Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0070
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0070, 560 aa
1>>>pF1KE0070 560 - 560 aa - 560 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0192+/-0.000963; mu= 8.7389+/- 0.059
mean_var=201.7604+/-41.489, 0's: 0 Z-trim(113.1): 194 B-trim: 133 in 1/52
Lambda= 0.090293
statistics sampled from 13567 (13773) to 13567 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.423), width: 16
Scan time: 3.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3 ( 560) 3745 500.4 2.3e-141
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 925 133.1 9.1e-31
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 925 133.1 9.2e-31
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3 ( 545) 564 86.0 1.2e-16
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 512 79.7 2.9e-14
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 508 79.2 4.1e-14
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 492 77.1 1.8e-13
CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 614) 465 73.2 1e-12
CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 620) 465 73.2 1e-12
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 915) 468 73.7 1.1e-12
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 967) 468 73.8 1.1e-12
CCDS30855.1 LINGO4 gene_id:339398|Hs108|chr1 ( 593) 438 69.7 1.2e-11
CCDS75573.1 TRIL gene_id:9865|Hs108|chr7 ( 811) 432 69.0 2.5e-11
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 ( 713) 425 68.0 4.3e-11
>>CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3 (560 aa)
initn: 3745 init1: 3745 opt: 3745 Z-score: 2651.4 bits: 500.4 E(32554): 2.3e-141
Smith-Waterman score: 3745; 100.0% identity (100.0% similar) in 560 aa overlap (1-560:1-560)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFGM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 GRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLDK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 MVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 QLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 GLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 NSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 RPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDHSPFWGFYFLLLAVQAMITVIIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDHSPFWGFYFLLLAVQAMITVIIV
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE0 FAMIKIGQLFRKLIRERALG
::::::::::::::::::::
CCDS33 FAMIKIGQLFRKLIRERALG
550 560
>>CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 (581 aa)
initn: 1186 init1: 493 opt: 925 Z-score: 665.8 bits: 133.1 E(32554): 9.1e-31
Smith-Waterman score: 925; 34.2% identity (61.5% similar) in 535 aa overlap (21-542:25-552)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALG--LPTNLTH
:: : : . ..:.: ::: :. :: :
CCDS33 MPLKHYLLLLVGCQAWGAGLAYHGCPSECTCSRASQVECTG---ARIVAVPTPLPWNAMS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 ILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLP
. ... :. . : ....: : : ...: ..::.: .: .:. : :. ::. ::
CCDS33 LQILNTHITELNESPFLNISALIALRIEKNELSRITPGAFRNLGSLRYLSLANNKLQVLP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 GALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKL
.:.. . ::.:.:. : : :. :.. ::.:: :. :.:...: . : .: .:
CCDS33 IGLFQGLDSLESLLLSSNQLLQIQPAHFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDHLVGLTK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIA
:.:. :.:::. .. ..:. : :. :::... : ...: : :: ...:.: ..
CCDS33 LNLGKNSLTHISPRVFQHLGNLQVLRLYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQNQIGLLS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAEL-PGVLFGEMGGLQ
:: : ::. : :: ::.. :: ..:.. .:. :::: : : :: ::. :: : .:.
CCDS33 PGLFHNNHNLQRLYLSNNHISQLPPSVFMQLPQLNRLTLFGNSLKELSPGI-FGPMPNLR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 ELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTA
:::: ... .:: .: :: .:. : . ..: . :::.:: ::. :.::.:.:
CCDS33 ELWLYDNHISSLPDNVFSNLRQLQVL-ILSRNQISFISPGAFNGLTELRELSLHTNALQD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 LPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRL
: ...: :..:...::. :::: :: .: :...: ..::..::::.:: .: : .:
CCDS33 LDGNVFRMLANLQNISLQNNRLRQLPGNIFANVNGLMAIQLQNNQLENLPLGIFDHLGKL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 TEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECP
:. : : :::: . :. .:: . .: . : : .:. : : . . .. :
CCDS33 CELRLYDNPWRCDSDILPLRNWLLLNQPRLGTDTVPVCFSPANVRGQSL-IIINVNVAVP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KE0 GPRGP--PPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPV------TTGKGQDHSPFWGFY
. . : : : . ..: .: . :: . ..:: :: . : ::.
