Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0396
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0396, 1040 aa
1>>>pF1KE0396 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3211+/-0.00096; mu= 22.1581+/- 0.058
mean_var=83.2420+/-16.890, 0's: 0 Z-trim(106.0): 70 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.140573
statistics sampled from 8656 (8727) to 8656 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.268), width: 16
Scan time: 4.700
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10746.1 NOD2 gene_id:64127|Hs108|chr16 (1040) 7022 1434.9 0
CCDS5427.1 NOD1 gene_id:10392|Hs108|chr7 ( 953) 1366 287.8 7.5e-77
CCDS62784.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1004) 455 103.0 3.2e-21
CCDS12864.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1061) 455 103.1 3.4e-21
CCDS62785.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1062) 455 103.1 3.4e-21
CCDS73817.1 NLRC3 gene_id:197358|Hs108|chr16 (1065) 378 87.5 1.7e-16
CCDS60680.1 NLRP6 gene_id:171389|Hs108|chr11 ( 891) 364 84.6 1.1e-15
CCDS7693.1 NLRP6 gene_id:171389|Hs108|chr11 ( 892) 364 84.6 1.1e-15
CCDS10544.1 CIITA gene_id:4261|Hs108|chr16 (1130) 341 80.0 3.2e-14
CCDS73826.1 CIITA gene_id:4261|Hs108|chr16 (1131) 341 80.0 3.2e-14
CCDS7784.1 NLRP10 gene_id:338322|Hs108|chr11 ( 655) 338 79.2 3.3e-14
CCDS12934.1 NLRP9 gene_id:338321|Hs108|chr19 ( 991) 306 72.8 4e-12
CCDS32537.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1375) 299 71.5 1.4e-11
CCDS58508.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1399) 299 71.5 1.4e-11
CCDS42245.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1429) 299 71.5 1.4e-11
CCDS42244.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1443) 299 71.5 1.4e-11
CCDS42246.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1473) 299 71.6 1.4e-11
CCDS54318.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1039) 297 71.0 1.5e-11
CCDS54319.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1040) 297 71.0 1.5e-11
CCDS12913.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1062) 297 71.0 1.5e-11
CCDS77654.1 LRRC74B gene_id:400891|Hs108|chr22 ( 392) 291 69.4 1.6e-11
CCDS82402.1 NLRP8 gene_id:126205|Hs108|chr19 (1029) 285 68.6 7.9e-11
CCDS12937.1 NLRP8 gene_id:126205|Hs108|chr19 (1048) 285 68.6 8e-11
CCDS7697.1 RNH1 gene_id:6050|Hs108|chr11 ( 461) 280 67.3 8.7e-11
>>CCDS10746.1 NOD2 gene_id:64127|Hs108|chr16 (1040 aa)
initn: 7022 init1: 7022 opt: 7022 Z-score: 7691.9 bits: 1434.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7022; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MGEEGGSASHDEEERASVLLGHSPGCEMCSQEAFQAQRSQLVELLVSGSLEGFESVLDWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MGEEGGSASHDEEERASVLLGHSPGCEMCSQEAFQAQRSQLVELLVSGSLEGFESVLDWL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 LSWEVLSWEDYEGFHLLGQPLSHLARRLLDTVWNKGTWACQKLIAAAQEAQADSQSPKLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LSWEVLSWEDYEGFHLLGQPLSHLARRLLDTVWNKGTWACQKLIAAAQEAQADSQSPKLH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GCWDPHSLHPARDLQSHRPAIVRRLHSHVENMLDLAWERGFVSQYECDEIRLPIFTPSQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GCWDPHSLHPARDLQSHRPAIVRRLHSHVENMLDLAWERGFVSQYECDEIRLPIFTPSQR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 ARRLLDLATVKANGLAAFLLQHVQELPVPLALPLEAATCKKYMAKLRTTVSAQSRFLSTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ARRLLDLATVKANGLAAFLLQHVQELPVPLALPLEAATCKKYMAKLRTTVSAQSRFLSTY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 DGAETLCLEDIYTENVLEVWADVGMAGPPQKSPATLGLEELFSTPGHLNDDADTVLVVGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DGAETLCLEDIYTENVLEVWADVGMAGPPQKSPATLGLEELFSTPGHLNDDADTVLVVGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 