Result of FASTA (omim) for
pF1KE0381
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0381, 513 aa
1>>>pF1KE0381 513 - 513 aa - 513 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6335+/-0.000434; mu= 7.4255+/- 0.027
mean_var=187.2864+/-37.125, 0's: 0 Z-trim(116.1): 137 B-trim: 394 in 2/54
Lambda= 0.093718
statistics sampled from 26777 (26983) to 26777 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.316), width: 16
Scan time: 10.420
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 3418 475.2 2e-133
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 1900 269.9 1.2e-71
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 1832 260.8 8.1e-69
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 1832 260.8 8.1e-69
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 1770 252.4 2.4e-66
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 1752 249.9 1.2e-65
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 1752 249.9 1.2e-65
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 1752 250.0 1.4e-65
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 1741 248.4 3.5e-65
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 1522 218.9 3.2e-56
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 1508 217.0 1.2e-55
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 1507 216.8 1.3e-55
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 1465 211.2 6.9e-54
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 1455 209.8 1.7e-53
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 1396 201.8 4.1e-51
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 1388 200.7 8.5e-51
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 1387 200.6 8.9e-51
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 1387 200.6 8.9e-51
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 1370 198.3 4.8e-50
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 1367 197.8 5.7e-50
NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 1360 196.9 1.2e-49
NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 1360 196.9 1.2e-49
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 1359 196.9 1.5e-49
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 1356 196.3 1.5e-49
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 1342 194.6 7.3e-49
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 1336 193.8 1.3e-48
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1331 193.0 1.6e-48
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 1332 193.2 1.6e-48
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 1327 192.5 2.6e-48
NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 1318 191.3 6.2e-48
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 1298 188.6 4.6e-47
XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 1276 185.5 2.7e-46
XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 1271 184.8 4.4e-46
NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 1260 183.5 1.5e-45
NP_775487 (OMIM: 611159) keratin, type II cytoskel ( 520) 1195 174.6 6.1e-43
XP_016874324 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 439) 1085 159.7 1.6e-38
XP_016874322 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1085 159.7 1.6e-38
NP_001287739 (OMIM: 602032,602767) keratin, type I ( 295) 1075 158.2 3.1e-38
NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422) 1002 148.5 3.8e-35
NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452) 1002 148.5 4e-35
NP_001287743 (OMIM: 611159) keratin, type II cytos ( 410) 976 144.9 4.2e-34
NP_001139698 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 469) 955 142.1 3.3e-33
XP_016874783 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 292) 862 129.4 1.5e-29