CCDS33 SVHVPEVPSYPETPWYPDTPSYPDTTSVSSTTEL-TSPVEDYTDLTTIQVTDDRSVWGMT
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560
pF1KE0 FLL--LAVQAMITVIIVFAMIKIGQLFRKLIRERALG
::. :.. :...:
CCDS33 QAQSGLAIAAIVIGIVALACSLAACVGCCCCKKRSQAVLMQMKAPNEC
540 550 560 570 580
>>CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 (587 aa)
initn: 1186 init1: 493 opt: 925 Z-score: 665.8 bits: 133.1 E(32554): 9.2e-31
Smith-Waterman score: 925; 34.2% identity (61.5% similar) in 535 aa overlap (21-542:31-558)
10 20 30 40
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALG--L
:: : : . ..:.: ::: :. :
CCDS46 MPLDKAMPLKHYLLLLVGCQAWGAGLAYHGCPSECTCSRASQVECTG---ARIVAVPTPL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 PTNLTHILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRN
: : . ... :. . : ....: : : ...: ..::.: .: .:. : :. :
CCDS46 PWNAMSLQILNTHITELNESPFLNISALIALRIEKNELSRITPGAFRNLGSLRYLSLANN
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 KITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTN
:. :: .:.. . ::.:.:. : : :. :.. ::.:: :. :.:...: . : .
CCDS46 KLQVLPIGLFQGLDSLESLLLSSNQLLQIQPAHFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDH
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 LENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRN
: .: :.:. :.:::. .. ..:. : :. :::... : ...: : :: ...:
CCDS46 LVGLTKLNLGKNSLTHISPRVFQHLGNLQVLRLYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 HIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAEL-PGVLFG
.: ..:: : ::. : :: ::.. :: ..:.. .:. :::: : : :: ::. ::
CCDS46 QIGLLSPGLFHNNHNLQRLYLSNNHISQLPPSVFMQLPQLNRLTLFGNSLKELSPGI-FG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 EMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALH
: .:.:::: ... .:: .: :: .:. : . ..: . :::.:: ::. :.::
CCDS46 PMPNLRELWLYDNHISSLPDNVFSNLRQLQVL-ILSRNQISFISPGAFNGLTELRELSLH
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 SNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVF
.:.: : ...: :..:...::. :::: :: .: :...: ..::..::::.:: .:
CCDS46 TNALQDLDGNVFRMLANLQNISLQNNRLRQLPGNIFANVNGLMAIQLQNNQLENLPLGIF
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 GALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPG
: .: :. : : :::: . :. .:: . .: . : : .:. : : . .
CCDS46 DHLGKLCELRLYDNPWRCDSDILPLRNWLLLNQPRLGTDTVPVCFSPANVRGQSL-IIIN
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KE0 GDAECPGPRGP--PPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPV------TTGKGQDHS
.. :. . : : : . ..: .: . :: . ..:: :: . :
CCDS46 VNVAVPSVHVPEVPSYPETPWYPDTPSYPDTTSVSSTTEL-TSPVEDYTDLTTIQVTDDR
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KE0 PFWGFYFLL--LAVQAMITVIIVFAMIKIGQLFRKLIRERALG
::. ::. :.. :...:
CCDS46 SVWGMTQAQSGLAIAAIVIGIVALACSLAACVGCCCCKKRSQAVLMQMKAPNEC
540 550 560 570 580
>>CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3 (545 aa)
initn: 423 init1: 423 opt: 564 Z-score: 412.0 bits: 86.0 E(32554): 1.2e-16
Smith-Waterman score: 720; 32.7% identity (60.2% similar) in 477 aa overlap (1-476:1-449)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLLRAQPF-PCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFG
:: :. : . :: :.: ::: .: : : . . :: ..: . : .: .:..
CCDS33 MLPGAWLLWTSLLLLARPAQPCPMGCDC-FVQEVFCSDEELATVP-LDIPPYTKNIIFVE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 MGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLD
. .:....:.. : .... .... : .:. : .:. :... ... .: ...
