Result of FASTA (omim) for
pF1KE0048
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0048, 522 aa
1>>>pF1KE0048 522 - 522 aa - 522 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7523+/-0.000357; mu= 9.2416+/- 0.023
mean_var=179.5107+/-36.745, 0's: 0 Z-trim(120.4): 60 B-trim: 1544 in 2/55
Lambda= 0.095726
statistics sampled from 35565 (35627) to 35565 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.747), E-opt: 0.2 (0.418), width: 16
Scan time: 10.000
The best scores are: opt bits E(85289)
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XP_005268464 (OMIM: 612059) PREDICTED: la-related ( 891) 1560 227.8 1e-58
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XP_016864772 (OMIM: 612059) PREDICTED: la-related ( 858) 1353 199.2 4.1e-50
XP_005268463 (OMIM: 612059) PREDICTED: la-related (1063) 1353 199.3 4.8e-50
XP_011535916 (OMIM: 612059) PREDICTED: la-related (1070) 1353 199.3 4.8e-50
>>XP_006714839 (OMIM: 612059) PREDICTED: la-related prot (891 aa)
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Smith-Waterman score: 1682; 54.0% identity (77.7% similar) in 498 aa overlap (37-508:5-498)
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::::::. :: . ::::::..:::::: : . ..:::::.::: .:. : :. :.
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pF1KE0 HPGGDRTGTHMSRAKITSELAKVINDGLYYYEQDLWMEEDENKHTAIKVIVSGQHLSTDA
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pF1KE0 LF
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>>XP_011535920 (OMIM: 612059) PREDICTED: la-related prot (891 aa)
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pF1KE0 PSELVNTGFQSVLSQGNKKPQNRKEKEEKVEKRSNSDSKENRETKLNGPGENVSEDE-AQ
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pF1KE0 DYSYGYQEHGERTDQPFQTELNTSMMYYYDDGTGVQVYPVEEALLKEYIKRQIEYYFSVE
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>>XP_006714838 (OMIM: 612059) PREDICTED: la-related prot (955 aa)
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380 390 400 410 420
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430 440 450 460 470 480
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::::: :::..:::::::.:.:::::::::: :...::::::::.: ::::...::::::
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490 500 510 520
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::::.::::::: :. : ... ::
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XP_011 DMKEQ-EKGEGSDSKESPKTKSDESGEEKNGDEDCQRGGQKKKGNKHKWVPLQIDM----
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pF1KE0 SQERPGSRNSSRCQPEANKPTHNNRRNDTRSWKRDREKRDDQDDVSSVRSEGGNIRGSFR
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XP_011 KPEVPREKLASR-------PT------------RPPEPR--------------HIPAN--
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XP_011 -------------RGEIKAHFDYQFGYRKF-DGVEGPRTPKYMNNITYYFDNVSSTELYS
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