FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9993, 584 aa 1>>>pF1KB9993 584 - 584 aa - 584 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5630+/-0.00088; mu= 6.5714+/- 0.053 mean_var=238.3996+/-49.404, 0's: 0 Z-trim(115.4): 61 B-trim: 1040 in 2/50 Lambda= 0.083066 statistics sampled from 15900 (15961) to 15900 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.791), E-opt: 0.2 (0.49), width: 16 Scan time: 4.290 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS44233.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 584) 4040 497.1 2.6e-140 CCDS30881.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 583) 4023 495.0 1.1e-139 CCDS1076.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 474) 3277 405.5 7.5e-113 CCDS44234.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 ( 473) 3260 403.5 3.1e-112 CCDS45891.1 SHC2 gene_id:25759|Hs108|chr19 ( 582) 1632 208.5 1.9e-53 CCDS10130.1 SHC4 gene_id:399694|Hs108|chr15 ( 630) 1548 198.5 2.2e-50 CCDS6681.1 SHC3 gene_id:53358|Hs108|chr9 ( 594) 1201 156.8 6.9e-38 >>CCDS44233.1 SHC1 gene_id:6464|Hs108|chr1 (584 aa) initn: 4040 init1: 4040 opt: 4040 Z-score: 2632.5 bits: 497.1 E(32554): 2.6e-140 Smith-Waterman score: 4040; 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CCDS45 MTQGPGGRAPP----APPA-------PPEP--EAPTTFCA 10 20 70 80 90 100 pF1KB9 FFPRMSNLRLANPAG--GR-P------GSKG----EPGRAADDG-----EGIVGAAMPD- ..::: . ..: :.: :: : :..: .: :. : ...:: : CCDS45 LLPRMPQWKFAAPGGFLGRGPAAARAAGASGGADPQPEPAGPGGVPALAAAVLGACEPRC 30 40 50 60 70 80 110 120 130 140 150 pF1KB9 SGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLG-GE-----EWTRHGSFVNKPTRGWLHPNDKV ..: :: ... :.:.: .: : : :. :: :.:::..::..:::::. .: CCDS45 AAPCPL-PALSRCRGAGSRGSRGGRGAAGSGDAAAAAEWIRKGSFIHKPAHGWLHPDARV 90 100 110 120 130 140 160 170 180 190 200 210 pF1KB9 MGPGVSYLVRYMGCVEVLQSMRALDFNTRTQVTREAISLVCEAVPGAKGATRRRKPCSRP .::::::.::::::.:::.:::.::::::::::::::. . :::::..:. ... : .. 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CCDS45 KDVLFESISHLIDHHLQNGQPIVAAESELHLRGVVSREP 550 560 570 580 >>CCDS10130.1 SHC4 gene_id:399694|Hs108|chr15 (630 aa) initn: 1722 init1: 862 opt: 1548 Z-score: 1018.1 bits: 198.5 E(32554): 2.2e-50 Smith-Waterman score: 1638; 49.1% identity (69.9% similar) in 611 aa overlap (7-582:27-619) 10 20 30 pF1KB9 MDLLPPKPKYNPLRNESLSSLEEGASG-STPPEELPSPSA . ::. .::::..::.::.:: :. . :.: CCDS10 MRERGQDSLAGLVLYVGLFGHPGMLHRAKYSRFRNESITSLDEGSSGGSVGNKGSPQPPH 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 pF1KB9 SSLGPILPP----LPGDDSPTTLCSFFPRMSNLRLANPAGGRP------GSKGEPGRAAD .:.: :: ::...::: ::...:::....::::: :.: : . CCDS10 PALAPHLPTEDATLPSQESPTPLCTLIPRMASMKLANPATLLSLKNFCLGTKEVPRLKLQ 70 80 90 100 110 120 90 100 110 120 130 140 pF1KB9 DGE--GIVGAAMPD-----SGPLPLLQDMNKLSGGGGRRTRVEGGQLGGEEWTRHGSFVN ... : : . :. :: : : . : : . .. : : . .. . 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