e-23
CCDS46678.1 TTC28 gene_id:23331|Hs108|chr22 (2481) 463 102.0 1.1e-20
>>CCDS792.2 GPSM2 gene_id:29899|Hs108|chr1 (684 aa)
initn: 4456 init1: 4456 opt: 4456 Z-score: 4739.2 bits: 887.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4456; 100.0% identity (100.0% similar) in 677 aa overlap (1-677:8-684)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MREDHSFHVRYRMEASCLELALEGERLCKSGDCRAGVSFFEAAVQVGTEDLKT
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CCDS79 MEENLISMREDHSFHVRYRMEASCLELALEGERLCKSGDCRAGVSFFEAAVQVGTEDLKT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 LSAIYSQLGNAYFYLHDYAKALEYHHHDLTLARTIGDQLGEAKASGNLGNTLKVLGNFDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 LSAIYSQLGNAYFYLHDYAKALEYHHHDLTLARTIGDQLGEAKASGNLGNTLKVLGNFDE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 AIVCCQRHLDISRELNDKVGEARALYNLGNVYHAKGKSFGCPGPQDVGEFPEEVRDALQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 AIVCCQRHLDISRELNDKVGEARALYNLGNVYHAKGKSFGCPGPQDVGEFPEEVRDALQA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 AVDFYEENLSLVTALGDRAAQGRAFGNLGNTHYLLGNFRDAVIAHEQRLLIAKEFGDKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 AVDFYEENLSLVTALGDRAAQGRAFGNLGNTHYLLGNFRDAVIAHEQRLLIAKEFGDKAA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 ERRAYSNLGNAYIFLGEFETASEYYKKTLLLARQLKDRAVEAQSCYSLGNTYTLLQDYEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 ERRAYSNLGNAYIFLGEFETASEYYKKTLLLARQLKDRAVEAQSCYSLGNTYTLLQDYEK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 AIDYHLKHLAIAQELNDRIGEGRACWSLGNAYTALGNHDQAMHFAEKHLEISREVGDKSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 AIDYHLKHLAIAQELNDRIGEGRACWSLGNAYTALGNHDQAMHFAEKHLEISREVGDKSG
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 ELTARLNLSDLQMVLGLSYSTNNSIMSENTEIDSSLNGVRPKLGRRHSMENMELMKLTPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 ELTARLNLSDLQMVLGLSYSTNNSIMSENTEIDSSLNGVRPKLGRRHSMENMELMKLTPE
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 KVQNWNSEILAKQKPLIAKPSAKLLFVNRLKGKKYKTNSSTKVLQDASNSIDHRIPNSQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 KVQNWNSEILAKQKPLIAKPSAKLLFVNRLKGKKYKTNSSTKVLQDASNSIDHRIPNSQR
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 KISADTIGDEGFFDLLSRFQSNRMDDQRCCLQEKNCHTASTTTSSTPPKMMLKTSSVPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 KISADTIGDEGFFDLLSRFQSNRMDDQRCCLQEKNCHTASTTTSSTPPKMMLKTSSVPVV
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 SPNTDEFLDLLASSQSRRLDDQRASFSNLPGLRLTQNSQSVLSHLMTNDNKEADEDFFDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 SPNTDEFLDLLASSQSRRLDDQRASFSNLPGLRLTQNSQSVLSHLMTNDNKEADEDFFDI
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 LVKCQGSRLDDQRCAPPPATTKGPTVPDEDFFSLILRSQGKRMDEQRVLLQRDQNRDTDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 LVKCQGSRLDDQRCAPPPATTKGPTVPDEDFFSLILRSQGKRMDEQRVLLQRDQNRDTDF
610 620 630 640 650 660
660 670
pF1KB9 GLKDFLQNNALLEFKNSGKKSADH
::::::::::::::::::::::::
CCDS79 GLKDFLQNNALLEFKNSGKKSADH
670 680
>>CCDS48055.1 GPSM1 gene_id:26086|Hs108|chr9 (675 aa)
initn: 2071 init1: 1041 opt: 2399 Z-score: 2552.2 bits: 482.6 E(32554): 7.8e-136
Smith-Waterman score: 2399; 59.7% identity (80.9% similar) in 643 aa overlap (12-643:23-652)
10 20 30 40
pF1KB9 MREDHSFHVRYRMEASCLELALEGERLCKSGDCRAGVSFFEAAVQVGTE
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CCDS48 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLHDYAKALEYHHHDLTLARTIGDQLGEAKASGNLGNTLKVLG
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CCDS48 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 NFDEAIVCCQRHLDISRELNDKVGEARALYNLGNVYHAKGKSFG---CPGPQDVGEFPEE
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CCDS48 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 VRDALQAAVDFYEENLSLVTALGDRAAQGRAFGNLGNTHYLLGNFRDAVIAHEQRLLIAK
::..: : .:::.::::: ::::::::::.::::::::::::: .:. :..:: :::
CCDS48 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 EFGDKAAERRAYSNLGNAYIFLGEFETASEYYKKTLLLARQLKDRAVEAQSCYSLGNTYT
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CCDS48 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 LLQDYEKAIDYHLKHLAIAQELNDRIGEGRACWSLGNAYTALGNHDQAMHFAEKHLEISR
::::::.: .:::.:: ::::: ::.:::::::::::::...: ::. ::.:::.::.
