Result of FASTA (omim) for
pF1KE0059
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0059, 475 aa
1>>>pF1KE0059 475 - 475 aa - 475 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6495+/-0.000851; mu= 20.4757+/- 0.052
mean_var=363.9570+/-74.344, 0's: 0 Z-trim(109.6): 2111 B-trim: 108 in 1/51
Lambda= 0.067228
statistics sampled from 15502 (17848) to 15502 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.513), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 5.670
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_653291 (OMIM: 615600) zinc finger protein 582 i ( 517) 1977 207.3 8.1e-53
NP_001307300 (OMIM: 615600) zinc finger protein 58 ( 548) 1977 207.4 8.3e-53
NP_001035939 (OMIM: 614275) zinc finger protein 56 ( 499) 1971 206.7 1.2e-52
XP_011524816 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1971 206.7 1.2e-52
NP_689690 (OMIM: 614275) zinc finger protein 565 [ ( 499) 1971 206.7 1.2e-52
XP_011524814 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1971 206.7 1.2e-52
XP_016881830 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1971 206.7 1.2e-52
XP_016881831 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 434) 1654 175.8 2e-43
XP_016881832 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger ( 434) 1654 175.8 2e-43
NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 492) 1639 174.5 5.9e-43
NP_775802 (OMIM: 603982) zinc finger protein 100 [ ( 542) 1615 172.3 3.1e-42
NP_066385 (OMIM: 606954) zinc finger protein 253 i ( 499) 1613 172.0 3.4e-42
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1595 170.4 1.2e-41
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1595 170.4 1.2e-41
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1595 170.5 1.2e-41
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1595 170.5 1.2e-41
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1586 169.6 2.3e-41
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1586 169.6 2.3e-41
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1586 169.6 2.3e-41
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1586 169.6 2.3e-41
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1586 169.6 2.3e-41
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1586 169.6 2.3e-41
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1586 169.6 2.3e-41
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1586 169.6 2.3e-41
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1586 169.6 2.3e-41
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1586 169.7 2.3e-41
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1561 167.0 1.2e-40
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1561 167.2 1.3e-40
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1561 167.2 1.3e-40
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1561 167.2 1.3e-40
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1561 167.2 1.3e-40
NP_001274461 (OMIM: 603974) zinc finger protein 92 ( 554) 1535 164.5 6.7e-40
NP_009069 (OMIM: 603973) zinc finger protein 90 [H ( 601) 1535 164.6 6.9e-40
NP_003443 (OMIM: 603132) zinc finger protein 189 i ( 626) 1528 164.0 1.1e-39
NP_001073375 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
XP_016882425 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001240727 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
XP_011525378 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001304045 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_061025 (OMIM: 606043) zinc finger protein 331 [ ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
XP_016882426 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001304046 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001304050 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001240729 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001240730 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
