Result of FASTA (omim) for
pF1KE0039
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0039, 513 aa
1>>>pF1KE0039 513 - 513 aa - 513 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5401+/-0.000367; mu= 17.1431+/- 0.023
mean_var=66.8477+/-13.528, 0's: 0 Z-trim(113.3): 73 B-trim: 928 in 2/51
Lambda= 0.156867
statistics sampled from 22537 (22621) to 22537 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.265), width: 16
Scan time: 8.410
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002415 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase is ( 467) 1555 360.9 4.5e-99
NP_002412 (OMIM: 120353,226600,606963) interstitia ( 469) 1555 360.9 4.5e-99
NP_002417 (OMIM: 601046) macrophage metalloelastas ( 470) 1528 354.8 3.1e-97
NP_002418 (OMIM: 250400,600108,602111) collagenase ( 471) 1528 354.8 3.1e-97
XP_011541137 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1498 348.0 3.3e-95
NP_001291371 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1498 348.0 3.3e-95
NP_001291370 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1498 348.0 3.3e-95
XP_016873260 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1498 348.0 3.3e-95
XP_011541136 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 476) 1498 348.0 3.5e-95
NP_001139410 (OMIM: 120353,226600,606963) intersti ( 403) 1437 334.2 4.3e-91
NP_004762 (OMIM: 604629,612529) matrix metalloprot ( 483) 1268 296.0 1.7e-79
XP_011541138 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 377) 1141 267.2 6e-71
NP_002414 (OMIM: 178990) matrilysin preproprotein ( 267) 767 182.5 1.3e-45
NP_002416 (OMIM: 185260) stromelysin-2 preproprote ( 476) 742 177.0 1.1e-43
NP_002413 (OMIM: 185250,614466) stromelysin-1 prep ( 477) 737 175.8 2.5e-43
NP_068573 (OMIM: 605470) matrix metalloproteinase- ( 261) 626 150.6 5.3e-36
NP_002420 (OMIM: 601807,611543) matrix metalloprot ( 508) 609 146.9 1.4e-34
XP_011518521 (OMIM: 605470) PREDICTED: matrix meta ( 191) 586 141.5 2.1e-33
NP_004521 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV col ( 660) 556 134.9 7e-31
NP_001121363 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 610) 545 132.4 3.7e-30
XP_016874798 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 366) 531 129.2 2.1e-29
XP_016874797 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 387) 531 129.2 2.2e-29
NP_001289439 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 514 125.4 4.6e-28
NP_001289438 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 514 125.4 4.6e-28
NP_001289437 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 514 125.4 4.6e-28
NP_004985 (OMIM: 120361,613073) matrix metalloprot ( 707) 491 120.2 2e-26
XP_016880550 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 409) 471 115.6 2.8e-25
XP_011523534 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 494) 471 115.6 3.4e-25
NP_005931 (OMIM: 185261) stromelysin-3 preproprote ( 488) 469 115.2 4.5e-25
XP_011526802 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 556) 449 110.7 1.2e-23
XP_011520906 (OMIM: 608482) PREDICTED: matrix meta ( 478) 423 104.8 6.1e-22
XP_011520904 (OMIM: 608482) PREDICTED: matrix meta ( 528) 423 104.8 6.6e-22
NP_071913 (OMIM: 608482) matrix metalloproteinase- ( 562) 423 104.8 7e-22
XP_016883086 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 591) 416 103.2 2.2e-21
XP_016874796 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 434) 400 99.5 2.1e-20
XP_011536659 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 400 99.6 2.4e-20
XP_011536657 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 400 99.6 2.4e-20
XP_011536658 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 400 99.6 2.4e-20
NP_057239 (OMIM: 602285) matrix metalloproteinase- ( 603) 400 99.6 2.7e-20
NP_671724 (OMIM: 608416,616749) matrix metalloprot ( 569) 397 98.9 4.2e-20
XP_016880551 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 380 95.0 4.2e-19
XP_016880552 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 380 95.0 4.2e-19
XP_016880553 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 380 95.0 4.2e-19
XP_011523533 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 390) 380 95.0 4.3e-19
NP_116568 (OMIM: 608417) matrix metalloproteinase- ( 393) 380 95.0 4.3e-19
XP_011523532 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 418) 380 95.0 4.6e-19
XP_011523528 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 380 95.0 4.8e-19
XP_011523530 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 380 95.0 4.8e-19
XP_011523531 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 380 95.0 4.8e-19
XP_011523529 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 380 95.0 4.8e-19
>>NP_002415 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase isofor (467 aa)
initn: 947 init1: 478 opt: 1555 Z-score: 1899.6 bits: 360.9 E(85289): 4.5e-99
Smith-Waterman score: 1555; 48.6% identity (75.4% similar) in 471 aa overlap (1-466:4-465)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNRS
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NP_002 MFSLKTLPFLLLLHVQISKAFPV---SSKEKNTKTVQDYLEKFYQLPSNQYQSTRKNGTN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 LIDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLPG---WRKYNLTYR
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NP_002 VIVEKLKEMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLT-PGNPKWERTNLTYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 IINYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHG-RCPRYFD
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NP_002 IRNYTPQLSEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSP--FD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GPLGVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTAL
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NP_002 GPNGILAHAFQPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGAL
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240 250 260 270 280 290
pF1KE0 MFPNYVSLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITTFRR
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NP_002 MYPNYAFRETSNYSLPQDDIDGIQAIYG-LSSNPIQPTGPSTPKPCDPSLTFDAITTLRG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 EVMFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYEN-PRDKILVFKDENFWMIR
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NP_002 EILFFKDRYFWRRHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALS
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pF1KE0 GYAVLPDYPKSIHTLGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQ
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NP_002 GYDILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVFYRS--KTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPK
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pF1KE0 RVVKHFPGISIRVDAAFQYKGFFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPKNSS
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NP_002 SISGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
420 430 440 450 460
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pF1KE0 FGFDINKEKAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
>>NP_002412 (OMIM: 120353,226600,606963) interstitial co (469 aa)
initn: 1066 init1: 369 opt: 1555 Z-score: 1899.6 bits: 360.9 E(85289): 4.5e-99
Smith-Waterman score: 1555; 50.2% identity (76.3% similar) in 468 aa overlap (5-467:7-468)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNRSL
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NP_002 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQ-EQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSGP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 IDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTL--PGWRKYNLTYRII
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NP_002 VVEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRIE
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120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFDGPL
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NP_002 NYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISF-VRGDHRDNSPFDGPG
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pF1KE0 GVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTALMFP
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NP_002 GNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYP
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pF1KE0 NYV-SLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITTFRREV
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NP_002 SYTFSGD---VQLAQDDIDGIQAIYGR-SQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGEV
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pF1KE0 MFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYE-NPRDKILVFKDENFWMIRGY
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NP_002 MFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQGQ
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pF1KE0 AVLPDYPKSIHT-LGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQR
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NP_002 NVLHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPKM
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pF1KE0 VVKHFPGISIRVDAAFQYKGFFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPKNSSF
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NP_002 IAHDFPGIGHKVDAVFMKDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
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pF1KE0 GFDINKEKAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
>>NP_002417 (OMIM: 601046) macrophage metalloelastase pr (470 aa)
initn: 1071 init1: 390 opt: 1528 Z-score: 1866.6 bits: 354.8 E(85289): 3.1e-97
Smith-Waterman score: 1528; 48.7% identity (74.5% similar) in 474 aa overlap (3-465:2-470)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQL-AQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNR---
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NP_002 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEI--NKLPVTKMKYSG
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pF1KE0 SLIDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLPG---WRKYNLTY
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NP_002 NLMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHF-REMPGGPVWRKHYITY
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pF1KE0 RIINYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFD
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NP_002 RINNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDF-HAFD
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pF1KE0 GPLGVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTAL
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NP_002 GKGGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAV
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pF1KE0 MFPNYVSLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEP--TIPHACDPDLTFDAITTF
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NP_002 MFPTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGD-PKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTV
240 250 260 270 280 290
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pF1KE0 RREVMFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYE-NPRDKILVFKDENFWM
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NP_002 GNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 IRGYAVLPDYPKSIHTLGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGF
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NP_002 ISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGY
360 370 380 390 400 410
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pF1KE0 PQRVVKHFPGISIRVDAAFQYKG-FFFFSRGSKQFEYDIKTKNITRIMRTNTWFQCKEPK
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NP_002 PKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KE0 NSSFGFDINKEKAHSGGIKILYHKSLSLFIFGIVHLLKNTSIYQ
>>NP_002418 (OMIM: 250400,600108,602111) collagenase 3 p (471 aa)
initn: 1285 init1: 732 opt: 1528 Z-score: 1866.5 bits: 354.8 E(85289): 3.1e-97
Smith-Waterman score: 1528; 48.3% identity (75.2% similar) in 472 aa overlap (4-465:5-471)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKRLLLLFLFFI-TFSSAFPLVRMTE----NEENMQLAQAYLNQFYS-LEIEGNHLVQS
.: :::. : :.:: . .::..:.:. :: ..: .. : ...
NP_002 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYHPTNLAG--ILKE
10 20 30 40 50
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pF1KE0 KNRSLIDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLP---GWRKYN
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NP_002 NAASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYN-VFPRTLKWSKMN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 LTYRIINYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPR
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NP_002 LTYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDF-Y
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YFDGPLGVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQ
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NP_002 PFDGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 TALMFPNYVSLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITT
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