FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9984, 711 aa 1>>>pF1KB9984 711 - 711 aa - 711 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6004+/-0.000392; mu= 17.9373+/- 0.024 mean_var=70.3809+/-13.999, 0's: 0 Z-trim(112.1): 14 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.152879 statistics sampled from 20855 (20867) to 20855 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16 Scan time: 11.010 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002334 (OMIM: 150210) lactotransferrin isoform ( 710) 4864 1082.5 0 NP_001308050 (OMIM: 150210) lactotransferrin isofo ( 708) 4840 1077.2 0 NP_001308051 (OMIM: 150210) lactotransferrin isofo ( 697) 4785 1065.1 0 NP_001186078 (OMIM: 150210) lactotransferrin isofo ( 666) 4571 1017.9 0 NP_001054 (OMIM: 190000,209300) serotransferrin pr ( 698) 1862 420.4 1.2e-116 XP_016862578 (OMIM: 190000,209300) PREDICTED: sero ( 698) 1861 420.2 1.4e-116 XP_016862579 (OMIM: 190000,209300) PREDICTED: sero ( 698) 1861 420.2 1.4e-116 NP_005920 (OMIM: 155750) melanotransferrin isoform ( 738) 899 208.0 1.1e-52 XP_006713706 (OMIM: 155750) PREDICTED: melanotrans ( 764) 836 194.1 1.7e-48 XP_011511152 (OMIM: 155750) PREDICTED: melanotrans ( 765) 834 193.7 2.3e-48 XP_011511153 (OMIM: 155750) PREDICTED: melanotrans ( 670) 826 191.9 6.9e-48 NP_201573 (OMIM: 155750) melanotransferrin isoform ( 302) 416 101.3 5.8e-21 >>NP_002334 (OMIM: 150210) lactotransferrin isoform 1 pr (710 aa) initn: 4750 init1: 4750 opt: 4864 Z-score: 5793.6 bits: 1082.5 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 4864; 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XP_016 MRLAVGALLVCAVLGLCLA-VPDKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB9 KRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAV :. : ..::.::: :.:::::::.:..:.: ::: .:.::.:: ::....:.: :::::: XP_016 KKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB9 VKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASC ::: ..::.:.:.: ::::::: :.::::.::: : . . : .:.: ::: :::.:: XP_016 VKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLL--YCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSC 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB9 VPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFED .: :: .::.::.:: : :. :. . ::.::::::::.::::::::...::.::. XP_016 APCADGTDFPQLCQLCPG-----CGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFEN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB9 LSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEK :...:.::.::::: ::::::::..::::::.::::.:::::..:::: ::.:: ::::. 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XP_016 MRLAVGALLVCAVLGLCLA-VPDKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB9 KRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAV :. : ..::.::: :.:::::::.:..:.: ::: .:.::.:: ::....:.: :::::: XP_016 KKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB9 VKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASC ::: ..::.:.:.: ::::::: :.::::.::: : . . : .:.: ::: :::.:: XP_016 VKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLL--YCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSC 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB9 VPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFED .: :: .::.::.:: : :. :. . ::.::::::::.::::::::...::.::. XP_016 APCADGTDFPQLCQLCPG-----CGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFEN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB9 LSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEK :...:.::.::::: ::::::::..::::::.::::.:::::..:::: ::.:: ::::. XP_016 LANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEH 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB9 FGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSE-E :::::: .::::.:: : ::::::::: :: .::::.:. .::: : :::.:::.. XP_016 FGKDKSKEFQLFSSPHG-KDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCP 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB9 EVAARRARVV-WCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLD :. . . . : :::....: ::..:: : :.. : :: ::::::: ...::::::::: XP_016 EAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLD 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB9 GGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKG ::.:: ::::::::::::::. .:: :: : : ::.:.:::..: ..:::...:: XP_016 GGFVYIAGKCGLVPVLAENYN---KSD---NCEDTPEAGYFAIAVVKKSASDLTWDNLKG 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KB9 KKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGEN :::::::: ::::::::::::.:. . :.:::.::..::::: :.:: ::.:. : : XP_016 KKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGS--GLN 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KB9 KCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLC : ::..: :::::::::::.:. ::::::: :: ::: :.: . :::.:. :. ::: XP_016 LCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEK-GDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLC 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 650 pF1KB9 LDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQ ::: :::: : .:::: :::::::.: :: ....: .:: :: : .:: .::::. XP_016 LDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFR 590 600 610 620 630 640 660 670 680 690 700 710 pF1KB9 SETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK ::::.::: :.: :::.:: ..::::::: .:: .. ::.::::: ::::: : : XP_016 SETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP 650 660 670 680 690 >>NP_005920 (OMIM: 155750) melanotransferrin isoform 1 p (738 aa) initn: 1033 init1: 461 opt: 899 Z-score: 1067.1 bits: 208.0 E(85289): 1.1e-52 Smith-Waterman score: 1645; 40.4% identity (67.1% similar) in 730 aa overlap (12-698:6-710) 10 20 30 40 50 pF1KB9 MKLVFLVLLFLGALGLCLAGRRRRS---VQWCTVSQPEATKCFQWQRNMRRVR-GPPVSC ::: : :: : . :.::..:.:: :: . .. .:.. : . : NP_005 MRGPSGALWLLLALRTVLGGMEVRWCATSDPEQHKCGNMSEAFREAGIQPSLLC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB9 IKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVA .. : .:.: :: ..:::.::::: ::::: . :.::..::: ... : ::::: NP_005 VRGTSADHCVQLIAAQEADAITLDGGAIYEAG-KEHGLKPVVGEVY--DQEVGTSYYAVA 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB9 VVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSAS ::.... .. :.:.::::::. ::.:::::.: : . . ::. .:..: NP_005 VVRRSSHVTIDTLKGVKSCHTGINRTVGWNVPVGYLVESGRLSVMGCDVLKAVSDYFGGS 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB9 CVPGADKGQFP-NLCRLCAG--TGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIREST ::::: . .. .::::: : .::. : : : :..:::::.:: .:::::::...:: NP_005 CVPGAGETSYSESLCRLCRGDSSGEGVCDKSPLERYYDYSGAFRCLAEGAGDVAFVKHST 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KB9 VFEDLSDEAE--------RDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKED :.:. . .. ...:::: :..: : ....:::::::.::::.:. . 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