Result of FASTA (omim) for
pF1KE0090
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0090, 483 aa
1>>>pF1KE0090 483 - 483 aa - 483 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3019+/-0.00041; mu= 18.2751+/- 0.025
mean_var=73.4722+/-14.987, 0's: 0 Z-trim(112.4): 69 B-trim: 918 in 1/49
Lambda= 0.149628
statistics sampled from 21172 (21247) to 21172 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 8.890
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004762 (OMIM: 604629,612529) matrix metalloprot ( 483) 3287 719.2 6.2e-207
NP_002413 (OMIM: 185250,614466) stromelysin-1 prep ( 477) 1469 326.8 8.5e-89
NP_002416 (OMIM: 185260) stromelysin-2 preproprote ( 476) 1442 320.9 4.8e-87
NP_002417 (OMIM: 601046) macrophage metalloelastas ( 470) 1380 307.5 5.1e-83
NP_002418 (OMIM: 250400,600108,602111) collagenase ( 471) 1323 295.2 2.6e-79
NP_002415 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase is ( 467) 1138 255.3 2.7e-67
XP_011541137 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1118 251.0 5.2e-66
NP_001291371 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1118 251.0 5.2e-66
XP_016873260 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 444) 1118 251.0 5.2e-66
NP_001291370 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase ( 444) 1118 251.0 5.2e-66
XP_011541136 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 476) 1118 251.0 5.5e-66
XP_011541138 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil ( 377) 1053 236.9 7.6e-62
NP_002412 (OMIM: 120353,226600,606963) interstitia ( 469) 902 204.4 5.9e-52
NP_002414 (OMIM: 178990) matrilysin preproprotein ( 267) 863 195.8 1.3e-49
NP_001139410 (OMIM: 120353,226600,606963) intersti ( 403) 821 186.8 9.6e-47
NP_005931 (OMIM: 185261) stromelysin-3 preproprote ( 488) 786 179.3 2.1e-44
NP_004986 (OMIM: 277950,600754) matrix metalloprot ( 582) 734 168.2 5.8e-41
NP_002420 (OMIM: 601807,611543) matrix metalloprot ( 508) 723 165.7 2.7e-40
NP_002419 (OMIM: 602261) matrix metalloproteinase- ( 669) 648 149.6 2.5e-35
NP_004521 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV col ( 660) 637 147.3 1.3e-34
NP_068573 (OMIM: 605470) matrix metalloproteinase- ( 261) 617 142.7 1.2e-33
NP_001121363 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 610) 621 143.8 1.3e-33
XP_011518521 (OMIM: 605470) PREDICTED: matrix meta ( 191) 607 140.4 4.3e-33
NP_001289437 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 612 141.8 4.9e-33
NP_001289438 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 612 141.8 4.9e-33
NP_001289439 (OMIM: 120360,259600) 72 kDa type IV ( 584) 612 141.8 4.9e-33
XP_011526802 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 556) 611 141.6 5.5e-33
XP_016883087 (OMIM: 604871) PREDICTED: matrix meta ( 614) 611 141.6 5.9e-33
NP_006681 (OMIM: 604871) matrix metalloproteinase- ( 645) 611 141.6 6.1e-33
XP_016874796 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 434) 596 138.3 4.2e-32
NP_057239 (OMIM: 602285) matrix metalloproteinase- ( 603) 596 138.4 5.5e-32
NP_005932 (OMIM: 602262) matrix metalloproteinase- ( 607) 578 134.5 8.2e-31
XP_011536659 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 571 132.9 2.1e-30
XP_011536657 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 571 132.9 2.1e-30
XP_011536658 (OMIM: 602285) PREDICTED: matrix meta ( 519) 571 132.9 2.1e-30
XP_016874798 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 366) 560 130.5 8.1e-30
XP_016874797 (OMIM: 601807,611543) PREDICTED: matr ( 387) 530 124.0 7.5e-28
NP_004985 (OMIM: 120361,613073) matrix metalloprot ( 707) 521 122.2 4.7e-27
XP_011520906 (OMIM: 608482) PREDICTED: matrix meta ( 478) 500 117.6 7.9e-26
XP_011520904 (OMIM: 608482) PREDICTED: matrix meta ( 528) 500 117.6 8.6e-26
NP_071913 (OMIM: 608482) matrix metalloproteinase- ( 562) 500 117.6 9e-26
XP_016880553 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 411 98.3 4e-20
XP_016880552 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 411 98.3 4e-20
XP_016880551 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 378) 411 98.3 4e-20
XP_011523533 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 390) 411 98.3 4.1e-20
NP_116568 (OMIM: 608417) matrix metalloproteinase- ( 393) 411 98.3 4.1e-20
XP_011523532 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 418) 411 98.3 4.3e-20
XP_011523529 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 411 98.3 4.5e-20
XP_011523530 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 411 98.3 4.5e-20
XP_011523528 (OMIM: 608417) PREDICTED: matrix meta ( 435) 411 98.3 4.5e-20
>>NP_004762 (OMIM: 604629,612529) matrix metalloproteina (483 aa)
initn: 3287 init1: 3287 opt: 3287 Z-score: 3836.0 bits: 719.2 E(85289): 6.2e-207
Smith-Waterman score: 3287; 100.0% identity (100.0% similar) in 483 aa overlap (1-483:1-483)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 SALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGTAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGTAY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 FFKGPHYWITRGFQMQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FFKGPHYWITRGFQMQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDER
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 KRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKSSSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKSSSW
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 IGC
:::
NP_004 IGC
>>NP_002413 (OMIM: 185250,614466) stromelysin-1 prepropr (477 aa)
initn: 1316 init1: 797 opt: 1469 Z-score: 1715.2 bits: 326.8 E(85289): 8.5e-89
Smith-Waterman score: 1469; 46.2% identity (72.8% similar) in 489 aa overlap (1-483:1-477)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
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NP_002 MKSLP-----ILLLLCVAVCSAYP--LDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLKK--DVKQF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 VAR-GSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKK
: : :. ...::.:.: :.::.::::::. :..:..:::::::::...: ::: :::.:
NP_002 VRRKDSGPVVKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 NTLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDS
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NP_002 THLTYRIVNYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 YPFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTD
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NP_002 YPFDGPGNVLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSAN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PSALMYPTYKYKNPYG-FHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAP-HHKPSIPDLCD
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NP_002 TEALMYPLYHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 SSSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPST--ITSSFPQLMSNVDAAYEVAE
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NP_002 PALSFDAVSTLRGEILIFKDRHFWRKS--LRK-LEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTS
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 RGTAYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEY
. ...::: ..: :: ... : :: :. .::: :..::::. .: .:: ::: :.:
NP_002 KDLVFIFKGNQFWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 YSYDERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSV
. .::.. .:: .::. :.: :....:::. : :..:::.: . ..: . . :. .
NP_002 WRFDEKRNSMEPGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHT
410 420 430 440 450 460
480
pF1KE0 VKSSSWIGC
.::.::..:
NP_002 LKSNSWLNC
470
>>NP_002416 (OMIM: 185260) stromelysin-2 preproprotein [ (476 aa)
initn: 1326 init1: 764 opt: 1442 Z-score: 1683.7 bits: 320.9 E(85289): 4.8e-87
Smith-Waterman score: 1442; 45.6% identity (71.5% similar) in 478 aa overlap (9-483:4-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
:: .... : .: : .... . .: ::: ::.::: : : ... ..
NP_002 MMHLAFLVLLCLPVCSAYP--LSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYY-NLE-KDVKQF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
. :: ...::. .: :.::.:::::: :..:..:::::::::... ::: :::.:.
NP_002 RRKDSNLIVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
::::: .:::.. ::.:.: ::..: ..::.: :. ::::::::: .::: :
NP_002 HLTYRIVNYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFY
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
:::: .::::. :: :: :: :::. :::: ..: ::: :::::.::.::: ::..
NP_002 SFDGPGHSLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANT
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 SALMYPTYK-YKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPS-IPDLCDS
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NP_002 EALMYPLYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 SSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGT
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NP_002 ALSFDAISTLRGEYLFFKDRYFWRRS-HWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 AYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSY
...::: ..: :: ..: : :: :. .::: ...::::: .: .:: ::..:.:. .
NP_002 VFIFKGNEFWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 DERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKS
:: ...::. .:. ..: ::. ..::... :..::::: . ...: . . :. ..::
NP_002 DENSQSMEQGFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFGFFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKS
420 430 440 450 460 470
480
pF1KE0 SSWIGC
.::. :
NP_002 NSWLHC
>>NP_002417 (OMIM: 601046) macrophage metalloelastase pr (470 aa)
initn: 1224 init1: 856 opt: 1380 Z-score: 1611.4 bits: 307.5 E(85289): 5.1e-83
Smith-Waterman score: 1380; 43.2% identity (73.3% similar) in 484 aa overlap (12-483:3-470)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSL-VAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGE
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NP_002 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFY----GLEINK
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 M----VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEP
. . ..: : .::.:.: :.::.:::.:: .:..... :::::::: ..: .:: :
NP_002 LPVTKMKYSGNLMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGP
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 KWKKNTLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGD
:.:. .::::..:::.:. .:: :.. :.:.::...::.: .::.: :::.. : :
NP_002 VWRKHYITYRINNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 HGDSYPFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLA
::: . ::: : :::::.:: :.:::.:::. : :: ..: ::: .:.::.::.:::.