CCDS33 TSFTTLETRAFGSNPNLTKVVFLNTQLCQFRPDAFGGLPRLEDLEVTGSSFLNLSTNIFS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 KMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSG
... : .: :. : :... ...::.:. :. : :. :::. :: :: : .:: :.:.
CCDS33 NLTSLGKLTLNFNMLEALPEGLFQHLAALESLHLQGNQLQALPRRLFQPLTHLKTLNLAQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 NNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFD
: :..::. :. ..:. : : .: : .: .:....::.: :: . :.: . : .:.
CCDS33 NLLAQLPEELFHPLTSLQTLKLSNNALSGLPQGVFGKLGSLQELFLDSNNISELPPQVFS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 RLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNR
.: : : :.:: .. :: ..: :::.:.: : : ::. ::.. : : :..
CCDS33 QLFCLERLWLQRNAITHLPLSIFASLGNLTFLSLQWNMLRVLPAGLFAHTPCLVGLSLTH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 TQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLL
.::.:. ..: .:: :: : : :..: :: :..
CCDS33 NQLETVAEGTFAHLSNLRSL-------------------------MLSYNAITHLPAGIF
300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 RGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLG
: : .: .. : : : :: :::.:::.:: ..:..::: ::: .: . : .. :
CCDS33 RDLEELVKLYLGSNNLTALHPALFQNLSKLELLSLSKNQLTTLPEGIFDTNYNLFNLALH
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPP
: :.::: :. ...::.:. . . . ::::. : . :: . :: :
CCDS33 GNPWQCDCHLAYLFNWLQQYTDRLLNIQT-YCAGPAYLKGQVVPALNEKQLVCPVTRDHL
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 PRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDHSPFWGFYFLLLAVQAMITVII
CCDS33 GFQVTWPDESKAGGSWDLAVQERAARSQCTYSNPEGTVVLACDQAQCRWLNVQLSPQQGS
460 470 480 490 500 510
>>CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521 aa)
initn: 694 init1: 219 opt: 512 Z-score: 369.6 bits: 79.7 E(32554): 2.9e-14
Smith-Waterman score: 512; 27.0% identity (58.8% similar) in 481 aa overlap (10-474:16-480)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLL-RAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLT
::..: .. : :: :.: ....: : . . ..: :
CCDS75 MRGVGWQMLSLSLGLVLAILNKVAPQACPAQCSCS-GSTVDCHGLALRSVPR-NIPRNTE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 HILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHL
.. : : . . . .:.:. :. :.. ...::.. :.:.:: .:. :::.::.. .
CCDS75 RLDLNGNNITRITKTDFAGLRHLRVLQLMENKISTIERGAFQDLKELERLRLNRNHLQLF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 PGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLK
: :. . : .: :..: ...: .. :. :....: :. ::.. . . : :..:.
CCDS75 PELLFLGTAKLYRLDLSENQIQAIPRKAFRGAVDIKNLQLDYNQISCIEDGAFRALRDLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHI---
.: :..::.:.: . .. . ::. . :::: : : :. :.. .: ..
CCDS75 VLTLNNNNITRLSVASFNHMPKLRTFRLHSNNLYC-DC----HLAWLSDWLRQRPRVGLY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KE0 -RSIAPGAFDRLPNLSSLT----LSRNHLAFL-PSALFLH-----SHNLTLLTLFENPLA
. ..:. . : :.. . . .: .:. :: :: . . ... . :.