AGSGKSTLLQRLHLLWAAGQDFQEFLFVFPFSCRQLQCMAKPLSVRTLLFEHCCWPDVGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AGSGKSTLLQRLHLLWAAGQDFQEFLFVFPFSCRQLQCMAKPLSVRTLLFEHCCWPDVGQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 EDIFQLLLDHPDRVLLTFDGFDEFKFRFTDRERHCSPTDPTSVQTLLFNLLQGNLLKNAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EDIFQLLLDHPDRVLLTFDGFDEFKFRFTDRERHCSPTDPTSVQTLLFNLLQGNLLKNAR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 KVVTSRPAAVSAFLRKYIRTEFNLKGFSEQGIELYLRKRHHEPGVADRLIRLLQETSALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KVVTSRPAAVSAFLRKYIRTEFNLKGFSEQGIELYLRKRHHEPGVADRLIRLLQETSALH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 GLCHLPVFSWMVSKCHQELLLQEGGSPKTTTDMYLLILQHFLLHATPPDSASQGLGPSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GLCHLPVFSWMVSKCHQELLLQEGGSPKTTTDMYLLILQHFLLHATPPDSASQGLGPSLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 RGRLPTLLHLGRLALWGLGMCCYVFSAQQLQAAQVSPDDISLGFLVRAKGVVPGSTAPLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RGRLPTLLHLGRLALWGLGMCCYVFSAQQLQAAQVSPDDISLGFLVRAKGVVPGSTAPLE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 FLHITFQCFFAAFYLALSADVPPALLRHLFNCGRPGNSPMARLLPTMCIQASEGKDSSVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FLHITFQCFFAAFYLALSADVPPALLRHLFNCGRPGNSPMARLLPTMCIQASEGKDSSVA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 ALLQKAEPHNLQITAAFLAGLLSREHWGLLAECQTSEKALLRRQACARWCLARSLRKHFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ALLQKAEPHNLQITAAFLAGLLSREHWGLLAECQTSEKALLRRQACARWCLARSLRKHFH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 SIPPAAPGEAKSVHAMPGFIWLIRSLYEMQEERLARKAARGLNVGHLKLTFCSVGPTECA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SIPPAAPGEAKSVHAMPGFIWLIRSLYEMQEERLARKAARGLNVGHLKLTFCSVGPTECA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE0 ALAFVLQHLRRPVALQLDYNSVGDIGVEQLLPCLGVCKALYLRDNNISDRGICKLIECAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ALAFVLQHLRRPVALQLDYNSVGDIGVEQLLPCLGVCKALYLRDNNISDRGICKLIECAL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 HCEQLQKLALFNNKLTDGCAHSMAKLLACRQNFLALRLGNNYITAAGAQVLAEGLRGNTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HCEQLQKLALFNNKLTDGCAHSMAKLLACRQNFLALRLGNNYITAAGAQVLAEGLRGNTS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 LQFLGFWGNRVGDEGAQALAEALGDHQSLRWLSLVGNNIGSVGAQALALMLAKNVMLEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LQFLGFWGNRVGDEGAQALAEALGDHQSLRWLSLVGNNIGSVGAQALALMLAKNVMLEEL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE0 CLEENHLQDEGVCSLAEGLKKNSSLKILKLSNNCITYLGAEALLQALERNDTILEVWLRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CLEENHLQDEGVCSLAEGLKKNSSLKILKLSNNCITYLGAEALLQALERNDTILEVWLRG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KE0 NTFSLEEVDKLGCRDTRLLL
::::::::::::::::::::
CCDS10 NTFSLEEVDKLGCRDTRLLL
1030 1040
>>CCDS5427.1 NOD1 gene_id:10392|Hs108|chr7 (953 aa)
initn: 1236 init1: 760 opt: 1366 Z-score: 1493.2 bits: 287.8 E(32554): 7.5e-77
Smith-Waterman score: 1583; 35.0% identity (62.9% similar) in 946 aa overlap (125-1027:13-940)
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 KGTWACQKLIAAAQEAQADSQSPKLHGCWDPHSLHP-ARDLQSHRPAIVRRLHSHVENML
: :: . :.:.: .: .... .. ..
CCDS54 MEEQGHSEMEIIPSESHPHIQLLKSNRELLVTHIRN-TQCLV
10 20 30 40
160 170 180 190 200
pF1KE0 DLAWERGFVSQYECDEIRLPIFTPSQRARRLLDLATVKANGLAAFLLQHVQEL-------
: . . : : :: : ...:..:::. :.. .. :.: .:.:
CCDS54 DNLLKNDYFSA-EDAEIVCACPTQPDKVRKILDLVQSKGEEVSEFFLYLLQQLADAYVDL
50 60 70 80 90 100
210 220 230 240 250
pF1KE0 -PVPLAL---P---------LEAATCKKYMAKLRTTVSAQSRFLSTYDGAETLCLEDIYT
: : . : ... ..: .:: .. .:.:. : : : ::.::
CCDS54 RPWLLEIGFSPSLLTQSKVVVNTDPVSRYTQQLRHHLGRDSKFVLCYAQKEELLLEEIYM
110 120 130 140 150 160
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 ENVLEVWADVGMAGPPQKSPATLGLEELFSTPGHLNDDADTVLVVGEAGSGKSTLLQRLH
....:. ::... : .:. : : : ::....:....:.:: ::: :::::.
