FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0016, 741 aa
1>>>pF1KE0016 741 - 741 aa - 741 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1076+/-0.00121; mu= 15.1515+/- 0.072
mean_var=76.0821+/-15.581, 0's: 0 Z-trim(101.9): 79 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.147039
statistics sampled from 6624 (6701) to 6624 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.552), E-opt: 0.2 (0.206), width: 16
Scan time: 3.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41904.1 TMTC4 gene_id:84899|Hs108|chr13 ( 741) 4938 1057.9 0
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CCDS66575.1 TMTC4 gene_id:84899|Hs108|chr13 ( 630) 3824 821.6 0
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CCDS9032.1 TMTC3 gene_id:160418|Hs108|chr12 ( 914) 928 207.3 8.7e-53
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CCDS14414.1 OGT gene_id:8473|Hs108|chrX (1046) 378 90.6 1.3e-17
CCDS81717.1 TMTC2 gene_id:160335|Hs108|chr12 ( 637) 307 75.5 2.9e-13
CCDS9025.1 TMTC2 gene_id:160335|Hs108|chr12 ( 836) 307 75.5 3.7e-13
>>CCDS41904.1 TMTC4 gene_id:84899|Hs108|chr13 (741 aa)
initn: 4938 init1: 4938 opt: 4938 Z-score: 5659.9 bits: 1057.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4938; 100.0% identity (100.0% similar) in 741 aa overlap (1-741:1-741)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MAVLDTDLDHILPSSVLPPFWAKLVVGSVAIVCFARSYDGDFVFDDSEAIVNNKDLQAET
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PLGDLWHHDFWGSRLSSNTSHKSYRPLTVLTFRINYYLSGGFHPVGFHVVNILLHSGISV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LMVDVFSVLFGGLQYTSKGRRLHLAPRASLLAALLFAVHPVHTECVAGVVGRADLLCALF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FLLSFLGYCKAFRESNKEGAHSSTFWVLLSIFLGAVAMLCKEQGITVLGLNAVFDILVIG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KFNVLEIVQKVLHKDKSLENLGMLRNGGLLFRMTLLTSGGAGMLYVRWRIMGTGPPAFTE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VDNPASFADSMLVRAVNYNYYYSLNAWLLLCPWWLCFDWSMGCIPLIKSISDWRVIALAA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LWFCLIGLICQALCSEDGHKRRILTLGLGFLVIPFLPASNLFFRVGFVVAERVLYLPSVG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YCVLLTFGFGALSKHTKKKKLIAAVVLGILFINTLRCVLRSGEWRSEEQLFRSALSVCPL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 NAKVHYNIGKNLADKGNQTAAIRYYREAVRLNPKYVHAMNNLGNILKERNELQEAEELLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NAKVHYNIGKNLADKGNQTAAIRYYREAVRLNPKYVHAMNNLGNILKERNELQEAEELLS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 LAVQIQPDFAAAWMNLGIVQNSLKRFEAAEQSYRTAIKHRRKYPDCYYNLGRLYADLNRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LAVQIQPDFAAAWMNLGIVQNSLKRFEAAEQSYRTAIKHRRKYPDCYYNLGRLYADLNRH
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 VDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTGNLAQAEAVGREALELIPNDHSLMFSLAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTGNLAQAEAVGREALELIPNDHSLMFSLAN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 VLGKSQKYKESEALFLKAIKANPNAASYHGNLAVLYHRWGHLDLAKKHYEISLQLDPTAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VLGKSQKYKESEALFLKAIKANPNAASYHGNLAVLYHRWGHLDLAKKHYEISLQLDPTAS
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KE0 GTKENYGLLRRKLELMQKKAV
:::::::::::::::::::::
CCDS41 GTKENYGLLRRKLELMQKKAV
730 740
>>CCDS9497.2 TMTC4 gene_id:84899|Hs108|chr13 (760 aa)
initn: 4938 init1: 4938 opt: 4938 Z-score: 5659.7 bits: 1057.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4938; 100.0% identity (100.0% similar) in 741 aa overlap (1-741:20-760)
10 20 30 40
pF1KE0 MAVLDTDLDHILPSSVLPPFWAKLVVGSVAIVCFARSYDGD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MIPNQHNAGAGSHQPAVFRMAVLDTDLDHILPSSVLPPFWAKLVVGSVAIVCFARSYDGD
