Result of FASTA (omim) for
pF1KE0243
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0243, 388 aa
1>>>pF1KE0243 388 - 388 aa - 388 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0993+/-0.000438; mu= 18.4829+/- 0.027
mean_var=70.7659+/-14.707, 0's: 0 Z-trim(110.6): 64 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.152462
statistics sampled from 18890 (18933) to 18890 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.222), width: 16
Scan time: 8.330
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016854970 (OMIM: 169720) PREDICTED: pepsin A-4 ( 388) 2585 578.0 1.3e-164
NP_001073276 (OMIM: 169720) pepsin A-4 preproprote ( 388) 2585 578.0 1.3e-164
NP_001073275 (OMIM: 169710) pepsin A-3 preproprote ( 388) 2580 576.9 2.7e-164
NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein ( 388) 2571 575.0 1.1e-163
NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a pre ( 396) 1381 313.2 6.7e-85
NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prep ( 388) 1311 297.8 2.9e-80
XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 401) 1169 266.6 7.4e-71
NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [H ( 420) 986 226.4 1e-58
XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 420) 986 226.4 1e-58
XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 411) 913 210.3 6.8e-54
NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepr ( 406) 900 207.4 4.9e-53
NP_683865 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform b pre ( 363) 898 207.0 6e-53
XP_011507547 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 368) 885 204.1 4.4e-52
NP_001304260 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform c ( 288) 766 177.8 2.8e-44
NP_001900 (OMIM: 116840,610127) cathepsin D prepro ( 412) 758 176.2 1.2e-43
NP_001159896 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 2 p ( 315) 728 169.5 9.8e-42
NP_620477 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 396) 216 57.0 9.3e-08
NP_620476 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 468) 216 57.0 1.1e-07
NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 518) 216 57.1 1.1e-07
XP_016883803 (OMIM: 605668) PREDICTED: beta-secret ( 423) 179 48.9 2.8e-05
NP_620429 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 432) 161 44.9 0.00044
NP_001193978 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isofo ( 376) 153 43.1 0.0013
NP_001193977 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isofo ( 401) 153 43.1 0.0014
NP_620427 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 457) 153 43.2 0.0015
NP_620428 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 476) 153 43.2 0.0016
NP_036236 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 501) 153 43.2 0.0017
>>XP_016854970 (OMIM: 169720) PREDICTED: pepsin A-4 isof (388 aa)
initn: 2585 init1: 2585 opt: 2585 Z-score: 3076.5 bits: 578.0 E(85289): 1.3e-164
Smith-Waterman score: 2585; 100.0% identity (100.0% similar) in 388 aa overlap (1-388:1-388)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWEAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGEL
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KE0 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
370 380
>>NP_001073276 (OMIM: 169720) pepsin A-4 preproprotein [ (388 aa)
initn: 2585 init1: 2585 opt: 2585 Z-score: 3076.5 bits: 578.0 E(85289): 1.3e-164
Smith-Waterman score: 2585; 100.0% identity (100.0% similar) in 388 aa overlap (1-388:1-388)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWEAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGEL
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KE0 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
370 380
>>NP_001073275 (OMIM: 169710) pepsin A-3 preproprotein [ (388 aa)
initn: 2580 init1: 2580 opt: 2580 Z-score: 3070.6 bits: 576.9 E(85289): 2.7e-164
Smith-Waterman score: 2580; 99.7% identity (100.0% similar) in 388 aa overlap (1-388:1-388)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWEAP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_001 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWKAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGEL
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KE0 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
370 380
>>NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein [Hom (388 aa)
initn: 2571 init1: 2571 opt: 2571 Z-score: 3059.9 bits: 575.0 E(85289): 1.1e-163
Smith-Waterman score: 2571; 99.2% identity (100.0% similar) in 388 aa overlap (1-388:1-388)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQWEAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
NP_055 GILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDKSGSVVIFGGIDSSYYTGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGETIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
NP_055 ENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNVPTESGEL
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KE0 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 WILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
370 380
>>NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a preprop (396 aa)
initn: 1426 init1: 657 opt: 1381 Z-score: 1645.2 bits: 313.2 E(85289): 6.7e-85
Smith-Waterman score: 1381; 53.3% identity (78.3% similar) in 396 aa overlap (1-386:1-393)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKWLLLLGLVAL----SECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKYFPQ
:: :::: :: : .. ...::: :. ::.. : :. :..: :.:::. . : .
