Result of FASTA (omim) for
pF1KE0664
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0664, 392 aa
1>>>pF1KE0664 392 - 392 aa - 392 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1801+/-0.00042; mu= 10.9469+/- 0.027
mean_var=526.7155+/-111.593, 0's: 0 Z-trim(123.7): 101 B-trim: 2575 in 1/58
Lambda= 0.055884
statistics sampled from 43969 (44123) to 43969 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.798), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16
Scan time: 10.120
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein ( 392) 2784 238.6 1.9e-62
NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif ( 391) 1934 170.1 8.1e-42
XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 385) 1004 95.1 3e-19
NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 459) 892 86.2 1.7e-16
XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 422) 880 85.2 3.2e-16
NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif ( 496) 880 85.3 3.4e-16
XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 435) 707 71.3 5.1e-12
NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding mot ( 196) 430 48.3 1.9e-05
XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 202) 386 44.8 0.00022
NP_001287758 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 297) 386 45.1 0.00026
NP_001287744 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 168) 378 44.0 0.00032
XP_016881726 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 168) 378 44.0 0.00032
NP_001271 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bindin ( 172) 378 44.0 0.00032
XP_006722700 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 172) 378 44.0 0.00032
NP_001307874 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 356) 380 44.8 0.0004
NP_006734 (OMIM: 300027) RNA-binding protein 3 [Ho ( 157) 365 42.9 0.00064
>>NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein, X- (392 aa)
initn: 2784 init1: 2784 opt: 2784 Z-score: 1242.1 bits: 238.6 E(85289): 1.9e-62
Smith-Waterman score: 2784; 99.5% identity (100.0% similar) in 392 aa overlap (1-392:1-392)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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NP_055 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE0 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
370 380 390
>>NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif prot (391 aa)
initn: 1180 init1: 897 opt: 1934 Z-score: 871.8 bits: 170.1 E(85289): 8.1e-42
Smith-Waterman score: 1934; 73.2% identity (84.8% similar) in 396 aa overlap (1-392:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::::::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
::: :.::::::::::::::: :::::.:::.::::::: :::: :: ::: :::.:: :
NP_002 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RSPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
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NP_002 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSG-MGG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
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NP_002 RAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
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NP_002 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
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NP_002 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMER
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE0 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
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NP_002 GYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
360 370 380 390
>>XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (385 aa)
initn: 278 init1: 278 opt: 1004 Z-score: 466.6 bits: 95.1 E(85289): 3e-19
Smith-Waterman score: 1004; 47.6% identity (67.9% similar) in 399 aa overlap (1-392:1-385)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. ::
XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
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XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
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XP_011 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYG-GRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
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XP_011 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RGTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSME
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XP_011 RGPRMSYGGS-TCHAYSN-TRDRYGRSWESYSSC---GDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE0 RGCPPQRDSYSRSG--CRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
: : :.. . :. . :: .: :.: . :::
XP_011 RVLPDPREACGSSSYVASIVDGG---ESRSEKGDS-SRY
360 370 380
>>NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif p (459 aa)
initn: 619 init1: 275 opt: 892 Z-score: 417.2 bits: 86.2 E(85289): 1.7e-16
Smith-Waterman score: 913; 46.8% identity (65.9% similar) in 393 aa overlap (1-370:1-381)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
NP_001 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. ::
NP_001 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
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NP_001 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
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NP_001 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE-
:..:: :::. ::. ::: :. ..:. :::. ::: .: . :::..
NP_001 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LRGAAPGRGT----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHR
:. .: : ::: : : :..: :.: ..:: : :: ..::.. ....:
NP_001 YRNRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHL
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE0 VGRPDRGL--SLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
: : . .: :: : ::. : :
NP_001 SGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCD
350 360 370 380 390 400
NP_001 REHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
410 420 430 440 450
>>XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (422 aa)
initn: 696 init1: 275 opt: 880 Z-score: 412.3 bits: 85.2 E(85289): 3.2e-16
Smith-Waterman score: 904; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. ::
XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
: ::. : :::::. :. . ::. .:.:::: : :::::..:::. ::: : :
XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
.: .. : :..:. :::: . :. .. : .::.. :: . . .: : .::
XP_011 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
:..:: :::. ::. ::: :. ..:. :::. ::: . ...::. :
XP_011 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
: : : .: .: : :.: . . : .:. : : . :::: : .: : .
XP_011 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
::.:: :
XP_011 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
350 360 370 380 390
>>NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif prot (496 aa)
initn: 628 init1: 275 opt: 880 Z-score: 411.7 bits: 85.3 E(85289): 3.4e-16
Smith-Waterman score: 904; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
NP_005 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. ::
NP_005 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
: ::. : :::::. :. . ::. .:.:::: : :::::..:::. ::: : :
NP_005 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
.: .. : :..:. :::: . :. .. : .::.. :: . . .: : .::
NP_005 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
:..:: :::. ::. ::: :. ..:. :::. ::: . ...::. :
NP_005 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
: : : .: .: : :.: . . : .:. : : . :::: : .: : .
