Result of FASTA (ccds) for pF1KB9959
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9959, 538 aa
  1>>>pF1KB9959 538 - 538 aa - 538 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9670+/-0.000752; mu= 7.5351+/- 0.046
 mean_var=158.6493+/-31.486, 0's: 0 Z-trim(114.3): 70  B-trim: 6 in 1/52
 Lambda= 0.101825
 statistics sampled from 14783 (14855) to 14783 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.456), width:  16
 Scan time:  3.720

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19       ( 538) 3592 539.3 4.2e-153
CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19       ( 479) 2373 360.2 3.1e-99
CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 392) 1006 159.3 7.4e-39
CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 417) 1006 159.4 7.8e-39
CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 372)  998 158.1 1.6e-38
CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19           ( 364)  993 157.4 2.6e-38
CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11        ( 458)  609 101.1   3e-21
CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3       ( 487)  578 96.5 7.5e-20
CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11        ( 517)  569 95.2   2e-19
CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11        ( 352)  530 89.4 7.6e-18
CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3        ( 549)  483 82.6 1.3e-15
CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3       ( 366)  468 80.3 4.3e-15
CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1        ( 510)  401 70.5 5.2e-12


>>CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19            (538 aa)
 initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592  Z-score: 2862.2  bits: 539.3 E(32554): 4.2e-153
Smith-Waterman score: 3592; 100.0% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (1-538:1-538)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 PGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAEL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 QDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFSQDPTTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFSQDPTTV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAGAGATGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAGAGATGG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 IIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEAQEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEAQEM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 PSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530        
pF1KB9 PPGPPAVEDVSLDLEDEEGEEEEEYLDKINPIYDALSYSSPSDSYQGKGFVMSRAMYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PPGPPAVEDVSLDLEDEEGEEEEEYLDKINPIYDALSYSSPSDSYQGKGFVMSRAMYV
              490       500       510       520       530        

>>CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19            (479 aa)
 initn: 2408 init1: 2340 opt: 2373  Z-score: 1895.1  bits: 360.2 E(32554): 3.1e-99
Smith-Waterman score: 2373; 90.4% identity (95.5% similar) in 397 aa overlap (1-394:1-397)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 PGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAEL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 QDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFSQDPTTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFSQDPTTV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350          
pF1KB9 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTA--GAGA-
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ..   .:  
CCDS12 GTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPRASPRDVGPL
              310       320       330       340       350       360

       360       370       380       390       400       410       
pF1KB9 TGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEA
       . : .:: . ...  : .. .... : .:....  ::                       
CCDS12 VWGAVGGTLLVLLLLAGGSLAFILLRVRRRRKSPGGAGGGASGDGGFYDPKAQVLGNGDP
              370       380       390       400       410       420

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB9 QEMPSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSP
                                                                   
CCDS12 VFWTPVVPGPMEPDGKDEEEEEEEEKAEKGLMLPPPPALEDDMESQLDGSLISRRAVYV 
              430       440       450       460       470          

>>CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (392 aa)
 initn: 1128 init1: 964 opt: 1006  Z-score: 811.1  bits: 159.3 E(32554): 7.4e-39
Smith-Waterman score: 1133; 50.0% identity (72.8% similar) in 368 aa overlap (19-379:9-363)

               10        20             30        40        50     
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
                         :::::. ::       :. :: ::.  .: : :: .: :::.
CCDS46           MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
                         10        20        30        40        50

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
       : .: .   ..: .:: :    ..   .:.::  .:::.      :.:: ::.:. .   
CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGS---MAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
               60        70           80            90       100   

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
          :::..:.: . :: ::::::::: :.:::.::     ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
                 110       120       130       140       150       

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
        .:. .: :.:  :::::.:.: :.:    . .:: : :.::::::: . ::::...:: 
CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
       160       170       180       190       200       210       

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
       .:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.:::::::::
CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
       220       230       240       250       260       270       

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
       .:::: : .:  :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.:  .:: .. :.: : .  
CCDS46 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
       280       290       300       310       320       330       

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB9 AGAT-GGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKA
       .: . ..::  ... ..   . . ::                                  
CCDS46 SGMSRNAIIFLVLGILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSEHHQSCRN     
       340       350       360       370       380       390       

>>CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (417 aa)
 initn: 1128 init1: 964 opt: 1006  Z-score: 810.7  bits: 159.4 E(32554): 7.8e-39
Smith-Waterman score: 1133; 50.0% identity (72.8% similar) in 368 aa overlap (19-379:9-363)

