Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0664
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0664, 392 aa
1>>>pF1KE0664 392 - 392 aa - 392 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1554+/- 0.001; mu= 4.1516+/- 0.061
mean_var=404.1263+/-85.051, 0's: 0 Z-trim(116.2): 102 B-trim: 153 in 1/52
Lambda= 0.063799
statistics sampled from 16658 (16762) to 16658 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.796), E-opt: 0.2 (0.515), width: 16
Scan time: 3.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 ( 392) 2784 269.9 2.9e-72
CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX ( 391) 1934 191.6 1e-48
CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 ( 390) 1779 177.3 2e-44
CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX (1067) 976 104.0 6.5e-22
CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 459) 893 95.9 8e-20
CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 496) 881 94.8 1.8e-19
CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY ( 496) 881 94.8 1.8e-19
CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY ( 496) 881 94.8 1.8e-19
CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY ( 496) 880 94.7 1.9e-19
CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY ( 496) 877 94.5 2.3e-19
CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY ( 496) 877 94.5 2.3e-19
>>CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 (392 aa)
initn: 2784 init1: 2784 opt: 2784 Z-score: 1410.8 bits: 269.9 E(32554): 2.9e-72
Smith-Waterman score: 2784; 99.5% identity (100.0% similar) in 392 aa overlap (1-392:1-392)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
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CCDS77 SPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
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CCDS77 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
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CCDS77 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE0 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
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CCDS77 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
370 380 390
>>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX (391 aa)
initn: 1180 init1: 897 opt: 1934 Z-score: 988.0 bits: 191.6 E(32554): 1e-48
Smith-Waterman score: 1934; 73.2% identity (84.8% similar) in 396 aa overlap (1-392:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
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CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RSPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
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CCDS14 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSG-MGG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
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CCDS14 RAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
.::.::::::: ::: : :::::::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.: : :
CCDS14 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
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CCDS14 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMER
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE0 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
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CCDS14 GYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
360 370 380 390
>>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 (390 aa)
initn: 1257 init1: 873 opt: 1779 Z-score: 910.9 bits: 177.3 E(32554): 2e-44
Smith-Waterman score: 1779; 68.9% identity (82.8% similar) in 396 aa overlap (1-392:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
::: :.::::::::::::::: :::::.:: .:.::::: :::: :: . . :::.:: :
CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RSPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
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CCDS71 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSG-MGG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
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CCDS71 RAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
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CCDS71 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
: ::::::..::..: . : :.:.:.::::::: ::: :: . :::: .::: :.::
CCDS71 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYS-SCDRVGRQERGLPPSVER
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE0 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
: : .::::: :. .:::.: :.: .::::::::
CCDS71 GYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
360 370 380 390
>>CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX (1067 aa)
initn: 1374 init1: 799 opt: 976 Z-score: 506.9 bits: 104.0 E(32554): 6.5e-22
Smith-Waterman score: 1338; 55.4% identity (70.1% similar) in 428 aa overlap (1-392:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:.::::: :::::::::.::::::.:::::::.:..:.:::::.::::::::::::::::
CCDS55 MMEADRPEKLFIGGLNLKTDEKALKAEFGKYGHIIKVFLMKDRKTNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
:::::.:::::: :::::: :::. ::::.::: :: : : .: :: . :::::..:.:
CCDS55 DAKAAARDMNGKYLDGKAIMVAQTIKPAFKSSRWVPPTPGSGSRSRFSHRTRGGGSSPQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE0 SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRR-VGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
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CCDS55 PPSQGRPDDGRGYAGYFDLWPYRAPMPRKRGPPPRHWASPPHKRATPSSLAHSVGCGMRG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KE0 RALAVRGRDGYSG-PPRREPLPPRRDPYLGPRDE----GYSS----------RDGYSSRD
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CCDS55 KAPTVSGQDGYSGLQPRRWAGPPHKRAV--PRSSLARIGGSGMPGKAPAVWGQDGYSGPR
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KE0 YREPR-------GFAPSPGEYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRG
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CCDS55 VREPLPPCRDPGDFVPALRDYSRRYYGHSSVPDYRPLRGDGNQNGYRGRDHEYTDHPSKG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 SHREPFESYGELRGAAPGRGTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYS
:.:::..::: :::: ::::::::: :::::.: :::: : ::.: . : ::
CCDS55 SYREPLKSYGGPCGAAPVWGTPPSYGGGCRYEEYQGNSPDACSEGRSSEALPVVLPDAYS
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KE0 RGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPPQRDSYSRSGC------RVP--RGGGRLG-----GRLE
: : . : : : : . : :.. :: : : ..::: . :. .
CCDS55 RD-HSPKAYSGGRS-SSSNGYS-RSDRYGEEGCYEEYRGRSPDAHSGGRNSSSNSYGQSH
360 370 380 390 400 410
390
pF1KE0 RGGGRSRY
. ::..::
CCDS55 HYGGEGRYEEYRGRSHEARSGGRSTDAHSRGRSDDAYSGGHDSSSWSDCCGGGGRYEEYQ
420 430 440 450 460 470
>>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (459 aa)
initn: 620 init1: 275 opt: 893 Z-score: 469.4 bits: 95.9 E(32554): 8e-20
Smith-Waterman score: 914; 46.8% identity (65.9% similar) in 393 aa overlap (1-370:1-381)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS83 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. ::
CCDS83 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
: ::. : :::::. :. . ::. .:.:::: : :::::..:::. ::: : :
CCDS83 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
.: .. : :..:. :::: . :. .. : .::.. :: . . .: : .::
CCDS83 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE-
:..:: :::. ::. ::: :. ..:. :::. ::: .: . :::..
CCDS83 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LRGAAPGRGT----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHR
:. .: : ::: : : :..: :.: ..:: : :: ..::.. ....:
CCDS83 YRNRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHL
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE0 VGRPDRGL--SLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
: : . .: :: : ::. : :
CCDS83 SGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCD
350 360 370 380 390 400
CCDS83 REHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
410 420 430 440 450
>>CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 629 init1: 275 opt: 881 Z-score: 463.1 bits: 94.8 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 905; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. ::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
: ::. : :::::. :. . ::. .:.:::: : :::::..:::. ::: : :
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
.: .. : :..:. :::: . :. .. : .::.. :: . . .: : .::
CCDS35 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
:..:: :::. ::. ::: :. ..:. :::. ::: . ...::. :
CCDS35 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
: : : .: .: : :.: . . : .:. : : . :::: : .: : .
CCDS35 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
::.:: :
CCDS35 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
350 360 370 380 390
>>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 630 init1: 275 opt: 881 Z-score: 463.1 bits: 94.8 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 905; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
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