NP_005 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
::.:: :
NP_005 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
350 360 370 380 390
>>XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (435 aa)
initn: 619 init1: 275 opt: 707 Z-score: 336.8 bits: 71.3 E(85289): 5.1e-12
Smith-Waterman score: 728; 43.6% identity (63.5% similar) in 353 aa overlap (41-370:17-357)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 FIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPADAKAAVRDMN
::: :.:::::::.:::.::::: :..:::
XP_016 MRRCLKQYLGNMVPYQKDR-TSKSRGFAFITFENPADAKNAAKDMN
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KE0 GKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGPRR-SPSRGGP
:::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. :: : ::. :
XP_016 GKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTRGWLPSHEGH
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 DDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGGMRGRALAVRG
:::::. :. . ::. .:.:::: : :::::..:::. ::: : : .: .. :
XP_016 LDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGSQG-PMSQR-
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTHRDYGHS
:..:. :::: . :. .. : .::.. :: . . .: : .:: :..:: :::
XP_016 RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSRGYAYRDNGHS
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KE0 SVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE-LRGAAPGRGT
. ::. ::: :. ..:. :::. ::: .: . :::.. :. .: :
XP_016 N-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSRET
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 ----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGL--
::: : : :..: :.: ..:: : :: ..::.. ....: : :
XP_016 REYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQ
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390
pF1KE0 SLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
. .: :: : ::. : :
XP_016 RYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQR
340 350 360 370 380 390
>>NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif p (196 aa)
initn: 430 init1: 430 opt: 430 Z-score: 218.9 bits: 48.3 E(85289): 1.9e-05
Smith-Waterman score: 430; 91.9% identity (94.6% similar) in 74 aa overlap (1-74:1-74)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::::::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
::: :.:::::: :
NP_001 DAKDAARDMNGKLLYHVEEIVMEVHLEGNRCPLVEMFICPQEMMGILLKTAIQAEITQVL
70 80 90 100 110 120
>>XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-inducible (202 aa)
initn: 413 init1: 324 opt: 386 Z-score: 199.6 bits: 44.8 E(85289): 0.00022
Smith-Waterman score: 386; 41.8% identity (62.9% similar) in 194 aa overlap (4-187:2-181)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:. ::::.:::...:.:..:: :.:::.: ::...:::::..::::.:::::.
XP_011 MASDEGKLFVGGLSFDTNEQSLEQVFSKYGQISEVVVVKDRETQRSRGFGFVTFENID
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
::: :. :::::.::. :.: :: : . .. :: . :: :.:: :: : :
XP_011 DAKDAMMAMNGKSVDGRQIRVDQAGKSS-DNRSRGYRGGSAGGRG-FFRGGRGRG----R
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE0 SPSRGGPDD----------DGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPA
. :::: : .:::... : ::. .. : : : . . : :
XP_011 GFSRGGGDRGYGGNRFESRSGGYGGSRDYYSSRS---QSGGYSDRSSGGSYRDSYDSYEA
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 RSSGGGMRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRG
:.:..: .. ::
XP_011 -----GQRAEARGIPGRPQTASRLASSAVASRVLSILC
170 180 190 200
>>NP_001287758 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-binding (297 aa)
initn: 417 init1: 324 opt: 386 Z-score: 198.3 bits: 45.1 E(85289): 0.00026
Smith-Waterman score: 386; 35.6% identity (56.0% similar) in 275 aa overlap (4-265:2-258)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:. ::::.:::...:.:..:: :.:::.: ::...:::::..::::.:::::.
NP_001 MASDEGKLFVGGLSFDTNEQSLEQVFSKYGQISEVVVVKDRETQRSRGFGFVTFENID
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
::: :. :::::.::. :.: :: : . .. :: . :: :.:: :: : :
NP_001 DAKDAMMAMNGKSVDGRQIRVDQAGKSS-DNRSRGYRGGSAGGRG-FFRGGRGRG----R
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KE0 SPSRGGPDD----------DGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPS-GP
. :::: : .:::... : ::. .. : : : . . : :
NP_001 GFSRGGGDRGYGGNRFESRSGGYGGSRDYYSSRS---QSGGYSDRSSGGSYRDSYDSYGK
120 130 140 150 160
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..: :. . :...: .. : : : :.. ::.. . : .
NP_001 SHSEGATLLWPAVGAR----FTLVPSPSTLGWTLRPCHCACPEEAHLSSQSHFYRRTQKP
170 180 190 200 210 220
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pF1KE0 PRGFAPSPGEYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYG
. . :: : . .:.: : : : : ::
NP_001 NETDQKGKGE---RGPAGQSARCMCGRRPAS--LGCGGWLLPGRRPRPGLASGVKLPLVA
230 240 250 260 270 280
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pF1KE0 ELRGAAPGRGTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPD
NP_001 SVPLHCACFLSSATHNE
290
392 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]