Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0039
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0039, 513 aa
1>>>pF1KE0039 513 - 513 aa - 513 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9075+/-0.000878; mu= 14.6950+/- 0.053
mean_var=66.5638+/-13.117, 0's: 0 Z-trim(106.4): 35 B-trim: 3 in 1/52
Lambda= 0.157201
statistics sampled from 8935 (8969) to 8935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 ( 513) 3528 809.1 0
CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 ( 467) 1555 361.7 1.1e-99
CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 ( 469) 1555 361.7 1.1e-99
CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 ( 470) 1528 355.5 7.4e-98
CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 ( 471) 1528 355.5 7.4e-98
CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 ( 483) 1268 296.6 4.3e-80
CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 ( 267) 767 182.9 3.9e-46
CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 ( 476) 742 177.3 3.4e-44
CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 ( 477) 737 176.1 7.5e-44
CCDS7752.1 MMP26 gene_id:56547|Hs108|chr11 ( 261) 626 150.9 1.6e-36
CCDS8895.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 508) 609 147.1 4.4e-35
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 556 135.1 2.3e-31
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 545 132.6 1.2e-30
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 514 125.6 1.5e-28
CCDS13390.1 MMP9 gene_id:4318|Hs108|chr20 ( 707) 491 120.4 6.8e-27
CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 ( 488) 469 115.4 1.5e-25
CCDS10492.1 MMP25 gene_id:64386|Hs108|chr16 ( 562) 423 104.9 2.4e-22
CCDS31927.1 MMP17 gene_id:4326|Hs108|chr12 ( 603) 400 99.7 9.5e-21
CCDS7647.1 MMP21 gene_id:118856|Hs108|chr10 ( 569) 397 99.1 1.4e-20
CCDS76996.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 393) 380 95.2 1.5e-19
CCDS74036.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 520) 380 95.2 1.9e-19
CCDS10792.1 MMP15 gene_id:4324|Hs108|chr16 ( 669) 370 92.9 1.2e-18
CCDS6246.1 MMP16 gene_id:4325|Hs108|chr8 ( 607) 357 90.0 8.3e-18
CCDS9577.1 MMP14 gene_id:4323|Hs108|chr14 ( 582) 355 89.5 1.1e-17
CCDS46593.1 MMP24 gene_id:10893|Hs108|chr20 ( 645) 352 88.9 1.9e-17
CCDS61146.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 305) 288 74.3 2.2e-13
>>CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 (513 aa)
initn: 3528 init1: 3528 opt: 3528 Z-score: 4321.1 bits: 809.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3528; 100.0% identity (100.0% similar) in 513 aa overlap (1-513:1-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNRSLID
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CCDS83 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNRSLID
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLPGWRKYNLTYRIINYTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 DKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLPGWRKYNLTYRIINYTP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 DMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFDGPLGVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 DMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFDGPLGVLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 HAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTALMFPNYVS
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CCDS83 HAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTALMFPNYVS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITTFRREVMFFKG
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CCDS83 LDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITTFRREVMFFKG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 RHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYENPRDKILVFKDENFWMIRGYAVLPDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYENPRDKILVFKDENFWMIRGYAVLPDY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 PKSIHTLGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQRVVKHFPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PKSIHTLGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQRVVKHFPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 ISIRVDAAFQYKGFFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPKNSSFGFDINKE
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CCDS83 ISIRVDAAFQYKGFFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPKNSSFGFDINKE
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KE0 KAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
490 500 510
>>CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 (467 aa)
initn: 947 init1: 478 opt: 1555 Z-score: 1903.5 bits: 361.7 E(32554): 1.1e-99
Smith-Waterman score: 1555; 48.6% identity (75.4% similar) in 471 aa overlap (1-466:4-465)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNRS
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CCDS83 MFSLKTLPFLLLLHVQISKAFPV---SSKEKNTKTVQDYLEKFYQLPSNQYQSTRKNGTN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 LIDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLPG---WRKYNLTYR
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CCDS83 VIVEKLKEMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLT-PGNPKWERTNLTYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 IINYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHG-RCPRYFD
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CCDS83 IRNYTPQLSEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSP--FD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GPLGVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTAL
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CCDS83 GPNGILAHAFQPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 MFPNYVSLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITTFRR
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CCDS83 MYPNYAFRETSNYSLPQDDIDGIQAIYG-LSSNPIQPTGPSTPKPCDPSLTFDAITTLRG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 EVMFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYEN-PRDKILVFKDENFWMIR
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CCDS83 EILFFKDRYFWRRHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 GYAVLPDYPKSIHTLGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQ
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CCDS83 GYDILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVFYRS--KTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 RVVKHFPGISIRVDAAFQYKGFFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPKNSS
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CCDS83 SISGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
420 430 440 450 460
480 490 500 510
pF1KE0 FGFDINKEKAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
>>CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 (469 aa)
initn: 1066 init1: 369 opt: 1555 Z-score: 1903.5 bits: 361.7 E(32554): 1.1e-99
Smith-Waterman score: 1555; 50.2% identity (76.3% similar) in 468 aa overlap (5-467:7-468)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNRSL
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CCDS83 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQ-EQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSGP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 IDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTL--PGWRKYNLTYRII
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CCDS83 VVEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRIE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFDGPL
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CCDS83 NYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISF-VRGDHRDNSPFDGPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTALMFP
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CCDS83 GNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NYV-SLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITTFRREV
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CCDS83 SYTFSGD---VQLAQDDIDGIQAIYGR-SQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGEV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 MFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYE-NPRDKILVFKDENFWMIRGY
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CCDS83 MFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQGQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 AVLPDYPKSIHT-LGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQR
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CCDS83 NVLHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPKM
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pF1KE0 VVKHFPGISIRVDAAFQYKGFFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPKNSSF
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CCDS83 IAHDFPGIGHKVDAVFMKDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
420 430 440 450 460
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pF1KE0 GFDINKEKAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
>>CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 1071 init1: 390 opt: 1528 Z-score: 1870.3 bits: 355.5 E(32554): 7.4e-98
Smith-Waterman score: 1528; 48.7% identity (74.5% similar) in 474 aa overlap (3-465:2-470)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQL-AQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNR---
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CCDS73 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEI--NKLPVTKMKYSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 SLIDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLPG---WRKYNLTY
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CCDS73 NLMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHF-REMPGGPVWRKHYITY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RIINYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFD
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CCDS73 RINNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDF-HAFD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GPLGVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTAL
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CCDS73 GKGGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 MFPNYVSLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEP--TIPHACDPDLTFDAITTF
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CCDS73 MFPTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGD-PKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RREVMFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYE-NPRDKILVFKDENFWM
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CCDS73 GNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 IRGYAVLPDYPKSIHTLGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGF
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CCDS73 ISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE0 PQRVVKHFPGISIRVDAAFQYKG-FFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPK
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CCDS73 PKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KE0 NSSFGFDINKEKAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
>>CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 (471 aa)
initn: 1285 init1: 732 opt: 1528 Z-score: 1870.3 bits: 355.5 E(32554): 7.4e-98
Smith-Waterman score: 1528; 48.3% identity (75.2% similar) in 472 aa overlap (4-465:5-471)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFI-TFSSAFPLVRMTE----NEENMQLAQAYLNQFYS-LEIEGNHLVQS
.: :::. : :.:: . .::..:.:. :: ..: .. : ...
CCDS83 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYHPTNLAG--ILKE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 KNRSLIDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLP---GWRKYN
. : . ...::::.:::: ::::::.:::..:: :::::::::.:. ..: : :.:
CCDS83 NAASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYN-VFPRTLKWSKMN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LTYRIINYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPR
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CCDS83 LTYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDF-Y
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YFDGPLGVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQ
:::: :.:.:::::::. :::.:::.::.::... :.::::::::::::.:::.::.:
CCDS83 PFDGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 TALMFPNYVSLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITT
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CCDS83 GALMFPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDP-NPKHPKTPDKCDPSLSLDAITS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE0 FRREVMFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYENP-RDKILVFKDENFW
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CCDS83 ALNGYDILEGYPKKISELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTNHIMDKD
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CCDS83 YPRLIEEDFPGIGDKVDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPANSILWC
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CCDS83 DSSSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAER
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CCDS83 GTAYFFKGPHYWITRGFQ-MQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYY
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CCDS83 SYDERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVV
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CCDS83 KSSSWIGC
480
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CCDS83 LEAKLKEMQKFFGLPITGMLNSRVIEIMQKPRCGVPDVAEYSLFPNSPKWTSKVVTYRIV
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CCDS83 NTLAHAFAPGTGLGGDAHFDEDERWT-DGSSLGINFLYAATHELGHSLGMGHSSDPNAVM
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CCDS83 YPTYGNGDPQNFKLSQDDIKGIQKLYGKRSNSRKK
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CCDS83 EFWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSM
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CCDS83 LYHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPV-PPEPGTPANCDPALSFD
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CCDS83 AVSTLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKG
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CCDS83 NQFWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNS
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CCDS83 MEPGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
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CCDS77 MQLVILRVTIFLPWCFAVP-VPPAADHKGWDFVEGYFHQFFLTKKESPLLTQETQTQLLQ
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CCDS77 Q--------FHRNGTDLLDMQMHALLHQPHCGVPD-GSDTSISPGRCKWNKHTLTYRIIN
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CCDS77 YPHDMKPSAVKDSIYNAVSIWSNVTPLIFQQVQNGDADIKVSFWQWAH-EDGWPFDGPGG
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CCDS77 ILGHAFLPNSGNPGVVHFDKNEHWSASDTGYNLFLVATHEIGHSLGLQHSGNQSSIMYPT
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CCDS77 YWYHDPRTFQLSADDIQRIQHLYGEKCSSDIP
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513 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Fri Nov 4 06:36:21 2016 done: Fri Nov 4 06:36:22 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]