XP_011525380 (OMIM: 606043) PREDICTED: zinc finger ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001240728 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001304048 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001304047 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
NP_001304049 (OMIM: 606043) zinc finger protein 33 ( 463) 1524 163.3 1.3e-39
>>NP_653291 (OMIM: 615600) zinc finger protein 582 isofo (517 aa)
initn: 4491 init1: 1578 opt: 1977 Z-score: 1069.3 bits: 207.3 E(85289): 8.1e-53
Smith-Waterman score: 1977; 60.5% identity (80.1% similar) in 473 aa overlap (1-472:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEGSVMFSDVSIDFSQEEWDCLDPVQRDLYRDVMLENYGNLVSMGLYTPKPQVISLLEQ
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NP_653 MSLGSELFRDVAIVFSQEEWQWLAPAQRDLYRDVMLETYSNLVSLGLAVSKPDVISFLEQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 GKEPWMVGRELTRGLCSDLESMCETKLLSLKKEVYEIELCQREIM-GLTKHGLEYSSFGD
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NP_653 GKEPWMVERVVSGGLCPVLESRYDTKELFPKQHVYEVESPQWEIMESLTSYGLECSSFQD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 VLEYRSHLAKQLGYPNGHFSQEIFTPEYMPTFIQQTFLTLHQIINNEDRPYECKKCGKAF
: :... .: : :. :: : :. : :::: :.. ::..: :.....:. .:: : :
NP_653 DWECRNQFDRQQGNPDRHFHQMIIRHEEMPTFDQHASLTFYQKIHTREKPFGYNKCRKDF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 SQNSQFIQHQRIHIGEKSYECKECGKFFSCGSHVTRHLKIHTGEKPFECKECGKAFSCSS
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NP_653 WQKELLINHQGIYTNEKPYKCKECGKAFKYGSRLIQHENIHSGKKPYECKECGKAFNSGS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 YLSQHQRIHTGKKPYECKECGKAFSYCSNLIDHQRIHTGEKPYECKVCGKAFTKSSQLFQ
. ::::.:::.::::::.: :::: :.::.::: :::::::.:: :::::.. :.:
NP_653 NFIQHQRVHTGEKPYECKDCEKAFSRSSQLIEHQRTHTGEKPYQCKECGKAFNRISHLKV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 HARIHTGEKPYECKECGKAFTQSSKLVQHQRIHTGEKPYECKECGKAFSSGSALTNHQRI
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NP_653 HYRIHTGEKPYACKECGKTFSHRSQLIQHQTVHTGRKLYECKECGKAFNQGSTLIRHQRI
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 HTGEKPYDCKECGKAFTQSSQLRQHQRIHAGEKPFECLECGKAFTQNSQLFQHQRIHTDE
:::::::.:: ::::: ::::.::::::.::::..: ::.:: . :.: : :::: :
NP_653 HTGEKPYECKVCGKAFRVSSQLKQHQRIHTGEKPYQCKVCGRAFKRVSHLTVHYRIHTGE
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 KPYECNECGKAFNKCSNLTRHLRIHTGEKPYNCKECGKAFSSGSDLIRHQGIHTNK
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NP_653 KPYECKECGKAFSHCSQLIHHQVIHTEKKPYEYKECEKTLSHDSTTVQPQRMHNRETHVN
430 440 450 460 470 480
NP_653 IINVEKPSISSYPLLIIREFMLASNHMNGSNGESPLA
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>>NP_001307300 (OMIM: 615600) zinc finger protein 582 is (548 aa)
initn: 4491 init1: 1578 opt: 1977 Z-score: 1069.1 bits: 207.4 E(85289): 8.3e-53
Smith-Waterman score: 1977; 60.5% identity (80.1% similar) in 473 aa overlap (1-472:32-504)
10 20 30
pF1KE0 MAEGSVMFSDVSIDFSQEEWDCLDPVQRDL
:. :: .: ::.: ::::::. : :.::::
NP_001 DPLALPSQDSALPQERNQKEDLSALEILKVMSLGSELFRDVAIVFSQEEWQWLAPAQRDL
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 YRDVMLENYGNLVSMGLYTPKPQVISLLEQGKEPWMVGRELTRGLCSDLESMCETKLLSL
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NP_001 YRDVMLETYSNLVSLGLAVSKPDVISFLEQGKEPWMVERVVSGGLCPVLESRYDTKELFP
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100 110 120 130 140
pF1KE0 KKEVYEIELCQREIM-GLTKHGLEYSSFGDVLEYRSHLAKQLGYPNGHFSQEIFTPEYMP
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NP_001 KQHVYEVESPQWEIMESLTSYGLECSSFQDDWECRNQFDRQQGNPDRHFHQMIIRHEEMP
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150 160 170 180 190 200
pF1KE0 TFIQQTFLTLHQIINNEDRPYECKKCGKAFSQNSQFIQHQRIHIGEKSYECKECGKFFSC
:: :.. ::..: :.....:. .:: : : :. .:.:: :. .:: :.:::::: :.
