FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0017, 550 aa 1>>>pF1KE0017 550 - 550 aa - 550 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6296+/-0.000946; mu= 12.2912+/- 0.057 mean_var=95.5951+/-18.882, 0's: 0 Z-trim(106.6): 51 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.131177 statistics sampled from 9020 (9066) to 9020 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16 Scan time: 3.460 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS75248.1 MIER3 gene_id:166968|Hs108|chr5 ( 550) 3664 704.0 1.1e-202 CCDS3973.2 MIER3 gene_id:166968|Hs108|chr5 ( 549) 3646 700.6 1.2e-201 CCDS78011.1 MIER3 gene_id:166968|Hs108|chr5 ( 555) 3644 700.3 1.6e-201 CCDS41347.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 433) 1296 255.9 7.4e-68 CCDS41348.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 512) 1296 255.9 8.5e-68 CCDS53327.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 450) 1280 252.8 6.2e-67 CCDS53328.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 470) 1280 252.8 6.5e-67 CCDS53329.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 529) 1280 252.9 7.2e-67 CCDS53325.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 486) 1279 252.7 7.6e-67 CCDS53326.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 565) 1279 252.7 8.6e-67 CCDS32855.1 MIER2 gene_id:54531|Hs108|chr19 ( 545) 1019 203.5 5.4e-52 CCDS53330.1 MIER1 gene_id:57708|Hs108|chr1 ( 370) 1001 200.0 4.1e-51 >>CCDS75248.1 MIER3 gene_id:166968|Hs108|chr5 (550 aa) initn: 3664 init1: 3664 opt: 3664 Z-score: 3752.1 bits: 704.0 E(32554): 1.1e-202 Smith-Waterman score: 3664; 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CCDS41 MAEPSVESSSPGGSATSDDHEFDPSADMLVHDFDDERTLEEEEMMEGETNFSSEIEDLAR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 EGTMPLEDLLAFYGYEPTIPAVANSSANSSPSELADELPDMTLD---------KEEIAKD :: ::...::..::: :. .. . : ... : : ::: :: CCDS41 EGDMPIHELLSLYGYGSTVRLPEEDEEEEEEEEEGEDDEDADNDDNSGCSGENKEENIKD 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 pF1KE0 LLSGDDEETQSSADDLTPSVTSHETSDFFPRPLRSNTACDG-DKESEVED-VETDSGNSP ::...::::: :: . ::.:....... :: : : : .::::. : : : CCDS41 S-SGQEDETQSSNDDPSQSVASQDAQEII-RPRR----CKYFDTNSEVEEESEEDEDYIP 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE0 -EDLRKEIMIGLQYQAEIPPYLGEYDGNEKVYENEDQLLWCPDVVLESKVKEYLVETSLR :: .::::.: ..::::: . .: :::::::.::::: :. . :.:: .: ..: : CCDS41 SEDWKKEIMVGSMFQAEIPVGICRYKENEKVYENDDQLLWDPEYLPEDKVIIFLKDASRR 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE0 TGSEKIMDRISAGTHTRDNEQALYELLKCNHNIKEAIERYCCNGKASQEGMTAWTEEECR ::.:: .. : :.: .:::::::::.::: . .::..: : ::..: ...::::::: CCDS41 TGDEKGVEAIPEGSHIKDNEQALYELVKCNFDTEEALRRLRFNVKAAREELSVWTEEECR 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE0 SFEHALMLFGKDFHLIQKNKVRTRTVAECVAFYYMWKKSERYDYFAQQTRFGKKRYNHHP .::..: .:::::::: ::::::.:.::::::::::::::::.::::::::::.:: :: CCDS41 NFEQGLKAYGKDFHLIQANKVRTRSVGECVAFYYMWKKSERYDFFAQQTRFGKKKYNLHP 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE0 GVTDYMDRLVDETEALGGTVNASALTSNRPEPIPDQQLNILNSFTASD----LTALTNSV :::::::::.::.: :: .: : : : . : :: . .. :: :.: CCDS41 GVTDYMDRLLDESE--------SAASSRAPSPPPTAS-NSSNSQSEKEDGTVSTANQNGV 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE0 ATVCDPTDV-NCLDDSFPPLG-NTPRGQVNHVPVVTEELLTLPSNG-ESDCFNLFETGFY .. : .. : . . : : : : :. :. .. . .:: :.: .. . . 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