XP_011536590 (OMIM: 611158) PREDICTED: keratin, ty ( 345) 830 125.1 3.3e-28
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 732 112.0 4e-24
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 714 109.6 2.1e-23
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 714 109.6 2.1e-23
XP_016874326 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 271) 698 107.2 6.5e-23
XP_011536559 (OMIM: 608247) PREDICTED: keratin, ty ( 508) 684 105.5 3.8e-22
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 681 105.1 4.5e-22
>>NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticular Hb (513 aa)
initn: 3418 init1: 3418 opt: 3418 Z-score: 2516.3 bits: 475.2 E(85289): 2e-133
Smith-Waterman score: 3418; 100.0% identity (100.0% similar) in 513 aa overlap (1-513:1-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSYHSFQPGSRCGSQSFSSYSAVMPRMVTHYAVSKGPCRPGGGRGLRALGCLGSRSLCNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 MSYHSFQPGSRCGSQSFSSYSAVMPRMVTHYAVSKGPCRPGGGRGLRALGCLGSRSLCNV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 GFGRPRVASRCGGTLPGFGYRLGATCGPSACITPVTINESLLVPLALEIDPTVQRVKRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 GFGRPRVASRCGGTLPGFGYRLGATCGPSACITPVTINESLLVPLALEIDPTVQRVKRDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 KEQIKCLNNRFASFINKVRFLEQKNKLLETKWNFMQQQRCCQTNIEPIFEGYISALRRQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 KEQIKCLNNRFASFINKVRFLEQKNKLLETKWNFMQQQRCCQTNIEPIFEGYISALRRQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DCVSGDRVRLESELCSLQAALEGYKKKYEEELSLRPCVENEFVALKKDVDTAFLMKADLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 DCVSGDRVRLESELCSLQAALEGYKKKYEEELSLRPCVENEFVALKKDVDTAFLMKADLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 TNAEALVQEIDFLKSLYEEEICLLQSQISETSVIVKMDNSRELDVDGIIAEIKAQYDDIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 TNAEALVQEIDFLKSLYEEEICLLQSQISETSVIVKMDNSRELDVDGIIAEIKAQYDDIA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SRSKAEAEAWYQCRYEELRVTAGNHCDNLRNRKNEILEMNKLIQRLQQETENVKAQRCKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 SRSKAEAEAWYQCRYEELRVTAGNHCDNLRNRKNEILEMNKLIQRLQQETENVKAQRCKL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 EGAIAEAEQQGEAALNDAKCKLAGLEEALQKAKQDMACLLKEYQEVMNSKLGLDIEIATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 EGAIAEAEQQGEAALNDAKCKLAGLEEALQKAKQDMACLLKEYQEVMNSKLGLDIEIATY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 RRLLEGEEHRLCEGIGPVNISVSSSKGAFLYEPCGVSTPVLSTGVLRSNGGCSIVGTGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 RRLLEGEEHRLCEGIGPVNISVSSSKGAFLYEPCGVSTPVLSTGVLRSNGGCSIVGTGEL
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KE0 YVPCEPQGLLSCGSGRKSSMTLGAGGSSPSHKH
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_149 YVPCEPQGLLSCGSGRKSSMTLGAGGSSPSHKH
490 500 510
>>NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II cutic (507 aa)
initn: 1749 init1: 1651 opt: 1900 Z-score: 1407.2 bits: 269.9 E(85289): 1.2e-71
Smith-Waterman score: 1900; 60.7% identity (80.3% similar) in 507 aa overlap (1-496:1-502)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSYHSFQPGSRCG-SQSFSSYSAVMPRMVTHYAVSKGPCRPGGGRGLRALGCLGSRSLCN
:: .:.. .: :: ...::: ::: :. .. .: .: : : :.: .:::::::
NP_002 MSCRSYRISSGCGVTRNFSSCSAVAPKTGNRCCISAAPYR--GVSCYRGLTGFGSRSLCN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 VGFGRPRVAS---RCGGTLPGFGYRLGATCGPSA-CITPVTINESLLVPLALEIDPTVQR
.: ::.: : :. .:::: :..:::: ::: :..:::::.:: :::::..:
NP_002 LGSCGPRIAVGGFRAGSCGRSFGYRSGGVCGPSPPCITTVSVNESLLTPLNLEIDPNAQC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 VKRDEKEQIKCLNNRFASFINKVRFLEQKNKLLETKWNFMQQQRCCQTNIEPIFEGYISA
::..:::::: ::.:::.::.:::::::.::::::::.:.:.::::..:.::.: ::: .
