Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0009
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0009, 643 aa
1>>>pF1KE0009 643 - 643 aa - 643 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5541+/-0.00111; mu= 1.4850+/- 0.067
mean_var=294.5448+/-58.332, 0's: 0 Z-trim(112.9): 120 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.074731
statistics sampled from 13477 (13594) to 13477 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.748), E-opt: 0.2 (0.418), width: 16
Scan time: 2.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 643) 4307 478.3 1.4e-134
CCDS6698.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 699) 3059 343.8 4.8e-94
CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 519) 530 71.0 4.7e-12
CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 642) 493 67.1 8.6e-11
CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 661) 493 67.1 8.8e-11
>>CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 (643 aa)
initn: 4307 init1: 4307 opt: 4307 Z-score: 2529.5 bits: 478.3 E(32554): 1.4e-134
Smith-Waterman score: 4307; 99.8% identity (99.8% similar) in 643 aa overlap (1-643:1-643)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKIAVLFCFFLLIIFQTDFGKNEEIPRKQRRKIYHRRLRKSSTSHKHRSNRQLGIPQTTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS56 MKIAVLFCFFLLIIFQTDFGKNEEIPRKQRRKIYHRRLRKSSTSHKHRSNRQLGIQQTTV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 FTPVARLPIVNFDYSMEEKFESFSSFPGVESSYNVLPGKKGHCLVKGITMYNKAVWSPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FTPVARLPIVNFDYSMEEKFESFSSFPGVESSYNVLPGKKGHCLVKGITMYNKAVWSPEP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 CTTCLCSDGRVLCDETMCHPQRCPQTVIPEGECCPVCSATEQREPTNLLHKQLPPPQVGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 CTTCLCSDGRVLCDETMCHPQRCPQTVIPEGECCPVCSATEQREPTNLLHKQLPPPQVGM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DRIVRKEALQSEEDEEVKEEDTEQKRETPESRNQGQLYSEGDSRGGDRKQRPGEERRLAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DRIVRKEALQSEEDEEVKEEDTEQKRETPESRNQGQLYSEGDSRGGDRKQRPGEERRLAH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 QQQRQGREEEEDEEEEGEEGEEDEEDEEDPVRGDMFRMPSRSPLPAPPRGTLRLPSGCSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QQQRQGREEEEDEEEEGEEGEEDEEDEEDPVRGDMFRMPSRSPLPAPPRGTLRLPSGCSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SYRTISCINAMLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPDEAFNGLPNLERLDLSKNNITSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SYRTISCINAMLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPDEAFNGLPNLERLDLSKNNITSS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 GIGPKAFKLLKKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELKVNENNLQAIDEESLSDLNQLVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GIGPKAFKLLKKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELKVNENNLQAIDEESLSDLNQLVT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 LELEGNNLSEANVNPLAFKPLKSLAYLRLGKNKFRIIPQGLPGSIEELYLENNQIEEITE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LELEGNNLSEANVNPLAFKPLKSLAYLRLGKNKFRIIPQGLPGSIEELYLENNQIEEITE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 ICFNHTRKINVIVLRYNKIEENRIAPLAWINQENLESIDLSYNKLYHVPSYLPKSLLHLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ICFNHTRKINVIVLRYNKIEENRIAPLAWINQENLESIDLSYNKLYHVPSYLPKSLLHLV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 LLGNQIERIPGYVFGHMEPGLEYLYLSFNKLADDGMDRVSFYGAYHSLRELFLDHNDLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LLGNQIERIPGYVFGHMEPGLEYLYLSFNKLADDGMDRVSFYGAYHSLRELFLDHNDLKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KE0 IPPGIQEMKALHFLRLNNNKIRCVSDAVLETVTNRSDVAFPLW
