Result of FASTA (omim) for
pF1KE0026
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0026, 485 aa
1>>>pF1KE0026 485 - 485 aa - 485 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3594+/-0.00049; mu= 8.9283+/- 0.030
mean_var=193.1443+/-40.937, 0's: 0 Z-trim(116.3): 261 B-trim: 1607 in 2/51
Lambda= 0.092285
statistics sampled from 27088 (27426) to 27088 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.322), width: 16
Scan time: 9.950
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 3393 464.8 2.4e-130
NP_001291425 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein l ( 262) 1819 255.0 1.9e-67
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 1133 163.9 9.2e-40
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 853 126.6 1.5e-28
XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 847 125.8 2.6e-28
NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 847 125.8 2.6e-28
XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 847 125.8 2.6e-28
XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 847 125.8 2.6e-28
NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 847 125.8 2.6e-28
NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 844 125.4 3.4e-28
NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 830 123.6 1.3e-27
NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 808 120.6 9.6e-27
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 802 119.8 1.7e-26
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 802 119.9 1.8e-26
XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 780 116.9 1.2e-25
NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 762 114.5 6.8e-25
NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 762 114.5 6.8e-25
NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 754 113.4 1.2e-24
NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 751 113.1 1.9e-24
XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 751 113.1 1.9e-24
XP_011512524 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 746 112.4 3e-24
XP_011512523 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 746 112.4 3e-24
XP_011512525 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 746 112.4 3e-24
NP_060677 (OMIM: 616755) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 743 112.0 3.8e-24
XP_016857118 (OMIM: 616755) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 555) 743 112.1 4.3e-24
XP_011542587 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 391) 740 111.5 4.4e-24
NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 724 109.5 2.3e-23
NP_892030 (OMIM: 616017) E3 ubiquitin-protein liga ( 500) 720 108.9 3.3e-23
NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 714 108.1 5.7e-23
XP_011512527 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 413) 692 105.1 3.9e-22
NP_291027 (OMIM: 610530) E3 ubiquitin-protein liga ( 630) 653 100.1 1.9e-20
NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 647 99.2 2.8e-20
XP_016878725 (OMIM: 134610,249100,608107) PREDICTE ( 780) 648 99.6 3.5e-20
NP_000234 (OMIM: 134610,249100,608107) pyrin isofo ( 781) 640 98.5 7.2e-20
NP_001017922 (OMIM: 111620,111750,609017) erythroi ( 475) 621 95.7 3e-19
XP_011538872 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 475) 621 95.7 3e-19
NP_061008 (OMIM: 111620,111750,609017) erythroid m ( 475) 621 95.7 3e-19
XP_006710376 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 475) 621 95.7 3e-19
XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 614 94.5 3.9e-19
XP_011538873 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 468) 618 95.3 3.9e-19
XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 612 94.3 5.2e-19
NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 614 94.8 6e-19
NP_001229732 (OMIM: 613595) butyrophilin subfamily ( 374) 609 94.0 7.7e-19
XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 604 93.2 9.6e-19
XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 604 93.2 9.6e-19
NP_932078 (OMIM: 613595) butyrophilin subfamily 3 ( 535) 609 94.2 9.8e-19
NP_008925 (OMIM: 613595) butyrophilin subfamily 3 ( 584) 609 94.2 1e-18
XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 604 93.3 1e-18
XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 604 93.3 1.1e-18
XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 604 93.3 1.1e-18
>>NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein ligase T (485 aa)
initn: 3393 init1: 3393 opt: 3393 Z-score: 2461.1 bits: 464.8 E(85289): 2.4e-130
Smith-Waterman score: 3393; 100.0% identity (100.0% similar) in 485 aa overlap (1-485:1-485)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQNWGYTCPLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQNWGYTCPLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRLLRLHPGMGLKGDLCERHGEKLKMFCKEDVLIMCEAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 RAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRLLRLHPGMGLKGDLCERHGEKLKMFCKEDVLIMCEAC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SQSPEHEAHSVVPMEDVAWEYKWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGERKRTATWKIQVETR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 SQSPEHEAHSVVPMEDVAWEYKWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGERKRTATWKIQVETR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 KQSIVWEFEKYQRLLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKLELNHSELIQQSQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 KQSIVWEFEKYQRLLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKLELNHSELIQQSQV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LWRMIAELKERSQRPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKTDCRVLGLREILKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LWRMIAELKERSQRPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKTDCRVLGLREILKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 YAADVRLDPDTAYSRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQCISSGRHYW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 YAADVRLDPDTAYSRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQCISSGRHYW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 EVEVGDRSEWGLGVCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVIRLRKGNEYRAGTDEYPILSLPVPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 EVEVGDRSEWGLGVCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVIRLRKGNEYRAGTDEYPILSLPVPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 RRVGIFVDYEAHDISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYFSPCYSIGTNNTAPLAICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 RRVGIFVDYEAHDISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYFSPCYSIGTNNTAPLAICS
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 LDGED
:::::
NP_060 LDGED
>>NP_001291425 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein ligas (262 aa)
initn: 1819 init1: 1819 opt: 1819 Z-score: 1331.8 bits: 255.0 E(85289): 1.9e-67
Smith-Waterman score: 1819; 100.0% identity (100.0% similar) in 262 aa overlap (224-485:1-262)
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 LLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKLELNHSELIQQSQVLWRMIAELKERSQ
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQKLELNHSELIQQSQVLWRMIAELKERSQ
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 RPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKTDCRVLGLREILKTYAADVRLDPDTAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKTDCRVLGLREILKTYAADVRLDPDTAY
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 SRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQCISSGRHYWEVEVGDRSEWGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQCISSGRHYWEVEVGDRSEWGLG
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420 430
pF1KE0 VCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVIRLRKGNEYRAGTDEYPILSLPVPPRRVGIFVDYEAHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVIRLRKGNEYRAGTDEYPILSLPVPPRRVGIFVDYEAHD
160 170 180 190 200 210
440 450 460 470 480
pF1KE0 ISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYFSPCYSIGTNNTAPLAICSLDGED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYFSPCYSIGTNNTAPLAICSLDGED
220 230 240 250 260
>>NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein ligase T (488 aa)
initn: 889 init1: 402 opt: 1133 Z-score: 834.9 bits: 163.9 E(85289): 9.2e-40
Smith-Waterman score: 1133; 38.1% identity (66.7% similar) in 480 aa overlap (5-478:18-481)
10 20 30 40
pF1KE0 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIP
: .: . :..: .:. .:.::. :.:::.::..:.. :
NP_742 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWW---
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 GESQNWGYTCPLCRAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRLLRLHPGMGLKGDLCERHGEKLKM
:. . . ::.:: . :.:::: ::...:: .. :. .:: .: : :..
