FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0374, 780 aa 1>>>pF1KE0374 780 - 780 aa - 780 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8466+/-0.000394; mu= 22.8525+/- 0.025 mean_var=61.5798+/-12.382, 0's: 0 Z-trim(110.8): 57 B-trim: 1038 in 1/54 Lambda= 0.163439 statistics sampled from 19171 (19228) to 19171 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.576), E-opt: 0.2 (0.225), width: 16 Scan time: 11.000 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000432 (OMIM: 274600,600791,605646) pendrin [Ho ( 780) 4972 1181.6 0 XP_005250482 (OMIM: 274600,600791,605646) PREDICTE ( 780) 4972 1181.6 0 XP_016867807 (OMIM: 274600,600791,605646) PREDICTE ( 754) 2683 641.8 3.1e-183 XP_006716088 (OMIM: 274600,600791,605646) PREDICTE ( 423) 2677 640.2 5.3e-183 NP_000102 (OMIM: 126650,214700) chloride anion exc ( 764) 2288 548.7 3.4e-155 XP_011514169 (OMIM: 126650,214700) PREDICTED: chlo ( 764) 2288 548.7 3.4e-155 NP_945350 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform a ( 744) 1830 440.7 1.1e-122 XP_011514472 (OMIM: 604943,613865) PREDICTED: pres ( 744) 1830 440.7 1.1e-122 NP_996766 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform b ( 685) 1773 427.2 1.1e-118 NP_996767 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform c ( 516) 1463 354.0 9.1e-97 NP_602298 (OMIM: 610068) solute carrier family 26 ( 740) 1462 353.9 1.4e-96 NP_443166 (OMIM: 608481) solute carrier family 26 ( 791) 1436 347.8 1.1e-94 NP_599152 (OMIM: 608481) solute carrier family 26 ( 887) 1436 347.8 1.2e-94 NP_998778 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion tran ( 701) 1293 314.0 1.4e-84 NP_071325 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion tran ( 701) 1293 314.0 1.4e-84 NP_001035544 (OMIM: 610068) solute carrier family ( 738) 1261 306.5 2.6e-82 NP_599025 (OMIM: 610068) solute carrier family 26 ( 758) 1261 306.5 2.7e-82 NP_075062 (OMIM: 610068) solute carrier family 26 ( 759) 1261 306.5 2.7e-82 XP_011507423 (OMIM: 608481) PREDICTED: solute carr ( 702) 1257 305.6 4.9e-82 NP_001308716 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform ( 653) 1224 297.8 1e-79 NP_001161434 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform ( 712) 1224 297.8 1.1e-79 XP_011507426 (OMIM: 608481) PREDICTED: solute carr ( 466) 1203 292.7 2.4e-78 NP_000103 (OMIM: 222600,226900,256050,600972,60671 ( 739) 1088 265.7 5e-70 XP_016864680 (OMIM: 222600,226900,256050,600972,60 ( 739) 1088 265.7 5e-70 NP_439897 (OMIM: 608479) anion exchange transporte ( 656) 1062 259.6 3.2e-68 NP_001269285 (OMIM: 608479) anion exchange transpo ( 656) 1062 259.6 3.2e-68 NP_599028 (OMIM: 608479) anion exchange transporte ( 663) 1062 259.6 3.2e-68 XP_011507424 (OMIM: 608481) PREDICTED: solute carr ( 627) 1031 252.2 4.9e-66 NP_001180405 (OMIM: 606766,608480) testis anion tr ( 970) 1007 246.7 3.5e-64 NP_443193 (OMIM: 606766,608480) testis anion trans ( 970) 1007 246.7 3.5e-64 XP_016865724 (OMIM: 606766,608480) PREDICTED: test ( 970) 1007 246.7 3.5e-64 NP_001268661 (OMIM: 610068) solute carrier family ( 723) 968 237.4 1.6e-61 NP_001268662 (OMIM: 610068) solute carrier family ( 651) 965 236.7 2.4e-61 NP_996768 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform d ( 335) 900 221.2 5.9e-57 XP_011512596 (OMIM: 606766,608480) PREDICTED: test ( 944) 721 179.3 6.8e-44 NP_619732 (OMIM: 606766,608480) testis anion trans ( 865) 559 141.0 2e-32 NP_001269286 (OMIM: 608479) anion exchange transpo ( 355) 474 120.7 1.1e-26 NP_775897 (OMIM: 610117) sodium-independent sulfat ( 606) 435 111.7 9.6e-24 NP_001159819 (OMIM: 610117) sodium-independent sul ( 606) 435 111.7 9.6e-24 NP_001159821 (OMIM: 610117) sodium-independent sul ( 606) 435 111.7 9.6e-24 NP_001159820 (OMIM: 