NP_001 TFDQHASLTFYQKIHTREKPFGYNKCRKDFWQKELLINHQGIYTNEKPYKCKECGKAFKY
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 GSHVTRHLKIHTGEKPFECKECGKAFSCSSYLSQHQRIHTGKKPYECKECGKAFSYCSNL
::.. .: .::.:.::.:::::::::. .: . ::::.:::.::::::.: :::: :.:
NP_001 GSRLIQHENIHSGKKPYECKECGKAFNSGSNFIQHQRVHTGEKPYECKDCEKAFSRSSQL
250 260 270 280 290 300
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pF1KE0 IDHQRIHTGEKPYECKVCGKAFTKSSQLFQHARIHTGEKPYECKECGKAFTQSSKLVQHQ
:.::: :::::::.:: :::::.. :.: : ::::::::: ::::::.:.. :.:.:::
NP_001 IEHQRTHTGEKPYQCKECGKAFNRISHLKVHYRIHTGEKPYACKECGKTFSHRSQLIQHQ
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pF1KE0 RIHTGEKPYECKECGKAFSSGSALTNHQRIHTGEKPYDCKECGKAFTQSSQLRQHQRIHA
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NP_001 TVHTGRKLYECKECGKAFNQGSTLIRHQRIHTGEKPYECKVCGKAFRVSSQLKQHQRIHT
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pF1KE0 GEKPFECLECGKAFTQNSQLFQHQRIHTDEKPYECNECGKAFNKCSNLTRHLRIHTGEKP
::::..: ::.:: . :.: : :::: ::::::.::::::..::.: .: ::: .::
NP_001 GEKPYQCKVCGRAFKRVSHLTVHYRIHTGEKPYECKECGKAFSHCSQLIHHQVIHTEKKP
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450 460 470
pF1KE0 YNCKECGKAFSSGSDLIRHQGIHTNK
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NP_001 YEYKECEKTLSHDSTTVQPQRMHNRETHVNIINVEKPSISSYPLLIIREFMLASNHMNGS
490 500 510 520 530 540
>>NP_001035939 (OMIM: 614275) zinc finger protein 565 [H (499 aa)
initn: 1571 init1: 1571 opt: 1971 Z-score: 1066.2 bits: 206.7 E(85289): 1.2e-52
Smith-Waterman score: 1971; 59.4% identity (80.1% similar) in 473 aa overlap (1-472:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEGSVMFSDVSIDFSQEEWDCLDPVQRDLYRDVMLENYGNLVSMGLYTPKPQVISLLEQ
::.: : : ::.:.:: ::: ::.:.::::::.: :::.:.:.:.:: ::.:.:::::
NP_001 MAQGLVTFRDVAIEFSLEEWKCLEPAQRDLYREVTLENFGHLASLGLSISKPDVVSLLEQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 GKEPWMVGRELTRGLCSDLESMCETKLLSLKKEVYEIELCQREIM-GLTKHGLEYSSFGD
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NP_001 GKEPWMIANDVTGPWCPDLESRCE-KFL--QKDIFEIGAFNWEIMESLKCSDLEGSDFRA
70 80 90 100 110
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pF1KE0 VLEYRSHLAKQLGYPNGHFSQEIFTPEYMPTFIQQTFLTLHQIINNEDRPYECKKCGKAF
: .... .:.. . .:.: : .::.: ..: :..: .. .. .::..:::::
NP_001 DWECEGQFERQVN-EECYFKQVNVTYGHMPVFQHHTSHTVRQSRETGEKLMECHECGKAF
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pF1KE0 SQNSQFIQHQRIHIGEKSYECKECGKFFSCGSHVTRHLKIHTGEKPFECKECGKAFSCSS
:..:..::::.:: ::: . :::::: :: .::...: .:::::::..::.:::::. .:
NP_001 SRGSHLIQHQKIHTGEKPFGCKECGKAFSRASHLVQHQRIHTGEKPYDCKDCGKAFGRTS
180 190 200 210 220 230
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pF1KE0 YLSQHQRIHTGKKPYECKECGKAFSYCSNLIDHQRIHTGEKPYECKVCGKAFTKSSQLFQ
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NP_001 ELILHQRLHTGVKPYECKECGKTFRQHSQLILHQRTHTGEKPYVCKDCGKAFIRGSQLTV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 HARIHTGEKPYECKECGKAFTQSSKLVQHQRIHTGEKPYECKECGKAFSSGSALTNHQRI
: ::::: .::::::::::: : :.:. ::::::::::::::::::.: .: .: ::::
NP_001 HRRIHTGARPYECKECGKAFRQHSQLTVHQRIHTGEKPYECKECGKGFIHSSEVTRHQRI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 HTGEKPYDCKECGKAFTQSSQLRQHQRIHAGEKPFECLECGKAFTQNSQLFQHQRIHTDE
:.:::::.:::::::: : .:: .:::.:.:..:.:: .:::::...: :.::::::: .