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 FVFDDSEAIVNNKDLQAETPLGDLWHHDFWGSRLSSNTSHKSYRPLTVLTFRINYYLSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FVFDDSEAIVNNKDLQAETPLGDLWHHDFWGSRLSSNTSHKSYRPLTVLTFRINYYLSGG
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 FHPVGFHVVNILLHSGISVLMVDVFSVLFGGLQYTSKGRRLHLAPRASLLAALLFAVHPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FHPVGFHVVNILLHSGISVLMVDVFSVLFGGLQYTSKGRRLHLAPRASLLAALLFAVHPV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 HTECVAGVVGRADLLCALFFLLSFLGYCKAFRESNKEGAHSSTFWVLLSIFLGAVAMLCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 HTECVAGVVGRADLLCALFFLLSFLGYCKAFRESNKEGAHSSTFWVLLSIFLGAVAMLCK
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 EQGITVLGLNAVFDILVIGKFNVLEIVQKVLHKDKSLENLGMLRNGGLLFRMTLLTSGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 EQGITVLGLNAVFDILVIGKFNVLEIVQKVLHKDKSLENLGMLRNGGLLFRMTLLTSGGA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 GMLYVRWRIMGTGPPAFTEVDNPASFADSMLVRAVNYNYYYSLNAWLLLCPWWLCFDWSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 GMLYVRWRIMGTGPPAFTEVDNPASFADSMLVRAVNYNYYYSLNAWLLLCPWWLCFDWSM
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 GCIPLIKSISDWRVIALAALWFCLIGLICQALCSEDGHKRRILTLGLGFLVIPFLPASNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 GCIPLIKSISDWRVIALAALWFCLIGLICQALCSEDGHKRRILTLGLGFLVIPFLPASNL
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 FFRVGFVVAERVLYLPSVGYCVLLTFGFGALSKHTKKKKLIAAVVLGILFINTLRCVLRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FFRVGFVVAERVLYLPSVGYCVLLTFGFGALSKHTKKKKLIAAVVLGILFINTLRCVLRS
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470 480 490 500 510 520
pF1KE0 GEWRSEEQLFRSALSVCPLNAKVHYNIGKNLADKGNQTAAIRYYREAVRLNPKYVHAMNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 GEWRSEEQLFRSALSVCPLNAKVHYNIGKNLADKGNQTAAIRYYREAVRLNPKYVHAMNN
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530 540 550 560 570 580
pF1KE0 LGNILKERNELQEAEELLSLAVQIQPDFAAAWMNLGIVQNSLKRFEAAEQSYRTAIKHRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LGNILKERNELQEAEELLSLAVQIQPDFAAAWMNLGIVQNSLKRFEAAEQSYRTAIKHRR
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 KYPDCYYNLGRLYADLNRHVDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTGNLAQAEAVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 KYPDCYYNLGRLYADLNRHVDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTGNLAQAEAVG
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650 660 670 680 690 700
pF1KE0 REALELIPNDHSLMFSLANVLGKSQKYKESEALFLKAIKANPNAASYHGNLAVLYHRWGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 REALELIPNDHSLMFSLANVLGKSQKYKESEALFLKAIKANPNAASYHGNLAVLYHRWGH
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740
pF1KE0 LDLAKKHYEISLQLDPTASGTKENYGLLRRKLELMQKKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LDLAKKHYEISLQLDPTASGTKENYGLLRRKLELMQKKAV
730 740 750 760
>>CCDS66575.1 TMTC4 gene_id:84899|Hs108|chr13 (630 aa)
initn: 4171 init1: 3824 opt: 3824 Z-score: 4383.9 bits: 821.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3953; 85.0% identity (85.0% similar) in 741 aa overlap (1-741:1-630)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVLDTDLDHILPSSVLPPFWAKLVVGSVAIVCFARSYDGDFVFDDSEAIVNNKDLQAET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MAVLDTDLDHILPSSVLPPFWAKLVVGSVAIVCFARSYDGDFVFDDSEAIVNNK------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
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CCDS66 ------------------------------------------------------------
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LMVDVFSVLFGGLQYTSKGRRLHLAPRASLLAALLFAVHPVHTECVAGVVGRADLLCALF
:::::::::::::::
CCDS66 ---------------------------------------------VAGVVGRADLLCALF
60
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 FLLSFLGYCKAFRESNKEGAHSSTFWVLLSIFLGAVAMLCKEQGITVLGLNAVFDILVIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FLLSFLGYCKAFRESNKEGAHSSTFWVLLSIFLGAVAMLCKEQGITVLGLNAVFDILVIG