               10        20             30        40        50     
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
                         :::::. ::       :. :: ::.  .: : :: .: :::.
CCDS12           MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
                         10        20        30        40        50

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
       : .: .   ..: .:: :    ..   .:.::  .:::.      :.:: ::.:. .   
CCDS12 LQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGS---MAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
               60        70           80            90       100   

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
          :::..:.: . :: ::::::::: :.:::.::     ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS12 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
                 110       120       130       140       150       

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
        .:. .: :.:  :::::.:.: :.:    . .:: : :.::::::: . ::::...:: 
CCDS12 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
       160       170       180       190       200       210       

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
       .:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.:::::::::
CCDS12 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
       220       230       240       250       260       270       

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
       .:::: : .:  :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.:  .:: .. :.: : .  
CCDS12 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
       280       290       300       310       320       330       

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB9 AGAT-GGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKA
       .: . ..::  ... ..   . . ::                                  
CCDS12 SGMSRNAIIFLVLGILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVS
       340       350       360       370       380       390       

>>CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (372 aa)
 initn: 1126 init1: 962 opt: 998  Z-score: 805.0  bits: 158.1 E(32554): 1.6e-38
Smith-Waterman score: 1125; 52.3% identity (74.1% similar) in 344 aa overlap (19-356:9-339)

               10        20             30        40        50     
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
                         :::::. ::       :. :: ::.  .: : :: .: :::.
CCDS46           MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
                         10        20        30        40        50

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
       : .: .   ..: .:: :    ..  ..:.::  .:::.      :.:: ::.:. .   
CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWAR---HGESGSMAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
               60           70        80            90       100   

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
          :::..:.: . :: ::::::::: :.:::.::     ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
                 110       120       130       140       150       

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
        .:. .: :.:  :::::.:.: :.:    . .:: : :.::::::: . ::::...:: 
CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
       160       170       180       190       200       210       

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
       .:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.:::::::::
CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
       220       230       240       250       260       270       

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
       .:::: : .:  :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.:  .:: .. :.: : .  
CCDS46 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
       280       290       300       310       320       330       

          360       370       380       390       400       410    
pF1KB9 AGATGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAK
       .:                                                          
CCDS46 SGTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR                         
       340       350       360       370                           

>>CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19                (364 aa)
 initn: 1110 init1: 946 opt: 993  Z-score: 801.2  bits: 157.4 E(32554): 2.6e-38
Smith-Waterman score: 1120; 52.1% identity (74.5% similar) in 349 aa overlap (19-361:9-343)

               10        20             30        40        50     
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
                         :::::. ::       :. :: ::.  .: : :: .: :::.
CCDS46           MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
                         10        20        30        40        50

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
       : .: .   ..: .:: :    ..  ..:.::  .:::.      :.:: ::.:. .   
CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWAR---HGESGSMAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
               60           70        80            90       100   

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
          :::..:.: . :: ::::::::: :.:::.::     ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
                 110       120       130       140       150       

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
        .:. .: :.:  :::::.:.: :.:    . .:: : :.::::::: . ::::...:: 
CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
       160       170       180       190       200       210       

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
       .:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.:::::::::
CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
       220       230       240       250       260       270       

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
       .:::: : .:  :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.:  .:: .. :. : . :.
CCDS46 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKGTEH-AS
       280       290       300       310       320       330       

          360       370       380       390       400       410    
pF1KB9 AGATGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAK
       :.:.: .                                                     
CCDS46 ASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR                                
        340       350       360                                    

>>CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11             (458 aa)
 initn: 676 init1: 213 opt: 609  Z-score: 494.9  bits: 101.1 E(32554): 3e-21
Smith-Waterman score: 753; 33.6% identity (59.6% similar) in 470 aa overlap (19-463:14-454)

               10        20          30        40        50        
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLL--LLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLP
                         : : : :  ..  :...  :::   . : .:  : : : .  
CCDS84      MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFAN
                    10        20        30        40        50     

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB9 PVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEA
       :.:.. :. ::::. .. ...:::: ..:.:: :  .:    ::. :.  .         
CCDS84 PLPSVKITQVTWQK-STNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPY--RERVEFLRPS---------
          60         70        80        90         100            

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB9 ELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTF-----
        . :.:. :  : .:::: : ::::::: :. ...  : :.::: :  :. ....     
CCDS84 -FTDGTIRLSRLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKG
            110       120       130       140       150       160  

