Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9985
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9985, 572 aa
1>>>pF1KB9985 572 - 572 aa - 572 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9309+/-0.000974; mu= 3.9603+/- 0.060
mean_var=204.4002+/-40.980, 0's: 0 Z-trim(113.1): 8 B-trim: 52 in 2/50
Lambda= 0.089708
statistics sampled from 13735 (13742) to 13735 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.422), width: 16
Scan time: 3.770
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34610.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7 ( 572) 3941 522.6 5.1e-148
CCDS5380.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7 ( 560) 2401 323.3 5e-88
CCDS55833.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 ( 575) 451 70.9 4.8e-12
CCDS8897.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 ( 661) 451 71.0 5.4e-12
CCDS55834.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 ( 668) 451 71.0 5.4e-12
>>CCDS34610.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7 (572 aa)
initn: 3941 init1: 3941 opt: 3941 Z-score: 2770.8 bits: 522.6 E(32554): 5.1e-148
Smith-Waterman score: 3941; 100.0% identity (100.0% similar) in 572 aa overlap (1-572:1-572)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MECLYYFLGFLLLAARLPLDAAKRFHDVLGNERPSAYMREHNQLNGWSSDENDWNEKLYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MECLYYFLGFLLLAARLPLDAAKRFHDVLGNERPSAYMREHNQLNGWSSDENDWNEKLYP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 VWKRGDMRWKNSWKGGRVQAVLTSDSPALVGSNITFAVNLIFPRCQKEDANGNIVYEKNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VWKRGDMRWKNSWKGGRVQAVLTSDSPALVGSNITFAVNLIFPRCQKEDANGNIVYEKNC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RNEAGLSADPYVYNWTAWSEDSDGENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RNEAGLSADPYVYNWTAWSEDSDGENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GQYFQKLGRCSVRVSVNTANVTLGPQLMEVTVYRRHGRAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GQYFQKLGRCSVRVSVNTANVTLGPQLMEVTVYRRHGRAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 TMFQKNDRNSSDETFLKDLPIMFDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TMFQKNDRNSSDETFLKDLPIMFDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 HTYVLNGTFSLNLTVKAAAPGPCPPPPPPPRPSKPTPSLATTLKSYDSNTPGPAGDNPLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HTYVLNGTFSLNLTVKAAAPGPCPPPPPPPRPSKPTPSLATTLKSYDSNTPGPAGDNPLE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 LSRIPDENCQINRYGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LSRIPDENCQINRYGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 PTEVCTIISDPTCEITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNGSGTYCVNLTLGDDTSLALTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PTEVCTIISDPTCEITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNGSGTYCVNLTLGDDTSLALTS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 TLISVPDRDPASPLRMANSALISVGCLAIFVTVISLLVYKKHKEYNPIENSPGNVVRSKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TLISVPDRDPASPLRMANSALISVGCLAIFVTVISLLVYKKHKEYNPIENSPGNVVRSKG
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB9 LSVFLNRAKAVFFPGNQEKDPLLKNQEFKGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LSVFLNRAKAVFFPGNQEKDPLLKNQEFKGVS
550 560 570
>>CCDS5380.1 GPNMB gene_id:10457|Hs108|chr7 (560 aa)
initn: 3853 init1: 2401 opt: 2401 Z-score: 1693.8 bits: 323.3 E(32554): 5e-88
Smith-Waterman score: 3833; 97.9% identity (97.9% similar) in 572 aa overlap (1-572:1-560)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MECLYYFLGFLLLAARLPLDAAKRFHDVLGNERPSAYMREHNQLNGWSSDENDWNEKLYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MECLYYFLGFLLLAARLPLDAAKRFHDVLGNERPSAYMREHNQLNGWSSDENDWNEKLYP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 VWKRGDMRWKNSWKGGRVQAVLTSDSPALVGSNITFAVNLIFPRCQKEDANGNIVYEKNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VWKRGDMRWKNSWKGGRVQAVLTSDSPALVGSNITFAVNLIFPRCQKEDANGNIVYEKNC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RNEAGLSADPYVYNWTAWSEDSDGENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RNEAGLSADPYVYNWTAWSEDSDGENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GQYFQKLGRCSVRVSVNTANVTLGPQLMEVTVYRRHGRAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GQYFQKLGRCSVRVSVNTANVTLGPQLMEVTVYRRHGRAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 TMFQKNDRNSSDETFLKDLPIMFDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TMFQKNDRNSSDETFLKDLPIMFDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 HTYVLNGTFSLNLTVKAAAPGPCPPPPPPPRPSKPTPSLATTLKSYDSNTPGPAGDNPLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS53 HTYVLNGTFSLNLTVKAAAPGPCPPPPPPPRPSKPTPSL------------GPAGDNPLE
