Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0057
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0057, 1179 aa
1>>>pF1KE0057 1179 - 1179 aa - 1179 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.4718+/-0.00135; mu= -14.7895+/- 0.080
mean_var=502.2167+/-106.125, 0's: 0 Z-trim(113.4): 45 B-trim: 131 in 1/50
Lambda= 0.057231
statistics sampled from 14034 (14058) to 14034 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.432), width: 16
Scan time: 6.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7495.1 SEC31B gene_id:25956|Hs108|chr10 (1179) 8007 676.9 7.7e-194
CCDS3596.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1220) 3291 287.5 1.3e-76
CCDS47088.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1205) 3127 274.0 1.5e-72
CCDS43244.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1106) 3119 273.3 2.3e-72
CCDS54773.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1200) 2998 263.3 2.4e-69
CCDS3597.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1181) 2651 234.7 1e-60
CCDS75156.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1166) 2223 199.3 4.4e-50
CCDS75155.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1067) 2187 196.3 3.2e-49
>>CCDS7495.1 SEC31B gene_id:25956|Hs108|chr10 (1179 aa)
initn: 8007 init1: 8007 opt: 8007 Z-score: 3593.6 bits: 676.9 E(32554): 7.7e-194
Smith-Waterman score: 8007; 100.0% identity (100.0% similar) in 1179 aa overlap (1-1179:1-1179)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKLKELERPAVQAWSPASQYPLYLATGTSAQQLDSSFSTNGTLEIFEVDFRDPSLDLKHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MKLKELERPAVQAWSPASQYPLYLATGTSAQQLDSSFSTNGTLEIFEVDFRDPSLDLKHR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 GVLSALSRFHKLVWGSFGSGLLESSGVIVGGGDNGMLILYNVTHILSSGKEPVIAQKQKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GVLSALSRFHKLVWGSFGSGLLESSGVIVGGGDNGMLILYNVTHILSSGKEPVIAQKQKH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TGAVRALDLNPFQGNLLASGASDSEIFIWDLNNLNVPMTLGSKSQQPPEDIKALSWNRQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TGAVRALDLNPFQGNLLASGASDSEIFIWDLNNLNVPMTLGSKSQQPPEDIKALSWNRQA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QHILSSAHPSGKAVVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDIATQLVLCSEDDRLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QHILSSAHPSGKAVVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDIATQLVLCSEDDRLPV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 IQLWDLRFASSPLKVLESHSRGILSVSWSQADAELLLTSAKDSQILCRNLGSSEVVYKLP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 TQSSWCFDVQWCPRDPSVFSAASFNGWISLYSVMGRSWEVQHMRQADKISSSFSKGQPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TQSSWCFDVQWCPRDPSVFSAASFNGWISLYSVMGRSWEVQHMRQADKISSSFSKGQPLP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 PLQVPEQVAQAPLIPPLKKPPKWIRRPTGVSFAFGGKLVTFGLPSTPAHLVPQPCPRLVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PLQVPEQVAQAPLIPPLKKPPKWIRRPTGVSFAFGGKLVTFGLPSTPAHLVPQPCPRLVF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 ISQVTTESEFLMRSAELQEALGSGNLLNYCQNKSQQALLQSEKMLWQFLKVTLEQDSRMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ISQVTTESEFLMRSAELQEALGSGNLLNYCQNKSQQALLQSEKMLWQFLKVTLEQDSRMK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 FLKLLGYSKDELQKKVATWLKSDVGLGESPQPKGNDLNSDRQQAFCSQASKHTTKEASAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FLKLLGYSKDELQKKVATWLKSDVGLGESPQPKGNDLNSDRQQAFCSQASKHTTKEASAS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 SAFFDELVPQNMTPWEIPITKDIDGLLSQALLLGELGPAVELCLKEERFADAIILAQAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SAFFDELVPQNMTPWEIPITKDIDGLLSQALLLGELGPAVELCLKEERFADAIILAQAGG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 TDLLKQTQERYLAKKKTKISSLLACVVQKNWKDVVCTCSLKNWREALALLLTYSGTEKFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TDLLKQTQERYLAKKKTKISSLLACVVQKNWKDVVCTCSLKNWREALALLLTYSGTEKFP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 ELCDMLGTRMEQEGSRALTSEARLCYVCSGSVERLVECWAKCHQALSPMALQDLMEKVMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ELCDMLGTRMEQEGSRALTSEARLCYVCSGSVERLVECWAKCHQALSPMALQDLMEKVMV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 LNRSLEQLRGPHGVSPGPATTYRVTQYANLLAAQGSLATAMSFLPRDCAQPPVQQLRDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LNRSLEQLRGPHGVSPGPATTYRVTQYANLLAAQGSLATAMSFLPRDCAQPPVQQLRDRL