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB9 SQDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADG
       ..: . :: : : .:.::. .:: . :  ::.  .. .   ::::: ::. :::: .:  
CCDS84 QDDKVLVATCTSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQ
            170       180       190       200        210       220 

           240         250       260       270       280       290 
pF1KB9 VTVTCKVEH--ESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEP
        ...: :..  . :.:     .::.:.: :::.: :.: :::: : :. :.: . .::  
CCDS84 QSLACIVNYHMDRFKES----LTLNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPA
             230           240       250       260       270       

             300       310        320       330       340          
pF1KB9 TGYDWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHA-VDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQV-IFVRET
       : : :.: .:..: .. ::.  : ... ..  .  :..: .:: .:  :. :: . . : 
CCDS84 TEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGT-RSGQVEVNITEK
       280       290       300       310       320        330      

     350        360        370       380       390       400       
pF1KB9 PNTA-GAGATGGIIGGIIAA-IIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYK
       :    : :... ...: .:. .: .:: .. .:  :::..    .::  :.    : : :
CCDS84 PRPQRGLGSAARLLAGTVAVFLILVAVLTVFFLYNRQQKSPPETDGAGTDQ----PLSQK
        340       350       360       370       380           390  

        410         420       430               440       450      
pF1KB9 P-PTP--KAKLEAQEMPSQLFTLGASEHSP--------LKTPYFDAGASCTEQEMPRYHE
       : :.:  ...:  ...    .  : ....         :. ::.: :.:      : :: 
CCDS84 PEPSPSRQSSLVPEDIQVVHLDPGRQQQQEEEDLQKLSLQPPYYDLGVS------PSYHP
            400       410       420       430       440            

         460       470       480       490       500       510     
pF1KB9 -LPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPVPPGPPAVEDVSLDLEDEEGEEEEEYLDKINPIYDA
        . : : :                                                    
CCDS84 SVRTTEPRGECP                                                
        450                                                        

>>CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3            (487 aa)
 initn: 397 init1: 325 opt: 578  Z-score: 469.9  bits: 96.5 E(32554): 7.5e-20
Smith-Waterman score: 622; 29.3% identity (61.4% similar) in 409 aa overlap (36-439:37-417)

          10        20        30        40        50        60     
pF1KB9 ALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPVPGLYI
                                     . : :.: .  : .: : :  :  : .  :
CCDS58 WCFVRRTPGLLRGPLLPRSFSGNPRALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKC--LIEV-NETI
         10        20        30        40        50           60   

          70        80        90       100       110       120     
pF1KB9 SLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAELQDATL
       . ..:..  . .. :.::. ::..: :  .   :  :. :   :. .       :.:::.
CCDS58 TQISWEKIHGKSS-QTVAVHHPQYGFSVQGEYQG--RVLF---KNYS-------LNDATI
            70         80        90         100                 110

         130       140       150       160         170       180   
pF1KB9 ALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQ--AEAQKVTFSQDPTTVALC
       .::..   : :.: :. .::: :.... : . :...:  .     ...  . . :..:.:
CCDS58 TLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLIDGGNETVAAIC
              120       130       140       150       160       170

           190       200       210       220       230       240   
pF1KB9 ISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKVEHE
       :.  :.: :.:.: ..:     :. ...    :.:. :.. : :.  : :  .:: :.: 
CCDS58 IAATGKPVAHIDWEGDLG--EMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHP
              180         190       200       210       220        

           250       260       270       280       290       300   
pF1KB9 SFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTSGTF
       ..:.       :...: ::::..::: ::..::  ..:.:.. .:: :    ::  .: .
CCDS58 ALEKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQW
      230       240       250       260       270       280        

           310        320       330       340       350         360
pF1KB9 PTSAVAQGSQL-VIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETP--NTAGAGATGG
       : . .:. . :  .: .   .. ...: :::..:.   ..::.. ..:  .:.. ...:.
CCDS58 PDGLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDVPFKQTSSIAVAGA
      290       300       310       320       330       340        

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 IIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEAQEM
       .::...: .:  :. .: .:  :..:          :. .. ::..::: :  . ..  .
CCDS58 VIGAVLALFII-AIFVTVLLTPRKKRPSYL------DKVIDLPPTHKPP-PLYEERSPPL
      350        360       370             380       390        400

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 PSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPV
       :..   :   :: ::.: .                                         
CCDS58 PQK--DLFQPEHLPLQTQFKEREVGNLQHSNGLNSRSFDYEDENPVGEDGIQQMYPLYNQ
                410       420       430       440       450        