CCDS54 DTIMEL---VGFSNESLGSLNSLACL-LDHTTGILNEQGETIFILGDAGVGKSMLLQRLQ
170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KE0 LLWAAGQDFQEFLFVFPFSCRQLQCMAKP--LSVRTLLFEHCCWPDVGQEDIFQLLLDHP
:::.:. : : : ::...:. . : .. :::.: :.:. :..: .:: :
CCDS54 SLWATGRLDAGVKFFFHFRCRMFSCFKESDRLCLQDLLFKHYCYPERDPEEVFAFLLRFP
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420
pF1KE0 DRVLLTFDGFDEFKFRFTDRER----HCSPTDPTSVQTLLFNLLQGNLLKNARKVVTSRP
.:.::::.::.. . : : : : .:. .:: :::.:.:::.: :..:.:
CCDS54 HVALFTFDGLDELHSDL-DLSRVPDSSC-PWEPAHPLVLLANLLSGKLLKGASKLLTART
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 AAVSAFLRKYIRTEFNLKGFSEQGIELYLRKRHHEPGVADRLIRLLQETSALHGLCHLPV
. :...: . :.::: . .. : :. : .. :::. :. . : .:: .:.
CCDS54 GI--EVPRQFLRKKVLLRGFSPSHLRAYARRMFPERALQDRLLSQLEANPNLCSLCSVPL
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530
pF1KE0 FSWMVSKCHQELLLQEGGSPK------TTTDMYLLILQHFLLHATPPDSASQGL-GP--S
: :.. .: :.. :::. : ::..::. . : . : . .... .: .
CCDS54 FCWIIFRCFQHFRAAFEGSPQLPDCTMTLTDVFLLVTEVHLNRMQPSSLVQRNTRSPVET
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KE0 LLRGRLPTLLHLGRLALWGLGMCCYVFSAQQLQAAQVSPDDISLGFLVRAKGVVPGSTAP
: :: :: ::..: :. .::. ...::. .. :..:::: . ::.
CCDS54 LHAGR-DTLCSLGQVAHRGMEKSLFVFTQEEVQASGLQERDMQLGFLRALPELGPGGDQQ
460 470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KE0 -LEFLHITFQCFFAAFYLALSADVPPALLRHLFN-----CGRPGNSPMARLLPTMCIQAS
::.:.:.: ::.::.:.:. : : ..:. : .: . .:: .:.:.:
CCDS54 SYEFFHLTLQAFFTAFFLVLDDRVGTQELLRFFQEWMPPAGAATTSCYPPFLPFQCLQGS
520 530 540 550 560 570
660 670 680 690 700 710
pF1KE0 EGKDSSVAALLQKAEPHNLQITAAFLAGLLSREHWGLLAECQTSEKALLRRQACARWC-L
. . : : . : .:.: :: ::::. . :: . : :::. : : :
CCDS54 ----GPAREDLFKNKDH-FQFTNLFLCGLLSKAKQKLLR--HLVPAAALRRKRKALWAHL
580 590 600 610 620
720 730 740 750 760 770
pF1KE0 ARSLRKHFHSIPPAAPGEAKSVHAMPGFIWLIRSLYEMQEERLARKAARGLNVGHLKLTF
::: ...:.: . ..:.::: :::..: .:: : ..... ::::. ...::::.
