Result of FASTA (omim) for
pF1KE0002
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0002, 579 aa
1>>>pF1KE0002 579 - 579 aa - 579 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1020+/-0.00029; mu= 12.7358+/- 0.018
mean_var=146.3545+/-29.474, 0's: 0 Z-trim(122.3): 26 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.106016
statistics sampled from 40065 (40091) to 40065 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.774), E-opt: 0.2 (0.47), width: 16
Scan time: 9.640
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precurs ( 555) 1566 250.9 8e-66
NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4 ( 556) 1388 223.7 1.3e-57
XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875788 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875789 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 433) 1193 193.8 9.9e-49
NP_002072 (OMIM: 600395) glypican-1 precursor [Hom ( 558) 1005 165.1 5.4e-40
XP_011509278 (OMIM: 600395) PREDICTED: glypican-1 ( 486) 819 136.6 1.8e-31
XP_016875791 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 324) 593 101.9 3.4e-21
XP_016875924 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 565) 514 90.0 2.2e-17
NP_004457 (OMIM: 602446) glypican-5 precursor [Hom ( 572) 514 90.0 2.2e-17
XP_011519356 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 480) 512 89.7 2.4e-17
XP_011519362 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 443) 491 86.4 2.1e-16
XP_016875925 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519358 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519360 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_016875926 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519359 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519357 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519361 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
NP_004475 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican-3 ( 580) 459 81.6 7.7e-15
XP_016884902 (OMIM: 194070,300037,312870) PREDICTE ( 486) 437 78.2 6.9e-14
NP_001158089 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 603) 409 74.0 1.6e-12
NP_001158091 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 526) 360 66.4 2.6e-10
NP_001158090 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 564) 359 66.3 3e-10
>>NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precursor [ (555 aa)
initn: 1067 init1: 593 opt: 1566 Z-score: 1302.7 bits: 250.9 E(85289): 8e-66
Smith-Waterman score: 1566; 45.5% identity (77.0% similar) in 508 aa overlap (6-511:11-504)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALIS
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NP_005 MPSWIGAVILPLLGLLLSL-----PA-GADVKA-RSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEML
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NP_005 GEHLRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVF
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NP_005 ENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGR
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NP_005 QLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGR
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWS
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NP_005 EVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWN
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 NYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA
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NP_005 LFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 -RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVC
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NP_005 LRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTIC
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 GDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQ
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NP_005 KDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMA
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRD
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NP_005 LRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRRE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570
pF1KE0 GSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
NP_005 VDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
530 540 550
>>NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4 prec (556 aa)
initn: 1250 init1: 474 opt: 1388 Z-score: 1155.6 bits: 223.7 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 1388; 42.6% identity (74.7% similar) in 479 aa overlap (29-505:27-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
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NP_001 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLK
10 20 30 40 50
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pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
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NP_001 ICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
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NP_001 SLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNS
120 130 140 150 160 170
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pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
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NP_001 QYHFTDEYLECVSKYTEQ----LKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSK
180 190 200 210 220 230
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pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDG
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NP_001 VSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRR
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NP_001 MLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISR
300 310 320 330 340 350
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pF1KE0 APPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRM
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NP_001 SISESAFSARFRPH-HPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERM
360 370 380 390 400 410
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pF1KE0 AADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAAT
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NP_001 AAGNGNED-DCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMT
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 ARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGK
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NP_001 SKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGV
480 490 500 510 520 530
>>XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
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Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
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XP_016 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
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110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
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pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
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XP_016 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
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pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
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pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
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pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
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XP_016 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
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pF1KE0 GPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPA
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XP_016 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
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pF1KE0 RPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
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450 460 470 480
>>XP_016875788 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 851 init1: 420 opt: 1333 Z-score: 1110.9 bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
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XP_016 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
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XP_016 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
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pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
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XP_016 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
100 110 120 130 140
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pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
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XP_016 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
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pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
:.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_016 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
210 220 230 240 250 260
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pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
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XP_016 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
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pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
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XP_016 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
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pF1KE0 GPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPA
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XP_016 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
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pF1KE0 RPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
XP_016 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
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>>XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 851 init1: 420 opt: 1333 Z-score: 1110.9 bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
:..: .... :..:::... :. :...:
XP_011 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
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110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
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XP_011 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
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XP_011 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
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XP_011 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
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XP_016 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
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XP_016 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
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>>XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (433 aa)
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Smith-Waterman score: 1193; 44.2% identity (76.3% similar) in 389 aa overlap (125-511:1-382)
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.....::. : . : . :. . ..:.. ::.: ..:.:.: :: : : ..
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.: :: : : ..: :.:. : . .. .::: . :: :..:: : . .: ..
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: :
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::
XP_016 GCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
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579 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 21:57:43 2016 done: Sat Nov 5 21:57:44 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]