70 80 90 100 110 120
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 KFNVLEIVQKVLHKDKSLENLGMLRNGGLLFRMTLLTSGGAGMLYVRWRIMGTGPPAFTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KFNVLEIVQKVLHKDKSLENLGMLRNGGLLFRMTLLTSGGAGMLYVRWRIMGTGPPAFTE
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310 320 330 340 350 360
pF1KE0 VDNPASFADSMLVRAVNYNYYYSLNAWLLLCPWWLCFDWSMGCIPLIKSISDWRVIALAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VDNPASFADSMLVRAVNYNYYYSLNAWLLLCPWWLCFDWSMGCIPLIKSISDWRVIALAA
190 200 210 220 230 240
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pF1KE0 LWFCLIGLICQALCSEDGHKRRILTLGLGFLVIPFLPASNLFFRVGFVVAERVLYLPSVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LWFCLIGLICQALCSEDGHKRRILTLGLGFLVIPFLPASNLFFRVGFVVAERVLYLPSVG
250 260 270 280 290 300
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 YCVLLTFGFGALSKHTKKKKLIAAVVLGILFINTLRCVLRSGEWRSEEQLFRSALSVCPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 YCVLLTFGFGALSKHTKKKKLIAAVVLGILFINTLRCVLRSGEWRSEEQLFRSALSVCPL
310 320 330 340 350 360
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 NAKVHYNIGKNLADKGNQTAAIRYYREAVRLNPKYVHAMNNLGNILKERNELQEAEELLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 NAKVHYNIGKNLADKGNQTAAIRYYREAVRLNPKYVHAMNNLGNILKERNELQEAEELLS
370 380 390 400 410 420
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pF1KE0 LAVQIQPDFAAAWMNLGIVQNSLKRFEAAEQSYRTAIKHRRKYPDCYYNLGRLYADLNRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LAVQIQPDFAAAWMNLGIVQNSLKRFEAAEQSYRTAIKHRRKYPDCYYNLGRLYADLNRH
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610 620 630 640 650 660
pF1KE0 VDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTGNLAQAEAVGREALELIPNDHSLMFSLAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTGNLAQAEAVGREALELIPNDHSLMFSLAN
490 500 510 520 530 540
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pF1KE0 VLGKSQKYKESEALFLKAIKANPNAASYHGNLAVLYHRWGHLDLAKKHYEISLQLDPTAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VLGKSQKYKESEALFLKAIKANPNAASYHGNLAVLYHRWGHLDLAKKHYEISLQLDPTAS
550 560 570 580 590 600
730 740
pF1KE0 GTKENYGLLRRKLELMQKKAV
:::::::::::::::::::::
CCDS66 GTKENYGLLRRKLELMQKKAV
610 620 630
>>CCDS53772.1 TMTC1 gene_id:83857|Hs108|chr12 (882 aa)
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Smith-Waterman score: 1318; 36.4% identity (63.8% similar) in 723 aa overlap (17-718:24-715)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MAVLDTDLDHILPSSVLPPFWAKLVVGSVAIVCFARSYDGDFVFDDSEAIVNN
: : : ...... .:..:: .:.:: :: :::::
CCDS53 MVVTTSARGGGGDRTPSRRRGCGLAPAGAAALLAGASCLCYGRSLQGEFVHDDVWAIVNN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 KDLQAETPLG-DLWHHDFWGSRLSSNTSHKSYRPLTVLTFRINYYLSGGFHPVGFHVVNI
:.. .:: .. .::::. .. :::::::::: ::::..: .:.: ..: ::.:::
CCDS53 PDVRPGAPLRWGIFTNDFWGKGMAENTSHKSYRPLCVLTFKLNIFLTG-MNPFYFHAVNI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LLHSGIS-VLMVDVFSVLFGGLQYTSKGRRLHLAPRASLLAALLFAVHPVHTECVAGVVG
.:: .. ::: ...: :.: : ....::::::::.::: :::.::
CCDS53 ILHCLVTLVLMYTCDKTVF-------KNRGL------AFVTALLFAVHPIHTEAVAGIVG
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE0 RADLLCALFFLLSFLGYCKAFRESNKEGAHSST---FWVLLSIFLGAVAMLCKEQGITVL
:::.: :.:::.::.: ... .. :. :: :..:::.:::. ::: :: ::::.
CCDS53 RADVLACLLFLLAFLSYNRSLDQGCVGGSFPSTVSPFFLLLSLFLGTCAMLVKETGITVF
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270
pF1KE0 GLNAVFDILVI---------GKFNVLEIVQKVLHKDKSLENLGMLRNGGLLFRMTLLTSG
:. :.:.. . : . : . .:: . .:: .. .
CCDS53 GVCLVYDLFSLSNKQDKSSNGALCPRSPQQPGSPQPSSLPGHPHRENG----KQQRFPHK
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 GAGMLYVRWRIMGTG-PPAFTEVDNPAS-FADSMLVRAVNYNYYYSLNAWLLLCPWWLCF
:: : . :: :.: : ..: ..:.: ..:.:::: : ::.