NP_002 VKQEEKEQIKSLNSRFAAFIDKVRFLEQQNKLLETKWQFYQNQRCCESNLEPLFSGYIET
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LRRQLDCVSGDRVRLESELCSLQAALEGYKKKYEEELSLRPCVENEFVALKKDVDTAFLM
:::. .:: .: :: ::: .: .:::::::::::..:: .:::::.:::::: :.:
NP_002 LRREAECVEADSGRLASELNHVQEVLEGYKKKYEEEVALRATAENEFVVLKKDVDCAYLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 KADLETNAEALVQEIDFLKSLYEEEICLLQSQISETSVIVKMDNSRELDVDGIIAEIKAQ
:.:::.:.::::.: .::. :::::: .::..::.:::::::::::.:..: ::::::::
NP_002 KSDLEANVEALVEESSFLRRLYEEEIRVLQAHISDTSVIVKMDNSRDLNMDCIIAEIKAQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 YDDIASRSKAEAEAWYQCRYEELRVTAGNHCDNLRNRKNEILEMNKLIQRLQQETENVKA
:::.::::.::::.::. . ::...:. : ..:: :.:: :.:..:::: : ::.:
NP_002 YDDVASRSRAEAESWYRSKCEEMKATVIRHGETLRRTKEEINELNRMIQRLTAEIENAKC
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 QRCKLEGAIAEAEQQGEAALNDAKCKLAGLEEALQKAKQDMACLLKEYQEVMNSKLGLDI
:: :::.:.:::::::::::.::.:::: :: ::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QRAKLEAAVAEAEQQGEAALSDARCKLAELEGALQKAKQDMACLLKEYQEVMNSKLGLDI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 EIATYRRLLEGEEHRLCEGIGPVNISVSSSKGAFLYEPCGVSTPVLSTGVLRSNGGCSIV
:::::::::::::::::::.: ::. ::::.:. :: . . : ..: .:
NP_002 EIATYRRLLEGEEHRLCEGVGSVNVCVSSSRGGV---SCGGLSYSTTPGRQITSGPSAIG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510
pF1KE0 GTGELYVP-----CEPQGL-LSCGSGRKSSMTLGAGGSSPSHKH
:. . .: :.:.. .::::.:
NP_002 GSITVVAPDSCAPCQPRSSSFSCGSSRSVRFA
480 490 500
>>XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, type I (600 aa)
initn: 1839 init1: 1683 opt: 1832 Z-score: 1356.5 bits: 260.8 E(85289): 8.1e-69
Smith-Waterman score: 1834; 60.8% identity (81.3% similar) in 502 aa overlap (8-493:42-531)
10 20
pF1KE0 MSYHSFQPGSR----CGSQSFSSYSAVMPRMVT----
:: : ::.: .... ::...
XP_011 HRVGNFSSCSAMTPQNLNRFRANSVSCWSGPGFRGLGSFGSRSVITFGSYSPRIAAVGSR
20 30 40 50 60 70
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 --HYAVSKGP-CRPGGGRGLRALGCLGSR--SLCNVGFGRPR-VASRCGGTLPGFGYRLG
: .: : : : : : :..: :: : : ..::: .. :: ::::::.:
XP_011 PIHCGVRFGAGCGMGFGDG-RGVG-LGPRADSCVGLGFGAGSGIGYGFGG--PGFGYRVG
80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 ATCGPSA-CITPVTINESLLVPLALEIDPTVQRVKRDEKEQIKCLNNRFASFINKVRFLE
.. :.: :: ::.:.:::.:: :::::..::::.::::::: :::.:::::.::::::
XP_011 GVGVPAAPSITAVTVNKSLLTPLNLEIDPNAQRVKKDEKEQIKTLNNKFASFIDKVRFLE
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 QKNKLLETKWNFMQQQRCCQTNIEPIFEGYISALRRQLDCVSGDRVRLESELCSLQAALE
:.::::::::.:.:.:.: ..:.::.::.::. :::::. . .:..::..: :: .::
XP_011 QQNKLLETKWSFLQEQKCIRSNLEPLFESYITNLRRQLEVLVSDQARLQAERNHLQDVLE
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE0 GYKKKYEEELSLRPCVENEFVALKKDVDTAFLMKADLETNAEALVQEIDFLKSLYEEEIC