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IPPGIQEMKALHFLRLNNNKIRCVSDAVLETVTNRSDVAFPLW
610 620 630 640
>>CCDS6698.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 (699 aa)
initn: 4526 init1: 3044 opt: 3059 Z-score: 1801.9 bits: 343.8 E(32554): 4.8e-94
Smith-Waterman score: 4113; 96.1% identity (96.3% similar) in 646 aa overlap (1-624:1-646)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKIAVLFCFFLLIIFQTDFGKNEEIPRKQRRKIYHRRLRKSSTSHKHRSNRQLGIPQTTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS66 MKIAVLFCFFLLIIFQTDFGKNEEIPRKQRRKIYHRRLRKSSTSHKHRSNRQLGIQQTTV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 FTPVARLPIVNFDYSMEEKFESFSSFPGVESSYNVLPGKKGHCLVKGITMYNKAVWSPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FTPVARLPIVNFDYSMEEKFESFSSFPGVESSYNVLPGKKGHCLVKGITMYNKAVWSPEP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160
pF1KE0 CTTCLCSDGRVLCDETMCHPQRCPQTVIPEGECCPVCSAT--------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 CTTCLCSDGRVLCDETMCHPQRCPQTVIPEGECCPVCSATVSYSLLSGIALNDRNEFSGD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE0 --EQREPTNLLHKQLPPPQVGMDRIVRKEALQSEEDEEVKEEDTEQKRETPESRNQGQLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SSEQREPTNLLHKQLPPPQVGMDRIVRKEALQSEEDEEVKEEDTEQKRETPESRNQGQLY
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 SEGDSRGGDRKQRPGEERRLAHQQQRQGREEEEDEEEEGEEGEEDEEDEEDPVRGDMFRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SEGDSRGGDRKQRPGEERRLAHQQQRQGREEEEDEEEEGEEGEEDEEDEEDPVRGDMFRM
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 PSRSPLPAPPRGTLRLPSGCSLSYRTISCINAMLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PSRSPLPAPPRGTLRLPSGCSLSYRTISCINAMLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 EAFNGLPNLERLDLSKNNITSSGIGPKAFKLLKKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 EAFNGLPNLERLDLSKNNITSSGIGPKAFKLLKKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELK
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 VNENNLQAIDEESLSDLNQLVTLELEGNNLSEANVNPLAFKPLKSLAYLRLGKNKFRIIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VNENNLQAIDEESLSDLNQLVTLELEGNNLSEANVNPLAFKPLKSLAYLRLGKNKFRIIP
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 QGLPGSIEELYLENNQIEEITEICFNHTRKINVIVLRYNKIEENRIAPLAWINQENLESI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 QGLPGSIEELYLENNQIEEITEICFNHTRKINVIVLRYNKIEENRIAPLAWINQENLESI
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 DLSYNKLYHVPSYLPKSLLHLVLLGNQIERIPGYVFGHMEPGLEYLYLSFNKLADDGMDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DLSYNKLYHVPSYLPKSLLHLVLLGNQIERIPGYVFGHMEPGLEYLYLSFNKLADDGMDR
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 VSFYGAYHSLRELFLDHNDLKSIPPGIQEMKALHFLRLNNNKIRCVSDAVLETVTNRSDV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .
CCDS66 VSFYGAYHSLRELFLDHNDLKSIPPGIQEMKALHFLRLNNNKIRNILPEEICNAEEDDDS
610 620 630 640 650 660
640
pF1KE0 AFPLW
CCDS66 NLEHLHLENNYIKIREIPSYTFSCIRSYSSIVLKPQNIK
670 680 690
>>CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 (519 aa)
initn: 705 init1: 366 opt: 530 Z-score: 330.0 bits: 71.0 E(32554): 4.7e-12
Smith-Waterman score: 530; 30.3% identity (62.2% similar) in 376 aa overlap (261-634:89-453)
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 RPGEERRLAHQQQRQGREEEEDEEEEGEEGEEDEEDEEDPVRGDMFRMPSRSPLPAPPRG
::.: ::.:: . . . : :.: .
CCDS55 LLLPPQLHLGPVLAVRAPGFGRSGGHSLSPEENEFAEEEPV----LVLSPEEPGPGP--A
60 70 80 90 100 110
300 310 320 330 340
pF1KE0 TLRLPSGCSLSYR-TISCINAMLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPDEAFNGLPNLER
.. : :. : . ...: . : ..: . . : : .:.. .:: ::. : .:..