CCDS75 TQCMGPSHL-RGHNVAEVQKREFVCSGHQSFMAPSCSVLHCPAACTCSNNIVDCRGKGLT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 ELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLG
:.: : : . :. :... ....: .:: ..:: . .. . ..: : :::::
CCDS75 EIPTNL-PET--ITEIRLEQNTIKVIPPGAFSPYKKLRRIDLS-NNQISELAPDAFQGLR
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 ELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQL
:. :.:..: .: :: .:..:: .:. . : :.. : :..: .:. ..: :.:
CCDS75 SLNSLVLYGNKITELPKSLFEGLFSLQLLLLNANKINCLRVDAFQDLHNLNLLSLYDNKL
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 ETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEP-PRCAGPGAHA
.:. .:. : . . :..: . ::: : :: ..: : ::..: :
CCDS75 QTIAKGTFSPLRAIQTMHLAQNPFICDC----HLKWLADYLHTNPIETSGARCTSPRRLA
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 GLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDH
. . . . .: :
CCDS75 NKRIGQIKSKKFRCSGTEDYRSKLSGDCFADLACPEKCRCEGTTVDCSNQKLNKIPEHIP
470 480 490 500 510 520
>>CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529 aa)
initn: 694 init1: 219 opt: 508 Z-score: 366.8 bits: 79.2 E(32554): 4.1e-14
Smith-Waterman score: 508; 27.8% identity (59.7% similar) in 461 aa overlap (10-454:16-460)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLL-RAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPTNLT
::..: .. : :: :.: ....: : . : ..: :
CCDS34 MRGVGWQMLSLSLGLVLAILNKVAPQACPAQCSCS-GSTVDCHGLAL-RSVPRNIPRNTE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 HILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHL
.. : : . . . .:.:. :. :.. ...::.. :.:.:: .:. :::.::.. .
CCDS34 RLDLNGNNITRITKTDFAGLRHLRVLQLMENKISTIERGAFQDLKELERLRLNRNHLQLF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 PGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLENLK
: :. . : .: :..: ...: .. :. :....: :. ::.. . . : :..:.
CCDS34 PELLFLGTAKLYRLDLSENQIQAIPRKAFRGAVDIKNLQLDYNQISCIEDGAFRALRDLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTELQFHRNHI---
.: :..::.:.: . .. . ::. . :::: : : :. :.. .: ..
CCDS34 VLTLNNNNITRLSVASFNHMPKLRTFRLHSNNLYC-DC----HLAWLSDWLRQRPRVGLY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KE0 -RSIAPGAFDRLPNLSSLT----LSRNHLAFL-PSALFLH-----SHNLTLLTLFENPLA
. ..:. . : :.. . . .: .:. :: :: . . ... . :.
CCDS34 TQCMGPSHL-RGHNVAEVQKREFVCSGHQSFMAPSCSVLHCPAACTCSNNIVDCRGKGLT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 ELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLG
:.: : : . :. :... ....: .:: ..:: . .. . ..: : :::::
CCDS34 EIPTNL-PET--ITEIRLEQNTIKVIPPGAFSPYKKLRRIDLS-NNQISELAPDAFQGLR
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 ELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQL
:. :.:..: .: :: .:..:: .:. . : :.. : :..: .:. ..: :.:
CCDS34 SLNSLVLYGNKITELPKSLFEGLFSLQLLLLNANKINCLRVDAFQDLHNLNLLSLYDNKL
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 ETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEP-PRCAGPGAHA
.:. .:. : . . :..: . ::: : :: ..: : ::..:
CCDS34 QTIAKGTFSPLRAIQTMHLAQNPFICDC----HLKWLADYLHTNPIETSGARCTSPRRLA
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 GLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPVTTGKGQDH
CCDS34 NKRIGQIKSKKFRCSAKEQYFIPGTEDYRSKLSGDCFADLACPEKCRCEGTTVDCSNQKL
470 480 490 500 510 520
>>CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534 aa)
initn: 667 init1: 237 opt: 492 Z-score: 355.5 bits: 77.1 E(32554): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 495; 27.1% identity (59.5% similar) in 454 aa overlap (21-454:34-469)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLRGTLLCAVLGLLRAQPFPCPPACKCVFRDAAQCSGGDVARISALGLPT
:: : :. ...: : . : ..:
CCDS74 TPGWGSSAGPVRPELWLLLWAAAWRLGASACPALCTCT-GTTVDCHGTGLQAIPK-NIPR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 NLTHILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTLRLSRNKI
: .. : : . .....:.:. :. :.. ...:.:: :.:.:. .:. :::.::..
CCDS74 NTERLELNGNNITRIHKNDFAGLKQLRVLQLMENQIGAVERGAFDDMKELERLRLNRNQL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 THLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPASLFTNLE
:: :... : .: :..::...: .. :. ..:..: :..::.. . . : :.