:.:::::::. : .::::::::::::.::. :.:::.:...:.:::::::.:: :::
XP_011 GFKKKYEEEVVCRANAENEFVALKKDVDAAFMNKSDLEANVDTLTQEIDFLKTLYMEEIQ
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 LLQSQISETSVIVKMDNSRELDVDGIIAEIKAQYDDIASRSKAEAEAWYQCRYEELRVTA
::::.::::::::::::::.:..::::::.::::...: ::.:.:::::: .:::..:::
XP_011 LLQSHISETSVIVKMDNSRDLNLDGIIAEVKAQYEEVARRSRADAEAWYQTKYEEMQVTA
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 GNHCDNLRNRKNEILEMNKLIQRLQQETENVKAQRCKLEGAIAEAEQQGEAALNDAKCKL
:.::::::: .::: :...:::::. : :..:::: :::.:.:::::::::.:.::::::
XP_011 GQHCDNLRNIRNEINELTRLIQRLKAEIEHAKAQRAKLEAAVAEAEQQGEATLSDAKCKL
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 AGLEEALQKAKQDMACLLKEYQEVMNSKLGLDIEIATYRRLLEGEEHRLCEGIGPVNISV
: :: :::.:::::: : ::::.::.::::::::::::::::::: :::::.:::::::
XP_011 ADLECALQQAKQDMARQLCEYQELMNAKLGLDIEIATYRRLLEGEESRLCEGVGPVNISV
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 SSSKGAFLYEPCGVSTPVLSTGVLRSNGGCSIVGTGELYVPCEPQGLL-SCGSGRKSSMT
:::.:... :: :... ..: : :: .. :.. . : .:.: :::
XP_011 SSSRGGLV---CG-PEPLVAGSTL-SRGGVTFSGSSSV---CATSGVLASCGPSLGGARV
490 500 510 520 530
510
pF1KE0 LGAGGSSPSHKH
XP_011 APATGDLLSTGTRSGSMLISEACVPSVPCPLPTQGGFSSCSGGRSSSVRFVSTTTSCRTK
540 550 560 570 580 590
>>NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticular Hb (600 aa)
initn: 1839 init1: 1683 opt: 1832 Z-score: 1356.5 bits: 260.8 E(85289): 8.1e-69
Smith-Waterman score: 1834; 60.8% identity (81.3% similar) in 502 aa overlap (8-493:42-531)
10 20
pF1KE0 MSYHSFQPGSR----CGSQSFSSYSAVMPRMVT----
:: : ::.: .... ::...
NP_149 HRVGNFSSCSAMTPQNLNRFRANSVSCWSGPGFRGLGSFGSRSVITFGSYSPRIAAVGSR
20 30 40 50 60 70
30 40 50 60 70 80
pF1KE0 --HYAVSKGP-CRPGGGRGLRALGCLGSR--SLCNVGFGRPR-VASRCGGTLPGFGYRLG
: .: : : : : : :..: :: : : ..::: .. :: ::::::.:
NP_149 PIHCGVRFGAGCGMGFGDG-RGVG-LGPRADSCVGLGFGAGSGIGYGFGG--PGFGYRVG
80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KE0 ATCGPSA-CITPVTINESLLVPLALEIDPTVQRVKRDEKEQIKCLNNRFASFINKVRFLE
.. :.: :: ::.:.:::.:: :::::..::::.::::::: :::.:::::.::::::
NP_149 GVGVPAAPSITAVTVNKSLLTPLNLEIDPNAQRVKKDEKEQIKTLNNKFASFIDKVRFLE
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KE0 QKNKLLETKWNFMQQQRCCQTNIEPIFEGYISALRRQLDCVSGDRVRLESELCSLQAALE
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NP_149 LLQSHISETSVIVKMDNSRDLNLDGIIAEVKAQYEEVARRSRADAEAWYQTKYEEMQVTA
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pF1KE0 GNHCDNLRNRKNEILEMNKLIQRLQQETENVKAQRCKLEGAIAEAEQQGEAALNDAKCKL
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NP_149 SSSRGGLV---CG-PEPLVAGSTL-SRGGVTFSGSSSV---CATSGVLASCGPSLGGARV
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