NP_002 HGDFHAFDGKGGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 HSTDPSALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYG-PRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPD
::.::.:.:.::::: . :.: ::..:::.::: :.. . ::. . .:.
NP_002 HSSDPKAVMFPTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKE----NQRLPNPDNSEPA---
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LCDSSSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPST----ITSSFPQLMSNVDAA
::: . :::::: .:.....::::.:: :... ::.: :.: .: : :...::
NP_002 LCDPNLSFDAVTTVGNKIFFFKDRFFW-----LKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAA
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KE0 YEVAERGTAYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFF
::. :. ...:: .::. ... . . :..:..:::: :..:::::. . .: ::
NP_002 YEIEARNQVFLFKDDKYWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFF
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 VGDEYYSYDERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAV-ELNGYIYFFSGPKTYKYDTEK
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NP_002 VDNQYWRYDERRQMMDPGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLL
400 410 420 430 440 450
470 480
pF1KE0 EDVVSVVKSSSWIGC
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NP_002 QRITKTLKSNSWFGC
460 470
>>NP_002418 (OMIM: 250400,600108,602111) collagenase 3 p (471 aa)
initn: 1322 init1: 902 opt: 1323 Z-score: 1544.9 bits: 295.2 E(85289): 2.6e-79
Smith-Waterman score: 1435; 45.4% identity (72.8% similar) in 478 aa overlap (9-483:6-471)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTW-RNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGE
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10 20 30 40 50
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. ...:: ....:.:.::::.::::::..:..:.::::::::::..: .:: ::.:
NP_002 LKENAASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSK
60 70 80 90 100 110
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pF1KE0 NTLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDS
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NP_002 MNLTYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDF
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pF1KE0 YPFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTD
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NP_002 YPFDGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKD
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pF1KE0 PSALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSS
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NP_002 PGALMFPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGP-----GDED-PN-PKH-PKTPDKCDPS
240 250 260 270 280
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pF1KE0 SSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSF-PQLMSNVDAAYEVAERGT
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NP_002 LSLDAITSLRGETMIFKDRFFWR--LHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDL
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pF1KE0 AYFFKGPHYWITRGFQ-MQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSY
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NP_002 IFIFRGRKFWALNGYDILEGYPKKISELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRY
350 360 370 380 390 400
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pF1KE0 DERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKS
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NP_002 DDTNHIMDKDYPRLIEEDFPGIGDKVDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPA
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480
pF1KE0 SSWIGC
.: . :
NP_002 NSILWC
470
>>NP_002415 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase isofor (467 aa)
initn: 1365 init1: 905 opt: 1138 Z-score: 1329.1 bits: 255.3 E(85289): 2.7e-67
Smith-Waterman score: 1465; 44.7% identity (73.3% similar) in 476 aa overlap (9-483:7-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
: .:.. ...: : : :... . : . .: ::.:.: . ..:
NP_002 MFSLKTLPFLLLLHVQISKAFP--VSSKEK----NTKTVQDYLEKFY-QLPSNQYQST
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pF1KE0 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
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NP_002 RKNGTNVIVEKLKEMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERT
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pF1KE0 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
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pF1KE0 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
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NP_002 PFDGPNGILAHAFQPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDP
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pF1KE0 SALMYPTYKYKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSS
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NP_002 GALMYPNYAFRETSNYSLPQDDIDGIQAIYG----LSSNPIQPTG----PSTPKPCDPSL
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pF1KE0 SFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGTAY
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NP_002 TFDAITTLRGEILFFKDRYFWRRHPQLQR-VEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIF
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pF1KE0 FFKGPHYWITRGFQ-MQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDE
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NP_002 LFKGNQYWALSGYDILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVFYR--SKTYFFVNDQFWRYDN
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pF1KE0 RKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKSSS
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NP_002 QRQFMEPGYPKSISGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNK
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480
pF1KE0 WIGC
:..:
NP_002 WLNCRYG
>>XP_011541137 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil coll (444 aa)
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Smith-Waterman score: 1445; 46.5% identity (74.6% similar) in 441 aa overlap (44-483:13-441)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 IMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEMVARGSNSMIRKIK
::.:.: . ..: :.: ...:.:
XP_011 MQQIPQEKSINDYLEKFY-QLPSNQYQSTRKNGTNVIVEKLK
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 ELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKNTLTYRISKYTPSM
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XP_011 EMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQL
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pF1KE0 SSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSYPFDGPRGTLAHAF
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XP_011 SNYSLPQDDIDGIQAIYG----LSSNPIQPTGP----STPKPCDPSLTFDAITTLRGEIL
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pF1KE0 Q-MQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDERKRKMEKDYPKNT
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XP_011 DILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVFYR--SKTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPKSI
340 350 360 370 380 390
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pF1KE0 EEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKSSSWIGC
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XP_011 SGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
400 410 420 430 440
>>NP_001291371 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase iso (444 aa)
initn: 1365 init1: 905 opt: 1118 Z-score: 1306.1 bits: 251.0 E(85289): 5.2e-66
Smith-Waterman score: 1445; 46.5% identity (74.6% similar) in 441 aa overlap (44-483:13-441)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 IMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEMVARGSNSMIRKIK
::.:.: . ..: :.: ...:.:
NP_001 MQQIPQEKSINDYLEKFY-QLPSNQYQSTRKNGTNVIVEKLK
10 20 30 40
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pF1KE0 ELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKNTLTYRISKYTPSM
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NP_001 EMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQL
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pF1KE0 SSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSYPFDGPRGTLAHAF
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NP_001 SEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHAF
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NP_001 QPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMYPNYAFRET
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pF1KE0 YGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSSSFDAVTMLGKELL
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NP_001 SNYSLPQDDIDGIQAIYG----LSSNPIQPTGP----STPKPCDPSLTFDAITTLRGEIL
230 240 250 260 270
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pF1KE0 Q-MQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDERKRKMEKDYPKNT
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NP_001 DILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVFYR--SKTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPKSI
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NP_001 SGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
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>>XP_016873260 (OMIM: 120355) PREDICTED: neutrophil coll (444 aa)
initn: 1365 init1: 905 opt: 1118 Z-score: 1306.1 bits: 251.0 E(85289): 5.2e-66
Smith-Waterman score: 1445; 46.5% identity (74.6% similar) in 441 aa overlap (44-483:13-441)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 IMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEMVARGSNSMIRKIK
::.:.: . ..: :.: ...:.:
XP_016 MQQIPQEKSINDYLEKFY-QLPSNQYQSTRKNGTNVIVEKLK
10 20 30 40
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pF1KE0 ELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKNTLTYRISKYTPSM
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XP_016 EMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQL
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pF1KE0 SSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSYPFDGPRGTLAHAF
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XP_016 SEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHAF
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pF1KE0 LFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGTAYFFKGPHYWITRGF
.:::: ::::. .:. .. . :. .:.: ....:::: .: ..::: .:: :.
XP_016 FFKDRYFWRRHPQLQR-VEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALSGY
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pF1KE0 Q-MQGPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSYDERKRKMEKDYPKNT
. .:: :. : ..::: :: :::::. : .:: :::.:... ::.... :: :::.
XP_016 DILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVFYR--SKTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPKSI
340 350 360 370 380 390
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pF1KE0 EEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKSSSWIGC
: :.....::. . . ... ::::. : .: . :. :.....:..:
XP_016 SGAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
400 410 420 430 440
>>NP_001291370 (OMIM: 120355) neutrophil collagenase iso (444 aa)
initn: 1365 init1: 905 opt: 1118 Z-score: 1306.1 bits: 251.0 E(85289): 5.2e-66
Smith-Waterman score: 1445; 46.5% identity (74.6% similar) in 441 aa overlap (44-483:13-441)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 IMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEMVARGSNSMIRKIK
::.:.: . ..: :.: ...:.:
NP_001 MQQIPQEKSINDYLEKFY-QLPSNQYQSTRKNGTNVIVEKLK
10 20 30 40
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pF1KE0 ELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKNTLTYRISKYTPSM
:.: ::::.:::: .. :....::::::::: ... : ::.:::....::::: .:::..
NP_001 EMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRIRNYTPQL
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KE0 SSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSYPFDGPRGTLAHAF
: .::..:.. :.. :: : :: :.::..::::: :.: . ::::. ::::: : :::::
NP_001 SEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHAF
110 120 130 140 150 160
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pF1KE0 APGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDPSALMYPTYKYKNP
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NP_001 QPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMYPNYAFRET
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pF1KE0 YGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPSIPDLCDSSSSFDAVTMLGKELL
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NP_001 SNYSLPQDDIDGIQAIYG----LSSNPIQPTGP----STPKPCDPSLTFDAITTLRGEIL
230 240 250 260 270
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pF1KE0 LFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGTAYFFKGPHYWITRGF
.:::: ::::. .:. .. . :. .:.: ....:::: .: ..::: .:: :.
NP_001 FFKDRYFWRRHPQLQR-VEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALSGY
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