310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 LSRIPDENCQINRYGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LSRIPDENCQINRYGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSI
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 PTEVCTIISDPTCEITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNGSGTYCVNLTLGDDTSLALTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PTEVCTIISDPTCEITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNGSGTYCVNLTLGDDTSLALTS
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 TLISVPDRDPASPLRMANSALISVGCLAIFVTVISLLVYKKHKEYNPIENSPGNVVRSKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TLISVPDRDPASPLRMANSALISVGCLAIFVTVISLLVYKKHKEYNPIENSPGNVVRSKG
470 480 490 500 510 520
550 560 570
pF1KB9 LSVFLNRAKAVFFPGNQEKDPLLKNQEFKGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LSVFLNRAKAVFFPGNQEKDPLLKNQEFKGVS
530 540 550 560
>>CCDS55833.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 (575 aa)
initn: 529 init1: 286 opt: 451 Z-score: 329.7 bits: 70.9 E(32554): 4.8e-12
Smith-Waterman score: 513; 27.4% identity (50.8% similar) in 457 aa overlap (155-480:45-495)
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 GLSADPYVYNWTAWSEDSDGENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTLGQYF
.:::: : : .. .:.::..: :::.
CCDS55 IGALLAVGATKGSQVWGGQPVYPQETDDACIFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYW
20 30 40 50 60 70
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 QKLGRCSVRVSVNTANVTLGPQLMEVTVYRRHG-RAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFVTMF
: :: .:..:. . :: . ::::::.:.: :.:::.:. ......:::.: :..
CCDS55 QVLGGPVSGLSIGTGRAMLGTHTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVS
80 90 100 110 120 130
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 QKNDRNSSDETFLKDLPIMFDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVNHTY
: ..... ::.. :. : . .:::: .: . ..: :.:::..: ..: .:.:::
CCDS55 QLRALDGGNKHFLRNQPLTFALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTY
140 150 160 170 180 190
310 320
pF1KB9 VLNGTFSLNLTVKAAAP----GPCPPP-------P-------------------------
. : . .....:: : : : : :
CCDS55 LEPGPVTAQVVLQAAIPLTSCGSSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQA
200 210 220 230 240 250
330 340 350
pF1KB9 PPPRPSK------PTPSLATT----LKSYDS---------------------NTPGPAGD
: .:: :: . .: . . .: .:: .:
CCDS55 PTAEPSGTTSVQVPTTEVISTAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGM
260 270 280 290 300 310
360
pF1KB9 NPLELSRI------------------------------PDE-------------------
.: :.: . ::
CCDS55 TPAEVSIVVLSGTTAAQVTTTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDG
320 330 340 350 360 370
370 380 390 400 410
pF1KB9 -------------NCQINRYGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVV
.: . ::: :..:. ::.:: . ...:. :: :.. ....:
CCDS55 TATLRLVKRQVPLDCVLYRYGSFSVTLDIVQGI------ESAEILQAVPSGEGDAFELTV
380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 TCQGSIPTEVCTIISDPTCEITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNG-SGTYCVNLTLGDD
.:::..: :.: ::.: :. . .:.:: . : :.... ..: :::::.:..:.:
CCDS55 SCQGGLPKEACMEISSPGCQPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADT
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 TSLALTSTLISVPDRDPASPLRMANSALISVGCLAIFVTVISLLVYKKHKEYNPIENSPG
.:::..:
CCDS55 NSLAVVSTQLIMPGQEAGLGQVPLIVGILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSS
490 500 510 520 530 540
>>CCDS8897.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 (661 aa)
initn: 685 init1: 286 opt: 451 Z-score: 328.8 bits: 71.0 E(32554): 5.4e-12
Smith-Waterman score: 650; 26.7% identity (52.2% similar) in 558 aa overlap (54-480:44-581)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 RFHDVLGNERPSAYMREHNQLNGWSSDENDWNEKLYPVWKRGDMRWKNSWKGGRVQAVLT
::..::: : . . . :.::.:. ..