>>CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11             (517 aa)
 initn: 688 init1: 213 opt: 569  Z-score: 462.4  bits: 95.2 E(32554): 2e-19
Smith-Waterman score: 710; 32.1% identity (57.5% similar) in 471 aa overlap (19-469:14-458)

               10        20          30        40        50        
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLL--LLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLP
                         : : : :  ..  :...  :::   . : .:  : : : .  
CCDS84      MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFAN
                    10        20        30        40        50     

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB9 PVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEA
       :.:.. :. ::::. .. ...:::: ..:.:: :  .:    ::. :.          . 
CCDS84 PLPSVKITQVTWQK-STNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPY--RERVEFL----------RP
          60         70        80        90         100            

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB9 ELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTF-----
        . :.:. :  : .:::: : ::::::: :. ...  : :.::: :  :. ....     
CCDS84 SFTDGTIRLSRLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKG
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pF1KB9 SQDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADG
       ..: . :: : : .:.::. .:: . :  ::.  .. .   ::::: ::. :::: .:  
CCDS84 QDDKVLVATCTSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQ
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pF1KB9 VTVTCKVEH--ESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEP
        ...: :..  . :.:     .::.:.: :::.: :.: :::: : :. :.: . .::  
CCDS84 QSLACIVNYHMDRFKES----LTLNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPA
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pF1KB9 TGYDWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHA-VDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQV-IFVRET
       : : :.: .:..: .. ::.  : ... ..  .  :..: .:: .:  :. :: . . : 
CCDS84 TEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGT-RSGQVEVNITEF
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pF1KB9 PNTAGAGATG--------GIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGA-EEDEDL
       : : .    :        .::::. ..:. . ... ::..   .:...:..:     . .
CCDS84 PYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGVAGSILLVLIVVGGIVVA-LRRRRHTFKGDYSTKKHV
        340       350       360       370        380       390     

              410       420       430       440       450       460
pF1KB9 EGPPSYKPPTPKAKLEAQEMPSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTL
        :    :   :      :. : .  .:   . :  .      :.:  :.:  . .     
CCDS84 YGNGYSKAGIP------QHHPPMAQNLQYPDDSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEEEEGGGGG
         400             410       420       430       440         

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pF1KB9 EERSGPLHPGATSLGSPIPVPPGPPAVEDVSLDLEDEEGEEEEEYLDKINPIYDALSYSS
       :.. :  ::                                                   
CCDS84 ERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQDGYGDRTLGYQYDPEQLDLAENMVSQNDGSF
     450       460       470       480       490       500         

>>CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11             (352 aa)
 initn: 602 init1: 213 opt: 530  Z-score: 433.8  bits: 89.4 E(32554): 7.6e-18
Smith-Waterman score: 656; 36.4% identity (62.4% similar) in 335 aa overlap (19-343:14-329)

               10        20          30        40        50        
pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLL--LLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLP
                         : : : :  ..  :...  :::   . : .:  : : : .  
CCDS84      MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFAN
                    10        20        30        40        50     

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB9 PVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEA
       :.:.. :. ::::. .. ...:::: ..:.:: :  .:    ::. :.  .         
CCDS84 PLPSVKITQVTWQK-STNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPY--RERVEFLRPS---------
          60         70        80        90         100            

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB9 ELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTF-----
        . :.:. :  : .:::: : ::::::: :. ...  : :.::: :  :. ....     
CCDS84 -FTDGTIRLSRLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKG
            110       120       130       140       150       160  

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pF1KB9 SQDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADG
       ..: . :: : : .:.::. .:: . :  ::.  .. .   ::::: ::. :::: .:  
CCDS84 QDDKVLVATCTSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQ
            170       180       190       200        210       220 

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pF1KB9 VTVTCKVEH--ESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEP
        ...: :..  . :.:     .::.:.: :::.: :.: :::: : :. :.: . .::  
CCDS84 QSLACIVNYHMDRFKES----LTLNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPA
             230           240       250       260       270       

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pF1KB9 TGYDWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHA-VDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETP
       : : :.: .:..: .. ::.  : ... ..  .  :..: .:: .:  :. ::       
CCDS84 TEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGT-RSGQVEVNITAF
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pF1KB9 NTAGAGATGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPT
                                                                   
CCDS84 CQLIYPGKGRTRARMF                                            
        340       350                                              




538 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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