FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0451, 308 aa
  1>>>pF1KE0451 308 - 308 aa - 308 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.4654+/-0.000359; mu= 20.4593+/- 0.023
 mean_var=62.0476+/-13.132, 0's: 0 Z-trim(114.5): 10  B-trim: 1727 in 2/53
 Lambda= 0.162822
 statistics sampled from 24438 (24448) to 24438 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.287), width:  16
 Scan time:  7.680

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001122388 (OMIM: 608061) mitochondrial import r ( 361) 1319 318.3 1.5e-86
NP_001122389 (OMIM: 608061) mitochondrial import r ( 361) 1319 318.3 1.5e-86
NP_006105 (OMIM: 608061) mitochondrial import rece ( 361) 1319 318.3 1.5e-86
XP_005258468 (OMIM: 608061) PREDICTED: mitochondri ( 335) 1080 262.1 1.1e-69


>>NP_001122388 (OMIM: 608061) mitochondrial import recep  (361 aa)
 initn: 1340 init1: 1319 opt: 1319  Z-score: 1674.9  bits: 318.3 E(85289): 1.5e-86
Smith-Waterman score: 1319; 64.6% identity (89.5% similar) in 285 aa overlap (24-308:77-361)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE0        MGNTLGLAPMGTLPRRSPRREEPLPNPGSFDELHRLCKDVFPAQMEGVKLVVN
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NP_001 GTSTSRSSERTPGAATASASGAAEDGACGCLPNPGTFEECHRKCKELFPIQMEGVKLTVN
         50        60        70        80        90       100      

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE0 KVLSSHFQVAHTIHMSALGLPGYHLHAAYAGDWQLSPTEVFPTVVGDMDSSGSLNAQVLL
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NP_001 KGLSNHFQVNHTVALSTIGESNYHFGVTYVGTKQLSPTEAFPVLVGDMDNSGSLNAQVIH
        110       120       130       140       150       160      

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE0 LLAERLRAKAVFQTQQAKFLTWQFDGEYRGDDYTATLTLGNPDLIGESVIMVAHFLQSLT
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NP_001 QLGPGLRSKMAIQTQQSKFVNWQVDGEYRGSDFTAAVTLGNPDVLVGSGILVAHYLQSIT
        170       180       190       200       210       220      

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE0 HRLVLGGELVYHRRPGEEGAILTLAGKYSAVHWVATLNVGSGGAHASYYHRANEQVQVGV
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NP_001 PCLALGGELVYHRRPGEEGTVMSLAGKYTLNNWLATVTLGQAGMHATYYHKASDQLQVGV
        230       240       250       260       270       280      

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE0 EFEANTRLQDTTFSFGYHLTLPQANMVFRGLVDSNWCVGAVLEKKMPPLPVTLALGAFLN
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NP_001 EFEASTRMQDTSVSFGYQLDLPKANLLFKGSVDSNWIVGATLEKKLPPLPLTLALGAFLN
        290       300       310       320       330       340      

           300        
pF1KE0 HWRNRFHCGFSITVG
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NP_001 HRKNKFQCGFGLTIG
        350       360 

>>NP_001122389 (OMIM: 608061) mitochondrial import recep  (361 aa)
 initn: 1340 init1: 1319 opt: 1319  Z-score: 1674.9  bits: 318.3 E(85289): 1.5e-86
Smith-Waterman score: 1319; 64.6% identity (89.5% similar) in 285 aa overlap (24-308:77-361)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE0        MGNTLGLAPMGTLPRRSPRREEPLPNPGSFDELHRLCKDVFPAQMEGVKLVVN
                                     :::::.:.: :: ::..:: :::::::.::
NP_001 GTSTSRSSERTPGAATASASGAAEDGACGCLPNPGTFEECHRKCKELFPIQMEGVKLTVN
         50        60        70        80        90       100      

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE0 KVLSSHFQVAHTIHMSALGLPGYHLHAAYAGDWQLSPTEVFPTVVGDMDSSGSLNAQVLL
       : ::.:::: ::. .:..:  .::. ..:.:  ::::::.::..:::::.::::::::. 
NP_001 KGLSNHFQVNHTVALSTIGESNYHFGVTYVGTKQLSPTEAFPVLVGDMDNSGSLNAQVIH
        110       120       130       140       150       160      

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE0 LLAERLRAKAVFQTQQAKFLTWQFDGEYRGDDYTATLTLGNPDLIGESVIMVAHFLQSLT
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NP_001 QLGPGLRSKMAIQTQQSKFVNWQVDGEYRGSDFTAAVTLGNPDVLVGSGILVAHYLQSIT
        170       180       190       200       210       220      

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE0 HRLVLGGELVYHRRPGEEGAILTLAGKYSAVHWVATLNVGSGGAHASYYHRANEQVQVGV
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NP_001 PCLALGGELVYHRRPGEEGTVMSLAGKYTLNNWLATVTLGQAGMHATYYHKASDQLQVGV
        230       240       250       260       270       280      

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE0 EFEANTRLQDTTFSFGYHLTLPQANMVFRGLVDSNWCVGAVLEKKMPPLPVTLALGAFLN
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NP_001 EFEASTRMQDTSVSFGYQLDLPKANLLFKGSVDSNWIVGATLEKKLPPLPLTLALGAFLN
        290       300       310       320       330       340      