CCDS88 VIGALLAVGATKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWT--EAQRLDCWRGGQVSLKVS
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 SDSPALVGSNITFAVNLIFPRCQKEDANGNIVYEKNCRNEAGLSADPYVYNWTAWSEDSD
.:.:.:.:.: .:.. : :: :: .:.... .: . .... . .. ...:
CCDS88 NDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNN----TIINGSQVWGGQPVYPQETD
80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 GENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTLGQYFQKLGRCSVRVSVNTANVTL
.:::: : : .. .:.::..: :::.: :: .:..:. . :
CCDS88 DAC--------IFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAML
130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 GPQLMEVTVYRRHG-RAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFVTMFQKNDRNSSDETFLKDLPIM
: . ::::::.:.: :.:::.:. ......:::.: :.. : ..... ::.. :.
CCDS88 GTHTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLT
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 FDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVNHTYVLNGTFSLNLTVKAAAP--
: . .:::: .: . ..: :.:::..: ..: .:.:::. : . .....:: :
CCDS88 FALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLT
240 250 260 270 280 290
330 340
pF1KB9 --GPCPPP-------P-------------------------PPPRPSK------PTPSLA
: : : : : .:: :: .
CCDS88 SCGSSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVI
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB9 TT----LKSYDS---------------------NTPGPAGDNPLELSRI-----------
.: . . .: .:: .: .: :.: .
CCDS88 STAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVT
360 370 380 390 400 410
370
pF1KB9 -------------------PDE--------------------------------NCQINR
:: .: . :
CCDS88 TTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYR
420 430 440 450 460 470
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 YGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSIPTEVCTIISDPTC
:: :..:. ::.: :. ...:. :: :.. ....:.:::..: :.: ::.: :
CCDS88 YGSFSVTLDIVQG------IESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGC
480 490 500 510 520 530
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 EITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNG-SGTYCVNLTLGDDTSLALTSTLISVPDRDPAS
. . .:.:: . : :.... ..: :::::.:..:.: .:::..:
CCDS88 QPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPGQEAGL
540 550 560 570 580 590
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 PLRMANSALISVGCLAIFVTVISLLVYKKHKEYNPIENSPGNVVRSKGLSVFLNRAKAVF
CCDS88 GQVPLIVGILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCSCPIGENS
600 610 620 630 640 650
>>CCDS55834.1 PMEL gene_id:6490|Hs108|chr12 (668 aa)
initn: 683 init1: 286 opt: 451 Z-score: 328.8 bits: 71.0 E(32554): 5.4e-12
Smith-Waterman score: 650; 26.7% identity (52.2% similar) in 558 aa overlap (54-480:44-581)
30 40 50 60 70 80
pF1KB9 RFHDVLGNERPSAYMREHNQLNGWSSDENDWNEKLYPVWKRGDMRWKNSWKGGRVQAVLT
::..::: : . . . :.::.:. ..