CCDS48 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 EVGDKSGELTARLNLSDLQMVLGLSYSTNNSIMSENTEIDS-SLNGVRPKLGRRHSMENM
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CCDS48 EIGDRHGELTARMNVAQLQLVLG---RLTSPAASEKPDLAGYEAQGARPKRTQRLSAETW
370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 ELMKLTPEKVQNWNSEILAKQKPLIAKPSAKLLFVNRLKGKKYKTN-SSTKVLQDAS---
.:..: :. :: .:. . . :: : . ....::. . .. . ...:
CCDS48 DLLRLPLEREQNGDSHHSGDWRG----PSRDSLPLP-VRSRKYQEGPDAERRPREGSHSP
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KB9 -NSIDHRIPNSQRKIS-ADTIGDEGFFDLLSRFQSNRMDDQRCCLQEKNCHTASTTTSST
.: : :. . .: : . .: :::::..:::.::::::: :.. . .: .:.. :
CCDS48 LDSADVRVHVPRTSIPRAPSSDEECFFDLLTKFQSSRMDDQRCPLDDGQAGAAEATAAPT
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB9 PPKMMLKTSSVPVVSPNTDEFLDLLASSQSRRLDDQRASFSNLPGLRLTQNSQSVLSHLM
. . : ..::.:.::.::.:::::::::::::: ..:::::.:... . ::
CCDS48 LEDRIAQPSM--TASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVGSLPGLRITHSNAG---HLR
540 550 560 570 580
580 590 600 610 620 630
pF1KB9 TN-DNKEADEDFFDILVKCQGSRLDDQRCAPPPATTKGPTVPDEDFFSLILRSQGKRMDE
. . .: .:::..:.: :.::.::::: :: . .:::.::::::::: : :.:::::
CCDS48 GHGEPQEPGDDFFNMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDEDFFSLIQRVQAKRMDE
590 600 610 620 630 640
640 650 660 670
pF1KB9 QRVLLQRDQNRDTDFGLKDFLQNNALLEFKNSGKKSADH
::: :
CCDS48 QRVDLAGGPEQGAGGPPEPQQQCQPGAS
650 660 670
>>CCDS6996.2 GPSM1 gene_id:26086|Hs108|chr9 (457 aa)
initn: 1811 init1: 1041 opt: 1805 Z-score: 1923.1 bits: 365.7 E(32554): 8.5e-101
Smith-Waterman score: 1805; 74.5% identity (91.4% similar) in 361 aa overlap (12-369:23-383)
10 20 30 40
pF1KB9 MREDHSFHVRYRMEASCLELALEGERLCKSGDCRAGVSFFEAAVQVGTE
::::::::::::::::::.:: ..::.:::::::::::
CCDS69 MAGPAPPAADELPGPAARRLYSRMEASCLELALEGERLCKAGDFKTGVAFFEAAVQVGTE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLHDYAKALEYHHHDLTLARTIGDQLGEAKASGNLGNTLKVLG
:::::::::::::::::::.....:::::.::: :::::::..:::::::::::::::::
CCDS69 DLKTLSAIYSQLGNAYFYLKEHGRALEYHKHDLLLARTIGDRMGEAKASGNLGNTLKVLG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 NFDEAIVCCQRHLDISRELNDKVGEARALYNLGNVYHAKGKSFG---CPGPQDVGEFPEE
:::: :::::::.:..: .:::::::::::.:::::::::... . :: :..: .
