Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9959
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9959, 538 aa
1>>>pF1KB9959 538 - 538 aa - 538 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9670+/-0.000752; mu= 7.5351+/- 0.046
mean_var=158.6493+/-31.486, 0's: 0 Z-trim(114.3): 70 B-trim: 6 in 1/52
Lambda= 0.101825
statistics sampled from 14783 (14855) to 14783 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.456), width: 16
Scan time: 3.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 538) 3592 539.3 4.2e-153
CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 479) 2373 360.2 3.1e-99
CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 392) 1006 159.3 7.4e-39
CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 417) 1006 159.4 7.8e-39
CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 372) 998 158.1 1.6e-38
CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 364) 993 157.4 2.6e-38
CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 458) 609 101.1 3e-21
CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 487) 578 96.5 7.5e-20
CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 517) 569 95.2 2e-19
CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 352) 530 89.4 7.6e-18
CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 549) 483 82.6 1.3e-15
CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 366) 468 80.3 4.3e-15
CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 ( 510) 401 70.5 5.2e-12
>>CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 (538 aa)
initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592 Z-score: 2862.2 bits: 539.3 E(32554): 4.2e-153
Smith-Waterman score: 3592; 100.0% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (1-538:1-538)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
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CCDS42 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFSQDPTTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAGAGATGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAGAGATGG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 IIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEAQEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEAQEM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 PSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB9 PPGPPAVEDVSLDLEDEEGEEEEEYLDKINPIYDALSYSSPSDSYQGKGFVMSRAMYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PPGPPAVEDVSLDLEDEEGEEEEEYLDKINPIYDALSYSSPSDSYQGKGFVMSRAMYV
490 500 510 520 530
>>CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 (479 aa)
initn: 2408 init1: 2340 opt: 2373 Z-score: 1895.1 bits: 360.2 E(32554): 3.1e-99
Smith-Waterman score: 2373; 90.4% identity (95.5% similar) in 397 aa overlap (1-394:1-397)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 PGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 QDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFSQDPTTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFSQDPTTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB9 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTA--GAGA-
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .. .:
CCDS12 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPRASPRDVGPL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 TGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEA
. : .:: . ... : .. .... : .:.... ::
CCDS12 VWGAVGGTLLVLLLLAGGSLAFILLRVRRRRKSPGGAGGGASGDGGFYDPKAQVLGNGDP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 QEMPSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSP
CCDS12 VFWTPVVPGPMEPDGKDEEEEEEEEKAEKGLMLPPPPALEDDMESQLDGSLISRRAVYV
430 440 450 460 470
>>CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (392 aa)
initn: 1128 init1: 964 opt: 1006 Z-score: 811.1 bits: 159.3 E(32554): 7.4e-39
Smith-Waterman score: 1133; 50.0% identity (72.8% similar) in 368 aa overlap (19-379:9-363)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
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CCDS46 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
: .: . ..: .:: : .. .:.:: .:::. :.:: ::.:. .
CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGS---MAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
:::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
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CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
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CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
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CCDS46 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 AGAT-GGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKA
.: . ..:: ... .. . . ::
CCDS46 SGMSRNAIIFLVLGILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSEHHQSCRN
340 350 360 370 380 390
>>CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (417 aa)
initn: 1128 init1: 964 opt: 1006 Z-score: 810.7 bits: 159.4 E(32554): 7.8e-39
Smith-Waterman score: 1133; 50.0% identity (72.8% similar) in 368 aa overlap (19-379:9-363)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
:::::. :: :. :: ::. .: : :: .: :::.
CCDS12 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
: .: . ..: .:: : .. .:.:: .:::. :.:: ::.:. .
CCDS12 LQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGS---MAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
:::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS12 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
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CCDS12 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
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CCDS12 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
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CCDS12 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 AGAT-GGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKA
.: . ..:: ... .. . . ::
CCDS12 SGMSRNAIIFLVLGILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVS
340 350 360 370 380 390
>>CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (372 aa)
initn: 1126 init1: 962 opt: 998 Z-score: 805.0 bits: 158.1 E(32554): 1.6e-38
Smith-Waterman score: 1125; 52.3% identity (74.1% similar) in 344 aa overlap (19-356:9-339)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
:::::. :: :. :: ::. .: : :: .: :::.
CCDS46 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
10 20 30 40 50
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pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
: .: . ..: .:: : .. ..:.:: .:::. :.:: ::.:. .
CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWAR---HGESGSMAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
60 70 80 90 100
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pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
:::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
110 120 130 140 150
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pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
.:. .: :.: :::::.:.: :.: . .:: : :.::::::: . ::::...::
CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
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CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
.:::: : .: :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.: .:: .. :.: : .
CCDS46 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 AGATGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAK
.:
CCDS46 SGTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
340 350 360 370
>>CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (364 aa)
initn: 1110 init1: 946 opt: 993 Z-score: 801.2 bits: 157.4 E(32554): 2.6e-38
Smith-Waterman score: 1120; 52.1% identity (74.5% similar) in 349 aa overlap (19-361:9-343)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
:::::. :: :. :: ::. .: : :: .: :::.
CCDS46 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
: .: . ..: .:: : .. ..:.:: .:::. :.:: ::.:. .
CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWAR---HGESGSMAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
:::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
.:. .: :.: :::::.:.: :.: . .:: : :.::::::: . ::::...::
CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
.:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.:::::::::
CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
.:::: : .: :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.: .:: .. :. : . :.
CCDS46 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKGTEH-AS
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 AGATGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAK
:.:.: .
CCDS46 ASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
340 350 360
>>CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (458 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]