610117) sodium-independent sul ( 606) 435 111.7 9.6e-24 NP_602297 (OMIM: 167030,610130) sulfate anion tran ( 224) 383 99.1 2.1e-20 XP_016879996 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 630) 358 93.5 2.9e-18 XP_006721896 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 630) 358 93.5 2.9e-18 XP_016879995 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 677) 358 93.6 3.1e-18 XP_016879994 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 696) 358 93.6 3.1e-18 XP_011522955 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 441) 252 68.4 7.3e-11 XP_011522956 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 441) 252 68.4 7.3e-11 XP_011522954 (OMIM: 610117) PREDICTED: sodium-inde ( 465) 252 68.5 7.6e-11 >>NP_000432 (OMIM: 274600,600791,605646) pendrin [Homo s (780 aa) initn: 4972 init1: 4972 opt: 4972 Z-score: 6327.3 bits: 1181.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 4972; 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96.7% identity (96.7% similar) in 780 aa overlap (1-780:1-754) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MAAPGGRSEPPQLPEYSCSYMVSRPVYSELAFQQQHERRLQERKTLRESLAKCCSCSRKR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 MAAPGGRSEPPQLPEYSCSYMVSRPVYSELAFQQQHERRLQERKTLRESLAKCCSCSRKR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 AFGVLKTLVPILEWLPKYRVKEWLLSDVISGVSTGLVATLQGMAYALLAAVPVGYGLYSA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 AFGVLKTLVPILEWLPKYRVKEWLLSDVISGVSTGLVATLQGMAYALLAAVPVGYGLYSA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 FFPILTYFIFGTSRHISVGPFPVVSLMVGSVVLSMAPDEHFLVSSSNGTVLNTTMIDTAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 FFPILTYFIFGTSRHISVGPFPVVSLMVGSVVLSMAPDEHFLVSSSNGTVLNTTMIDTAA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 RDTARVLIASALTLLVGIIQLIFGGLQIGFIVRYLADPLVGGFTTAAAFQVLVSQLKIVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 RDTARVLIASALTLLVGIIQLIFGGLQIGFIVRYLADPLVGGFTTAAAFQVLVSQLKIVL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 NVSTKNYNGVLSIIYTLVEIFQNIGDTNLADFTAGLLTIVVCMAVKELNDRFRHKIPVPI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 NVSTKNYNGVLSIIYTLVEIFQNIGDTNLADFTAGLLTIVVCMAVKELNDRFRHKIPVPI 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE0 PIEVIVTIIATAISYGANLEKNYNAGIVKSIPRGFLPPELPPVSLFSEMLAASFSIAVVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 PIEVIVTIIATAISYGANLEKNYNAGIVKSIPRGFLPPELPPVSLFSEMLAASFSIAVVA 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE0 YAIAVSVGKVYATKYDYTIDGNQEFIAFGISNIFSGFFSCFVATTALSRTAVQESTGGKT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 YAIAVSVGKVYATKYDYTIDGNQEFIAFGISNIFSGFFSCFVATTALSRTAVQESTGGKT 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE0 QVAGIISAAIVMIAILALGKLLEPLQKSVLAAVVIANLKGMFMQLCDIPRLWRQNKIDAV : ::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 Q--------------------------SVLAAVVIANLKGMFMQLCDIPRLWRQNKIDAV 430 440 450 490 500 510 520 530 540 pF1KE0 IWVFTCIVSIILGLDLGLLAGLIFGLLTVVLRVQFPSWNGLGSIPSTDIYKSTKNYKNIE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 IWVFTCIVSIILGLDLGLLAGLIFGLLTVVLRVQFPSWNGLGSIPSTDIYKSTKNYKNIE 460 470 480 490 500 510 550 560 570 580 590 600 pF1KE0 EPQGVKILRFSSPIFYGNVDGFKKCIKSTVGFDAIRVYNKRLKALRKIQKLIKSGQLRAT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 EPQGVKILRFSSPIFYGNVDGFKKCIKSTVGFDAIRVYNKRLKALRKIQKLIKSGQLRAT 520 530 540 550 560 570 610 620 630 640 650 660 pF1KE0 KNGIISDAVSTNNAFEPDEDIEDLEELDIPTKEIEIQVDWNSELPVKVNVPKVPIHSLVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 KNGIISDAVSTNNAFEPDEDIEDLEELDIPTKEIEIQVDWNSELPVKVNVPKVPIHSLVL 580 590 600 610 620 630 670 680 690 700 710 720 pF1KE0 DCGAISFLDVVGVRSLRVIVKEFQRIDVNVYFASLQDYVIEKLEQCGFFDDNIRKDTFFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 