NP_001 HSGEKPYECKECGKAFRQHAQLTRHQRVHTGDRPYECKDCGKAFSRSSYLIQHQRIHTGD
360 370 380 390 400 410
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pF1KE0 KPYECNECGKAFNKCSNLTRHLRIHTGEKPYNCKECGKAFSSGSDLIRHQGIHTNK
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NP_001 KPYECKECGKAFIRVSQLTHHQRIHTCEKPYECRECGMAFIRSSQLTEHQRIHPGIKPYE
420 430 440 450 460 470
NP_001 CRECGQAFILGSQLIEHYRIHTG
480 490
>>XP_011524816 (OMIM: 614275) PREDICTED: zinc finger pro (499 aa)
initn: 1571 init1: 1571 opt: 1971 Z-score: 1066.2 bits: 206.7 E(85289): 1.2e-52
Smith-Waterman score: 1971; 59.4% identity (80.1% similar) in 473 aa overlap (1-472:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEGSVMFSDVSIDFSQEEWDCLDPVQRDLYRDVMLENYGNLVSMGLYTPKPQVISLLEQ
::.: : : ::.:.:: ::: ::.:.::::::.: :::.:.:.:.:: ::.:.:::::
XP_011 MAQGLVTFRDVAIEFSLEEWKCLEPAQRDLYREVTLENFGHLASLGLSISKPDVVSLLEQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE0 GKEPWMVGRELTRGLCSDLESMCETKLLSLKKEVYEIELCQREIM-GLTKHGLEYSSFGD
::::::.. ..: : :::: :: :.: .:...:: . ::: .: :: :.:
XP_011 GKEPWMIANDVTGPWCPDLESRCE-KFL--QKDIFEIGAFNWEIMESLKCSDLEGSDFRA
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 VLEYRSHLAKQLGYPNGHFSQEIFTPEYMPTFIQQTFLTLHQIINNEDRPYECKKCGKAF
: .... .:.. . .:.: : .::.: ..: :..: .. .. .::..:::::
XP_011 DWECEGQFERQVN-EECYFKQVNVTYGHMPVFQHHTSHTVRQSRETGEKLMECHECGKAF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 SQNSQFIQHQRIHIGEKSYECKECGKFFSCGSHVTRHLKIHTGEKPFECKECGKAFSCSS
:..:..::::.:: ::: . :::::: :: .::...: .:::::::..::.:::::. .:
XP_011 SRGSHLIQHQKIHTGEKPFGCKECGKAFSRASHLVQHQRIHTGEKPYDCKDCGKAFGRTS
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::::.: . . : :. ..: . : :.:: . . .... ..: ..
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: .:. . .: . . ..: : : : .. :. .. . :. .:
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NP_001 NFARHQRIHTREKPYECNECGKVFSNNSYLARHQRIHAEEKPYKCNECGKGFSHKSSLAN
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