NP_742 -EDLERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 FCKEDVLIMCEACSQSPEHEAHSVVPMEDVAWEYKWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGER
:: :: .: :. : :.::.:::..:.. ::: .:.. :: :... .: . . .:.
NP_742 FCYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 KRTATWKIQVETRKQSIVWEFEKYQRLLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKL
:. . : ::.:.:.:. :::. ::.: : . :. :..: . .:.:
NP_742 KKPGELKRLVESRRQQILREFEEL----------HRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRL
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ELNHSELIQQSQVLWRMIAELKERSQRPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKT
. : ..: .. . : .. ::.. . . ::.:.. .:.. .. . .. .:.::.
NP_742 RENAAHLGDKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEK
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 DC-----RVLGLREILKTYAADVRLDPDTAYSRLIVSEDRKRVHYGDTNQK-LPDNPERF
. . ..::.::: ::: :::.::. :..::::: :.. .: . :::.:.::
NP_742 NFSNFPRQYFALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRF
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 YRYNIVLGSQCISSGRHYWEVEVGDRSEWGLGVCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVIRLRKG
: ::... ..::::::::::::...:..:::...:.:: . :. :.: .:: .:
NP_742 TFYPCVLATEGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNG
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 NEYRAGTDEYPILSLPVPPRRVGIFVDYEAHDISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPY
..: : : . : . : :.:::::.:::: .::::::: :::.:: : .: :
NP_742 DKYAATTTPFTPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTD-RSHIYTFTD-TFTEKLWPL
410 420 430 440 450 460
470 480
pF1KE0 FSPCYSIGTNNTAPLAICSLDGED
: : : .:.:::.:
NP_742 FYPGIRAGRKNAAPLTIRPPTDWE
470 480
>>XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (467 aa)
initn: 1217 init1: 572 opt: 853 Z-score: 633.6 bits: 126.6 E(85289): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 1276; 42.7% identity (66.5% similar) in 483 aa overlap (1-483:1-458)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQNWGYTCPLC
: : . ::..: ::. .. .:. ::::.::. :. : : . :.:: :
XP_016 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQP----EGPYACPEC
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRLLRLHPGMGLKGDLCERHGEKLKMFCKEDVLIMCEAC
: :::::: ::...: .: :::: . .: : : : :: ... ..: ::
XP_016 RELSPQRNLRPNRPLAKMAEMAR--RLHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAAC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SQSPEHEAHSVVPMEDVAWEYKWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGERKRTATWKIQVETR
.: :: :: : :..:.: . : .:...::::.:....: ... . . :.. ::..
XP_016 ERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQM-VESQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 KQSIVWEFEKYQRLLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKLELNHSELIQQSQV
.:... :::. .::: ... .:: : :..: :.. .:. . ..: :::
XP_016 RQNVLGEFERLRRLLAEEE---QQL-------LQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAH
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LWRMIAELKERSQRPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKTDCRVLGLREILKT
: ..::::. : : :. .::::...: : .. .:: :: . .::.: ::: :: : :.
XP_016 LAELIAELEGRCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRR
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 YAADVRLDPDTAYSRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQCISSGRHYW
. .:: :::::: .::.::::. :. :: : :::.:::: :::.. ..::::::
XP_016 FRGDVTLDPDTANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYW
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 EVEVGDRSEWGLGVCKQNVDRKEVVYLSPHYGFWVIRLRKGNEYRAGTDEYPILSLPVPP
:::::::. :.::::..::.::: :: :::.. . :. : ...: . : ::
XP_016 EVEVGDRTSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFL-GSYY--NSSERALAPLRDPP
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 RRVGIFVDYEAHDISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYFSPCYSIGTNNTAPLAICS
::::::.:::: .:::..:: :: .: ::. :: : : : ::: : . .:..::
XP_016 RRVGIFLDYEAGHLSFYSATD-GSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSS----SPTPMTICR
410 420 430 440 450
pF1KE0 LDGED
:
XP_016 PKGGSGDTLAPQ
460
>>XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
initn: 978 init1: 270 opt: 847 Z-score: 629.2 bits: 125.8 E(85289): 2.6e-28
Smith-Waterman score: 1023; 36.6% identity (65.4% similar) in 494 aa overlap (1-481:1-471)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIP----GESQNWG-Y
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XP_011 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
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NP_001 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
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NP_001 LGAPKSGQMVISTVTMWVKG
460 470
>>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa)
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NP_660 ERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQ
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NP_660 RQNVLGEFERLRRLLAEEE---QQL-------LQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAH
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:
NP_660 PKGGSGDTLAPQ
460
485 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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