CCDS55 AVSCPRDCACSQEGVVDCGGIDLREFPGDLPEHTNHLSLQNNKLEKIPPGAFSELSSLRE
120 130 140 150 160 170
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 LDLSKNNITSSGIGPKAFKLLKKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELKVNENNLQAIDE
: :..: .:. :. ..: :..: :....::: ..:. :: .: :....: ....:
CCDS55 LYLQNNYLTDEGLDNETFWKLSSLEYLDLSSNNLSRVPAGLPRSLVLLHLEKNAIRSVDA
180 190 200 210 220 230
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 ESLSDLNQLVTLELEGNNLSEANVNPLAFKPLKSLAYLRLGKNKFRIIPQGLPGSIEELY
. :. . .: : :..:.: : ...::::. :: : ..: .: .. .:.::: .. :.
CCDS55 NVLTPIRSLEYLLLHSNQLREQGIHPLAFQGLKRLHTVHLYNNALERVPSGLPRRVRTLM
240 250 260 270 280 290
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 LENNQIEEITEICFNHTRKINVIVLRYNKIEENRIAPLAWINQENLESIDLSYNKLYHVP
. .::: : . : : .. . : ::.: .. :. . . :.:.::: :.:. .:
CCDS55 ILHNQITGIGREDFATTYFLEELNLSYNRITSPQVHRDAFRKLRLLRSLDLSGNRLHTLP
300 310 320 330 340 350
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 SYLPKSLLHLVLLGNQIERIP-GYVFGHMEPGLEYLYLSFNKLADDGMDRVSFYGAYHSL
::... : . :.. . : . : . :. :::. :.: . .. .. : :
CCDS55 PGLPRNVHVLKVKRNELAALARGALVGMAQ--LRELYLTSNRLRSRALGPRAWVDLAH-L
360 370 380 390 400
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 RELFLDHNDLKSIPPGIQEMKALHFLRLNNNKIRCVSDAVLETVTNRSDVAFPLW
. : . :.: :: :. : .:..: :.:::: : ..... :
CCDS55 QLLDIAGNQLTEIPEGLPE--SLEYLYLQNNKISAVPANAFDSTPNLKGIFLRFNKLAVG
410 420 430 440 450 460
CCDS55 SVVDSAFRRLKHLQVLDIEGNLEFGDISKDRGRLGKEKEEEEEEEEEEEETR
470 480 490 500 510
>>CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 (642 aa)
initn: 705 init1: 366 opt: 493 Z-score: 307.2 bits: 67.1 E(32554): 8.6e-11
Smith-Waterman score: 493; 31.2% identity (63.9% similar) in 324 aa overlap (312-634:258-576)
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 SPLPAPPRGTLRLPSGCSLSYRTISCINAMLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPDEAF
: ..: : . .:.: .:.. .:: ::
CCDS55 HNNKLADAGLPDNMFNGSSNVEVLILSSNFLRHVPKHLPPALYKLHLKNNKLEKIPPGAF
230 240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 NGLPNLERLDLSKNNITSSGIGPKAFKLLKKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELKVNE
. : .:..: :..: .:. :. ..: :..: :....::: ..:. :: .: :....
CCDS55 SELSSLRELYLQNNYLTDEGLDNETFWKLSSLEYLDLSSNNLSRVPAGLPRSLVLLHLEK
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 NNLQAIDEESLSDLNQLVTLELEGNNLSEANVNPLAFKPLKSLAYLRLGKNKFRIIPQGL
: ....: . :. . .: : :..:.: : ...::::. :: : ..: .: .. .:.::
CCDS55 NAIRSVDANVLTPIRSLEYLLLHSNQLREQGIHPLAFQGLKRLHTVHLYNNALERVPSGL
350 360 370 380 390 400
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 PGSIEELYLENNQIEEITEICFNHTRKINVIVLRYNKIEENRIAPLAWINQENLESIDLS
: .. :.. .::: : . : : .. . : ::.: .. :. . . :.:.:::
CCDS55 PRRVRTLMILHNQITGIGREDFATTYFLEELNLSYNRITSPQVHRDAFRKLRLLRSLDLS
410 420 430 440 450 460
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 YNKLYHVPSYLPKSLLHLVLLGNQIERIP-GYVFGHMEPGLEYLYLSFNKLADDGMDRVS
:.:. .: ::... : . :.. . : . : . :. :::. :.: . .. .