CCDS74 HMLPELLFQNNQALSRLDLSENAIQAIPRKAFRGATDLKNLQLDKNQISCIEEGAFRALR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE0 NLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVS------LDS--------GLLN-
.:..: :..::.: .: . .. . ::. . ::::.: :.. ::..
CCDS74 GLEVLTLNNNNITTIPVSSFNHMPKLRTFRLHSNHLFCDCHLAWLSQWLRQRPTIGLFTQ
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 -----SLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTL
:: .:. . ..... . : :.: . ::: . : :. :.. .
CCDS74 CSGPASLRGLNVAEVQKSEFSCSGQGEAGRVP---TCTLSSGS---CP-AMCTCSNG--I
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 LTLFENPLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSAL
. . :. .:. : : :. :. . ....: .:: .:: . .. . ... .
CCDS74 VDCRGKGLTAIPANLPETM---TEIRLELNGIKSIPPGAFSPYRKLRRIDLS-NNQIAEI
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 PQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLE
::::: :. :.:..: .: :: :.. :: :. . : :.. . :..:..:
CCDS74 APDAFQGLRSLNSLVLYGNKITDLPRGVFGGLYTLQLLLLNANKINCIRPDAFQDLQNLS
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 SVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEEPPR
..: :....: .: .: . . :..: . :::.: . .:: . ..: :
CCDS74 LLSLYDNKIQSLAKGTFTSLRAIQTLHLAQNPFICDCNLKWLADFLRTNPIETSGA---R
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 CAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWAQPV
::.:
CCDS74 CASPRRLANKRIGQIKSKKFRCSAKEQYFIPGTEDYQLNSECNSDVVCPHKCRCEANVVE
470 480 490 500 510 520
>>CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 (614 aa)
initn: 535 init1: 362 opt: 465 Z-score: 341.7 bits: 73.2 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 465; 30.3% identity (63.1% similar) in 350 aa overlap (6-351:20-365)
10 20 30 40
pF1KE0 MLRGTLLCAVLG-LLRAQPFPCPPACKCVFRD-AAQCSGGDVARIS
.: ::: .: .. ::: :.: .: :. : . .
CCDS73 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDRAVLCHRKRFVAVP
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 ALGLPTNLTHILLFGMGR-GVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDLIKLKTL
:.::. :..: .: .: .:... :... :..: .... .::: ::.:..:..:.::
CCDS73 E-GIPTE-TRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPGAFNNLFNLRTL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 RLSRNKITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQLDFLPA
: :.. .: ... . : .: ...: . . . ::: : ::. : ...:.: ..
CCDS73 GLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLEVGDNDLVYISH
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SLFTNLENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSLGALTEL
:..:..:. : : ::: .: :. : : :. . .. . .. : : :
CCDS73 RAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRDYSFKRLYRLKVL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QF-HRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFENPLAELP
.. : .. ...:. . : ::.::.... .:. .: : : .:.: ::.. .
CCDS73 EISHWPYLDTMTPNCLYGL-NLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFLNLSYNPISTIE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 GVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQGLGELQ
: .. :. :::. : :: .. :::.:. :: :.:. . .:..: ...:...:.:.
CCDS73 GSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVS-GNQLTTLEESVFHSVGNLE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 VLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDHNQLETL
.: : :: :
CCDS73 TLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPTCATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCR
360 370 380 390 400 410
>>CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 (620 aa)
initn: 535 init1: 362 opt: 465 Z-score: 341.6 bits: 73.2 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 465; 30.3% identity (63.1% similar) in 350 aa overlap (6-351:26-371)
10 20 30
pF1KE0 MLRGTLLCAVLG-LLRAQPFPCPPACKCVFRD-AAQCSGG
.: ::: .: .. ::: :.: .: :. :
CCDS45 MQVSKRMLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDRAVLCHRK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 DVARISALGLPTNLTHILLFGMGR-GVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAVAPGTFSDL
. . :.::. :..: .: .: .:... :... :..: .... .::: ::.:..:
CCDS45 RFVAVPE-GIPTE-TRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPGAFNNL
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 IKLKTLRLSRNKITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQELALNQNQ
..:.:: : :.. .: ... . : .: ...: . . . ::: : ::. : ...:.