730 740 750 760 770 780
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pF1KE0 FHAQGSAVLGQQSPPFPFPRIVVGATLHSKETSSYRLGSQPSHQVPTPSPRPRVFTPQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FHAQGSAVLGQQSPPFPFPRIVVGATLHSKETSSYRLGSQPSHQVPTPSPRPRVFTPQSS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 PAMPLAPSHPSPYQGPRTQNISDYRAPGPQAIQPLPLSPGVRPASSQPQLLGGQRVQVPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PAMPLAPSHPSPYQGPRTQNISDYRAPGPQAIQPLPLSPGVRPASSQPQLLGGQRVQVPN
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 PVGFPGTWPLPGSPLPMACPGIMRPGSTSLPETPRLFPLLPLRPLGPGRMVSHTPAPPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PVGFPGTWPLPGSPLPMACPGIMRPGSTSLPETPRLFPLLPLRPLGPGRMVSHTPAPPAS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE0 FPVPYLPGDPGAPCSSVLPTTGILTPHPGPQDSWKEAPAPRGNLQRNKLPETFMPPAPIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FPVPYLPGDPGAPCSSVLPTTGILTPHPGPQDSWKEAPAPRGNLQRNKLPETFMPPAPIT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE0 APVMSLTPELQGILPSQPPVSSVSHAPPGVPGELSLQLQHLPPEKMERKELPPEHQSLKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 APVMSLTPELQGILPSQPPVSSVSHAPPGVPGELSLQLQHLPPEKMERKELPPEHQSLKS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE0 SFEALLQRCSLSATDLKTKRKLEEAAQRLEYLYEKLCEGTLSPHVVAGLHEVARCVDAGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SFEALLQRCSLSATDLKTKRKLEEAAQRLEYLYEKLCEGTLSPHVVAGLHEVARCVDAGS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170
pF1KE0 FEQGLAVHAQVAGCSSFSEVSSFMPILKAVLIIAHKLLV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FEQGLAVHAQVAGCSSFSEVSSFMPILKAVLIIAHKLLV
1150 1160 1170
>>CCDS3596.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1220 aa)
initn: 2122 init1: 1288 opt: 3291 Z-score: 1489.0 bits: 287.5 E(32554): 1.3e-76
Smith-Waterman score: 3629; 47.3% identity (72.1% similar) in 1238 aa overlap (1-1170:1-1211)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKLKELERPAVQAWSPASQYPLYLATGTSAQQLDSSFSTNGTLEIFEVDFRDPSLDLKHR
:::::..: :.::::::...:.::::::::::::..::::..:::::.:. :::::.:
CCDS35 MKLKEVDRTAMQAWSPAQNHPIYLATGTSAQQLDATFSTNASLEIFELDLSDPSLDMKSC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 GVLSALSRFHKLVWGSFG-SGLLESSGVIVGGGDNGMLILYNVTHILSSGKEPVIAQKQK
...:. :.:::.:: . .. . :::...::.:: .:::. ..:... :: ::::..:
CCDS35 ATFSSSHRYHKLIWGPYKMDSKGDVSGVLIAGGENGNIILYDPSKIIAGDKEVVIAQNDK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 HTGAVRALDLNPFQGNLLASGASDSEIFIWDLNNLNVPMTLGSKSQQPPEDIKALSWNRQ
::: :::::.: :: ::.::::..:::.::::::. .::: :.:.: :::::. ..::::
CCDS35 HTGPVRALDVNIFQTNLVASGANESEIYIWDLNNFATPMTPGAKTQ-PPEDISCIAWNRQ
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 AQHILSSAHPSGKAVVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDIATQLVLCSEDDRLP
.::::.:: :::.:.::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:: :::::::
CCDS35 VQHILASASPSGRATVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDVATQMVLASEDDRLP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 VIQLWDLRFASSPLKVLESHSRGILSVSWSQADAELLLTSAKDSQILCRNLGSSEVVYKL
:::.::::::::::.:::.:.::::...::.:: ::::. .::..::: : ...::.:.:
CCDS35 VIQMWDLRFASSPLRVLENHARGILAIAWSMADPELLLSCGKDAKILCSNPNTGEVLYEL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 PTQSSWCFDVQWCPRDPSVFSAASFNGWISLYSVMGRSWEVQHMRQADKISSSFSK----
::...::::.:::::.:.:.:::::.: ::.::.:: : . ...:.::.::::..