CCDS69 RFDEAAVCCQRHLSIAQEQGDKVGEARALYNIGNVYHAKGKQLSWNAANATQDPGHLPPD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 VRDALQAAVDFYEENLSLVTALGDRAAQGRAFGNLGNTHYLLGNFRDAVIAHEQRLLIAK
::..: : .:::.::::: ::::::::::.::::::::::::: .:. :..:: :::
CCDS69 VRETLCKASEFYERNLSLVKELGDRAAQGRAYGNLGNTHYLLGNFTEATTFHKERLAIAK
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB9 EFGDKAAERRAYSNLGNAYIFLGEFETASEYYKKTLLLARQLKDRAVEAQSCYSLGNTYT
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CCDS69 EFGDKAAERRAYSNLGNAHVFLGRFDVAAEYYKKTLQLSRQLRDQAVEAQACYSLGNTYT
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 LLQDYEKAIDYHLKHLAIAQELNDRIGEGRACWSLGNAYTALGNHDQAMHFAEKHLEISR
::::::.: .:::.:: ::::: ::.:::::::::::::...: ::. ::.:::.::.
CCDS69 LLQDYERAAEYHLRHLLIAQELADRVGEGRACWSLGNAYVSMGRPAQALTFAKKHLQISQ
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 EVGDKSGELTARLNLSDLQMVLGLSYSTNNSIMSENTEIDSSLNGVRPKLGRRHSMENME
:.::. ::::::.:...::.:::
CCDS69 EIGDRHGELTARMNVAQLQLVLGRLTSPAASEKPDLAGYEAQGEFQGCGGVLLPTGTDRI
370 380 390 400 410 420
>>CCDS48056.1 GPSM1 gene_id:26086|Hs108|chr9 (166 aa)
initn: 579 init1: 274 opt: 492 Z-score: 533.7 bits: 107.1 E(32554): 2.1e-23
Smith-Waterman score: 492; 53.4% identity (77.0% similar) in 148 aa overlap (497-643:1-143)
470 480 490 500 510 520
pF1KB9 RIPNSQRKISADTIGDEGFFDLLSRFQSNRMDDQRCCLQEKNCHTASTTTSSTPPKMMLK
:::::: :.. . .: .:.. : . .
CCDS48 MDDQRCPLDDGQAGAAEATAAPTLEDRIAQ
10 20 30
530 540 550 560 570 580
pF1KB9 TSSVPVVSPNTDEFLDLLASSQSRRLDDQRASFSNLPGLRLTQNSQSVLSHLMTN-DNKE
: . .::.:.::.::.:::::::::::::: ..:::::.:... . :: . . .:
CCDS48 PSMT--ASPQTEEFFDLIASSQSRRLDDQRASVGSLPGLRITHSNAG---HLRGHGEPQE
40 50 60 70 80
590 600 610 620 630 640
pF1KB9 ADEDFFDILVKCQGSRLDDQRCAPPPATTKGPTVPDEDFFSLILRSQGKRMDEQRVLLQR
.:::..:.: :.::.::::: :: . .:::.::::::::: : :.:::::::: :
CCDS48 PGDDFFNMLIKYQSSRIDDQRCPPPDVLPRGPTMPDEDFFSLIQRVQAKRMDEQRVDLAG
90 100 110 120 130 140
650 660 670
pF1KB9 DQNRDTDFGLKDFLQNNALLEFKNSGKKSADH
CCDS48 GPEQGAGGPPEPQQQCQPGAS
150 160
>>CCDS46678.1 TTC28 gene_id:23331|Hs108|chr22 (2481 aa)
initn: 1376 init1: 462 opt: 463 Z-score: 485.2 bits: 102.0 E(32554): 1.1e-20
Smith-Waterman score: 691; 33.7% identity (65.8% similar) in 415 aa overlap (24-412:203-615)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MREDHSFHVRYRMEASCLELALEGERLCKSGDCRAGVSFFEAAVQVGTEDLKT
:..: .: :.: .:::...:: .::
CCDS46 SPMRDSLEPTYQQLQKMKLDKSPFVVVSVVGQELLTAGHHGASVVVLEAALKIGTCSLKL
180 190 200 210 220 230
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 LSAIYSQLGNAYFYLHDYAKALEYHHHDLTLARTIGDQLGEAKASGNLGNTLKVLGNFDE
....: :..::. : . :. : ..:: .:.:.::: :: .: ::::... ::. :
CCDS46 RGSVFSALSSAYWSLGNTEKSTGYMQQDLDVAKTLGDQTGECRAHGNLGSAFFSKGNYRE
240 250 260 270 280 290
120 130 140 150 160
pF1KB9 AIVCCQRHLDISRELNDKVGEARALYNLGNVYHAKG---------KSFGCPGPQDVGEFP
:.. ...: .. .:.:. . . :: .::.:: : : :. . :. :.
