FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0057, 1179 aa 1>>>pF1KE0057 1179 - 1179 aa - 1179 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.4781+/-0.000544; mu= -20.3405+/- 0.034 mean_var=626.8289+/-133.625, 0's: 0 Z-trim(121.2): 29 B-trim: 552 in 1/57 Lambda= 0.051227 statistics sampled from 37437 (37471) to 37437 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.748), E-opt: 0.2 (0.439), width: 16 Scan time: 18.200 The best scores are: opt bits E(85289) NP_056305 (OMIM: 610258) protein transport protein (1179) 8007 608.1 1e-172 NP_001070675 (OMIM: 610257) protein transport prot (1220) 3291 259.6 8.8e-68 NP_001305049 (OMIM: 610257) protein transport prot (1220) 3291 259.6 8.8e-68 NP_001305048 (OMIM: 610257) protein transport prot (1205) 3127 247.5 3.9e-64 NP_001070676 (OMIM: 610257) protein transport prot (1205) 3127 247.5 3.9e-64 NP_001070674 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NP_001 TNQPNIMQLRDRLCRAQGEPVAGHESPKIPYEK---------QQLPKGRPGPVAGHH--- 770 780 790 800 810 830 840 850 860 870 880 pF1KE0 PSPRPRVFTPQSSPAMPLAPSHPSPYQGPRTQNISDYRAPGPQAIQPLPLSPGVRPASSQ ::: : : : .: : :.. :.: :: ::: NP_001 --QMPRVQTQQYYPH----GENPPPPGFIMHGNVN------PNAAGQLPTSPG------- 820 830 840 850 890 900 910 920 930 940 pF1KE0 PQLLGGQRVQVPNPVGFPGTWPL-PGSPLPMACPG--IMRPGSTSLPETPRLFPLLPL-- ...::: : .: : :..: :.. : ..:: . : : .: : NP_001 -----HMHTQVP-P--YPQPQPYQPAQPYPFGTGGSAMYRPQQPVAPPTSNAYPNTPYIS 860 870 880 890 900 950 960 970 980 pF1KE0 ---RPLGPGRMV-------SHTPAPPASFPVP------YLPGDPGAPCSSVLPTTGILTP : ... : : .: .::: : . : :::: :: .. : : NP_001 SASSYTGQSQLYAAQHQASSPTSSPATSFPPPPSSGASFQHGGPGAPPSS---SAYALPP 910 920 930 940 950 960 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KE0 HP-GPQDSWKEAPAPRGNLQRNKLPETFMPPAPITAPVMSLTPELQGIL----PSQP-PV :::..:.. :: ...:.::.::::.:::.:.:. . :. . :: : :. 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NP_001 ITKKPIPDEHLILKTTFEDLIQRCLSSATDPQTKRKLDDASKRLEFLYDKLREQTLSPTI 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1130 1140 1150 1160 1170 pF1KE0 VAGLHEVARCVDAGSFEQGLAVHAQVAGCSSFSEVSSFMPILKAVLIIAHKLLV ..:::..:: ... .. .::..:..... :.:::.:.:::.::.:: :.:: : NP_001 TSGLHNIARSIETRNYSEGLTMHTHIVSTSNFSETSAFMPVLKVVLTQANKLGV 1150 1160 1170 1180 1190 1200 >>NP_057295 (OMIM: 610257) protein transport protein Sec (1181 aa) initn: 2971 init1: 1288 opt: 2651 Z-score: 1082.5 bits: 212.3 E(85289): 1.5e-53 Smith-Waterman score: 3565; 46.9% identity (70.7% similar) in 1243 aa overlap (1-1179:1-1181) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MKLKELERPAVQAWSPASQYPLYLATGTSAQQLDSSFSTNGTLEIFEVDFRDPSLDLKHR :::::..: :.::::::...:.::::::::::::..::::..:::::.:. :::::.: NP_057 MKLKEVDRTAMQAWSPAQNHPIYLATGTSAQQLDATFSTNASLEIFELDLSDPSLDMKSC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 GVLSALSRFHKLVWGSFG-SGLLESSGVIVGGGDNGMLILYNVTHILSSGKEPVIAQKQK ...:. :.:::.:: . .. . :::...::.:: .:::. ..:... :: ::::..: NP_057 ATFSSSHRYHKLIWGPYKMDSKGDVSGVLIAGGENGNIILYDPSKIIAGDKEVVIAQNDK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 HTGAVRALDLNPFQGNLLASGASDSEIFIWDLNNLNVPMTLGSKSQQPPEDIKALSWNRQ ::: :::::.: :: ::.::::..:::.::::::. .::: :.:.: :::::. ..:::: NP_057 HTGPVRALDVNIFQTNLVASGANESEIYIWDLNNFATPMTPGAKTQ-PPEDISCIAWNRQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 AQHILSSAHPSGKAVVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDIATQLVLCSEDDRLP .::::.:: :::.:.::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:: ::::::: NP_057 VQHILASASPSGRATVWDLRKNEPIIKVSDHSNRMHCSGLAWHPDVATQMVLASEDDRLP 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 VIQLWDLRFASSPLKVLESHSRGILSVSWSQADAELLLTSAKDSQILCRNLGSSEVVYKL :::.::::::::::.:::.:.::::...::.:: ::::. .::..::: : ...::.:.: NP_057 VIQMWDLRFASSPLRVLENHARGILAIAWSMADPELLLSCGKDAKILCSNPNTGEVLYEL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 PTQSSWCFDVQWCPRDPSVFSAASFNGWISLYSVMGRSWEVQHMRQADKISSSFSK---- ::...::::.:::::.:.:.:::::.: ::.::.:: : . ...:.::.::::.. 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NP_057 NIMQLRDRLCRAQGEPVAGHESPKIPYEK---------QQLPKGRPGPVAGHH-----QM 740 750 760 770 780 840 850 860 870 880 pF1KE0 PRVFTPQSSPAMPLAPSHPSPYQGPRTQNISDY--RAPGPQAIQ--PLPLSPGVRPASSQ ::: : : : : ..: . : . .:: . : : : .::. NP_057 PRVQTQQYYPHGENPPPPGFIMHGNVNPNAAGQLPTSPGHMHTQVPPYPQPQPYQPAQPY 790 800 810 820 830 840 890 900 910 920 930 940 pF1KE0 PQLLGGQRVQVPN-PVGFPGTWPLPGSPLPMACPGIMRPGSTSL------PETPRLFPLL : ::. . :. ::. : . :..: . . :...: .: : NP_057 PFGTGGSAMYRPQQPVAPPTSNAYPNTPYISSASSY--TGQSQLYAAQHQASSPTSSPAT 850 860 870 880 890 900 950 960 970 980 990 pF1KE0 PLRPL-GPGRMVSHT-P-APPASFPVPYLPGDPGA-PCSSVLPTTGILTPHPGPQDSWKE . : . : .: : :::.: :: :. : .: ::. . . :::..:.. 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