DCGAISFLDVVGVRSLRVIVKEFQRIDVNVYFASLQDYVIEKLEQCGFFDDNIRKDTFFL 640 650 660 670 680 690 730 740 750 760 770 780 pF1KE0 TVHDAILYLQNQVKSQEGQGSILETITLIQDCKDTLELIETELTEEELDVQDEAMRTLAS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 TVHDAILYLQNQVKSQEGQGSILETITLIQDCKDTLELIETELTEEELDVQDEAMRTLAS 700 710 720 730 740 750 >>XP_006716088 (OMIM: 274600,600791,605646) PREDICTED: p (423 aa) initn: 2677 init1: 2677 opt: 2677 Z-score: 3406.5 bits: 640.2 E(85289): 5.3e-183 Smith-Waterman score: 2677; 100.0% identity (100.0% similar) in 421 aa overlap (1-421:1-421) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MAAPGGRSEPPQLPEYSCSYMVSRPVYSELAFQQQHERRLQERKTLRESLAKCCSCSRKR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 MAAPGGRSEPPQLPEYSCSYMVSRPVYSELAFQQQHERRLQERKTLRESLAKCCSCSRKR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 AFGVLKTLVPILEWLPKYRVKEWLLSDVISGVSTGLVATLQGMAYALLAAVPVGYGLYSA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 AFGVLKTLVPILEWLPKYRVKEWLLSDVISGVSTGLVATLQGMAYALLAAVPVGYGLYSA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 FFPILTYFIFGTSRHISVGPFPVVSLMVGSVVLSMAPDEHFLVSSSNGTVLNTTMIDTAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 FFPILTYFIFGTSRHISVGPFPVVSLMVGSVVLSMAPDEHFLVSSSNGTVLNTTMIDTAA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 RDTARVLIASALTLLVGIIQLIFGGLQIGFIVRYLADPLVGGFTTAAAFQVLVSQLKIVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 RDTARVLIASALTLLVGIIQLIFGGLQIGFIVRYLADPLVGGFTTAAAFQVLVSQLKIVL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 NVSTKNYNGVLSIIYTLVEIFQNIGDTNLADFTAGLLTIVVCMAVKELNDRFRHKIPVPI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 NVSTKNYNGVLSIIYTLVEIFQNIGDTNLADFTAGLLTIVVCMAVKELNDRFRHKIPVPI 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE0 PIEVIVTIIATAISYGANLEKNYNAGIVKSIPRGFLPPELPPVSLFSEMLAASFSIAVVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 PIEVIVTIIATAISYGANLEKNYNAGIVKSIPRGFLPPELPPVSLFSEMLAASFSIAVVA 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE0 YAIAVSVGKVYATKYDYTIDGNQEFIAFGISNIFSGFFSCFVATTALSRTAVQESTGGKT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 YAIAVSVGKVYATKYDYTIDGNQEFIAFGISNIFSGFFSCFVATTALSRTAVQESTGGKT 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE0 QVAGIISAAIVMIAILALGKLLEPLQKSVLAAVVIANLKGMFMQLCDIPRLWRQNKIDAV : XP_006 QSF >>NP_000102 (OMIM: 126650,214700) chloride anion exchang (764 aa) initn: 2292 init1: 1395 opt: 2288 Z-score: 2907.2 bits: 548.7 E(85289): 3.4e-155 Smith-Waterman score: 2288; 48.5% identity (80.1% similar) in 720 aa overlap (16-729:5-720) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MAAPGGRSEPPQLPEYSCSYMVSRPVYSELAFQQQHERRLQERKTLRESLAKCCSCSRKR .. .:.:.::::: ::...:.. ...::. . : ::::: .. 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XP_011 LQVTPKGFIC-TVDTIKDSDEELDNNQIEVLDQPINTTDLPFHIDWNDDLPLNIEVPKIS 590 600 610 620 630 640 660 670 680 690 700 710 pF1KE0 IHSLVLDCGAISFLDVVGVRSLRVIVKEFQRIDVNVYFASLQDYVIEKLEQCGFFDDNIR .:::.:: .:.::::: .::.:. :..:: :: :.::... .: ::::.. ::: ... XP_011 LHSLILDFSAVSFLDVSSVRGLKSILQEFIRIKVDVYIVGTDDDFIEKLNRYEFFDGEVK 650 660 670 680 690 700 720 730 740 750 760 770 pF1KE0 KDTFFLTVHDAILYLQNQVKSQEGQGSILETITLIQDCKDTLELIETELTEEELDVQDEA .. ::::.:::.:.. XP_011 SSIFFLTIHDAVLHILMKKDYSTSKFNPSQEKDGKIDFTINTNGGLRNRVYEVPVETKF 710 720 730 740 750 760 >>NP_945350 (OMIM: 604943,613865) prestin isoform a [Hom (744 aa) initn: 1775 init1: 1231 opt: 1830 Z-score: 2323.7 bits: 440.7 E(85289): 1.1e-122 Smith-Waterman score: 1830; 38.4% identity (74.5% similar) in 721 aa overlap (20-737:16-723) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MAAPGGRSEPPQLPEYSCSYMVSRPVYSELAFQQQHERRLQERKTLRESLAKCCSCSRKR :.: ::..:. ..:.. . . . .. ..: . .:. :. 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