FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0214, 461 aa 1>>>pF1KE0214 461 - 461 aa - 461 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.5233+/-0.000513; mu= 22.2640+/- 0.031 mean_var=73.9452+/-15.813, 0's: 0 Z-trim(106.6): 79 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.149149 statistics sampled from 14664 (14697) to 14664 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.494), E-opt: 0.2 (0.172), width: 16 Scan time: 9.000 The best scores are: opt bits E(85289) NP_861450 (OMIM: 616764) solute carrier family 46 ( 461) 3027 661.6 1.2e-189 XP_005266418 (OMIM: 616764) PREDICTED: solute carr ( 463) 3027 661.6 1.2e-189 NP_001129391 (OMIM: 616764) solute carrier family ( 463) 3027 661.6 1.2e-189 XP_016879599 (OMIM: 229050,611672) PREDICTED: prot ( 385) 665 153.3 1.1e-36 NP_542400 (OMIM: 229050,611672) proton-coupled fol ( 459) 665 153.4 1.2e-36 NP_001229295 (OMIM: 229050,611672) proton-coupled ( 431) 455 108.2 4.6e-23 XP_005277843 (OMIM: 229050,611672) PREDICTED: prot ( 415) 453 107.7 6.1e-23 NP_149040 (OMIM: 608956) thymic stromal cotranspor ( 475) 399 96.2 2.1e-19 >>NP_861450 (OMIM: 616764) solute carrier family 46 memb (461 aa) initn: 3027 init1: 3027 opt: 3027 Z-score: 3525.7 bits: 661.6 E(85289): 1.2e-189 Smith-Waterman score: 3027; 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NP_001 NGTRQRGGCSNRSADPT---MQEVETLTSHWTLYMNVGGFLVGLFSSTLLGAWSDSVGRR 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 pF1KE0 FPMILSSVGALATSVWLCLLCYFAFPFQLLIASTFIG----AFCGNYTTFWGACFAYIVD ..:.:.: : . :. :. .:: .. .: :. :.. . .: :: ..: NP_001 PLLVLASLGLLLQA----LVSVFVVQLQLHVGYFVLGRILCALLGDFGGLLAASFASVAD 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE0 QCKEHKQKTIRIAIIDFLLGLVTGLTGLSSGYFIRELGFEWSF-LIIAVSLAVNLIYILF . ...:.:.:... .:.. :..: .:...: :. : : .:. .:..: : : NP_001 -VSSSRSRTFRMALLEASIGVAGMLASLLGGHWLRAQGYANPFWLALALLIAMTL-YAAF 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE0 FLGDPVKECSSQNV-TMSCSEGFKNLFYRTYMLFKNASGKRRFLLCLLLFTVITYFFVVI .:. .:: .: . :. ... .:. . : :. : : .:.::: : NP_001 CFGETLKEPKSTRLFTFRHHRSIVQLYVAPA---PEKSRKHLALYSLAIFVVITVHF--- 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE0 GIAPIFILYELDSPLCWNEVFIGYGSALGSASFLTSFLGIWLFSYCMEDIHMAFIGIFTT : :. ::::..::::. .:::::: .:::.:.. :..::. : .: ::. . 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