CCDS35 PTNTQWCFDIQWCPRNPAVLSAASFDGRISVYSIMGGSTDGLRQKQVDKLSSSFGNLDPF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 --GQPLPPLQVPEQVAQAPLIPPLKKPPKWIRRPTGVSFAFGGKLVTFGLPSTPAHL--V
::::::::.:.:.:: .. ::::::::::::.:.::.:::::::: :.:
CCDS35 GTGQPLPPLQIPQQTAQHSIVLPLKKPPKWIRRPVGASFSFGGKLVTFENVRMPSHQGAE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 PQPCPRLVFISQVTTESEFLMRSAELQEALGSGNLLNYCQNKSQQALLQSEKMLWQFLKV
: . ::::::.::.::: :: .::.:. : ...::::.: . . . :: .:.::::
CCDS35 QQQQQHHVFISQVVTEKEFLSRSDQLQQAVQSQGFINYCQKKIDASQTEFEKNVWSFLKV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KE0 TLEQDSRMKFLKLLGYSKDELQKKVATWLK----SDVGLGESPQPKGNDLNSDRQQAFCS
..:.::: :.:.:::: :..: ::.: :. ..:.: .: : .: . . : .
CCDS35 NFEDDSRGKYLELLGYRKEDLGKKIALALNKVDGANVALKDSDQVAQSD-GEESPAAEEQ
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 QASKHTTKEASASSAFFDELVPQNMTPWEIPITKDIDGLLSQALLLGELGPAVELCLKEE
..: .: : :..:.. ..: .. :::::..:::: :.. ::.:::...
CCDS35 LLGEHIKEEKEES-----EFLPSSGGTFNISVSGDIDGLITQALLTGNFESAVDLCLHDN
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 RFADAIILAQAGGTDLLKQTQERYLAKKKTKISSLLACVVQKNWKDVVCTCSLKNWREAL
:.::::::: ::: .:: .::..:.::...::. :.. ::.::::..: .:.::::::::
CCDS35 RMADAIILAIAGGQELLARTQKKYFAKSQSKITRLITAVVMKNWKEIVESCDLKNWREAL
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KE0 ALLLTYSGTEKFPELCDMLGTRMEQEGSRALTSEARLCYVCSGSVERLVECWAKCHQALS
: .:::. ..: :::.::::.:.::. : ..: :::.:.:.::.:: ::.: ...
CCDS35 AAVLTYAKPDEFSALCDLLGTRLENEGDSLLQTQACLCYICAGNVEKLVACWTKAQDGSH
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KE0 PMALQDLMEKVMVLNRSLEQLRGPHGVSPGPATTYRVTQYANLLAAQGSLATAMSFLPRD
:..::::.:::..: .... .. . : . ...:::::::::::.:.:..::: .
CCDS35 PLSLQDLIEKVVILRKAVQLTQAMDTSTVGVLLAAKMSQYANLLAAQGSIAAALAFLPDN
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KE0 CAQPPVQQLRDRLFHAQGSAVLGQQSPPFPFPRIVVGATLHSKETSSYRLGSQPSHQVPT
:: ..:::::: .::: : :..:: .:. . .. . : : .:.
CCDS35 TNQPNIMQLRDRLCRAQGEPVAGHESPKIPYEK---------QQLPKGRPGPVAGHH---
780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KE0 PSPRPRVFTPQSSPAMPLAPSHPSPYQGPRTQNISDY--RAPGPQAIQ--PLPLSPGVRP
::: : : : : ..: . : . .:: . : : : .:
CCDS35 --QMPRVQTQQYYPHGENPPPPGFIMHGNVNPNAAGQLPTSPGHMHTQVPPYPQPQPYQP
830 840 850 860 870
890 900 910 920 930
pF1KE0 ASSQPQLLGGQRVQVPN-PVGFPGTWPLPGSPLPMACPGIMRPGSTSL------PETPRL
:. : ::. . :. ::. : . :..: . . :...: .:
CCDS35 AQPYPFGTGGSAMYRPQQPVAPPTSNAYPNTPYISSASSY--TGQSQLYAAQHQASSPTS
880 890 900 910 920 930
940 950 960 970 980 990
pF1KE0 FPLLPLRPL-GPGRMVSHT-P-APPASFPVPYLPGDPGA-PCSSVLPTTGILTPHPGPQD
: . : . : .: : :::.: :: :. : .: ::.. . :::.
CCDS35 SPATSFPPPPSSGASFQHGGPGAPPSSSAYALPPGTTGTLPAASELPAS----QRTGPQN
940 950 960 970 980 990
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KE0 SWKEAPAPRGNLQRNKLPETFMPPAPITAPVMSLTPELQGIL----PSQP-PVSSVS---
.:.. :: ...:.::.::::.:::.:.:. . :. . :: : :.:: :
CCDS35 GWNDPPALNRVPKKKKMPENFMPPVPITSPIMNPLGDPQSQMLQQQPSAPVPLSSQSSFP
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1050 1060 1070
pF1KE0 --HAP-----------------------------PGVP-GELSLQLQHLPPEKMERKELP
: : ::.: :. ..: :: .:. .: .:
CCDS35 QPHLPGGQPFHGVQQPLGQTGMPPSFSKPNIEGAPGAPIGNTFQHVQSLPTKKITKKPIP
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KE0 PEHQSLKSSFEALLQRCSLSATDLKTKRKLEEAAQRLEYLYEKLCEGTLSPHVVAGLHEV
:: ::..:: :.::: :::: .:::::..:..:::.::.:: : :::: ...:::..