           300        
pF1KE0 HWRNRFHCGFSITVG
       : .:.:.:::..:.:
NP_001 HRKNKFQCGFGLTIG
        350       360 

>>NP_006105 (OMIM: 608061) mitochondrial import receptor  (361 aa)
 initn: 1340 init1: 1319 opt: 1319  Z-score: 1674.9  bits: 318.3 E(85289): 1.5e-86
Smith-Waterman score: 1319; 64.6% identity (89.5% similar) in 285 aa overlap (24-308:77-361)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE0        MGNTLGLAPMGTLPRRSPRREEPLPNPGSFDELHRLCKDVFPAQMEGVKLVVN
                                     :::::.:.: :: ::..:: :::::::.::
NP_006 GTSTSRSSERTPGAATASASGAAEDGACGCLPNPGTFEECHRKCKELFPIQMEGVKLTVN
         50        60        70        80        90       100      

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE0 KVLSSHFQVAHTIHMSALGLPGYHLHAAYAGDWQLSPTEVFPTVVGDMDSSGSLNAQVLL
       : ::.:::: ::. .:..:  .::. ..:.:  ::::::.::..:::::.::::::::. 
NP_006 KGLSNHFQVNHTVALSTIGESNYHFGVTYVGTKQLSPTEAFPVLVGDMDNSGSLNAQVIH
        110       120       130       140       150       160      

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE0 LLAERLRAKAVFQTQQAKFLTWQFDGEYRGDDYTATLTLGNPDLIGESVIMVAHFLQSLT
        :.  ::.: ..::::.::..:: ::::::.:.::..::::::..  : :.:::.:::.:
NP_006 QLGPGLRSKMAIQTQQSKFVNWQVDGEYRGSDFTAAVTLGNPDVLVGSGILVAHYLQSIT
        170       180       190       200       210       220      

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE0 HRLVLGGELVYHRRPGEEGAILTLAGKYSAVHWVATLNVGSGGAHASYYHRANEQVQVGV
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NP_006 PCLALGGELVYHRRPGEEGTVMSLAGKYTLNNWLATVTLGQAGMHATYYHKASDQLQVGV
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           240       250       260       270       280       290   
pF1KE0 EFEANTRLQDTTFSFGYHLTLPQANMVFRGLVDSNWCVGAVLEKKMPPLPVTLALGAFLN
       ::::.::.:::. ::::.: ::.::..:.: ::::: :::.::::.::::.:::::::::
NP_006 EFEASTRMQDTSVSFGYQLDLPKANLLFKGSVDSNWIVGATLEKKLPPLPLTLALGAFLN
        290       300       310       320       330       340      

           300        
pF1KE0 HWRNRFHCGFSITVG
       : .:.:.:::..:.:
NP_006 HRKNKFQCGFGLTIG
        350       360 

>>XP_005258468 (OMIM: 608061) PREDICTED: mitochondrial i  (335 aa)
 initn: 1095 init1: 1074 opt: 1080  Z-score: 1371.9  bits: 262.1 E(85289): 1.1e-69
Smith-Waterman score: 1080; 59.5% identity (86.8% similar) in 257 aa overlap (24-280:77-331)

                      10        20        30        40        50   
pF1KE0        MGNTLGLAPMGTLPRRSPRREEPLPNPGSFDELHRLCKDVFPAQMEGVKLVVN
                                     :::::.:.: :: ::..:: :::::::.::
XP_005 GTSTSRSSERTPGAATASASGAAEDGACGCLPNPGTFEECHRKCKELFPIQMEGVKLTVN
         50        60        70        80        90       100      

            60        70        80        90       100       110   
pF1KE0 KVLSSHFQVAHTIHMSALGLPGYHLHAAYAGDWQLSPTEVFPTVVGDMDSSGSLNAQVLL
       : ::.:::: ::. .:..:  .::. ..:.:  ::::::.::..:::::.::::::::. 
XP_005 KGLSNHFQVNHTVALSTIGESNYHFGVTYVGTKQLSPTEAFPVLVGDMDNSGSLNAQVIH
        110       120       130       140       150       160      

           120       130       140       150       160       170   
pF1KE0 LLAERLRAKAVFQTQQAKFLTWQFDGEYRGDDYTATLTLGNPDLIGESVIMVAHFLQSLT
        :.  ::.: ..::::.::..:: ::::::.:.::..::::::..  : :.:::.:::.:
XP_005 QLGPGLRSKMAIQTQQSKFVNWQVDGEYRGSDFTAAVTLGNPDVLVGSGILVAHYLQSIT
        170       180       190       200       210       220      

           180       190       200       210       220       230   
pF1KE0 HRLVLGGELVYHRRPGEEGAILTLAGKYSAVHWVATLNVGSGGAHASYYHRANEQVQVGV
         :.:::::::::::::::....:::::.  .:.::...:..: ::.:::.:..:.::::
XP_005 PCLALGGELVYHRRPGEEGTVMSLAGKYTLNNWLATVTLGQAGMHATYYHKASDQLQVGV
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           240       250       260       270       280       290   
pF1KE0 EFEANTRLQDTTFSFGYHLTLPQANMVFRGLVDSNWCVGAVLEKKMPPLPVTLALGAFLN
       ::::.::.:::. ::::.: ::.::..:.:   .. :....  . .:             
XP_005 EFEASTRMQDTSVSFGYQLDLPKANLLFKG--AGGQCAATLWASTLPGNTC         
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           300        
pF1KE0 HWRNRFHCGFSITVG




308 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 07:57:53 2016 done: Thu Nov  3 07:57:54 2016
 Total Scan time:  7.680 Total Display time: -0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]