FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0483, 343 aa 1>>>pF1KE0483 343 - 343 aa - 343 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0968+/-0.00037; mu= 12.9203+/- 0.023 mean_var=84.8770+/-16.516, 0's: 0 Z-trim(115.1): 38 B-trim: 39 in 1/50 Lambda= 0.139213 statistics sampled from 25252 (25290) to 25252 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.297), width: 16 Scan time: 6.190 The best scores are: opt bits E(85289) NP_085144 (OMIM: 607256) apolipoprotein L6 [Homo s ( 343) 2204 452.3 6.8e-127 XP_011528694 (OMIM: 607256) PREDICTED: apolipoprot ( 343) 2204 452.3 6.8e-127 XP_016884434 (OMIM: 607255) PREDICTED: apolipoprot ( 361) 626 135.4 1.8e-31 XP_006724384 (OMIM: 607255) PREDICTED: apolipoprot ( 417) 626 135.5 2e-31 NP_085145 (OMIM: 607255) apolipoprotein L5 [Homo s ( 433) 626 135.5 2.1e-31 NP_085147 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 331) 530 116.1 1.1e-25 NP_663614 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 331) 530 116.1 1.1e-25 NP_055164 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 331) 530 116.1 1.1e-25 XP_006724388 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 331) 530 116.1 1.1e-25 XP_006724387 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 331) 530 116.1 1.1e-25 XP_016884435 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332) 530 116.1 1.1e-25 XP_016884438 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332) 530 116.1 1.1e-25 XP_016884439 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332) 530 116.1 1.1e-25 XP_016884440 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332) 530 116.1 1.1e-25 XP_016884437 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332) 530 116.1 1.1e-25 XP_016884436 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 332) 530 116.1 1.1e-25 NP_663615 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 402) 530 116.2 1.3e-25 NP_663612 (OMIM: 181500,607252) apolipoprotein L2 ( 337) 502 110.5 5.3e-24 XP_011528376 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337) 502 110.5 5.3e-24 XP_011528377 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337) 502 110.5 5.3e-24 XP_011528379 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337) 502 110.5 5.3e-24 XP_011528378 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337) 502 110.5 5.3e-24 XP_011528380 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 337) 502 110.5 5.3e-24 NP_112092 (OMIM: 181500,607252) apolipoprotein L2 ( 337) 502 110.5 5.3e-24 XP_016884213 (OMIM: 181500,607252) PREDICTED: apol ( 449) 502 110.6 6.8e-24 XP_011528780 (OMIM: 603743,612551) PREDICTED: apol ( 277) 487 107.5 3.7e-23 NP_001130013 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein ( 380) 487 107.5 4.8e-23 XP_005261853 (OMIM: 603743,612551) PREDICTED: apol ( 380) 487 107.5 4.8e-23 NP_001130012 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein ( 398) 487 107.5 5e-23 NP_003652 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein L1 ( 398) 487 107.5 5e-23 NP_663318 (OMIM: 603743,612551) apolipoprotein L1 ( 414) 487 107.5 5.1e-23 NP_663616 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 202) 371 84.1 2.9e-16 XP_016884441 (OMIM: 607253) PREDICTED: apolipoprot ( 202) 371 84.1 2.9e-16 NP_663617 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform ( 202) 371 84.1 2.9e-16 NP_085146 (OMIM: 181500,607254) apolipoprotein L4 ( 348) 254 60.7 5.4e-09 NP_663693 (OMIM: 181500,607254) apolipoprotein L4 ( 351) 254 60.7 5.5e-09 NP_110444 (OMIM: 612456) apolipoprotein L domain-c ( 248) 180 45.8 0.00012 NP_001123887 (OMIM: 612456) apolipoprotein L domai ( 279) 180 45.8 0.00013 >>NP_085144 (OMIM: 607256) apolipoprotein L6 [Homo sapie (343 aa) initn: 2204 init1: 2204 opt: 2204 Z-score: 2399.1 bits: 452.3 E(85289): 6.8e-127 Smith-Waterman score: 2204; 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XP_016 AITNIVTNVLENRSNSAARDKASRLGPLTTSHEAFGGINWSE-IEAAGFCVNKCVKAIQ- 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 AKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVM . :...:. ..: . .: ... .. . ::.:: :::::::..: :.:.. XP_016 GIKDLHAYQMAKSNSGFMAMVKNFVAKRHIPFWTARGVQRAFEGTTLAMTNGAWVMGAAG 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 pF1KE0 SAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQKVR--- ..: : :.... . ::::..::::. :::::: : .::..: .::: .. : ::. 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NP_085 GLGAAAAITNIVTNVLENRSNSAARDKASRLGPLTTSHEAFGGINWSE-IEAAGFCVNKC 180 190 200 210 220 230 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 RNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANATKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNAR .... . :...:. ..: . .: ... .. . ::.:: :::::::..: NP_085 VKAIQ-GIKDLHAYQMAKSNSGFMAMVKNFVAKRHIPFWTARGVQRAFEGTTLAMTNGAW 240 250 260 270 280 290 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 VLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLKEGARTKFAEELRAKALELERKLTELTQLYKSLQQ :.:.. ..: : :.... . ::::..::::. :::::: : .::..: .::: .. : : NP_085 VMGAAGAGFLLMKDMSSFLQSWKHLEDGARTETAEELRALAKKLEQELDRLTQHHRHLPQ 300 310 320 330 340 350 300 310 320 330 340 pF1KE0 KVR---SRARGVGKDLTGTCETEAYWKELREHVWMWLWLCVCLCVCVYVQFT :. : .:: NP_085 KASQTCSSSRGRAVRGSRVVKPEGSRSPLPWPVVEHQPRLGPGVALRTPKRTVSAPRMLG 360 370 380 390 400 410 >>NP_085147 (OMIM: 607253) apolipoprotein L3 isoform 2 [ (331 aa) initn: 591 init1: 325 opt: 530 Z-score: 582.3 bits: 116.1 E(85289): 1.1e-25 Smith-Waterman score: 536; 36.8% identity (68.9% similar) in 302 aa overlap (2-292:31-325) 10 20 pF1KE0 MDNQAERESEAGVGLQRDEDDA--------- .:.: .. ... : ::: :: NP_085 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLR 10 20 30 40 50 60 30 40 50 60 70 80 pF1KE0 --PLCEDVELQDGDLSPEEKIFLREFPRLKEDLKGNIDKLRALADDIDKTHKKFTKANMV :: .:. : . .: ::.:::..:. .. .:.::::::. :...:. : .:.: NP_085 TYAAIEDEYVQQKDEQFREW-FLKEFPQVKRKIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVV 70 80 90 100 110 90 100 110 120 130 140 pF1KE0 ATSTAVISGVMSLLGLALAPATGGGSLLLSTAGQGLATAAGVTSIVSGTLERSKNKEAQA ..::.. ::.::: ::.::: :.: :: :..:: ::..:..::.:... .:.: .. :.: NP_085 SSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEA 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 pF1KE0 RAEDILPTYDQEDREDEEEKADYVTAAGKIIYNLRNTLKYAKKNVRAFWKLRANPRLANA .: . : .. . .: : . ... : .. . ...::. . :: :: NP_085 EASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQTIGSEIRAIRQARARARLP-- 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 260 pF1KE0 TKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLK .:: ..:. : :.....:::: :....::.:... :.. :. :...: : :::. 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