CCDS35 DEHLILKTTFEDLIQRCLSSATDPQTKRKLDDASKRLEFLYDKLREQTLSPTITSGLHNI
1120 1130 1140 1150 1160 1170
1140 1150 1160 1170
pF1KE0 ARCVDAGSFEQGLAVHAQVAGCSSFSEVSSFMPILKAVLIIAHKLLV
:: ... .. .::..:..... :.:::.:.:::.::.:
CCDS35 ARSIETRNYSEGLTMHTHIVSTSNFSETSAFMPVLKVVLTQANKLGV
1180 1190 1200 1210 1220
>>CCDS47088.1 SEC31A gene_id:22872|Hs108|chr4 (1205 aa)
initn: 2122 init1: 1288 opt: 3127 Z-score: 1415.8 bits: 274.0 E(32554): 1.5e-72
Smith-Waterman score: 3646; 47.5% identity (71.6% similar) in 1254 aa overlap (1-1179:1-1205)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKLKELERPAVQAWSPASQYPLYLATGTSAQQLDSSFSTNGTLEIFEVDFRDPSLDLKHR
:::::..: :.::::::...:.::::::::::::..::::..:::::.:. :::::.:
CCDS47 MKLKEVDRTAMQAWSPAQNHPIYLATGTSAQQLDATFSTNASLEIFELDLSDPSLDMKSC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 GVLSALSRFHKLVWGSFG-SGLLESSGVIVGGGDNGMLILYNVTHILSSGKEPVIAQKQK
...:. :.:::.:: . .. . :::...::.:: .:::. ..:... :: ::::..:
CCDS47 ATFSSSHRYHKLIWGPYKMDSKGDVSGVLIAGGENGNIILYDPSKIIAGDKEVVIAQNDK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 HTGAVRALDLNPFQGNLLASGASDSEIFIWDLNNLNVPMTLGSKSQQPPEDIKALSWNRQ
::: :::::.: :: ::.::::..:::.::::::. .::: :.:.: :::::. ..::::
CCDS47 HTGPVRALDVNIFQTNLVASGANESEIYIWDLNNFATPMTPGAKTQ-PPEDISCIAWNRQ
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 AQHILSSAHPSGKAVVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDIATQLVLCSEDDRLP
.::::.:: :::.:.::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:: :::::::
CCDS47 VQHILASASPSGRATVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDVATQMVLASEDDRLP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 VIQLWDLRFASSPLKVLESHSRGILSVSWSQADAELLLTSAKDSQILCRNLGSSEVVYKL
:::.::::::::::.:::.:.::::...::.:: ::::. .::..::: : ...::.:.:
CCDS47 VIQMWDLRFASSPLRVLENHARGILAIAWSMADPELLLSCGKDAKILCSNPNTGEVLYEL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 PTQSSWCFDVQWCPRDPSVFSAASFNGWISLYSVMGRSWEVQHMRQADKISSSFSK----
::...::::.:::::.:.:.:::::.: ::.::.:: : . ...:.::.::::..
CCDS47 PTNTQWCFDIQWCPRNPAVLSAASFDGRISVYSIMGGSTDGLRQKQVDKLSSSFGNLDPF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 --GQPLPPLQVPEQVAQAPLIPPLKKPPKWIRRPTGVSFAFGGKLVTFGLPSTPAHL--V
::::::::.:.:.:: .. ::::::::::::.:.::.:::::::: :.:
CCDS47 GTGQPLPPLQIPQQTAQHSIVLPLKKPPKWIRRPVGASFSFGGKLVTFENVRMPSHQGAE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 PQPCPRLVFISQVTTESEFLMRSAELQEALGSGNLLNYCQNKSQQALLQSEKMLWQFLKV
: . ::::::.::.::: :: .::.:. : ...::::.: . . . :: .:.::::
CCDS47 QQQQQHHVFISQVVTEKEFLSRSDQLQQAVQSQGFINYCQKKIDASQTEFEKNVWSFLKV
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CCDS43 QTLSPTITSGLHNIARSIETRNYSEGLTMHTHIVSTSNFSETSAFMPVLKVVLTQANKLG
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CCDS43 V
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CCDS35 ETRNYSEGLTMHTHIVSTSNFSETSAFMPVLKVVLTQANKLGV
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