CCDS55 GNRLHTLPPGLPRNVHVLKVKRNELAALARGALVGMAQ--LRELYLTSNRLRSRALGPRA
470 480 490 500 510 520
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 FYGAYHSLRELFLDHNDLKSIPPGIQEMKALHFLRLNNNKIRCVSDAVLETVTNRSDVAF
. : :. : . :.: :: :. : .:..: :.:::: : ..... :
CCDS55 WVDLAH-LQLLDIAGNQLTEIPEGLPE--SLEYLYLQNNKISAVPANAFDSTPNLKGIFL
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 PLW
CCDS55 RFNKLAVGSVVDSAFRRLKHLQVLDIEGNLEFGDISKDRGRLGKEKEEEEEEEEEEEETR
590 600 610 620 630 640
>>CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 (661 aa)
initn: 705 init1: 366 opt: 493 Z-score: 307.1 bits: 67.1 E(32554): 8.8e-11
Smith-Waterman score: 493; 31.2% identity (63.9% similar) in 324 aa overlap (312-634:277-595)
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 SPLPAPPRGTLRLPSGCSLSYRTISCINAMLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPDEAF
: ..: : . .:.: .:.. .:: ::
CCDS57 HNNKLADAGLPDNMFNGSSNVEVLILSSNFLRHVPKHLPPALYKLHLKNNKLEKIPPGAF
250 260 270 280 290 300
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 NGLPNLERLDLSKNNITSSGIGPKAFKLLKKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELKVNE
. : .:..: :..: .:. :. ..: :..: :....::: ..:. :: .: :....
CCDS57 SELSSLRELYLQNNYLTDEGLDNETFWKLSSLEYLDLSSNNLSRVPAGLPRSLVLLHLEK
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 NNLQAIDEESLSDLNQLVTLELEGNNLSEANVNPLAFKPLKSLAYLRLGKNKFRIIPQGL
: ....: . :. . .: : :..:.: : ...::::. :: : ..: .: .. .:.::
CCDS57 NAIRSVDANVLTPIRSLEYLLLHSNQLREQGIHPLAFQGLKRLHTVHLYNNALERVPSGL
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 PGSIEELYLENNQIEEITEICFNHTRKINVIVLRYNKIEENRIAPLAWINQENLESIDLS
: .. :.. .::: : . : : .. . : ::.: .. :. . . :.:.:::
CCDS57 PRRVRTLMILHNQITGIGREDFATTYFLEELNLSYNRITSPQVHRDAFRKLRLLRSLDLS
430 440 450 460 470 480
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 YNKLYHVPSYLPKSLLHLVLLGNQIERIP-GYVFGHMEPGLEYLYLSFNKLADDGMDRVS
:.:. .: ::... : . :.. . : . : . :. :::. :.: . .. .
CCDS57 GNRLHTLPPGLPRNVHVLKVKRNELAALARGALVGMAQ--LRELYLTSNRLRSRALGPRA
490 500 510 520 530 540
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 FYGAYHSLRELFLDHNDLKSIPPGIQEMKALHFLRLNNNKIRCVSDAVLETVTNRSDVAF
. : :. : . :.: :: :. : .:..: :.:::: : ..... :
CCDS57 WVDLAH-LQLLDIAGNQLTEIPEGLPE--SLEYLYLQNNKISAVPANAFDSTPNLKGIFL
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 PLW
CCDS57 RFNKLAVGSVVDSAFRRLKHLQVLDIEGNLEFGDISKDRGRLGKEKEEEEEEEEEEEETR
610 620 630 640 650 660
643 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 08:30:29 2016 done: Fri Nov 4 08:30:30 2016
Total Scan time: 2.760 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]