CCDS55 VIGALLAVGATKVPRNQDWLGVSRQLRTKAWNRQLYPEWT--EAQRLDCWRGGQVSLKVS
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 SDSPALVGSNITFAVNLIFPRCQKEDANGNIVYEKNCRNEAGLSADPYVYNWTAWSEDSD
.:.:.:.:.: .:.. : :: :: .:.... .: . .... . .. ...:
CCDS55 NDGPTLIGANASFSIALNFPGSQKVLPDGQVIWVNN----TIINGSQVWGGQPVYPQETD
80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 GENGTGQSHHNVFPDGKPFPHHPGWRRWNFIYVFHTLGQYFQKLGRCSVRVSVNTANVTL
.:::: : : .. .:.::..: :::.: :: .:..:. . :
CCDS55 DAC--------IFPDGGPCPSGSWSQKRSFVYVWKTWGQYWQVLGGPVSGLSIGTGRAML
130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 GPQLMEVTVYRRHG-RAYVPIAQVKDVYVVTDQIPVFVTMFQKNDRNSSDETFLKDLPIM
: . ::::::.:.: :.:::.:. ......:::.: :.. : ..... ::.. :.
CCDS55 GTHTMEVTVYHRRGSRSYVPLAHSSSAFTITDQVPFSVSVSQLRALDGGNKHFLRNQPLT
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB9 FDVLIHDPSHFLNYSTINYKWSFGDNTGLFVSTNHTVNHTYVLNGTFSLNLTVKAAAP--
: . .:::: .: . ..: :.:::..: ..: .:.:::. : . .....:: :
CCDS55 FALQLHDPSGYLAEADLSYTWDFGDSSGTLISRALVVTHTYLEPGPVTAQVVLQAAIPLT
240 250 260 270 280 290
330 340
pF1KB9 --GPCPPP-------P-------------------------PPPRPSK------PTPSLA
: : : : : .:: :: .
CCDS55 SCGSSPVPGTTDGHRPTAEAPNTTAGQVPTTEVVGTTPGQAPTAEPSGTTSVQVPTTEVI
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB9 TT----LKSYDS---------------------NTPGPAGDNPLELSRI-----------
.: . . .: .:: .: .: :.: .
CCDS55 STAPVQMPTAESTGMTPEKVPVSEVMGTTLAEMSTPEATGMTPAEVSIVVLSGTTAAQVT
360 370 380 390 400 410
370
pF1KB9 -------------------PDE--------------------------------NCQINR
:: .: . :
CCDS55 TTEWVETTARELPIPEPEGPDASSIMSTESITGSLGPLLDGTATLRLVKRQVPLDCVLYR
420 430 440 450 460 470
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 YGHFQATITIVEGILEVNIIQMTDVLMPVPWPESSLIDFVVTCQGSIPTEVCTIISDPTC
:: :..:. ::.: :. ...:. :: :.. ....:.:::..: :.: ::.: :
CCDS55 YGSFSVTLDIVQG------IESAEILQAVPSGEGDAFELTVSCQGGLPKEACMEISSPGC
480 490 500 510 520 530
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 EITQNTVCSPVDVDEMCLLTVRRTFNG-SGTYCVNLTLGDDTSLALTSTLISVPDRDPAS
. . .:.:: . : :.... ..: :::::.:..:.: .:::..:
CCDS55 QPPAQRLCQPVLPSPACQLVLHQILKGGSGTYCLNVSLADTNSLAVVSTQLIMPVPGILL
540 550 560 570 580 590
500 510 520 530 540 550
pF1KB9 PLRMANSALISVGCLAIFVTVISLLVYKKHKEYNPIENSPGNVVRSKGLSVFLNRAKAVF
CCDS55 TGQEAGLGQVPLIVGILLVLMAVVLASLIYRRRLMKQDFSVPQLPHSSSHWLRLPRIFCS
600 610 620 630 640 650
572 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 08:02:08 2016 done: Sat Nov 5 08:02:09 2016
Total Scan time: 3.770 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]