CCDS53 GA------WGGCHSPLPPEPKSSGFPVSPRAVWSMMRFLTYSYLLAFNVWLLLAPVTLCY
290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 DWSMGCIPLIKSISDWRVIA--LAALWFCLIGLICQALCSEDGHKRRILTLGLGFLVIPF
::..: :::...: : : .: . :. . :..: : : .. ::. . .:: :::.::
CCDS53 DWQVGSIPLVETIWDMRNLATIFLAVVMALLSLHCLAAFKRLEHKE--VLVGLLFLVFPF
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 LPASNLFFRVGFVVAERVLYLPSVGYCVLLTFGFGALSKHTKK---KKLIAAVVLGILFI
.:::::::::::::::::::.::.:::.:.. :.. : .. ::...:: .:..
CCDS53 IPASNLFFRVGFVVAERVLYMPSMGYCILFVHGLSKLCTWLNRCGATTLIVSTVL-LLLL
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 NTLRCVLRSGEWRSEEQLFRSALSVCPLNAKVHYNIGKNLADKGNQTAAIRYYREAVRLN
. . : .. : :.:.::::.... : ::::::: .. : :.: . :: .:: :..:
CCDS53 FSWKTVKQNEIWLSRESLFRSGVQTLPHNAKVHYNYANFLKDQGRNKEAIYHYRTALKLY
460 470 480 490 500 510
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 PKYVHAMNNLGNILKERNELQEAEELLSLAVQIQPDFAAAWMNLGIVQNSLKRFEAAEQS
:... :.::::.. .. : :. . :.:..:. : .::: . .: .. : :
CCDS53 PRHASALNNLGTLTRDTAE---AKMYYQRALQLHPQHNRALFNLGNLLKSQEKKEEAITL
520 530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 YRTAIKHRRKYPDCYYNLGRLYADLNRHVDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTG
. .::. .. : : .:. : :. .: .: . .... :. : ::. ..: .::
CCDS53 LKDSIKYGPEFADAYSSLASLLAEQERFKEAEEIYQTGIKNCPDSSDLHNNYGVFLVDTG
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KE0 NLAQAEAVGREALELIPNDHSLMFSLANVLGKSQKYKESEALFLKAIKANPNAASYHGNL
.: : ..:..: :. : : .:. . . . . .: . .:... . : . :
CCDS53 LPEKAVAHYQQAIKLSPSHHVAMVNLGRLYRSLGENSMAEEWYKRALQVA-HKAEILSPL
640 650 660 670 680
700 710 720 730 740
pF1KE0 AVLYHRWGHLDLAKKHYEISLQLDPTASGTKENYGLLRRKLELMQKKAV
..::. :. . : . :. . :.:.
CCDS53 GALYYNTGRYEEALQIYQEAAALQPSQRELRLALAQVLAVMGQTKEAEKMTNHIVSEETG
690 700 710 720 730 740
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: .:. . . . . .: . .:... . : . :..::. :. . : . :. .
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:.:.
CCDS87 AALQPSQRELRLALAQVLAVMGQTKEAEKMTNHIVSEETGCLECYRLLSAIYSKQENHDK
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. . : . :.: .:. . : .:. .: : ... : :. :. . . .:
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CCDS14 LQPHFPDAYCNLANALKEKGSVAEAEDCYNTALRLCPTHADSLNNLANIKREQGNIEEAV
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CCDS81 AFYTGLLLLAYYGLKSPSVDRECNGKTVTNGKQNANGHSCLSDVEYQNSETKSSFASKVE
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CCDS81 ITVGARALYVKVQKRFLKSLIFYATATLIVFYGLKTAIRNGDWQNEEMLYRSGIKVNP--
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CCDS81 AKAWGNLGNVLKSQSKISEAESAYRNALYYRSNMADMLYNLGLLLQENSRFAEALHYYKL
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CCDS81 AIGSRPTLASAYLNTGIILMNQGRTEEARRTFLKCSEIPDENLKDPHAHKSSVTSCLYNL
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pF1KE0 GRLYADLNRHVDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNTGNLAQAEAVGREALELIPN
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CCDS81 GKLYHEQGHYEVWPMPLCPFPSPLF
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CCDS90 PWTHIFYNDFWGTLLTHSGSHKSYRPLCTLSFRLNHAI-GGLNPWSYHLVNVLLHAAVTG
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CCDS90 HRLKIKQILPTI-YKRKNL---------SLFLSISLLIFWGSSLLGARLYWMGNKPPSFS
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