FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9959, 538 aa 1>>>pF1KB9959 538 - 538 aa - 538 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9670+/-0.000752; mu= 7.5351+/- 0.046 mean_var=158.6493+/-31.486, 0's: 0 Z-trim(114.3): 70 B-trim: 6 in 1/52 Lambda= 0.101825 statistics sampled from 14783 (14855) to 14783 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.456), width: 16 Scan time: 3.720 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 538) 3592 539.3 4.2e-153 CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 479) 2373 360.2 3.1e-99 CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 392) 1006 159.3 7.4e-39 CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 417) 1006 159.4 7.8e-39 CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 372) 998 158.1 1.6e-38 CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 364) 993 157.4 2.6e-38 CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 458) 609 101.1 3e-21 CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 487) 578 96.5 7.5e-20 CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 517) 569 95.2 2e-19 CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 352) 530 89.4 7.6e-18 CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 549) 483 82.6 1.3e-15 CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 366) 468 80.3 4.3e-15 CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 ( 510) 401 70.5 5.2e-12 >>CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 (538 aa) initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592 Z-score: 2862.2 bits: 539.3 E(32554): 4.2e-153 Smith-Waterman score: 3592; 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CCDS12 LQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGS---MAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG--- 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS :::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: .. CCDS12 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV .:. .: :.: :::::.:.: :.: . .:: : :.::::::: . ::::...:: CCDS12 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY .:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.::::::::: CCDS12 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG .:::: : .: :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.: .:: .. :.: : . 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CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWAR---HGESGSMAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG--- 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS :::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: .. CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV .:. .: :.: :::::.:.: :.: . .:: : :.::::::: . ::::...:: CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY .:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.::::::::: CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG .:::: : .: :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.: .:: .. :.: : . CCDS46 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KB9 AGATGGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAK .: CCDS46 SGTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR 340 350 360 370 >>CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (364 aa) initn: 1110 init1: 946 opt: 993 Z-score: 801.2 bits: 157.4 E(32554): 2.6e-38 Smith-Waterman score: 1120; 52.1% identity (74.5% similar) in 349 aa overlap (19-361:9-343) 10 20 30 40 50 pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH :::::. :: :. :: ::. .: : :: .: :::. CCDS46 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB9 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ : .: . ..: .:: : .. ..:.:: .:::. :.:: ::.:. . CCDS46 LQVPNMEVTHVSQLTWAR---HGESGSMAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG--- 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB9 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS :::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: .. CCDS46 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB9 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV .:. .: :.: :::::.:.: :.: . .:: : :.::::::: . ::::...:: CCDS46 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB9 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY .:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.::::::::: CCDS46 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB9 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG .:::: : .: :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.: .:: .. :. : . :. 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CCDS84 -FTDGTIRLSRLELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKG 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB9 SQDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADG ..: . :: : : .:.::. .:: . : ::. .. . ::::: ::. :::: .: CCDS84 QDDKVLVATCTSANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNP-NGTVTVISRYRLVPSREAHQ 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB9 VTVTCKVEH--ESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEP ...: :.. . :.: .::.:.: :::.: :.: :::: : :. :.: . .:: CCDS84 QSLACIVNYHMDRFKES----LTLNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPA 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KB9 TGYDWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHA-VDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQV-IFVRET : : :.: .:..: .. ::. : ... .. . :..: .:: .: :. :: . . : CCDS84 TEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGT-RSGQVEVNITEK 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KB9 PNTA-GAGATGGIIGGIIAA-IIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYK : : :... ...: .:. .: .:: .. .: :::.. .:: :. : : : CCDS84 PRPQRGLGSAARLLAGTVAVFLILVAVLTVFFLYNRQQKSPPETDGAGTDQ----PLSQK 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 pF1KB9 P-PTP--KAKLEAQEMPSQLFTLGASEHSP--------LKTPYFDAGASCTEQEMPRYHE : :.: ...: ... . : .... :. ::.: :.: : :: CCDS84 PEPSPSRQSSLVPEDIQVVHLDPGRQQQQEEEDLQKLSLQPPYYDLGVS------PSYHP 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 510 pF1KB9 -LPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPVPPGPPAVEDVSLDLEDEEGEEEEEYLDKINPIYDA . : : : CCDS84 SVRTTEPRGECP 450 >>CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (487 aa) initn: 397 init1: 325 opt: 578 Z-score: 469.9 bits: 96.5 E(32554): 7.5e-20 Smith-Waterman score: 622; 29.3% identity (61.4% similar) in 409 aa overlap (36-439:37-417) 10 20 30 40 50 60 pF1KB9 ALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLPPVPGLYI . : :.: . : .: : : : : . : CCDS58 WCFVRRTPGLLRGPLLPRSFSGNPRALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKC--LIEV-NETI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB9 SLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQDTEAELQDATL . ..:.. . .. :.::. ::..: : . : :. : :. . :.:::. CCDS58 TQISWEKIHGKSS-QTVAVHHPQYGFSVQGEYQG--RVLF---KNYS-------LNDATI 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB9 ALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQ--AEAQKVTFSQDPTTVALC .::.. : :.: :. .::: :.... : . :...: . ... . . :..:.: CCDS58 TLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLIDGGNETVAAIC 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB9 ISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGVTVTCKVEHE :. :.: :.:.: ..: :. ... :.:. :.. : :. : : .:: :.: CCDS58 IAATGKPVAHIDWEGDLG--EMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHP 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KB9 SFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGYDWSTTSGTF ..:. :...: ::::..::: ::..:: ..:.:.. .:: : :: .: . CCDS58 ALEKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQW 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KB9 PTSAVAQGSQL-VIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETP--NTAGAGATGG : . .:. . : .: . .. ...: :::..:. ..::.. ..: .:.. ...:. CCDS58 PDGLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDVPFKQTSSIAVAGA 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 pF1KB9 IIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKAKLEAQEM .::...: .: :. .: .: :..: :. .. ::..::: : . .. . CCDS58 VIGAVLALFII-AIFVTVLLTPRKKRPSYL------DKVIDLPPTHKPP-PLYEERSPPL 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 470 480 pF1KB9 PSQLFTLGASEHSPLKTPYFDAGASCTEQEMPRYHELPTLEERSGPLHPGATSLGSPIPV :.. : :: ::.: . CCDS58 PQK--DLFQPEHLPLQTQFKEREVGNLQHSNGLNSRSFDYEDENPVGEDGIQQMYPLYNQ 410 420 430 440 450 >>CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (517 aa) initn: 688 init1: 213 opt: 569 Z-score: 462.4 bits: 95.2 E(32554): 2e-19 Smith-Waterman score: 710; 32.1% identity (57.5% similar) in 471 aa overlap (19-469:14-458) 10 20 30 40 50 pF1KB9 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLL--LLETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCHLLP : : : : .. :... ::: . : .: : : : . 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