FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0741, 315 aa
  1>>>pF1KE0741 315 - 315 aa - 315 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6507+/-0.000903; mu= 14.4294+/- 0.054
 mean_var=83.5013+/-16.827, 0's: 0 Z-trim(106.4): 65  B-trim: 102 in 1/49
 Lambda= 0.140355
 statistics sampled from 8935 (8984) to 8935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.276), width:  16
 Scan time:  2.590

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS685.1 GIPC2 gene_id:54810|Hs108|chr1           ( 315) 2036 422.1 2.9e-118
CCDS12310.1 GIPC1 gene_id:10755|Hs108|chr19        ( 333) 1263 265.5 3.9e-71
CCDS32871.1 GIPC3 gene_id:126326|Hs108|chr19       ( 312) 1111 234.7 6.9e-62
CCDS12311.1 GIPC1 gene_id:10755|Hs108|chr19        ( 236) 1062 224.7 5.4e-59


>>CCDS685.1 GIPC2 gene_id:54810|Hs108|chr1                (315 aa)
 initn: 2036 init1: 2036 opt: 2036  Z-score: 2236.8  bits: 422.1 E(32554): 2.9e-118
Smith-Waterman score: 2036; 100.0% identity (100.0% similar) in 315 aa overlap (1-315:1-315)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MPLKLRGKKKAKSKETAGLVEGEPTGAGGGSLSASRAPARRLVFHAQLAHGSATGRVEGF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MPLKLRGKKKAKSKETAGLVEGEPTGAGGGSLSASRAPARRLVFHAQLAHGSATGRVEGF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 SSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHVKGIEKEVNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHVKGIEKEVNV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 YKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIVGWRHYDVAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 YKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIVGWRHYDVAK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 KLKELKKEELFTMKLIEPKKAFEIELRSKAGKSSGEKIGCGRATLRLRSKGPATVEEMPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KLKELKKEELFTMKLIEPKKAFEIELRSKAGKSSGEKIGCGRATLRLRSKGPATVEEMPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 ETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDETLGDFAFPDEFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDETLGDFAFPDEFV
              250       260       270       280       290       300

              310     
pF1KE0 FDVWGVIGDAKRRGL
       :::::::::::::::
CCDS68 FDVWGVIGDAKRRGL
              310     

>>CCDS12310.1 GIPC1 gene_id:10755|Hs108|chr19             (333 aa)
 initn: 856 init1: 764 opt: 1263  Z-score: 1390.5  bits: 265.5 E(32554): 3.9e-71
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)

               10                20        30              40      
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
       ::: :  .:::    ...:.    .::  :::   :::. .. .       :: :  :::
CCDS12 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
               10        20        30        40        50        60

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
       :.:::::: :::.:::....:::..:: ::..  .:...::::: :.::..:::::.:::
CCDS12 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
               70        80        90       100       110       120

          110       120       130       140       150       160    
pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
       ::::::::: .:::.:.::::.:::::::::.:::::::::.:.::: .. : ::: ::.
CCDS12 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
              130       140       150       160       170       180

          170       180       190       200        210        220  
pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
       :::....: :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. :  :: .:. .:: ..: ::
CCDS12 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
              190       200       210       220       230       240

            230       240       250       260       270       280  
pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
       .::::::.::::::..::  . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.
CCDS12 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
              250       260       270       280       290       300

            290       300       310     
pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
       : :::: ::::::::::::::::.:::::    
CCDS12 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              310       320       330   

>>CCDS32871.1 GIPC3 gene_id:126326|Hs108|chr19            (312 aa)
 initn: 1112 init1: 748 opt: 1111  Z-score: 1224.5  bits: 234.7 E(32554): 6.9e-62
Smith-Waterman score: 1111; 57.4% identity (81.0% similar) in 305 aa overlap (9-311:7-308)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MPLKLRGKKKAKSKETAGLVEGEPTGAGGGSLSASRAPARRLVFHAQLAHGSATGRVEGF
               ..:.. ::     . :  : .   .: ::  : :::..:::::: ::..:::
CCDS32   MEGAAAREARGTETP--RASAPPPAPSEPPAAPRARPR-LVFRTQLAHGSPTGKIEGF
                 10          20        30         40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 SSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHVKGIEKEVNV
       ....::::.:: :: :.:.:::.::::. :.::..:::::.::::::::::.:  :::.:
CCDS32 TNVRELYAKIAEAFGIAPTEILFCTLNSHKVDMQKLLGGQIGLEDFIFAHVRGETKEVEV
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 YKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIVGWRHYDVAK
        :.::.:::::::::.:::::::::.:..:. ....:::: ::.:: ..::: :::.:::
CCDS32 TKTEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSIINRIEAVCVGDSIEAINDHSIVGCRHYEVAK
         120       130       140       150       160       170     

              190       200        210        220       230        
pF1KE0 KLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGKSSGE-KIGCGRATLRLRSKGPATVEEM
        :.:: : . ::..:..::.::. :  ::...:   : :.  :: :::::: : ::::: 
CCDS32 MLRELPKSQPFTLRLVQPKRAFDMIGQRSRSSKCPVEAKVTSGRETLRLRSGGAATVEEA
         180       190       200       210       220       230     

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE0 PSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDETLGDFAFPDE
       ::: . .: .:.::.:: :::::: .::.:: :..:  .. .:::  :: .::.::::::
CCDS32 PSEFEEEASRKVDDLLESYMGIRDPELASTMVETSKKTASAQEFARCLDSVLGEFAFPDE
         240       250       260       270       280       290     

      300       310     
pF1KE0 FVFDVWGVIGDAKRRGL
       :: .::..::.:.    
CCDS32 FVVEVWAAIGEAREACG
         300       310  

>>CCDS12311.1 GIPC1 gene_id:10755|Hs108|chr19             (236 aa)
 initn: 616 init1: 583 opt: 1062  Z-score: 1172.7  bits: 224.7 E(32554): 5.4e-59
Smith-Waterman score: 1062; 69.0% identity (87.5% similar) in 232 aa overlap (82-311:1-232)

              60        70        80        90       100       110 
pF1KE0 SATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHV
                                     ..::::: :.::..:::::.::::::::::
CCDS12                               MFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLEDFIFAHV
                                             10        20        30

             120       130       140       150       160       170 
pF1KE0 KGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIV
       :: .:::.:.::::.:::::::::.:::::::::.:.::: .. : ::: ::.:::....
CCDS12 KGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEAINGQSLL
               40        50        60        70        80        90

             180       190       200        210        220         
pF1KE0 GWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGRATLRLRS
       : :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. :  :: .:. .:: ..: ::.::::::
CCDS12 GCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGRGTLRLRS
              100       110       120       130       140       150

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE0 KGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDET
       .::::::..::  . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.: :::: 
CCDS12 RGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDELAEALDER
              160       170       180       190       200       210

     290       300       310     
pF1KE0 LGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
       ::::::::::::::::.:::::    
CCDS12 LGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              220       230      




315 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 18:25:35 2016 done: Sat Nov  5 18:25:36 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]