NP_001 MKTLLLLLLVLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKLRARSQLSEFWKSHNLDMIQ--FTE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 WEAPTLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHN
. ..:: :::::::::::.::.: :.:::.:::::::::::::::.: :: .:.
NP_001 SCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCTSPACKTHS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYY
::.: .::::.. ... :: :::::..::.: : :.: :.. ..: :: : ::::. .
NP_001 RFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQFGESVTEPGQTFVD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 APFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQ--SGSVVIFGGIDS
: :::::::.:::.. .:.::::::. :.::. .::::.:.. . .:: .:::: :
NP_001 AEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGGAGSELIFGGYDH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 SYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQ
:...::::::::: ..::::..:.: ..: .. :.:::::::::::::.:::.. : ..:
NP_001 SHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSLITGPSDKIKQLQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 SDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQS--EGS--CISGFQG
. :::. ::...: :. .. .::..:::::: : . :.:: : . .: : :::::
NP_001 NAIGAAP-VDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFVDGMQFCSSGFQG
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KE0 MNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
... .: :::::::::::...::::.::.:::::
NP_001 LDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVP
360 370 380 390
>>NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prepropr (388 aa)
initn: 1255 init1: 581 opt: 1311 Z-score: 1562.1 bits: 297.8 E(85289): 2.9e-80
Smith-Waterman score: 1311; 50.5% identity (79.7% similar) in 394 aa overlap (1-388:1-388)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MKWLLLLGLVALS--ECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERGLLKDFLKKHNLNPARKY-FPQW
:::.... :: :. : . :::: . ::.:.:..:.::: .::. :. .:: :: :
NP_002 MKWMVVV-LVCLQLLEAAVVKVPLKKFKSIRETMKEKGLLGEFLRTHKYDPAWKYRF---
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 EAPTLVDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNR
. : .:. :.: ::: :.:::: :.: :.:::::::::::::::.: :::.:.:
NP_002 -GDLSVTYEPMA-YMDAAYFGEISIGTPPQNFLVLFDTGSSNLWVPSVYCQSQACTSHSR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 FNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYA
::: .::::.....: :. ::.::.::..::::. : .:. :: :::::.:::. . ::
NP_002 FNPSESSTYSTNGQTFSLQYGSGSLTGFFGYDTLTVQSIQVPNQEFGLSENEPGTNFVYA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADD-QSGSVVIFGGIDSSY
::::.:::::..: . :: ..... ..: ... .:::::: .. .::..:.:::.:::
NP_002 QFDGIMGLAYPALSVDEATTAMQGMVQEGALTSPVFSVYLSNQQGSSGGAVVFGGVDSSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 YTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIA-CAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQS
:::.. :.::: : :::: .. . ..:.: . :.::::::::::::::: : . .. . .
NP_002 YTGQIYWAPVTQELYWQIGIEEFLIGGQASGWCSEGCQAIVDTGTSLLTVPQQYMSALLQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 DIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPT
::.:. :...:.:..:..::...: ::::..:.:::.:::...: : : . : .
NP_002 ATGAQEDEYGQFLVNCNSIQNLPSLTFIINGVEFPLPPSSYILSNNGYCTVGVEPTYLSS
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KE0 ESGE-LWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
..:. ::::::::.:.:..:.: .::.::.: .:
NP_002 QNGQPLWILGDVFLRSYYSVYDLGNNRVGFATAA
360 370 380
>>XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E iso (401 aa)
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420
>>XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A isofor (420 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]