CCDS45 FNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLEVGDND
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 LDFLPASLFTNLENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSLDSGLLNSL
: .. :..:..:. : : ::: .: :. : : :. . .. . .. :
CCDS45 LVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRDYSFKRL
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 GALTELQF-HRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLTLLTLFEN
: :.. : .. ...:. . : ::.::.... .:. .: : : .:.: :
CCDS45 YRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGL-NLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFLNLSYN
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 PLAELPGVLFGEMGGLQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRLSALPQGAFQ
:.. . : .. :. :::. : :: .. :::.:. :: :.:. . .:..: ...:.
CCDS45 PISTIEGSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVS-GNQLTTLEESVFH
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 GLGELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLSSLESVQLDH
..:.:..: : :: :
CCDS45 SVGNLETLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPTCATPEFVQGKEFKDFPDVLLP
360 370 380 390 400 410
>>CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 (915 aa)
initn: 627 init1: 299 opt: 468 Z-score: 341.5 bits: 73.7 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 468; 29.2% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (60-424:1-359)
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 RDAAQCSGGDVARISALGLPTNLTHILLFGMGRGVLQSQSFSGMTVLQRLMISDSHISAV
::: : .. . : . : .... .
CCDS14 MGRPRLTLVCQVSIIISARDL-SMNNLTEL
10 20
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 APGTFSDLIKLKTLRLSRNKITHLPGALLDKMVLLEQLFLDHNALRGIDQNMFQKLVNLQ
:: : : :. :::: :...:.:: .. . :. :.:..: : :: . . .: .::
CCDS14 QPGLFHHLRFLEELRLSGNHLSHIPGQAFSGLYSLKILMLQNNQLGGIPAEALWELPSLQ
30 40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 ELALNQNQLDFLPASLFTNLENLKLLDLSGNNLTHLPKGLLGAQAKLERLLLHSNRLVSL
: :. : ....: : .: .:. : :. : ::..: :. :. . : ::. .
CCDS14 SLRLDANLISLVPERSFEGLSSLRHLWLDDNALTEIPVRALNNLPALQAMTLALNRISHI
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 DSGLLNSLGALTELQFHRNHIRSIAPGAFDRLPNLSSLTLSRNHLAFLPSALFLHSHNLT
. ...: .:. :..: :.:. .. .:. : :: .: :. :.: .: :. .. :
CCDS14 PDYAFQNLTSLVVLHLHNNRIQHLGTHSFEGLHNLETLDLNYNKLQEFPVAIRTLGR-LQ
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 LLTLFENPLAELPGVLFGEMGG--LQELWLNRTQLRTLPAAAFRNLSRLRYLGVTLSPRL
: . .: . .: : ::. :: . . . .. . .::. : .:. :... . .
CCDS14 ELGFHNNNIKAIPEKAF--MGNPLLQTIHFYDNPIQFVGRSAFQYLPKLHTLSLNGAMDI
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 SALPQGAFQGLGELQVLALHSNGLTALPDGLLRGLGKLRQVSLRRNRLRALPRALFRNLS
. .:. ..: :..:.: :. ::.:. . : .:: . : .:... :: .: : .
CCDS14 QEFPD--LKGTTSLEILTLTRAGIRLLPSGMCQQLPRLRVLELSHNQIEELP-SLHRC-Q
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 SLESVQLDHNQLETLPGDVFGALPRLTEVLLGHNSWRCDCGLGPFLGWLRQHLGLVGGEE
.:: . :.::.. . .:.:. : : . :. :. :
CCDS14 KLEEIGLQHNRIWEIGADTFSQLSSLQALDLSWNAIRSIHPEAFSTLHSLVKLDLTDNQL
330 340 350 360 370 380
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 PPRCAGPGAHAGLPLWALPGGDAECPGPRGPPPRPAADSSSEAPVHPALAPNSSEPWVWA
CCDS14 TTLPLAGLGGLMHLKLKGNLALSQAFSKDSFPKLRILEVPYAYQCCPYGMCASFFKASGQ
390 400 410 420 430 440
560 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 04:30:18 2016 done: Fri Nov 4 04:30:19 2016
Total Scan time: 3.720 Total Display time: 0.110
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]