CCDS46 ALTNHRHQLVLAMKLKDREAASSALSSLGHVYTAIGDYPNALASHKQCVLLAKQSKDELS
300 310 320 330 340 350
170 180 190 200 210
pF1KB9 EE--------VRDAL---QAAVDFYEENLSLVTALGDRAAQGRAFGNLGNTHYLLGNFRD
: : :. . ::. .:..:... ::.. ..::..:::.... ::
CCDS46 EARELGNMGAVYIAMGDFENAVQCHEQHLKIAKDLGNKREEARAYSNLGSAYHYRRNFDK
360 370 380 390 400 410
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 AVIAHEQRLLIAKEFGDKAAERRAYSNLGNAYIFLGEFETASEYYKKTLLLARQLKDRAV
:. :. : .:.:. .:: : :::..::.: . ..: :..:... : .:..:::::.
CCDS46 AMSYHNYVLELAQELMEKAIEMRAYAGLGHAARCMQDLERAKQYHEQQLGIAEDLKDRAA
420 430 440 450 460 470
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 EAQSCYSLGNTYTLLQDYEKAIDYHLKHLAIAQELNDRIGEGRACWSLGNAYTALGNHDQ
:... .:: . . ::. :. : :: :::::.: ..::: ..::::.::: .::
CCDS46 EGRASSNLGIIHQMKGDYDTALKLHKTHLCIAQELSDYAAQGRAYGNMGNAYNALGMYDQ
480 490 500 510 520 530
340 350 360 370 380
pF1KB9 AMHFAEKHLEISREVGDKSGELTARLNLSDLQMVLG-----LSYSTNN-SIMSENTEIDS
:... ...:.:: ::.:.... ... ::. ..:: :.. :. .: : .:.:
CCDS46 AVKYHRQELQISMEVNDRASQASTHGNLAVAYQALGAHDRALQHYQNHLNIARELRDIQS
540 550 560 570 580 590
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 SLNGVRPKLGRRHSMENMELMKLTPEKVQNWNSEILAKQKPLIAKPSAKLLFVNRLKGKK
.. .:: : .. : .. .:
CCDS46 EARALS-NLGNFHCSRG-EYVQAAPYYEQYLRLAPDLQDMEGEGKVCHNLGYAHYCLGNY
600 610 620 630 640 650
>--
initn: 398 init1: 398 opt: 426 Z-score: 445.8 bits: 94.8 E(32554): 1.6e-18
Smith-Waterman score: 573; 27.4% identity (59.8% similar) in 507 aa overlap (27-498:725-1213)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MREDHSFHVRYRMEASCLELALEGERLCKSGDCRAGVSFFEAAVQVG--TEDLKTL
.::. : ....:.: . .. ..: .
CCDS46 ECQKYLLSLAQSLNNSQAKFRALGNLGDIFICKK-DINGAIKFYEQQLGLAHQVKDRRLE
700 710 720 730 740 750
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 SAIYSQLGNAYFYLHDYAKALEYHHHDLTLARTIGDQLGEAKASGNLGNTLKVLGNFDEA
.. :. ::.:: ... : ::: :: ..: . . ..: :: .: :.:. . .::.. :
CCDS46 ASAYAALGTAYRMIQKYDKALGYHTQELEVYQELSDLPGECRAHGHLAAVYMALGKYTMA
760 770 780 790 800 810
120 130 140 150
pF1KB9 IVCCQRHLDISRELNDKVGEARALYNLG------NVYHAKGKSF-----------GCPGP
. : ...::....:.: ::.. :.: ::.. : : .
CCDS46 FKCYEEQLDLGQKLKDPSLEAQVYGNMGITKMNMNVMEEAIGYFEQQLAMLQQLSGNESV
820 830 840 850 860 870
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 QDVGEFPEEVRDALQA------AVDFYEENLSLVTALGDRAAQGRAFGNLGNTHYLLGNF
: :. .. : .: :. .::. ::.. .:. :..:. .::: : .:..
CCDS46 LDRGRAYGNLGDCYEALGDYEEAIKYYEQYLSVAQSLNRMQDQAKAYRGLGNGHRAMGSL
880 890 900 910 920 930
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 RDAVIAHEQRLLIAKEFGDKAAERRAYSNLGNAYIFLGEFETASEYYKKTLLLARQLKDR
..:.. :.::..:.:.:. . .::..::. . ::..: : .. : .::..:::
CCDS46 QQALVCFEKRLVVAHELGEAFNKAQAYGELGSLHSQLGNYEQAISCLERQLNIARDMKDR
940 950 960 970 980 990
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 AVEAQSCYSLGNTYTLLQDYEKAIDYHLKHLAIAQELNDRIGEGRACWSLGNAYTALGNH
:.:... .::..: . .:. :..:: : ::.: :. .::: .:: .: .::.
CCDS46 ALESDAACGLGGVYQQMGEYDTALQYHQLDLQIAEETNNPTCQGRAYGNLGLTYESLGTF
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