CCDS54 FSSLRGYLKSLPRVQVESFNQVQAMPTFIWMLRCIYETQSQKVGQLAARGICANYLKLTY
630 640 650 660 670 680
780 790 800 810 820 830
pF1KE0 CSVGPTECAALAFVLQHLRRPVALQLDYNSVGDIGVEQLLPCLGVCKALYLRDNNISDRG
:.. ..:.::.:::.:. . .::.:: :...: ::..: ::.. .: : :.:.: :
CCDS54 CNACSADCSALSFVLHHFPKRLALDLDNNNLNDYGVRELQPCFSRLTVLRLSVNQITDGG
690 700 710 720 730 740
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 ICKLIECALHCEQLQKLALFNNKLTDGCAHSMAKLLACRQNFLALRLGNNYITAAGAQVL
. : : . . . :.:.::..:: :. ..:.: ... :.::.: ::. :.. :
CCDS54 VKVLSEELTKYKIVTYLGLYNNQITDVGARYVTKILDECKGLTHLKLGKNKITSEGGKYL
750 760 770 780 790 800
900 910 920 930 940 950
pF1KE0 AEGLRGNTSLQFLGFWGNRVGDEGAQALAEALGDHQSLRWLSLVGNNIGSVGAQALALML
: ..... :.. .:.:::.::::::.:.:::: .: :: :::..:.:.. :...:: :
CCDS54 ALAVKNSKSISEVGMWGNQVGDEGAKAFAEALRNHPSLTTLSLASNGISTEGGKSLARAL
810 820 830 840 850 860
960 970 980 990 1000 1010
pF1KE0 AKNVMLEELCLEENHLQDEGVCSLAEGLKKNSSLKILKLSNNCITYLGAEALLQALERND
.:. :: : : .:.:.:: . :::: :: :..:: : : .: :: :. : .::. :
CCDS54 QQNTSLEILWLTQNELNDEVAESLAEMLKVNQTLKHLWLIQNQITAKGTAQLADALQSNT
870 880 890 900 910 920
1020 1030 1040
pF1KE0 TILEVWLRGNTFSLEEVDKLGCRDTRLLL
: :. : :: .. ::
CCDS54 GITEICLNGNLIKPEEAKVYEDEKRIICF
930 940 950
>>CCDS62784.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1004 aa)
initn: 323 init1: 98 opt: 455 Z-score: 494.4 bits: 103.0 E(32554): 3.2e-21
Smith-Waterman score: 606; 26.3% identity (52.6% similar) in 779 aa overlap (270-1031:190-876)
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 YDGAETLCLEDIYTENVLEVWADVGMAGPPQKSPATLGLEELFSTPGHLNDDADTVLVVG
: :: . .: :: . . ::.. :
CCDS62 LLLVKEHSNPMQVQQQLLDTGRGHARTVGHQASP--IKIETLFEPDEERPEPPRTVVMQG
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 EAGSGKSTLLQRLHLLWAAGQDFQ-EFLFVFPFSCRQLQCMAKPLSVRTLLFEHCCWPDV
:: ::: : ... : :: :. :: .: ..: ..::... : :.. :.: :::.
CCDS62 AAGIGKSMLAHKVMLDWADGKLFQGRFDYLFYINCREMNQSATECSMQDLIF--SCWPEP
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 GQEDIFQLLLDHPDRVLLTFDGFDEFKFRFTDRERH-CSPTDPTSVQTLLFN-LLQGNLL
. .: :. :.:.:. .:::::.: : : . : . ::.: :.. .::
CCDS62 SAP--LQELIRVPERLLFIIDGFDELKPSFHDPQGPWCLCWEEKRPTELLLNSLIRKKLL
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 KNARKVVTSRPAAVSAFLR--KYIRTEFNLKGFSEQGIELYLRKRHHEPGVADRLIRLLQ
. ..:.::.:. . : .. : . .. :::: . :. : :. : ... ..
CCDS62 PELSLLITTRPTALEKLHRLLEHPR-HVEILGFSEAERKEYFYKYFHNAEQAGQVFNYVR
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520
pF1KE0 ETSALHGLCHLPVFSWMVSKCHQELLLQEGG-----SPKTTTDMYLLILQHFLLHATPPD
.. : .: .:. :.: : :. : ::: . .::: .:.: : .. :
CCDS62 DNEPLFTMCFVPLVCWVVCTCLQQQL--EGGGLLRQTSRTTTAVYMLYLLSLM---QPKP
400 410 420 430 440
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 SASQGLGPSLLRGRLPTLLHLGRLALWGLGMCCYVFSAQQLQAAQVSPDDIS--LGFLVR
.: . : :: : :. .::. . .: :.:. .. .:.: :.. .
CCDS62 GAPRLQPPPNQRG----LCSLAADGLWNQKI---LFEEQDLRKHGLDGEDVSAFLNMNIF
450 460 470 480 490 500
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 AKGVVPGSTAPLEFLHITFQCFFAAFYLALSADVPPALLRHLFNCGRPGNSPMARLLPTM
: . . :.:..:: ::::.: .... :. : .:
CCDS62 QKDI--NCERYYSFIHLSFQEFFAAMY-------------YILDEGEGGAGP--------
510 520 530
650 660 670 680 690 700
pF1KE0 CIQASEGKDSSVAALLQKAEPHNLQITAAFLAGLLSREHWGLLAECQTSEKALLRRQACA
:..:. :: . . .::: : :: .::: : :. :... :
CCDS62 --------DQDVTRLLTEYAFSE----RSFLA-LTSRFLFGLLNEETRSH---LEKSLC-
540 550 560 570 580
710 720 730 740 750 760
pF1KE0 RWCLARSLRKHFHS-IPPAAPGEAKSVHAMPGFIWLIRSLYEMQEERLARKAARGLNVGH
: .. .. . . : : ....... : . .. :::.:::.. ..: ..:
CCDS62 -WKVSPHIKMDLLQWIQSKAQSDGSTLQQ--GSLEFFSCLYEIQEEEFIQQA-----LSH
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CCDS60 ELPALGGPEAAPCTDPFEAASGARVLGGLLSKALLPTALLLVTTRAAAPGRLQGRLCSPQ
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